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1958年の第40回大会と同様に記念大会として一府県一代表が認められたが、1959年の第41回大会から北海道が南北2代表となっていたため、北海道から2校と46都府県から1校ずつの計48校が出場して行われた。また、開催期間の長期化を避けるため、3回戦までの40試合のうち18試合で阪急西宮球場が使用された。
第40回大会では甲子園球場と西宮球場にラッキーゾーンの有無という違いがあったが、西宮球場にも1960年にラッキーゾーンが設置され、この違いも解消された。しかし、甲子園球場で試合をすることなく、西宮球場で行われた試合で敗退した学校の不満は大きく[1]、この大会以降、甲子園球場以外の球場は使用されなくなった。
| 試合日 | 球場 | 試合順 | 勝利 | スコア | 敗戦 |
| 8月9日 | 甲子園 | 第1試合 | 静岡 | 4 - 1 | 市西宮 |
| 第2試合 | 新潟商 | 1 - 0 | 鹿児島 |
| 第3試合 | 桐生 | 1 - 0 | 米子南 |
| 8月10日 | 甲子園 | 第1試合 | 中京商 | 4 - 3 | 津久見 |
| 第2試合 | 宮崎商 | 8 - 1 | 函館工 |
| 第3試合 | 松商学園 | 3 - 2 | 京都商 |
| 第4試合 | 徳島商 | 9 - 2 | 日大一 |
| 西宮 | 第1試合 | 銚子商 | 12 - 1 | 柳川商 |
| 第2試合 | 岡山東商 | 2 - 1 | 水戸工 |
| 第3試合 | 甲府商 | 10 - 2 | 武雄 |
| 8月12日 | 甲子園 | 第1試合 | 高田商 | 8 - 5 | 釧路商 |
| 第2試合 | 磐城 | 5 - 1 | 丸亀商 |
| 第3試合 | 相可 | 6 - 2 | 大社 |
| 西宮 | 第1試合 | 大宮 | 7 - 1 | 海星 |
| 第2試合 | 下関商 | 1 - 0 | 富山商 |
| 第3試合 | 能代 | 12 - 1 | 長浜北 |
| 試合日 | 球場 | 試合順 | 勝利 | スコア | 敗戦 | 備考 |
| 8月13日 | 甲子園 | 第1試合 | 横浜 | 3 - 1 | 若狭 | |
| 第2試合 | 明星 | 6 - 0 | 大垣商 | |
| 第3試合 | 九州学院 | 21 - 3 | 足利工 | |
| 西宮 | 第1試合 | 首里 | 4 - 3 | 日大山形 | |
| 第2試合 | 南部 | 2 - 0 | 金沢泉丘 | |
| 第3試合 | 広陵 | 3 - 0 | 花巻北 | |
| 8月14日 | 甲子園 | 第1試合 | 今治西 | 9 - 4 | 仙台育英 | |
| 第2試合 | 銚子商 | 4 - 3 | 静岡 | |
| 第3試合 | 下関商 | 5 - 0 | 松商学園 | |
| 西宮 | 第1試合 | 東奥義塾 | 4x - 3 | 高知 | 延長10回 |
| 第2試合 | 高田商 | 4 - 2 | 徳島商 | |
| 第3試合 | 中京商 | 8 - 1 | 大宮 | |
| 8月15日 | 甲子園 | 第1試合 | 桐生 | 5 - 0 | 新潟商 | |
| 第2試合 | 磐城 | 2 - 1 | 相可 | |
| 西宮 | 第1試合 | 岡山東商 | 5 - 1 | 能代 | |
| 第2試合 | 甲府商 | 2 - 1 | 宮崎商 | |
| 試合日 | 球場 | 試合順 | 勝利 | スコア | 敗戦 | 備考 |
| 8月15日 | 甲子園 | 第3試合 | 横浜 | 3 - 2 | 中京商 | |
| 西宮 | 第3試合 | 下関商 | 8 - 0 | 首里 | |
| 8月16日 | 甲子園 | 第1試合 | 今治西 | 3 - 1 | 東奥義塾 | |
| 第2試合 | 高田商 | 1 - 0 | 広陵 | |
| 第3試合 | 銚子商 | 5x - 4 | 磐城 | 延長10回 |
| 西宮 | 第1試合 | 九州学院 | 1 - 0 | 岡山東商 | |
| 第2試合 | 桐生 | 9 - 4 | 南部 | |
| 第3試合 | 明星 | 11 - 0 | 甲府商 | |
| 試合日 | 試合順 | 勝利 | スコア | 敗戦 | 備考 |
| 8月18日 | 第1試合 | 下関商 | 2 - 1 | 桐生 | |
| 第2試合 | 今治西 | 3 - 0 | 銚子商 | |
| 第3試合 | 明星 | 4x - 3 | 九州学院 | |
| 第4試合 | 横浜 | 2x - 1 | 高田商 | 延長10回 |
| 試合日 | 試合順 | 勝利 | スコア | 敗戦 |
| 8月19日 | 第1試合 | 明星 | 5 - 0 | 横浜 |
| 第2試合 | 下関商 | 3x - 2 | 今治西 |
8月20日（試合開始：13時）
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R |
H |
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| 明星 |
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0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
2 |
4 |
1 |
| 下関商 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
1 |
0 |
0 |
0 |
1 |
7 |
2 |
- （明）：堀川、角田 - 和田
- （下）：池永 - 秋田
- 審判
［球審］米谷
［塁審］山本・大橋・河合 - 試合時間：2時間13分
| 明星 |
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| 打順 | 守備 | 選手 |
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| 1 | [右] | 片山宏（3年） |
| 2 | [遊] | 中村真（3年） |
| 3 | [中] | 木下美智雄（3年） |
| 4 | [捕] | 和田徹（3年） |
| 5 | [一] | 浜田美彦（2年） |
| 6 | [三] | 松村文雄（3年） |
| 7 | [投]左 | 堀川浩伸（2年） |
| 8 | [二] | 山岡文次郎（2年） |
| 二 | 森永牧雄（2年） |
| 9 | [左]投 | 角田哲美（2年） |
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| 下関商 |
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| 打順 | 守備 | 選手 |
|---|
| 1 | [右] | 坂本勝治（3年） |
| 2 | [二] | 清田幸男（3年） |
| 3 | [中] | 西村毅（3年） |
| 4 | [遊] | 佐野芳徳（3年） |
| 5 | [投] | 池永正明（2年） |
| 6 | [左] | 綿部正尚（2年） |
| 7 | [三] | 岡田希代達（2年） |
| 8 | [捕] | 秋田健二（2年） |
| 9 | [一] | 加治善昭（2年） |
| 打一 | 坂本太平（2年） |
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- 1回戦
- 第1号：田中達彦（銚子商）
- 第2号：伊藤一男（銚子商）
- 第3号：山口勝博（柳川商）
- 第4号：原口二郎（武雄）
- 第5号：永野孝男（大宮）
- 2回戦
- 第6号：和田徹（明星）
- 第7号：滝川陽一（九州学院）
- 第8号：福島正文（九州学院）
- 第9号：津村亨（高田商）
- 第10号：稲垣純二（甲府商）
- 3回戦
- 第11号：北村琢磨（中京商）
- 第12号：西村毅（下関商）
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| 1910年代 | |
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| 1920年代 | |
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| 1930年代 | |
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| 1940年代 | |
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| 1950年代 | |
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| 1960年代 | |
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| 1970年代 | |
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| 1980年代 | |
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| 1990年代 | |
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| 2000年代 | |
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| 2010年代 | |
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| 2020年代 | |
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| 地方大会 | |
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| 地方別成績 | |
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| 楽曲 | |
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| 関連項目 | |
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1942年から1945年は中断。取り消し線は開催中止。 |
