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その後、1月14日には国際核酸配列データベース[[GenBank]]で正式に公開されている<ref>{{Cite web|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947|title=Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome|accessdate=2020-01-16|publisher=National Center for Biotechnology Information}}</ref>。他種のコロナウイルスと比較すると、中国[[浙江省]][[舟山市]]の[[コウモリ]]で発見した[[SARSコロナウイルス|SARSウイルス]]に一番近く、コウモリSARSウイルス、ヒトSARSウイルス、[[ジャコウネコ]]SARSウイルスとも80%近くの類似度を持つことが、[[香港大学]]微生物学科感染症専門の袁国勇教授により報告されている<ref>{{Cite web|title=袁國勇：武漢新冠狀病毒80%與沙士相似 疑源自蝙蝠|url=https://hk.on.cc/hk/bkn/cnt/news/20200111/bkn-20200111134549200-0111_00822_001.html|website=on.cc東網|accessdate=2020-01-16|language=zh-hk|publisher=|date=2020-01-11}}</ref>。
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細胞への感染はACE2受容体を介して行われる。これはSARSコロナウイルスと共通しており、DPP4受容体を利用するMERSコロナウイルスとは異なる。


== 分類 ==
== 分類 ==
{{seealso|コロナウイルス#分類}}
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このウイルスは、[[国際ウイルス分類委員会]]（ICTV）により、[[SARSコロナウイルス]]（SARS-CoV）と同じ[[ベータコロナウイルス]]属の[[SARS関連コロナウイルス]]（SARSr-CoV）という種に属すとの見解が示されている<ref name="ICTV20200211"/>。また、SARSコロナウイルス（SARS-CoV）の姉妹系統であるとし、'''SARS-CoV-2'''（Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2）と分類、命名されている<ref name="ICTV20200211">{{PDFlink|[https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.937862v1.full.pdf Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses – a statement of the Coronavirus Study Group]}} - ICTV</ref>。
中国版[[アメリカ疾病予防管理センター|CDC]]である{{仮リンク|中国疾病預防控制中心|en|Chinese Center for Disease Control and Prevention|zh|中国疾病预防控制中心}}、病原体生物学研究所、武漢市金銀潭医院（[[:en:Wuhan_Jinyintan_Hospital|Wuhan Jinyintan Hospital]]）から5種類の新規コロナウイルス<ref group="注">BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-04/2020, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-05/2019, BetaCoV/Wuhan/WIV04/2019, そして BetaCoV/Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019</ref>の[[ゲノム]]が単離および報告されている<ref>{{Cite web|url=http://virological.org/t/initial-genome-release-of-novel-coronavirus/319|title=Initial genome release of novel coronavirus|date=11 January 2020|website=Virological|language=en-US|accessdate=12 January 2020}}</ref><ref>{{Cite journal|date=2020-01-17|title=Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947.3|publisher=NCBI|language=en-US}}</ref>。[[リボ核酸|RNA]]配列の長さは約30 [[塩基対|kb]]。

武漢で分離された{{仮リンク|ベータコロナウイルス|en|Betacoronavirus}}（Beta-CoV）の配列は、[[コウモリ]]に見られるベータコロナウイルスとの類似性を示している。ただしこのウイルスは、[[重症急性呼吸器症候群]]関連コロナウイルス（[[SARSコロナウイルス|SARS-CoV]]）や[[中東呼吸器症候群]]関連コロナウイルス（[[MERSコロナウイルス|MERS-CoV]]）など他の[[コロナウイルス]]とは[[遺伝]]的に異なる<ref name=":1">{{Cite web|url=https://platform.gisaid.org/epi3/start/CoV2020|title=CoV2020|author=|first=|date=|website=platform.gisaid.org|archiveurl=|archivedate=|accessdate=12 January 2020}}</ref>。SARS-CoVと同様に、Beta-CoVのB系統（lineage B）に属する<ref>{{Cite web|title=Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses|url=https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov|website=nextstrain|accessdate=18 January 2020}}</ref><ref>Hui DS, I Azhar E, Madani TA, Ntoumi F, Kock R, Dar O, Ippolito G, Mchugh TD, Memish ZA, Drosten C, Zumla A, Petersen E. The continuing 2019-nCoV epidemic threat of novel coronaviruses to global health - The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan, China. ''Int J Infect Dis''. 2020 Jan 14;91:264-266. {{PMID|31953166}} {{Doi|10.1016/j.ijid.2020.01.009}}</ref>。

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2020年2月11日、[[国際ウイルス分類委員会]]（ICTV）は、このウイルスは[[SARSコロナウイルス]]（SARS-CoV）と同じ[[ベータコロナウイルス]]属の[[SARS関連コロナウイルス]]（SARSr-CoV）という種に属すとの見解を示した<ref name="ICTV20200211"/>。また、SARSコロナウイルス（SARS-CoV）の姉妹系統であるとし、'''SARS-CoV-2'''（Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2）と分類、命名された<ref name="ICTV20200211">{{PDFlink|[https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.937862v1.full.pdf Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses – a statement of the Coronavirus Study Group]}} - ICTV</ref>。


ただ、SARS-CoV-2はSARS-CoVの子孫には当たらない。SARS-CoVとSARS-CoV-2は75-80%<ref>[https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMe2001126 ]</ref>の相同性しかなく、それぞれ独立してヒトに伝播したものであると考えられている<ref name="CVSG">{{cite web|url=https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.937862v1.full.pdf|title=Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses|author=Coronavirus Study Group|website=[[bioRxiv]]|date=11 February 2020|accessdate=12 February 2020}}</ref>。
SARS-CoV-2は、SARSコロナウイルスと同種ではあるが直接の子孫とは考えられていない<ref name="CVSG"/>。元々コウモリなどの野生動物が保因していたものが、それぞれ独立してヒトに伝播、ヒトへの感染能力を獲得したと考えられている<ref name="CVSG">{{cite web|url=https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.937862v1.full.pdf|title=Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses|author=Coronavirus Study Group|website=[[bioRxiv]]|date=11 February 2020|accessdate=12 February 2020}}</ref>。


ウイルスゲノムは29,903 [[塩基]]のRNAより構成されている<ref>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947</ref>。SARSコロナウイルスと75-80%<ref name="neim">[https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMe2001126 ]</ref>の相同性があり、人に感染するコロナウイルスの中では最も近い。タンパク質の一次構造レベルでは、Sタンパク質が76.0%、Nタンパク質が90.6%、Mタンパク質が90.1%、Eタンパク質が94.7%、SARSコロナウイルスと一致している<ref name="pmid32106567 "/>。一方で別種<ref name="ICTV20200211"/>のコロナウイルスである[[MERSコロナウイルス]]（MERS-CoV）とは、それぞれ4.6%、7.6%、6.3%、30.5%しか一致していない<ref name="pmid32106567 ">{{cite journal|author =Ahmed SF, Quadeer AA, McKay MR|date=Feb. 2020|title=Preliminary Identification of Potential Vaccine Targets for the COVID-19 Coronavirus (SARS-CoV-2) Based on SARS-CoV Immunological Studies.　|journal=Viruses|volume=12|issue=3|page=|doi=10.3390/v12030254}}</ref>。
人に重大な疾患を引き起こすベータコロナウイルスは、他に[[MERSコロナウイルス]]（MERS-CoV）も知られているが、{{要出典範囲|こちらは別種でありやや離れている。|date=2020年2月}}


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2020年3月4日 (水) 13:09時点における版

曖昧さ回避 この項目では、2019年12月に発見されたコロナウイルス（SARS-CoV-2）について説明しています。
SARS-CoV-2
（上）電子顕微鏡写真
（下）コンピューター再構成

分類
群 : 第4群（1本鎖RNA +鎖）
目 : ニドウイルス目
Nidovirales
科 : コロナウイルス科
Coronaviridae
亜科 : コロナウイルス亜科
Coronavirinae
属 : ベータコロナウイルス属
Betacoronavirus
種 : SARS関連コロナウイルス SARSr-CoV
階級なし : (株) SARS-CoV-2

2019新型コロナウイルス（英: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2〈サーズ・シーオーブイーツー〉、または 2019 Novel Coronavirus, 2019-nCoV）は、一本鎖プラス鎖RNAウイルスで、コロナウイルスの一種であるSARS関連コロナウイルスに分類される[1]。

人に対して病原性があり[2]、急性呼吸器疾患（COVID-19）を引き起こす。2020年（令和2年）2月現在、中国武漢市での肺炎の流行をはじめ、世界各地で感染が拡大している。また、ウィキペディアは出典に基づいた情報を掲載しているだけであるため、真実性は確証できない。

名称

正式名称は2020年2月11日に国際ウイルス分類委員会（ICTV）によってSARS-CoV-2と命名された[1][3][4][5]（#分類も参照）。

世界保健機関（WHO）は暫定的な名称として「2019 Novel Coronavirus」の略称、2019-nCoVを推奨している[6][7][8]。ジョンズ・ホプキンス大学公衆衛生学センターは2019-nCoVを使用している[9]。

また、アメリカの科学者（正式名称発表以前の2月上旬時点）や日本の厚生労働省では、単に「新型コロナウイルス」（novel coronavirus または new coronavirus）と呼んでいる[8][10]。

名称については、不適切な非公式の呼称が広がる前に統一的な暫定名や正式名称を付ける必要があり、2009年に流行したH1N1亜型新型インフルエンザでは「豚インフルエンザ」という呼び名が流布したため、養豚業界への悪影響やエジプト政府が飼育豚を全頭殺処分する事態も起きた[8][11]。一方、正式名称や一般的な呼称（通称）が問題をはらむ場合もある。WHOは地域の名称や地名と結びついた中東呼吸器症候群（MERS）やスペインかぜ、エボラ出血熱、ジカ熱などの呼称に批判的な見解を示しており、2015年に策定されたWHOの「名称決定についてのガイドライン」(Best Practices for the Naming of New Human Infectious Diseases) では、新たなヒト感染症・ウイルスの名称に地理的な位置、人名、動物や食品に関する名前、特定の文化や産業に関する名前を含むべきでないとしている[8][11]。

発見

ゲノム情報
Genomic organisation of SARS-CoV-2
NCBIゲノムID MN908947
ゲノムサイズ 29,903 bases
完了年 2020
テンプレートを表示

新型コロナウイルスは、2019年11月に発生が確認され、同年12月31日に最初に世界保健機関（WHO）に報告された[12]。その後2019年〜2020年にかけての中国武漢でのアウトブレイクにおいて肺炎患者の核酸検査陽性患者サンプルにより、 ゲノム配列が決定された[13][14][15]。

2020年1月20日、病原体を調査している中国・国家衛生健康委員会（NHC）専門家の鍾南山グループ長は、広東省でヒトからヒトへの感染（ヒト - ヒト感染）が確認されたと発表した[16]。武漢市内での人獣共通感染症である可能性は否定されていない。[要出典]新しいコロナウイルスに対する特定の治療法はないが、既存の抗ウイルス薬を流用することはできるとしている[17]。

このコロナウイルスは2019年-2020年中国武漢における肺炎の流行の原因ウイルスとなっており、2020年1月下旬時点での主要なアウトブレイクは中国大陸に限局されていたが[18][19][20][21][22][23][24][25][26][27][28]、その後は東アジア・東南アジアを中心とし世界各地に拡散しつつある（#感染の拡大も参照）。

特性

このウイルスの完全ゲノム配列は上海公共衛生臨床センター、武漢中心医院、華中科技大学、武漢市疾病予防控制中心、中国疾病予防控制中心感染症予防管理所、中国疾病管理予防センター、シドニー大学らの協力によって解読され、シドニー大学のエドワード・C・ホルムズ教授の協力の下、上海公共衛生臨床センターの張永振教授によって2020年1月11日に Virological.org 上に公開された[29]。

その後、1月14日には国際核酸配列データベースGenBankで正式に公開されている[30]。他種のコロナウイルスと比較すると、中国浙江省舟山市のコウモリで発見したSARSウイルスに一番近く、コウモリSARSウイルス、ヒトSARSウイルス、ジャコウネコSARSウイルスとも80%近くの類似度を持つことが、香港大学微生物学科感染症専門の袁国勇教授により報告されている[31]。

細胞への感染はACE2受容体を介して行われる。これはSARSコロナウイルスと共通しており、DPP4受容体を利用するMERSコロナウイルスとは異なる。

分類

「コロナウイルス#分類」も参照

このウイルスは、国際ウイルス分類委員会（ICTV）により、SARSコロナウイルス（SARS-CoV）と同じベータコロナウイルス属のSARS関連コロナウイルス（SARSr-CoV）という種に属すとの見解が示されている[1]。また、SARSコロナウイルス（SARS-CoV）の姉妹系統であるとし、SARS-CoV-2（Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2）と分類、命名されている[1]。

SARS-CoV-2は、SARSコロナウイルスと同種ではあるが直接の子孫とは考えられていない[32]。元々コウモリなどの野生動物が保因していたものが、それぞれ独立してヒトに伝播、ヒトへの感染能力を獲得したと考えられている[32]。

ウイルスゲノムは29,903 塩基のRNAより構成されている[33]。SARSコロナウイルスと75-80%[34]の相同性があり、人に感染するコロナウイルスの中では最も近い。タンパク質の一次構造レベルでは、Sタンパク質が76.0%、Nタンパク質が90.6%、Mタンパク質が90.1%、Eタンパク質が94.7%、SARSコロナウイルスと一致している[35]。一方で別種[1]のコロナウイルスであるMERSコロナウイルス（MERS-CoV）とは、それぞれ4.6%、7.6%、6.3%、30.5%しか一致していない[35]。

感染の拡大

詳細は「2019年-2020年中国武漢における肺炎の流行」および「国・地域毎の2019年コロナウイルス感染症流行状況」を参照
新型コロナウイルス感染症（COVID-19）のアウトブレイク状況（適宜更新）:
  感染発生地域
  感染確定地域
  感染が疑われる地域

この株による最初の既知のヒトへの感染は2019年11月下旬に発生した[36][37]。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の拡散は、2019年11月中旬に中国湖北省武漢市で最初に発生し、感染源はおそらく単一の感染動物に由来すると考えられている。その後、このウイルスは中国の全ての省に蔓延し、またアジア、ヨーロッパ、北米、アフリカ、オセアニアなど他の20以上の国にも拡散した[38]。このウイルスのヒト - ヒト感染による拡散は、アフリカを除く[39]これらすべての地域で確認されている[40][41][42][43]。

2020年1月31日、このウイルスの感染拡大が懸念されることから世界保健機関（WHO）は「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態」（PHEIC）を宣言した[44][45][46][注 1]。なお、季節性疾患による自然終息のシナリオが発生当初の見通しであり、この点は未だ議論されていない[要出典]。

同年3月1日時点で、86,986人の感染が確認されており、そのうち79,826人は中国本土内である[38]。ある数学的モデル予測によれば、1月25日の時点で、武漢市だけで感染者数は75,815人いたと推定された[49]。中国本土以外における殆ど全ての症例は、武漢市からの旅行者、またはそれらの地域からの旅行者と密接な接触があった者である[50][51]。感染率、すなわち感染確定数、または臨床上診断可能な感染者数に繋がる割合は依然として不明のままであるが[52][53]、2月20日（15時30分 (UTC)）までの新型コロナウイルス感染による死亡者数は 2,130人であった。死亡者数の95%は武漢市のある湖北省に局在している[38]。

同年3月1日現在、世界中で86,986件の患者が確認されており、そのうち2,979人が死亡している[38]。

院内感染ほか

2020年2月7日、武漢大学病院で検出された感染者数のうち4割は、同大学病院で院内感染したものだと言う内容の論文が発表された[54]。

病原体

基本再生産数

SARS-CoV-2の基本再生産数（R 0）の見積もりに関する未査読の多くの研究は、数字の差異および評価が分かれているが、1.4 - 3.9と推定されている[55][56][57][58]。これは無防備な状態では、SARS-CoV-2は通常、感染者1人当たり1.4から3.9人の新規感染者を生じさせるという意味である。これにより、SARS-CoV-2は少なくとも4人を連鎖的に感染させる事が確認されている[59]。

他の未査読の研究では、基本再生産数を3.30 - 5.47とするもの[60]、2.13[61] - 4.82[62][63]とするものがある。

変異

2020年1月22日、日本感染症学会の記者発表会で館田理事長は「パニックになることがないよう、対応していかないといけない」と呼びかけ、「新型コロナウイルスが変異を起こしたら、SARSのようになるという可能性は否定できない」と述べ、今後も注視する必要性を強調した[64]。

一方、中国・国家衛生健康委員会（NHC）の李斌副主任（次官級）は同日の会見で、「ウイルスが変異した可能性があり、さらに拡散するリスクがある」と明らかにした[65]。中国本土では、人口動態予測に基づいた変異の可能性は極めて濃厚であり今後の対策が急ピッチで進められている。

疾患

詳細は「2019新型コロナウイルスによる急性呼吸器疾患」を参照
特徴
「重症急性呼吸器症候群#兆候と症状」も参照

中国の研究者が報告した主症状は2020年1月21日判明分で、40℃程度の高熱(98%)、乾いた咳（76%）、息切れ（55%）などである[66][67]。他に、全身倦怠感、吐き気、筋肉痛等を催すと報告されている[68][69]。顕著な合併症は肺炎である。しかし症状がないまま濃厚接触をしてしまう事が度々ある[70]。

他のコロナウイルス科ウイルス感染症[注 2]との鑑別は外観所見上からは難しい。ただし、発熱せずに死亡した患者もいるので、発熱検知装置だけで検出できない可能性もある。また、無症候キャリアが感染能を持つ可能性もある[68][69]。

入院患者では呼吸困難や胸の圧迫感も多い。また、入院時のバイタルサインは比較的安定している[71]。

予後
詳細は「2019新型コロナウイルスによる急性呼吸器疾患#予後」を参照

感染対策

詳細は「2019新型コロナウイルスによる急性呼吸器疾患#医療機関の対応方法」を参照

国立感染症研究所（NIID）は、2020年1月10日に特設サイト[72]を設け、院内感染対策、積極的疫学調査をはじめとする対応を行っている。

  • 院内感染対策 - インフルエンザ等の一般的な呼吸器感染症の病原体の微生物学的な検査を行いつつ、疑似症サーベイランスの届出について保健所へ相談する[73]。
  • 積極的疫学調査 - 「患者（確定例）」と「濃厚接触者」について、基本情報・臨床情報・推定感染源・接触者等必要な情報を収集[74]。患者（確定例）対面調査を行う際は、眼の防護具[注 3]、長袖ガウン、必要に応じてサージカルマスクではなく N95マスクを着用すること、としている[74]。
  • 検体採取・輸送マニュアル - SARS・MERSに対する病原体診断を参考に、鳥インフルエンザ A（H5N1 / H7N9）に準じた検体の採取を行い、「病毒を移しやすい物質カテゴリーB」を取り扱う輸送業者を利用して送付[75]。

日本国政府は2020年2月1日施行の政令第十一号および政令第二十二号で新型コロナウィルス感染症を感染症法第六条第八項の指定感染症に指定し、「わが国に入国しようとする者が感染者である場合には入国を拒否するとともに、感染者であることを確認できない場合であっても入国管理を強化すべく、速やかに運用を検討する」としている[76]。

予防

詳細は「2019新型コロナウイルスによる急性呼吸器疾患#予防」を参照

手など皮膚の消毒を行う場合には、消毒用アルコール（70％）を、物の表面の消毒には次亜塩素酸ナトリウム（0.1％）が有効であることが分かっている[77]。

物の表面に付着したウィルスはどの程度の期間生存できるか、各機関で意見が分かれており、WHOは数時間[注 4]、ドイツ研究は4〜5日間[注 5]、中国人民銀行は14日間[注 6]とした。アメリカ疾病管理予防センター（CDC）は、中国からの輸入品において新型コロナウイルスに感染するリスクは非常に低いとしている[82]。

治療

詳細は「2019新型コロナウイルスによる急性呼吸器疾患#治療法」を参照

日本内科学会の緊急寄稿文によれば、現在、効果を示す薬剤が発見された旨の報告はなく、暫定的にHIV薬とタミフルを併用しての治療が行われているが[83]、国を挙げて専用ワクチンの開発も並行して行われている。

医療現場の抱える問題

感染症発生初期において医師などの医療従事者への罹患、及び長時間労働などによる疲弊といった問題も浮上してくる。局所的地域感染から広域に拡大するにつれ同定された問題も増加する傾向にあり、医療現場の過酷化する環境にも配慮が必要である。

感染症と社会構造

発達した情報通信環境において、ソーシャルメディアによる情報の拡散は情報確度を担保しうる反面、誤った情報も伝搬しうる二律背反を構築している。

脚注

[脚注の使い方]

注釈

  1. ^ WHOは同年1月23日の緊急委員会でPHEICに該当するかどうかの判断を先送りしていた[47]。
    状況推移（エピデミック記事「2019年-2020年中国武漢における肺炎の流行」も参照）
    • 2019年12月31日、カナダの健康モニタリングプラットフォーム「BlueDot」がアウトブレイクの可能性を警告[48]。
    • 2020年1月6日、アメリカの疾病予防管理センター（CDC）が下記同様の情報を発表。
    • 1月9日、WHOが中国でインフルエンザに似た症状が相次いで発生していることを公表。
    • 1月20日、中国・国家衛生健康委員長の鍾南山が人から人への感染（ヒト - ヒト感染）の確認を報告。
    • 1月23日、WHOが新型肺炎の感染は中国では緊急事態だとしながらも「国際的な公衆衛生上の緊急事態（PHEIC）と判断するには時期尚早」と判断した。
    • 1月31日、WHOが新型肺炎について中国国外にも感染拡大の懸念が出てきていることから、一転して「国際的な公衆衛生上の緊急事態」（PHEIC）を宣言。
  2. ^ SARS、MERSほか
  3. ^ ゴーグルまたはフェイスシールド
  4. ^ WHOでは、「物の表面で数時間生き残る事が示唆されている。単純な消毒剤で失活させることができる[78]。」としている。
  5. ^ ドイツの研究グループでは、「表面についたウイルスを消毒しないままでいると、平均4〜5日間生存する可能性がある[79]」としている。
  6. ^ 中国では、紙幣を14日間密閉し長期間の生存を視野に入れて消毒対策をしている[80]（住宅街にも消毒剤を散布[81]）。

出典

  1. ^ a b c d e Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses – a statement of the Coronavirus Study Group (PDF) - ICTV
  2. ^ Coronavirus disease named Covid-19 BBC NEWS 2020年2月12日
  3. ^ “NEJM Journal Watch: Summaries of and commentary on original medical and scientific articles from key medical journals”. www.jwatch.org. NEJM Group (2020年2月12日). 2020年2月12日閲覧。
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関連項目

外部リンク

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