ポケットモンスターの地名一覧

ポケットモンスターベストウイッシュシーズン2第39話以降、イッシュ地方からカントー地方に向かうサトシ達が立ち寄った島々。イッシュ地方からカントー地方のクチバシティに繋がっており、主な移動手段は船。どこの地方に属しているかは明言されておらず、各地方の様々なポケモンが生息している（ただし、ジョーイとジュンサーはイッシュの服装である）。

ハニー島: イッシュ地方を発ったサトシ達がデコロラ諸島で最初に立ち寄った島。ミツハニーの甘いミツを使用した菓子が名物。ただし、森のなかにはリングマやスピアーが生息しており危険である。
ホタチ島: 貝が堆積してできた島。ミジュマルやフタチマルのホタチを使った料理などが売られている。1年に1回ホタチキング決定戦が行われており、優勝した際にはシンボルとして島に在住し無くてはならない。
マホラ本島: 濃い霧の海域を抜けた先にある島。観光客はほとんどおらず寂れた島となっている。本島とは別に離れ小島があり、十数年前に巨大ポケモンが目撃されている。
ムトロ島: ロトムが多く生息している島。この島の電気はロトムの好物らしく、定期的に発電所の電気をロトムが食べている。電気の食事が終わったあとは電化製品に取り付きイタズラをするため、島民たちは手を焼いている。
海賊のアジト: デコロラ諸島の各地で海賊行為を行うポケモンたちのアジトがある島。正式名称は不明。リゾート施設があり海図にも載っている島だが、海賊たちはそれを逆手に取り施設とは反対側を根城としていた。
ワタリ島: 渡りの習慣がポケモンたちが休憩をする島。劇中ではバタフリー、チルット、チルタリス、スワンナが島に立ち寄っていた。
オオキナ島: 港が2港ある島で、島を横断する長い一本道がある。とある山のふもとにはジラーチが眠りについている。
ミノリ島: きのみが豊富な島。過去にきのみを奪い合い取り尽くしてしまいそうになった事があり、それを忘れないよう毎年収穫の祭りと相撲大会が行われている。
ヤシ島: 近くに無人島がある。無人島には海賊のお宝が隠されており、そのお宝を守るポケモンたちが生息している。
洞窟島: 巨大な洞窟がある島。洞窟は入り組んでいるものの、出入口は2箇所しか無い。色違いのクリムガンが生息していた。
とある島: 正式名称不明^[1]。10数年に一度ウッデート彗星が観測できる島。大昔に伝説の勇者ウッデートによってポケモンによる町への襲撃が収められた言い伝えがあり、今でもウッデートの仲間になったポケモンたちが住んでいる。
とある島: 正式名称不明^[1]。ポケモンセンターには最新型の診察装置が設置されており、パンジーがその取材に訪れた。山の上には天文台があり、夜になるとウォーグル座が観測できる。
ガンリュウ島: かつてイッシュで一番強いトレーナーとシンオウで一番強いトレーナーが勝負をした灯台がある島。

オーレ地方

『ポケモンコロシアム』『ポケモンXD 闇の旋風ダーク・ルギア』の舞台。カントー・ジョウト・ホウエン・シンオウとは遠く離れた地で、モデルとしてはアメリカ・アリゾナ州フェニックスが挙げられている^[2]。通貨単位も異なり、「円」ではなく「ポケドル」となっている。ゲーム中に行ける場所のほとんどに野生のポケモンは生息せず、また全体的に砂漠に覆われているという特徴があるが、『XD』では草が生えている場所も登場した。

都市・町（オーレ地方）

フェナスシティ

溢れるほどの水を讃える砂漠の中の水都。オアシスと呼ぶにふさわしい、綺麗で静かな街。

パイラタウン

"由緒正しき"ゴロツキの町。周囲の者は怖がって近付こうとせず、町にはフル稼働の警察署が常設している。

『XD』では、廃ビルはテレビ局「ONBS」のビルになっている。

アンダー: パイラタウンのアンダーグラウンドにある地下都市。ダークポケモン研究所と地下鉄で結ばれている。無法地帯であり、独自に生息し続けるネオンの町。『XD』では閉鎖されてしまった。

アゲトビレッジ: 伝説の時渡りポケモン・セレビィをまつるほこらがあり、老人たちが静かに暮らす自然豊かな村。かつて伝説のトレーナーと呼ばれた、ローガンが住んでいる。
アイオポート: 『XD』にのみ登場。水夫たちがたむろする港町。ある人物が現れたことで、町に微妙な変化が起きる。

自然・その他（オーレ地方）

バトル山: トレーナーの修行のための施設。ブースが100あり、それぞれトレーナーと戦うことができる。
ダークポケモン研究所: 一見砂漠の中にぽつんと佇む小さな施設だが、地下には巨大な根を張る、シャドーの研究所。ダークポケモンを研究しているらしい。
ラルガタワー: 膨大な金額で急激に開発が進められてきた、シャドーが活動の本拠地としている白亜の塔。; 『XD』では、フェナスシティの娯楽施設として生まれ変わった。
スナッチ団アジト: 『コロシアム』で爆破され、5年後の『XD』でも復旧していない。
ポケモン総合研究所: 『XD』にのみ登場。クレイン所長を筆頭に、『XD』の主人公と家族達が暮らす。ポケモンをあらゆる面から多角的に研究している。
リブラ号: 『XD』にのみ登場。アイオポート沖で行方不明になった船。
シャドーの秘密工場: 『XD』にのみ登場。シャドーがダークポケモンを量産している工場。
ニケルダーク島: 『XD』にのみ登場。アイオポート沖に存在する、シャドーの新たな本拠地。激しい荒波と異常気象で、簡単には近づけない。
ポケスポット: 『XD』にのみ登場。オーレでは珍しい野生ポケモンが現れる場所。オアシス・岩場・洞窟の3箇所ある。

フィオレ地方

『ポケモンレンジャー』の舞台。町が4つしかないという比較的小さな地方。町の名前は四季からとられており、それぞれの町にはレンジャーベースというレンジャーたちの活動拠点がある。自然を大切にすることで知られており、そのため自然のポケモンを捕まえるポケモントレーナーはほとんどおらず、ポケモンの力を一時的に借りるポケモンレンジャーが活躍している。オーレ地方と同じくカントー地方などとは遠く離れているが、シンオウ地方との通信は可能となっている。

都市・町（フィオレ地方）

それぞれの都市に四季の英語名が当てはまる。

リングタウン（スプリング=春）: 主人公がレンジャーとして赴任してきた小さな町。豊かな自然に恵まれており、温暖な気候で緑の多いのどかな町。
フォルシティ（フォール=秋）: フィオレ地方最大の町。港があり研究所、キャプチャアリーナなどの施設が充実している。時計台が町のシンボル。廃工場などもあるフィオレ地方最大の都市。
サマランド（サマー=夏）: フィオレ地方の南にある小さな島の南の筏に浮かぶ町。有名な火山島で気候が温暖でたくさんの人がバカンスに訪れる。町の北にはジャングルや古代遺跡がある。
ウィンタウン（ウィンター=冬）: フィオレ地方最北の町。シクラ山脈のふもとにあり冬の寒さが厳しく、寒さ対策の石造りの家や暖炉が特徴的。シクラ山脈の山頂には人とポケモンの力で作り上げたフィオレ神殿がそびえ立っている。

自然・その他（フィオレ地方）

ライラの森: リングタウンとフォルシティの間にある森。フォルシティに向かうだけなら迷う心配の少ない、ほのぼのとした森だが、一歩奥地に入ると迷いの樹海のようになっている。
クロッカトンネル: リングタウンとフォルシティを繋ぐ洞窟。どうやら人工のものらしい。
イーストロード: クロッカトンネルとフォルシティの間にあるごく短い道。
フォルシティ地下水道: フォルシティの地下に広がる地下水路。野生のポケモンも住み着いている。
サフラの海: フォルシティの南方にある海域。
オリブジャングル: サマランドに繋がった島にあるジャングル。奥地には遺跡が存在する。
ジャングルの遺跡: オリブジャングルの奥地にある遺跡。4つの試練があるが、同一の人物が全ての試練をクリアしてしまうと、災いが起こると言われている。
パヌラの洞窟: 氷の張った洞窟。フィオレで最も寒い場所とされる。
ノースロード: パヌラの洞窟とウィンタウンを繋ぐごく短い道。
シクラ山脈: 高さ3000メートル級の山々。ゴーゴー団のアジトはここにある。
フィオレ神殿: 大昔、人とポケモンが力を合わせ作り上げたと言われている。ここで『レンジャー』のゲーム中、最後の戦いが行われることになる。

アルミア地方

『ポケモンレンジャーバトナージ』の舞台。フィオレ地方同様、ポケモンレンジャーの活躍する地方。

都市・町（アルミア地方）

チコレ村

アルミア地方南部に位置する主人公の家族が引っ越してきた比較的新しい村。人口は少ないが、自然豊かな土地である。

パートナー農場: 主人公の父親が管理している農場。命名は主人公の妹が行った。この場所でパートナーポケモンを変えることができる。

ビエンタウン: アルミア地方の中央に位置し、レンジャーベースがあり素朴で自然に恵まれた町。
プエルタウン: アルミア地方最大の都市。港がありボイルランドやハルバ村への航路がある。海を挟んで北にはアンヘルパークがある。
ブルブルキャンプ: アルミア地方の北西部に位置する氷雪地帯ヒアバレーにあるイマチの父親イマチチが率いる調査チームが立てた調査基地。
ボイルランド: アルミア地方東部にある火山の島。島の大部分が溶岩で出来ている観光地。
ハルバ村: アルミア地方南東部にある砂漠地帯のオアシスにある村。カバルドン神殿で有名な観光地。

街道

スクールの道: レンジャースクールとビエンタウンを結ぶ道。
チコレの小道: ビエンタウンとチコレ村を結ぶ道。
ユニオン街道: アンヘルパークとレンジャーユニオンを結ぶ道。
ヌリエ街道: アンヘルパークとヌリエ高原を結ぶ道。

自然・施設・その他（アルミア地方）

レンジャースクール: ポケモンレンジャーや、オペレータ・メカニックになるための教育を受けることが出来る全寮制のスクール。
レンジャーユニオン: アルミア地方北西に位置し、アルミア地方だけでなくフィオレ地方のレンジャー活動の拠点となっている。
キャプチャ・アリーナ: アルミア地方のどこかに存在する優秀なレンジャーのみが入れるキャプチャ能力を試すための施設。
アンヘルパーク: プエルタウンから海を挟んで北に広がる公園。かつては広大な森だったらしい。
アンヘルビル: アンヘル・コーポレーションの本社ビル。
アンヘルタワー: アンヘル・コーポレーションが創立70周年を記念して建てられた全長334mの塔。だがその正体はアルミア地方の全ポケモンを操るためにヤミヤミ団のボスが造り上げた「ありえないマシン」でありタワーの頂上には「闇の結晶」(エンディング後は「光の結晶」)が展示されている。「アンヘルタワー」は仮の名称でアンヘル社がタワーの名前を募集したらしく、その結果「平和の塔」が正式名称になった。エンディング後、再びタワーの頂上に行くと「スリープおじさん」という老人がおり、彼に話しかけると物語の終盤を再びプレイすることができ、そこでダークライを再びキャプチャすることができる。
海の洞窟: ビエンタウンの西の海岸にある洞窟。
ビエンの森: ビエンタウンの北に位置する広い森。さまざまな種類のポケモンが生息する。物語序盤で火事が起き燃えてしまうが、エンディング後のあるクエストで復活する。
プエル沖: プエルタウンの沖にある浅い海。
イノチ崖: ユニオン街道から行ける非常に危険な崖。
火山の洞窟: ボイルランドにある火山の洞窟。西側と東側がある。西側は釣り場などの観光名所となっているが、東側は火柱が出たり、火山弾が降ってきたりして危険なため、普段は封印されている。ヤミヤミ団は西側の洞窟に「隠し港」を造りボイルランドからさらったポケモンを運ぼうとした。東側の洞窟の奥には「赤い石」が眠っている。
貨物船: ヤミヤミ団がドガリモやモバリモ、さらったポケモンを運ぶために使用した貨物船。主人公とバロウがレンジャースクールの港に漂着させた。
ヌリエ高原: アルミア地方北東にある高原。かつては石油の町として栄えていたが現在廃墟と化している。
ヌリエの遺跡: ヌリエ高原の北西にある遺跡。遺跡の奥には「闇の結晶」が眠っている。
クリスタ洞窟: ユニオン街道とヒアバレーの間に立ちふさがる神秘的な洞窟。
ヒアバレー: アルミア地方北西に位置する雪に覆われた広大な盆地。こおりグループのポケモンが数多く生息する。
氷の湖: ヒアバレーにある氷で覆われた湖。氷山や渦があって向い岸に行くのは困難。
アルミアのお城: 氷の湖の北にある氷で覆われた城。城の奥には「青い石」が眠っている。
ホエルオーの海: アルミア地方の東部に位置するホエルオーが目撃される海域。近頃は、廃棄された資材などが自然を穢している。
海底油田アジト: ヤミヤミ団が閉鎖された海底油田を利用したアジト。
ハルバ砂漠: アルミア地方南東部に広がる砂漠地帯。北にいくほど砂嵐が激しく吹き荒れる。
カバルドン神殿: ハルバ砂漠にあるカバルドンをモチーフとした神殿。神殿の奥には「黄色い石」が眠っている。ブラウザを全て埋めた後、レジロック、レジスチル、レジアイスの3匹をある場所に連れてくるとレジギガスが出現する。

オブリビア地方

『ポケモンレンジャー光の軌跡』の舞台。大小7つの島から成り立ち、多数の遺跡がある。 7つの島の頭文字を並べると、「ドレミファソラシ」となる。

都市・町（オブリビア地方）

ココナ村: レインボ島南部に位置する村。主人公が最初に立ち寄る村。“虹祭り”と呼ばれる祭りを開き、試練をクリアした者を勇者と称えるものである。西の広場では、通信協力ミッションの舞台となる時渡りの石碑があり、セレビィがやってくることもある。
ナナメ村: ミロンダ島南東部に位置し、高低差が激しい。そのためか強い風が頻繁に吹くらしく、各民家には風力発電がするための風車がある。村の桟橋には、イマチが待機しておりユニオン号も停泊している。
アクアリゾート: ソピアナ島東部に位置し、貴族層が暮らす街であり、観光客にも人気が高い。街中心部には噴水があり人気スポットである。桟橋には野生のポケモンも生息している。

街道（オブリビア地方）

ラトラト山道: タルガの家とラトラト山とドンツキ岬を結ぶ道。川を渡ると花園ある。
ミロンダ街道: ナナメ村と古い屋敷とアサヒ遺跡を結ぶ道。
ソピアナ街道: アクアリゾートとカナル遺跡とソルベラス山とシルバーフォールを結ぶ道。

自然・その他（オブリビア地方）

西の海: 主人公がナッパーズと対峙し最初に墜落する海。最深部には、虹の祭壇があり“虹の聖杯”を掲げると足場がせり上がって来て、ホウオウが降臨する。　
ドロップ島: 主人公が最初に漂流する島で、浜辺と高台で構成されている無人島。野生のポケモンの宝庫で、ウクレレピチューと出会う。ナッパーズ襲来でポケモンたちが誘拐される。空中要塞の復活共に攻撃を食らい崩壊するも、ブッカーたちの協力でポケモンたちは救出される。
ラプラスビーチ: ココナ村にあるビーチで野生のラプラスがいる。
サンゴの海: ナッパーズのダタフライが沈没した海。
チークの森: 野生のポケモンが生息している森で奥には、ヤスリの洞窟がある。
ヤスリの洞窟: ライコウを奉っている石碑があり、最深部は試練の間がある。
クルリの入江: ラプラスビーチとタルガの家を結ぶ入江。
タルガの家: 殉職のポケモンレンジャータルガが住む家でここを拠点にあらゆる任務をこなす。
ラトラト山: 頂上には無線基地がある。
無線基地: 施設内部は電気が流れている通路や狭い足場があり、危険場所である。ブルーアイがアンテナを破壊しようと計画したが、ライコウに邪魔されあっけなく終わる。
ドンツキ岬: 途中ある小屋の中には、レンジャーが移動の際に使っているムクホークがナッパーズによって収容されていた。
ブッガー大橋: ブッガーが創った橋でレインボ島とミロンダ島を結ぶ。ナッパーズが逃げる際に一度壊されるも、ブッガーが修理する。
サマヨイの森: 入った者が帰ってこないと噂されている森。野生のサマヨール生息しているため村の住民から恐れられている。奥には屋敷がある。
古い屋敷: 廃墟と化した大きな屋敷。最深部には大量の文献があり、「オブリビア地方の伝説」と呼ばれる本がある。
アサヒ遺跡: エンテイを奉った石碑がある。ブルーアイとパートナーの交換取引が行われた場所。
キケンな崖: ナナメ村の洞窟を抜けた所にある。崖崩れが頻繁にあり、人は近づこうしない。ブルーアイが使っていた潜水艦があった。
潜水艦: ナッパーズの秘密基地。クリアすると沈没する。
ファルデラ火山: 炎ポケモンがたくさん生息している。火山の噴火をすることもあるが、観光客も度々訪れる。頂上にはファイアーがいる。エキストラミッションでは、“ふんか”を覚えたヒードランが出現する。
カナル遺跡: 地底湖の奥には、スイクンを奉る石碑がある。
ソルベラス山: 雪山で頻繁に雪崩が発生している秘境。頂上にはフリーザーがいる。
シルバーフォール: ソピアナ街道の川を遡った所にある。
オブリビア遺跡: パネマとレイラが誘拐された遺跡で、伝説の鳥ポケモンについて書かれたものもある。エクストラミッションでは、ギラティナが出現する。
シクレレ遺跡: 小島にある小さな遺跡でラティアス、ラティオスが生息している。
ライウン山: ライウン島には、落雷が頻繁に発生しているため人が立ち入ることを許さない。頂上にはサンダーがいる。
東の海: 海の底には海底洞窟が広がり、深海部にはルギアがいる。
空中要塞: 大昔、鎧人によって創られた要塞でオブリビア支配を企らみ、勇者によって封印された。ティーパーティによって復活を告げ、最終的にはレンジャーにより沈没する。

ランセ地方

『ポケモン+ノブナガの野望』の舞台。17の国に分かれており、全体の地形がアルセウスに酷似している。

ハジメの国: 主人公をブショーリーダーとする国。ノーマルタイプと縁が深い。
カエンの国: ヒデヨシをブショーリーダーとする国。巨大な火山がある国。ほのおタイプと縁が深い。
アオバの国: モトナリをブショーリーダーとする国。木々が生い茂っており、草迷路がある。くさタイプと縁が深い。
イズミの国: モトチカをブショーリーダーとする国。水が豊富で、城からは滝のように水が流れ出ている。みずタイプと縁が深い。
シデンの国: ギンチヨをブショーリーダーとする国。発電システムを持ち、フィールドの床には電気が流れるなどしている。でんきタイプと縁が深い。
サナギの国: ヨシモトをブショーリーダーとする国。ししおどしが鳴ると、毬が飛んでくる仕掛けがある。むしタイプと縁が深い。
コブシの国: ヨシヒロをブショーリーダーとする国。リングとゴングが設置されている。かくとうタイプと縁が深い。
ゲンムの国: ケンシンをブショーリーダーとする国。城が空中に浮遊している。エスパータイプと縁が深い。
ダイチの国: シンゲンをブショーリーダーとする国。周りは広大な砂漠である。じめんタイプと縁が深い。
キガンの国: ウジヤスをブショーリーダーとする国。岩山に囲まれており、岩を用いた仕掛けがある。いわタイプと縁が深い。
ドクガの国: ネネをブショーリーダーとする国。フィールドに毒が設置される危険な国である。どくタイプと縁が深い。
ヤシャの国: コタロウをブショーリーダーとする国。暗雲に覆われ、洋館のような城が立っている。あくタイプと縁が深い。
ツバサの国: マサムネをブショーリーダーとする国。城は雲を突き抜けるほど高い。ひこうタイプと縁が深い。
フクツの国: イエヤスをブショーリーダーとする国。国は鋼で覆われており、歯車の仕掛けもある。はがねタイプと縁が深い。
ミタマの国: ノウヒメをブショーリーダーとする国。火の玉が飛びかい、ムウマの像があるなど不気味な国。ゴーストタイプと縁が深い。
フブキの国: ミツヒデをブショーリーダーとする国。巨大な氷山の上にある。こおりタイプと縁が深い。
リュウの国: ノブナガをブショーリーダーとする国。ランセ地方の北東に位置し、メインストーリーでは当初から幾つかの国を手中に収める強力な国。ドラゴンタイプと縁が深い。
むげんのとう: リュウの国に出現した塔で、アルセウスが住む。

ポケモン不思議のダンジョン青の救助隊・赤の救助隊

『ポケモン不思議のダンジョン青の救助隊・赤の救助隊』の舞台は、ポケモンだけが暮らす世界である。「ポケモンひろば」という町を築いて平和に暮らすポケモン、ダンジョンに潜んでいる野生ポケモン、秘境に隠れ住む伝説のポケモンなど、様々なポケモンがいる。元人間である主人公は、別の世界からこの世界へ迷いこんでしまった。

ポケモンひろば

救助基地: 主人公の救助隊の基地。ベッドでゲームのセーブができる。
ペリッパーの連絡所: 他のプレイヤーとのメールのやりとりを行う場所。前にある掲示板には救助の依頼が掲載される。
プクリンのともだちサークル: ともだちエリアを購入できる店。
カクレオン商店・カクレオン専門店: カクレオンの兄弟が営む店。左のカクレオンからは、きのみやタネなどが、右のカクレオンからは、ふしぎだまやわざマシンが買える。
ナマズンの池: ポケモンひろばの長老、ナマズンがいる池。クリア後には「ひかりのどうくつ」が出現し、条件を満たしたポケモンが入ると、そこで進化をすることができる。
ペルシアン銀行: ポケ（お金）を預けて、引き出せる施設。預けてあるポケは無くならない。また、ポケを預けても、利息は付かない。
ゴクリンのれんけつてん: 技の連結や分解をしたり、技を思い出したりできる施設。過去に忘れた技を思い出すことも可能。連結には150ポケが必要だが、技を思い出すのは無料。
マクノシタ訓練所: 様々なタイプのポケモンがいる部屋で修行をする事で経験値を稼ぎ、チームのレベルを上げられる施設。部屋ごとに生息するポケモンのタイプが決まっている。
ガルーラの倉庫: 道具を預けられる倉庫。全アイテムをそれぞれ999個まで預けられる（但し、しようごマシンは預けられない）。預けてある道具は絶対に無くならない。

冒険場所

エンディング前でも行けるダンジョン

ちいさなもり

最初に挑戦するダンジョン。敵が仲間にならない。

でんじはのどうくつ

初めて来た依頼で挑戦。クリア後にコイルが仲間になる。

ハガネやま

さらわれたディグダを取り戻すために挑んだ。ボスはエアームド。

あやしいもり

迷子になっているトランセルをどちらが先に助けられるかイジワルズと競争。最後にイジワルズがボスとして主人公の前に立ちはだかる。

ちんもくのたに

サンダーが眠っている谷。最後にダーテングが誘拐されてしまう。

ライメイのやま

誘拐されたダーテングを救うべく挑んだダンジョン。強敵が多く序盤の難関ともいえる。ボスはサンダー。

おおいなるきょうこく

頂上には予言者のネイティオがいる。

ぐんじょうのどうくつ

ゲンガーの陰謀によって、来ると災いが起こるキュウコン伝説の人間に仕立て上げられ、広場のポケモン達から逃げていた際に途中にあったダンジョン。

いわのよこあな

逃亡生活中に出現するダンジョン。ほのおのやまをクリアすると崩れて二度と入れなくなる。

ほのおのやま

逃亡生活ダンジョンその2。ボスのファイアー荒しに来たと勘違いされ襲われる。

じゅひょうのもり

逃亡生活ダンジョンその3、ボスはフリーザー。クリア後にアブソルが仲間になる。

ゆきのよこあな

逃亡生活中に出現するダンジョン。ひょうせつのれいほうをクリアすると崩れて二度と入れなくなる。

ひょうせつのれいほう

最後の逃亡生活ダンジョン。ここにいたキュウコンによって広場のポケモンの誤解が解ける。

さわぎのもり

マンキーが暴れていたため、ソーナノ達が救助依頼をして来た。終盤のダンジョンの割には簡単。

マグマのちてい

グラードンを静めに行って帰ってこなくなったフーディンを助けるために突入。ボスはグラードン。

ここの最下層のBGMは恐怖と緊張を煽り、とてもスリリングなBGMである。

てんくうのとう

レックウザに隕石の破壊をお願いしに向かった、本作のラストダンジョン。だがそのレックウザに荒しにきたと勘違いされて襲われ、ラスボスであるレックウザを倒すとEDになる。尚、BGMはかなり人気が高い。

とおぼえのもり

迷子になっているドーブルが依頼をして来た。

マクノシタくんれんじょ

マクノシタが運営する訓練所。以下の間が存在する。

ノーマルのま
ほのおのま
みずのま
くさのま
でんきのま
こおりのま
かくとうのま
じめんのま
ひこうのま
エスパーのま
どくのま
むしのま
いわのま
ゴーストのま
ドラゴンのま
あくのま
はがねのま
チームテングズ
チームカラミツキ
チームハイドロズ
チームゴロゴロ
きゅうじょたいのま

エンディング後に行けるダンジョン

たいようのどうくつ: ひでんマシン「なみのり」が拾える。また、鍵のかかった扉を開く「カギ」が多く拾える。
あらしのかいいき: ひでんマシン「ダイビング」をもらった後に行くことができる。ボスはカイオーガ。
ちていいせき: ミュウが生息している。ボスはレジアイス、レジロック、レジスチルの3体。
ほのおのだいち: 生息するポケモンのほとんどがほのおタイプである。ボスはエンテイ。
イナズマのだいち: でんきタイプのポケモンが多く生息する。ボスはライコウ。
きたかぜのだいち: みずタイプやこおりタイプのポケモンが多く生息する。ボスはスイクン。
はるかなるれいほう: Lv1ダンジョンの強敵が多い（このダンジョン自体はLv1ダンジョンではない）。ボスはホウオウ。
にしのどうくつ: ホウオウを仲間にすると行くことができるダンジョンで、レベルの高いポケモンが多く生息していて難易度も高め。ボスはミュウツー。
きたのさんみゃく: カクレオンの店から商品を盗んだラティオスが逃げ込んだ場所。最深部でボスとして戦うことになる。
ならくのたに: ラティアスが落ちてしまったダンジョン。B21F以降はプテラしか出なくなる。落とし穴がかなり多い。
ねがいのどうくつ: Lv1ダンジョンと呼ばれるダンジョン。Lv1ダンジョンとは、突入時にレベルが1になってしまうダンジョン（ダンジョンを出ると元に戻る）。本作に登場するLv1ダンジョン3つのうち難易度は控えめなほうであるが、それでもかなり難しい部類に入る。ボスはジラーチで、うたごえのいしを持った状態で倒すと複数の願いの中から1つを叶えてくれる。
やみのどうくつ: サーナイトの本体が封印されている。初回突入時はゲンガーと一緒に行動する。
きよらかなもり: Lv1ダンジョンであり、本作で最も難易度が高いダンジョンでもある。パラセクトやプテラなどといった強敵がずらりと並び、簡単にはクリアできない。80階以降はBGMが「マグマの地底最下層」になりプレイヤーの恐怖と緊張を煽る。クリア後にセレビィが仲間になる。
しあわせのとう: Lv1ダンジョン。非常に珍しいラッキーが生息している。本作中では2番目に難しいダンジョンで、能力が高い敵が絶え間なく出現するためねがいのどうくつとは比にならない難易度である。そのうえ、他のレベル1ダンジョンはクリアすると何らかの特典があるが、このダンジョンはクリアしても何も特典がないため、ラッキーを仲間にした後は実質上、探索をしても何もメリットがない。
ぎんのかいこう: フリーザー・サンダー・ファイヤーを仲間にするといくことができる海にもぐるダンジョン。ボスはルギア。
いんせきのどうくつ: ルギアを仲間にすることで行くことが出来るダンジョンで、ダンジョンに入ることが出来るポケモンは1匹のみ、持ち込める道具は3つまでと制約がある。アタック・ディフェンス・スピードのいずれかのフォルムに変身したダミーデオキシスを倒すことで次の階に進める。ボスはデオキシス（ノーマルフォルム）。
アンノーンのいせき: その名の通りアンノーンが出現するダンジョン。Ａ～Ｚと！、？の文字の形をしたアンノーンが生息する。
あんやいせき: ゴーストタイプのポケモンが多く生息する。
おおきなうみ: パールルを進化させるために必要な「しんかいのウロコ」と「しんかいのキバ」がある。
さいはてのうみ: このダンジョンでのみ入手できるわざマシン「すいへいぎり」と「しんくうぎり」が隠されている。
さばくちたい: 他のダンジョンより罠の数が多く、すなあらしが多く発生する。
たきつぼのいけ: このダンジョンにのみ登場するみずタイプのポケモンが多い。
ひりゅうのおか: ドラゴンタイプとひこうタイプのポケモンが多く生息する。ひでんマシン「そらをとぶ」が隠されている。
みなみのほらあな: じめんタイプのポケモンが多く生息する。
いへんのどうくつ: 特別なふしぎなメールを入力して出現するダンジョン。通常のプレイでは出現しない。; 出現する敵ポケモンは「ライメイのやま」と「ほのおのやま」と「じゅひょうのもり」を足した感じのメンバーである。
のこされたしま: 特別なふしぎなメールを入力して出現するダンジョン。通常のプレイでは出現しない。; 出現する敵ポケモンは「きたのさんみゃく」と「ならくのたに」を足した感じのメンバーである。また、B10F以降では壁の中に道具が埋まっていることがあり珍しいわざマシンを手に入れることができる。
げんそうかいきょう: 特別なふしぎなメールを入力して出現するダンジョン。通常のプレイでは出現しない。; 基本的には「ぎんのかいこう」のB30Fまでと同じダンジョンだが敵ポケモンのLvが若干上がっており食料やグミが出ないようになっている。また、ダイビングが無くても入ることができる。
ふしぎのうみ: 特別なふしぎなメールを入力して出現するダンジョン。通常のプレイでは出現しない。; 基本的には「あらしのかいいき」のB20Fまでと同じダンジョンだが敵ポケモンのLvが若干上がっており食料やグミが出ないようになっている。また、ダイビングが無くても入ることができる。

ポケモン不思議のダンジョン時の探検隊・闇の探検隊

トレジャータウン

ガルーラのそうこ: 冒険が失敗するとどうぐを失うことがあるが、この倉庫に預けておけば問題ない。ただし、前作と違い収容できる個数が制限されており、探検隊のランクアップとともに拡大されていく。依頼のお礼でもらえるどうぐはすべてこの倉庫に送られるが、いっぱいの場合は倉庫のどうぐを捨てるかあきらめるかしか選択肢がない。最大1000個収納可能。
ヨマワルぎんこう: ヨマワルが経営している銀行。いくら預けても利子は付かない。
エレキブルのれんけつてん: 技の連結を500ポケでエレキブルが行ってくれる。技を思い出させてくれるサービスは無料。
ネイティオかんていじょ: ダンジョン内で拾えるたからばこを一個につき150ポケで開けてくれる。
ラッキーのおせわや: お礼が???の依頼をクリアした際にもらえることがある「タマゴ」を一時的に預かり、孵るまで無料で世話をしてくれる。
グレッグルのトレードてん: たからばこの中から見つかることがある「せんようどうぐ」を150ポケの料金でトレジャータウンの近くにいる人のもっと珍しいどうぐとの交換を代行してくれる。
チリーンへんせいじょ: ダンジョンに連れて行くポケモンを選択・管理できる。ギルドの卒業後はリーダーの交代もできるようになる。ただし、街の中での様子は主人公＋パートナーで変わらない。
ガラガラどうじょう: 様々なタイプのポケモンがいる部屋で修行をする事で経験値を稼ぎ、チームのレベルを上げられる施設。部屋ごとに生息するポケモンのタイプが決まっている。

冒険場所（探検隊）

エンディング前でも行けるダンジョン（探検隊）

かいがんのどうくつ

トレジャータウンの近くにある、最も難易度が低い最初のダンジョン。水ポケモンが多い。ボスはドクローズ。

しめったいわば

水や岩のポケモンが多く現れる。バネブーの真珠を探すために潜入することになる。

トゲトゲやま

ニドリーナやドードーなど刺々しいポケモンの住処となっている。強敵が多くレベルをしっかり上げていないと苦戦を強いられる、序盤の難関とも言えるダンジョンである。盗賊が財宝を隠したという噂がある。ボスはスリープ。

たきつぼのどうくつ

滝の裏にある隠された洞窟。水場が多くて動きづらい。

リンゴのもり

アイテム「リンゴ」がとても多く落ちている森。虫や草タイプのポケモンの住処。奥には珍しいリンゴである「セカイイチ」のなる木がある。

えんがんのいわば

海沿いにある洞窟。ギルドの遠征で目的地へ行く途中に通ることになる。

ちいさなよこあな

「えんがんのいわば」の傍にあるアイテム補給用のダンジョン。

ツノやま

大陸を東西に分ける大山脈の一部。ギルドの遠征で目的地へ行く途中に通ることになる。

いわのよこあな

「ツノやま」の傍にあるアイテム補給用のダンジョン。

のうむのもり

いつも霧で覆われている、未開の森。奥には「きりのみずうみ」があり、そこなは珍しい宝が眠っているという。主人公の台詞からして過去の「くろのもり」だった可能性がある

もりのよこみち

「のうむのもり」の傍にあるアイテム補給用のダンジョン。

ねっすいのどうくつ

熱い水が吹き出す洞窟。ダンジョンを抜けた先には「きりのみずうみ」がある。湖にはユクシーがおり、時の歯車を守っている。ボスはグラードン(実はユクシーが創った幻)。訪れたものはユクシーに記憶を消されるため、誰も湖の存在を知らない。

エレキへいげん

電気ポケモンが棲む草原地帯。このダンジョンから「モンスターハウス」が出現する。ボスはルクシオとレントラー(空ではラクライとライボルト)。

きたのさばく

地面や岩タイプのポケモンが多い砂漠。奥地には「りゅうさのどうくつ」の入り口がある。

りゅうさのどうくつ

砂漠の奥の隠された洞窟。最深部にはエムリットがおり、時の歯車を守っている。

すいしょうのどうくつ

美しい宝石で溢れるきらびやかな洞窟。鋼タイプのポケモンが多い。

だいすいしょうのみち

「すいしょうのどうくつ」の奥底から入れる隠された通路。最深部には湖があり、アグノムが時の歯車を守っている。

くうかんのどうくつ

未来世界のダンジョン。深い谷の上にあり、どこもかしこも穴だらけ。穴の底は闇に溶け込んで見えない。空中を移動できる飛行タイプのポケモンが多い。

くらやみのおか

未来世界のダンジョン。1年中暗く、荒れ果てて岩だらの土地。ゴーストタイプのポケモンが多く登場する。

ふういんのいわば

未来世界のダンジョン。フォレトスやダイノーズなど防御力の高いポケモンが登場する。ボスはミカルゲ。

くろのもり

未来世界のダンジョン。いつでも黒い霧に覆われている。現代の「のうむのもり」が長い年月を経て変わり果てた成れのはてである。（ただしくろのもりは過去世界においてまぼろしのだいちの位置にあるため、場所の矛盾が生じる）セレビィが隠れ住んでいる。

もりのたかだい

未来世界のダンジョン。未来と現代を繋ぐ時の回廊が隠されている。

キザキのもり

現代の深い森。エスパーポケモンが多数現れる。時の歯車の1つが設置されている。

いそのどうくつ

海沿いにある深い洞窟。キングラーやトドゼルガなど強力な進化形水ポケモンが登場するため、危険な洞窟として有名。奥底にはラプラスの住処がある。ボスはカブトプスとオムスター。

まぼろしのだいち

神様が住むという伝説の大陸。島が丸ごと空中に浮かんでいるため、存在を確認できた者はほとんどいない。内部にはドラゴンタイプを初めとする強力な進化形ポケモンが棲息する森がある。島の奥の遺跡には「にじのいしぶね」と呼ばれる古代の飛行用の道具がある。ボスはヨノワールとヤミラミ。

じげんのとう

「まぼろしのだいち」の上空に浮かぶ塔。虹の石舟に乗ることによって行ける。ソルロック、ポリゴンZ、メタグロスといった生命感の無いポケモンが現れる。頂上にはストーリー上のラスボスであるディアルガが登場。

ガラガラどうじょう

ガラガラが運営する道場。さいごのまを除き以下の間が存在する。

ノーマルひこうのま
あくほのおのま
いわみずのま
くさのま
でんきはがねのま
こおりじめんのま
かくとうエスパーのま
どくむしのま
ドラゴンのま
ゴーストのま
たんけんたいのま

エンディング後に行けるダンジョン（探検隊）

しんぴのもり: ギルドの卒業試験が行われ。奥にある「ひかりのいずみ」ではポケモンの進化ができる。; ボスは悪の大魔王とその子分だが、実は正体はプクリンとギルドのポケモン達であり、みんなで一斉に襲い掛かりどれだけ弟子が成長したか試そうというものであった。プクリン達はボスの中でも屈指の強さであり、準備が整っていないと瞬殺される事も珍しくない。; 倒しても最後までシラを切り通した。
ゼロのしま: 南の海に浮かぶ孤島。4つの地方に分かれる。他のダンジョンに比べて難易度が桁違いに高く、深さも40〜99階まであるやりこみ系のダンジョンである。島に入る際に「道具持ち込み禁止」、「レベルが一時的に1になる」などの制約がかかる。他にはない貴重なアイテムが手に入る。
ゼロのしまほくぶ: 「ゼロのしま」の北部にある洞窟。階数こそ75階と多めだが、制限は「けいけんちが一切手に入らない」以外はなく、「ゼロのしま」では比較的簡単にクリアできる。ただしダンジョン内でグミなどを食べても地上に戻った時点で元に戻るので、あまり効果はない。
ゼロのしまとうぶ: 「ゼロのしま」の東部にある洞窟。階数は40階と標準レベルだが、トレジャーバッグの17個目以降の道具は自動的に外される上に、チームは全員レベル1になるため難易度は比較的高め。
ゼロのしませいぶ: 「ゼロのしま」の西部にある洞窟。階数はとうぶと同じく40階だが、どうぐは一切持ち込めない上にチームは全員レベル1になる。
ゼロのしまなんぶ: 「ゼロのしま」の南部にある洞窟。99階あり、道具・ポケが持ち込めなく、仲間も連れていけない・ダンジョン内で一切ならない上にリーダーのレベルが1に戻されるという、従来の不思議のダンジョンに準拠した制限がある。
ふぶきのしま: 氷タイプのポケモンが多く現れる極寒の島。島の奥には「クレバスのどうくつ」への入り口がある。
クレバスのどうくつ: 探検家ハッサムが捕らわれている洞窟。ボスはユキメノコ。
とざされたうみ: 厚い氷に覆われて入ることができなかった秘密の海域。最深部にマナフィの卵がある他、特定の条件を満たすことでルギアが現れる。
きせきのうみ: フィオネたちが暮らす海域。ここのフィオネ達は病気を治す薬を作ることが出来る。そして金もうけのためか、フィオネたちがギャラドスに襲われてしまう。ギャラドスはボスとして戦うことになるがあまり強くない。
ばんにんのどうくつ: アンノーンが棲息する古代の遺跡。各階層に石碑があり、そこに書いてあるヒントをもとに謎を解いて先に進む。ボスはレジロック・レジアイス・レジスチル・レジギガス。
かくされたいせき: 「ばんにんのどうくつ」の謎を解いたことによって現れた新たな遺跡。ここを攻略してもストーリーには影響しないが、珍しいアイテムを手に入れることができる。
しょぎょうのやま: Chapter-3で悪事の限りを尽くしたスリープが反省のためにこもっている山。
あくむのなか: ダークライの力でうなされているルリリの悪夢の中に入り込むダンジョン。夢の中ではあるが敵ポケモンやアイテムがあり、基本的な構造は他のダンジョンと同じ。壁や地面がサイケな紫色になっている。夢の中のためか、敵はプリンやエネコなど見た目のかわいいノーマルタイプのポケモンが多い。
そらのさけめ: 異空間への入り口といわれる場所。ボスはパルキア。
やみのかこう: 北の大陸の火山の中の洞窟。炎タイプのポケモンが多数登場する。ボスはダークライ。

隠されたダンジョン

「隠されたダンジョン」というのは正式名ではないが、ポケットモンスターの公式サイト"ポケモンだいすきクラブ"ではこの表記がなされているため、上記のように示す。隠されたダンジョンとはエンディング後のストーリーとは関係が無いダンジョンや、通常プレイでは出現しないダンジョンを表す。

かげろうのさばく: 7つの秘宝のうちの最初の宝「だいちのシンバル」が眠る砂漠。ダンジョンフロア数は10階と序盤並だが、出現ポケモンが曲者が多く、苦戦を強いられる。ボスはグラードン。
きょだいかざん: 7つの秘宝のうちの2番目の宝「ほのおのドラム」が眠る火山。「やみのかこう」から強い敵が数体消えたような感じのダンジョンで難易度は比較的簡単である。ボスはヒードラン。
そこなしうみ: 7つの秘宝のうちの3番目の宝「みずのハーモニカ」が眠る海溝。最深部は地下50階とかなり深い上に、強力な遠距離技に状態異常技を持つ敵が豊富で難易度はかなり高め。ボスはカイオーガ。
なだれやま: 7つの秘宝のうちの4番目の宝「こおりのフルート」が眠る雪山。「ふぶきのしま」と「クレバスのどうくつ」のポケモンを足した感じのダンジョンである。天気が敵ポケモンに有利なように傾くため、野生の氷ポケモンがパワーアップしやすく若干難易度が高い。ボスはフリーザー。
せかいのおおあな: 7つの秘宝のうちの5番目の宝「いわのメガホン」が眠る洞窟。出現ポケモンは「かくされたいせき」からカゲボウズが消えただけで後は全く同じ、難易度は至って普通である。ボスはギラティナ。
ミステリージャングル: 7つの秘宝のうちの6番目の宝「くさのラッパ」が眠る密林。「しんぴのもり」に少しポケモンを足した感じのダンジョンであり、難易度は低め。ボスはミュウ。
てんくうのかいだん: 7つの秘宝のうちの最後の宝「ひこうのピアニカ」が眠る天上世界。出現ポケモンは未来世界のポケモンが多い。ダンジョンの構造に出現する敵ポケモンが、前作のラストダンジョン「てんくうのとう」に酷似している。フロア数は50階とかなり多く、結構難易度が高い。ボスはレックウザ。
しずかなかわ: パッチールのカフェで新発見の報告もしくはドリンクを飲んだ後に出現するダンジョン。; みずタイプのポケモンが多数登場し天気が変わりやすい。
みどりのそうげん: パッチールのカフェで新発見の報告もしくはドリンクを飲んだ後に出現するダンジョン。; フロアは単純で敵も強くないのでソニックブームに注意すれば簡単にクリアできる。
ちいさなはらっぱ: パッチールのカフェで新発見の報告もしくはドリンクを飲んだ後に出現するダンジョン。; 簡単なダンジョンだがムクバードのがむしゃらだけは注意すること。
コロコロどうくつ: パッチールのカフェで新発見の報告もしくはドリンクを飲んだ後に出現するダンジョン。; エンディング前の以来ダンジョンでは最も難しく罠の数も多め。
オレンのもり: パッチールのカフェで新発見の報告もしくはドリンクを飲んだ後に出現するダンジョン。; オレンのみやピーピーマックスがよく落ちてる。
はてのみずうみ: パッチールのカフェで新発見の報告もしくはドリンクを飲んだ後に出現するダンジョン。; みずタイプのオンパレードであり更にニョロトノのほろびのうたがとても危険である。
あんやのもり: パッチールのカフェで新発見の報告もしくはドリンクを飲んだ後に出現するダンジョン。; 落とし穴が非常に多い。
みかいのこうや: パッチールのカフェで新発見の報告もしくはドリンクを飲んだ後に出現するダンジョン。; 発見されても名前はみかいのこうやのままである。天気が変わりやすいうえフロアも広く部屋が狭いので階段を見つけづらい。
しあわせみさき: パッチールのカフェで新発見の報告もしくはドリンクを飲んだ後に出現するダンジョン。; B1Fから暗く不意打ちを喰らいやすいためしあわせという名がついているが名前に惑わされてはダメである。
かがやきのおか: パッチールのカフェで新発見の報告もしくはドリンクを飲んだ後に出現するダンジョン。; 後半にいくほどアイテムが多くなるが天気をコロコロ変えてくるポワルンには注意しよう。
かぜのれいほう: パッチールのカフェで新発見の報告もしくはドリンクを飲んだ後に出現するダンジョン。; じめん・ゴースト・ひこうタイプのポケモンが多く生息する。
めいきゅうのどうくつ: アニメ版のポケモンダンジョンに登場した洞窟。アニメのストーリーを踏襲してゲームにも登場。通常プレイでは行くことはできず、パスワードかWi-fiの配信によって現れる。ボスはガバイト。2回目以降は倒すたびに「ガバイトのウロコ」が手に入る。
さいごのま: エンディングを迎えた後に自動的に登場。中にはポケモン不思議のダンジョンならではの掟破りな技を持ったポケモンが大量に出現する上、道具・ポケ持ち込み禁止という厳しい制約がかかる。いわゆるやりこみ系のダンジョン。

空の探検隊で追加されたダンジョン

友達救助は時・闇と共通なのでいずれも友達救助を使うことができない。

シェイミのさと: そらのいただきの麓にある幻のポケモンシェイミが暮らす小さな里。そらのいただきに登る者は必ずシェイミのさとから登ることになる。
そらのいただき: これまでたどり着くことが困難とされてきた非常に高い山。頂上には何やらすごいお宝が隠されているという噂がある。
ゼロのしまちゅうおうぶ: 「ゼロのしま」の中央部にある洞窟。階数は50階と標準レベルだが、トレジャーバッグの17個目以降の道具は自動的に外される上に、通常攻撃で罠を発見できずさらに敵のレベルが90以上なので難易度は非常に高い。
うんめいのとう: 大陸北部の島にあるアルセウスの形をした非常に高い塔。最上階にはじくうのオーブがあるとされる。しかし、このダンジョンの制限は非常に厳しくゼロの島南部の制限に加えてさらにかしこさ無効化、通常攻撃で罠を発見できない、ふっかつのタネが一切出現しないというもの。そのため、最上階まで登るのは非常に困難である。
ぼうきゃくのもり: 虫タイプ、草タイプのポケモンが多く生息する暗い森。しかし、道具は8個までしか持ち込めずさらに2匹までしか入れないという制限がかかる。いわゆるやりこみ系ダンジョン。
まのかいいき: 強力な進化系水ポケモンが登場する深くて危険な海域。しかし、道具は8個までしか持ち込めずさらに2匹までしか入れないという制限がかかる。いわゆるやりこみ系ダンジョン。
なんとうしょとう: 名前の通り南東にある島々。しかし、道具は8個までしか持ち込めずさらに仲間を連れていけないという制限がかかる。いわゆるやりこみ系ダンジョン。
れっかのどうくつ: 火山地帯にあり溶岩がたくさん流れこんでくる洞窟。しかし、道具は8個までしか持ち込めずさらに仲間を連れていけないという制限がかかる。いわゆるやりこみ系ダンジョン。
ほしのどうくつ: スペシャルエピソード1に登場するダンジョン。大昔からの言い伝えによって語り継がれてきなものなのでどこにあるのかは誰も知らない伝説の場所である。最深部にはジラーチが眠っているとされる。本編でもジラーチからの挑戦状を受け取ると出現する。ボスはジラーチ。
アンコクのもり: スペシャルエピソード2に登場するダンジョン。名前の通り中は薄暗く奥には怪物がいるという噂もある。
ひがしのほらあな: スペシャルエピソード2に登場するダンジョン。奥にはお宝があるが扉の奥にあるためお宝にたどり着くには奥の部屋で仕掛けを解いて扉を開ける必要がある。
ざいほうのいわば: スペシャルエピソード2に登場するダンジョン。奥には扉がある部屋があるがそれは罠で仕掛けを動かすと落とし穴に落とされてしまう。ボスはビークイン・バクオング・バクーダ・ネンドール・メガヤンマ・ダイノーズ。
げんせんのどうくつ: スペシャルエピソード3に登場するダンジョン。温泉地の近くにあり下の方には溶岩が流れている洞窟だが炎タイプのポケモンは生息していない。ボスはおたずねもののゴースト×3。
みなみのジャングル: スペシャルエピソード4に登場するダンジョン。名前の通り南にあるジャングルであり暑い。また、このジャングルを越えたところにきょだいがんせきぐんがある。
きょだいがんせきぐん: スペシャルエピソード4に登場するダンジョン。みなみのジャングルを越えたさきにある洞窟で奥には伝説の秘宝があるとされる。しかし、中は複雑な迷路になっておりこれまでも多くの探検家が挑戦してきたが伝説の秘宝にたどり着けた者はいない。ボスはボスゴドラとコドラ集団。
ひだりがわのほらあな: スペシャルエピソード4に登場するダンジョン。幻影の岩部屋の左側の入り口から続く道だが洞穴を抜けると元の場所に戻されてしまう。
みぎがわのほらあな: スペシャルエピソード4に登場するダンジョン。幻影の岩部屋の右側の入り口から続く道だが洞穴を抜けると元の場所に戻されてしまう。
だいしょうにゅうどう: スペシャルエピソード4に登場するダンジョン。幻影の岩部屋の2つの入り口の真ん中の壁の中を進んだ先にある鍾乳洞で最奥部には伝説の秘宝がある。ボスは盗賊団MAD（アーボック・マニューラ・ドラピオン）。
こかつのたに: スペシャルエピソード5に登場するダンジョン。ジュプトル達が未来世界に戻った時にたどり着いた場所で名前の通り枯渇して枯れ果てた谷である。ボスはヤミラミ×4。
くらがりのこうや: スペシャルエピソード5に登場するダンジョン。こかつのたにを抜けた先にある荒野で荒野を抜けた先にはじげんのとうがある。
くうかんのがんぺき: スペシャルエピソード5に登場するダンジョン。くろのしっちたいより続く岸壁であり岸壁の先にはひょうかいじまに渡るためのポリゴン達がいる。
くらやみのひょうざん: スペシャルエピソード5に登場するダンジョン。ひょうかいじまにある高い山であり時の回廊にたどり着くにはこの山を越えなければならない。ボスはマンムーとオニゴーリ×4。
ひょうちゅうのもり: スペシャルエピソード5に登場するダンジョン。激しく放電する氷柱で覆われた森なので慎重に進まないと感電してしまう。
だいひょうざん: スペシャルエピソード5に登場するダンジョン。ひょうかいじまにある氷山で頂上にはときのかいろうがある。ボスは闇のディアルガ。

ポケモン不思議のダンジョン冒険団シリーズ

拠点となる村

ポケモンビレッジ: 炎の冒険団の拠点となる村で溶岩地帯にある。
ポケモンビーチ: 嵐の冒険団の拠点となる村で砂浜にある。
ポケモンガーデン: 光の冒険団の拠点となる村で庭園にある。

村の施設

みずのみば: ダンジョンへの入り口の近くにある村の井戸。本作ではここでセーブすることができる。
いらいけいじばん: ヤドキング長老が建てた掲示板でさまざまな依頼が掲載されている。
カクレオンのおみせ: カクレオンが経営している商店。しかし、前作とは違い専門店はトリトドンが経営しているため、カクレオン専門店は存在しない。
ガルーラのそうこ: 冒険が失敗するとどうぐを失うことがあるが、この倉庫に預けておけば問題ない。ただし、前作と同様収容できる個数が制限されており、冒険団シリーズのソフト購入とともに拡大されていく。また、今作ではバッグの中身を登録し、登録したものを選ぶだけでセットとして一度に引き出せる「いつものセット」機能が存在する。依頼のお礼でもらえるどうぐはすべてこの倉庫に送られるが、いっぱいの場合は倉庫のどうぐを捨てるかあきらめるかしか選択肢がない。最大1000個収納可能。
ヨマワルぎんこう: ヨマワルが経営している銀行。いくら預けても利子は付かない。
トリトドンショップ: トリトドン夫婦が経営している店。妻（西の海）の方は前作のカクレオン専門店等と同じくわざマシン等を売っている。夫（東の海）の方はダンジョンで拾えるたからばこを100ポケで開けてくれるが妻の協力がないと開けることができない。
きあいやケッキング: わざを無料で思い出すことができる施設。気合いの入ったケッキングの「おきてますか－－－！？」を浴びることで思い出す。

冒険場所（冒険団）

エンディング前でも行けるダンジョン（炎の冒険団）

あやしのもり: 村の近くにある怪しい森。ツボツボはおいしい食べ物の噂に惑わされこのダンジョンに迷いこんだ。なお、5階には必ず大きなリンゴが落ちている。
ウキウキそうげん: 少し乾燥している草原地帯。ただし、奥の方は桜が咲き誇る森となっており2番目のダンジョンとしてはかなり長い。
ゆうやけのいわば: 夕焼けが美しい岩場。このダンジョンからポケモンタワーが解禁される。また、店と暗闇スポットが初登場する。
ぬまのたに: 沼地にあるジャングル。そのため、食料品はベトベタフードしか落ちていない。ダンジョンは6階と短いが6階は必ずすなあらしになる。
ルビーのみずうみ: 村から少し離れた場所にある天気が変わりやすい湖。モンスターハウスが初登場する。なお、条件を満たすと最深部にエムリットが出現する。
チョコレートやま: 頂上にはステキなたべものがあると噂されている山。しかし、これまでのダンジョンと比べると敵が強くなっているため険しいダンジョンである。
たからだにへのみち: 最深部には元気になるお宝が眠っているとされる深い谷。しかし、そこにたどり着くまでの道のりは長く険しいのでクリア前ダンジョンとしてはかなり難易度が高い。

エンディング前でも行けるダンジョン（嵐の冒険団）

あやしのおか: 村の近くにある怪しい岡。ツボツボはおいしい食べ物の噂に惑わされこのダンジョンに迷いこんだ。なお、5階には必ず大きなリンゴが落ちている。
ワクワクそうげん: さわやかな草原地帯。ただし、奥の方は寒い森となっており2番目のダンジョンとしてはかなり長い。
くもがくれのいわば: いつも曇っている岩場。このダンジョンからポケモンタワーが解禁される。また、店と暗闇スポットが初登場する。
おがわのもり: 近くに小川が流れている夜の森。ダンジョンは6階と短いが6階は必ずすなあらしになる。
ヒスイのみずうみ: 村から少し離れた場所にある天気が変わりやすい湖。モンスターハウスが初登場する。なお、条件を満たすと最深部にアグノムが出現する。
チョコレートじま: 頂上にはステキなたべものがあると噂されている島。しかし、これまでのダンジョンと比べると敵が強くなっているため険しいダンジョンである。
たからやまへのみち: 頂上には元気になるお宝が眠っているとされる高い山。しかし、そこにたどり着くまでの道のりは長く険しいのでクリア前ダンジョンとしてはかなり難易度が高い。

エンディング前でも行けるダンジョン（光の冒険団）

あやしのたに: 村の近くにある怪しい谷。ツボツボはおいしい食べ物の噂に惑わされこのダンジョンに迷いこんだ。なお、5階には必ず大きなリンゴが落ちている。
キラキラそうげん: 少し乾燥している草原地帯。ただし、奥の方は緑豊かな森となっており2番目のダンジョンとしてはかなり長い。
こもれびのいわば: 木漏れ日がやさしく照らす岩場。このダンジョンからポケモンタワーが解禁される。また、店と暗闇スポットが初登場する。
こおりのおか: 氷で覆われておりとても寒い岡。ダンジョンは6階と短いが6階は必ずすなあらしになる。
キララのみずうみ: 村から少し離れた場所にある天気が変わりやすい湖。モンスターハウスが初登場する。なお、条件を満たすと最深部にユクシーが出現する。
チョコレートづか: 頂上にはステキなたべものがあると噂されている山。しかし、これまでのダンジョンと比べると敵が強くなっているため険しいダンジョンである。
たからじまへのみち: 最奥部には元気になるお宝が眠っているとされる遠い島。しかし、そこにたどり着くまでの道のりは長く険しいのでクリア前ダンジョンとしてはかなり難易度が高い。

エンディング後に行けるダンジョン（炎の冒険団）

ほのおのさんがく: 炎の冒険団の初期メンバーとその進化系がメインに登場する山。ボスはグラードン。
さざなみのうみ: 暖かくて穏やかな海。ただし、ふしぎなゆかが出現しないことや落とし穴が出現することに注意する必要がある。
しんぴのへいげん: 神秘的なベールに包まれる平野。出現する敵の強さがバラバラで難易度の感覚が狂いやすい。ボスはファイヤー。
かいきなやま: 怪しげな雰囲気がある山。頂上に近づくにつれ敵が強くなり暗くなる。ボスはレジロック。伝説のゴーレムを全て仲間にした場合のみ隠しボスとしてレジギガスが出現する。
ひみつしょとう: 主に村にすんでいるポケモンの種族が登場する島。そのなかでも銀行を経営しているヨマワルがかなり厄介。ボスはミュウツー。
アンノーンビレッジ: アンノーンが大量発生するダンジョン。しかし、ダンジョンは草原と岩場で構成されているので遺跡ではない。
でんせつのかざんとう: 伝説の地とされる非常に高い火山。経験値が入らないという制限がかかるうえに敵が非常に強いためやりこみ系ダンジョンである。ボスはホウオウ。
さいごのれいほう: 従来の不思議のダンジョンシリーズに準拠した制限がかかるLv1ダンジョン。ただし、敵が仲間になる点と30階と短い点が相違点。

エンディング後に行けるダンジョン（嵐の冒険団）

あらしのしま: 嵐の冒険団の初期メンバーとその進化系がメインに登場する島。ボスはカイオーガ。
あらなみのうみ: 嵐に見舞われており波が荒い海。ただし、ふしぎなゆかが出現しないことや落とし穴が出現することに注意する必要がある。ボスはルギア。
しんぴのしつげん: 神秘的なベールに包まれる湿原。出現する敵の強さがバラバラで難易度の感覚が狂いやすい。
かいきないわば: 怪しげな雰囲気がある岩場。頂上に近づくにつれ敵が強くなり暗くなる。ボスはレジアイス。伝説のゴーレムを全て仲間にした場合のみ隠しボスとしてレジギガスが出現する。
ひみつこうげん: 主に村にすんでいるポケモンの種族が登場する地下高原。そのなかでも銀行を経営しているヨマワルがかなり厄介。ボスはミュウツー。
アンノーンリゾート: アンノーンが大量発生するダンジョン。しかし、ダンジョンは草原と岩場で構成されているので遺跡ではない。
でんせつのしっちたい: 伝説の地とされる非常に高い湿地帯。経験値が入らないという制限がかかるうえに敵が非常に強いためやりこみ系ダンジョンである。ボスはフリーザ。
さいごのことう: 従来の不思議のダンジョンシリーズに準拠した制限がかかるLv1ダンジョン。ただし、敵が仲間になる点と30階と短い点が相違点。

エンディング後に行けるダンジョン（光の冒険団）

ひかりのいただき: 光の冒険団の初期メンバーとその進化系がメインに登場する山。ボスはサンダー。
かぜなみのうみ: 深くて寒い海で8階までは氷の上を進むダンジョン。ふしぎなゆかが出現しないことや落とし穴が出現することに注意する必要がある。
しんぴのそうげん: 神秘的なベールに包まれる草原。出現する敵の強さがバラバラで難易度の感覚が狂いやすい。ボスはセレビィ。
かいきなもり: 怪しげな雰囲気がある森。頂上に近づくにつれ敵が強くなり暗くなる。ボスはレジスチル。伝説のゴーレムを全て仲間にした場合のみ隠しボスとしてレジギガスが出現する。
ひみつがんざん: 主に村にすんでいるポケモンの種族が登場する山。そのなかでも銀行を経営しているヨマワルがかなり厄介。ボスはミュウツー。
アンノーンガーデン: アンノーンが大量発生するダンジョン。しかし、ダンジョンは草原と岩場で構成されているので遺跡ではない。
でんせつのさんがく: 伝説の地とされる非常に高い山。経験値が入らないという制限がかかるうえに敵が非常に強いためやりこみ系ダンジョンである。ボスはレックウザ。
さいごのどうくつ: 従来の不思議のダンジョンシリーズに準拠した制限がかかるLv1ダンジョン。ただし、敵が仲間になる点と30階と短い点が相違点。

ポケモン不思議のダンジョンマグナゲートと∞迷宮

宿場町

カクレオン商店: カクレオンが経営している商店。
スワンナハウス: スワンナが経営している宿。
ハコわりや: ダンジョン内で敵が落とすたからばこを150ポケで開けてくれる施設。
ギフトショップ: 必要な道具とポケを持っていくとポケモンを仲間にすることができるギフトを作ってくれる施設。
金塊ゴールドゴージャス: きんかいを555ポケと換金したりアイテムと交換することができる施設。
DLCコーナー: 追加コンテンツを購入することができる施設。
あずかりボックス: 前作までの倉庫と銀行を統合した施設。冒険が失敗するとどうぐやポケを失うことがあるが、この箱に預けておけば問題ない。また、「便利なセット」機能がついており決められた道具セットがまとめて引き出すことができる。

ポケモンパラダイス

ドテッコツ組: ポケモンパラダイスで土地を開拓したり施設を建てるときに手伝ってくれる大工。また、施設を一定数建てるごとに腕前が上がる。
すれちがいポスト: ふっかつのタネを入れておくことですれちがい通信により他のプレイヤーを救助することができるポスト。
ヌオー管理所: ダンジョンに連れて行くポケモンを選択・管理できる。世界のへそクリア後はリーダーの交代もできるようになる。ただし、町やパラダイスの中での様子は主人公＋パートナーで変わらない。また、カクレオン商店のように道具も販売している。
ズルッグわざっぐ: 技を無料で思い出すことができる施設。
Vルーレット: ルーレットを回して当たりがでるとその日のVウェーブを変えることができる施設。
マリルリのおしごと掲示板: 前作までの依頼掲示板に該当する施設。ただし、今作では1日に1つの依頼しか受けることができなくなっている。
きのみダネ: きのみとタネの専門店。
ふしぎだまショップ: ふしぎだまの専門店。
セレクトショップ: 店主が好き勝手に選んだ商品を売っている店。品揃えや値段は毎日変わりさらに一定日数たつと閉店セールがはじまりその後閉店していまう。
そうこ★スッキリ: あずかりボックスの中の余った道具を商品と交換してくれる施設。
くじびきてん: スピードくじ、スクラッチくじ、けんしょうくじが楽しむことができる施設。
わきみちあんない: 不思議のダンジョンにある脇道についての情報を教えてくれる施設。また、グレードアップすることで脇道に入るのに必要な道具を買うことができるようになる。
ミュージックパラダイス: ポケモンパラダイスに好きな音楽を流すことができる施設。ただし、他の施設とは違いパラダイスに出現したメロエッタに話しかけないと建設できない。
ツンベアーホッケー: 氷上で次々出てくるパックを弾いてゴールに落としハイスコアを目指すミニゲームを遊ぶことができる施設。
おたからサルベージ: 水の中に浮かぶお宝を潜りながら拾い集めるミニゲームを遊ぶことができる施設。
はたけ: きのみやタネを植えておくと、数日後に植えたきのみやタネを収穫できる施設。
どうじょう: ポケモンがわざを修行して技のレベルを上げるための施設。
ほりあてや: パラダイスに一定確率で出現するモグリューにポケを払うことでパラダイスの土地を掘ってもらうことができる。道具やダンジョンが出現することもある。

冒険場所（マグナゲート）

エンディング前でも行けるダンジョン（マグナゲート）

でこぼこ山: 主人公の落下地点から街道の交差点までの間の橋が壊れた場所にあるダンジョン。なお、2回目以降の挑戦では進行方向が逆になる。
石の洞窟: 最深部に水色の石がたくさん落ちている洞窟。ドテッコツの親方に頼まれて取りに行くことになる。
カゲロウ峠: 水色の石を奪ったズルッグを追いかけて取り返すために行くことになるダンジョン。洞窟に入ったり出たりしながら登っていく。ボスはズルッグとドテッコツ。
トントン山: ノコッチを探しに行くことになるダンジョン。西の丘、東の丘で道を塞いでいる丸太を川に流さないと先に進むことができない。
荒れ果て谷: コマタナと一緒にでかけたノコッチを追いに行くことになるダンジョン。ボスはコマタナ・デンチュラ・フシデ。
林の横穴: 林の横にある洞窟。
山あいの小道: 山の麓にある小さな道。
シキサイの森: 迷子になったクルマユを探しに行くことになる深い森。3階と6階は出口が3箇所あり1階の出口に咲いていた花と同じ色の出口から出ないと1階に戻されてしまう。
スズカゼ草原: そよ風が気持ちいい草原。世界のへそクリア後は8階にランドロスが出現する。
ゆうわくの戻り道: ゆうわくの戻り道という名前だが1階に戻されてしまう仕掛けは存在しないので戻り道というのは見かけ倒しである。
ドウコクの谷: エーフィを追いかけるために行くことになるダンジョン。ボスはブニャットとドクロッグ。
地脈のはざま: 大氷河に向かうためブラッキーとエーフィが作ったエンターカードで起こしたマグナゲートの先にあるダンジョン。コジョフーやメグロコなど嫌らしい技を使う敵が多い。
大氷河: 大陸の北にあるとても広い氷河。一番奥にはグレッシャーパレスの入った氷山が存在する。
氷の地下道: 大氷河のクレバスから氷河方面に進むために起こしたマグナゲートの先にあるダンジョン。他の敵ポケモンの姿に変身するゾロアに注意すること。
グレッシャーパレス: 頂上には氷触体がある氷の塔。この時点では頂上まで登ることができないが途中でフリズムを入手することができグレッシャーパレスに来てくれたお礼にキュレムが貴重な道具をくれる。ボスはゴルーグとフリージオ。
赤土の大地: 土が赤くとても乾燥した大地。
東のサバンナ: 大陸の東の方に存在するサバンナ。
ゲノウエア間道: ムンナを助けるために起こしたマグナゲートの先にあるダンジョン。なお、このダンジョン以降モンスターハウスが出現する。
闇夜の森: いつも夜でとても暗い森。ムンナを追いかけるために来ることになる。
あかつきの山岳: パートナーと別れてしまったあとにパートナーを追いかけるために来ることになるダンジョン。ボスはドクロッグ・シャンデラ・ギガイアス
イエローキャニオン: 渓谷地帯にあるダンジョン。このダンジョン以降ポケモンパラダイスに戻るまでサザンドラと一緒に行動することになる。
カレカレ草原: 風穴の丘に向かうために行くことになるダンジョン。なお、ストーリーに関係するダンジョンでは一番長いダンジョンである。
風穴の丘: パートナーを助けるために登ることになる丘。
カエン砂漠: ポケモンパラダイスに帰還するために越えなければならない砂漠。
ささやきの木立: さわやかな木がまばらに生えているダンジョン。
凍える柱: 柱が凍るほど非常に寒い地方にあるダンジョン。
北風の岸辺: 北風が吹いており寒い浜辺。一部フロアでは天気があられになる。
キャニオン・ボトム: 乾燥した大地の渓谷地帯にあるダンジョン。
シアンの迷い道: 浮上したグレッシャーパレスに向かうために起こしたマグナゲートの先にあるダンジョン。ボスはボーマンダとシャンデラ。
グレッシャーパレス東の塔: 浮上したグレッシャーパレスの下層部。ボスはブニャットとドリュウズ。
グレッシャーパレス西の塔: 浮上したグレッシャーパレスの中層部。ボスはムンナ・ドクロッグ・シャンデラ・ギガイアス。
グレッシャーパレス大結晶の塔: 浮上したグレッシャーパレスの上層部。ボスはキュレムと氷触体。

エンディング後に行けるダンジョン（マグナゲート）

世界のへそ: 最深部に宇宙律の丘がある洞窟。主人公をポケモンの世界に戻さない限りストーリーが終了しない。
静かなツンドラ: 大氷河の近くにあるツンドラ。氷・電気・虫タイプのポケモンが多く生息する。
夢見の島: 海のなかに浮かぶ小さな島。水・飛行・悪タイプのポケモンが多く生息する。
月光の森: 闇夜の森の近くにある月光で照らされた森。草・毒・格闘タイプのポケモンが多く生息する。
てつさび山: 鉄が錆びるようなガスが発生している山。ノーマル・岩・鋼タイプのポケモンが多く生息する。
ならくの大口: 底が見えないほど深い谷。ドラゴン・エスパー・悪タイプのポケモンが多く生息する。なお、一撃必殺技を使う敵ポケモンに注意すること。
大ケムリ山: 火山の中にあるダンジョン。炎・地面・ゴースト・エスパータイプのポケモンが多く生息する。
幻想の砂丘: 砂漠地帯にあるダンジョン。
最果てのみさき: 他のダンジョンとは違いお腹が減るダンジョン。
眠りの氷穴: とても深い氷の洞窟。99階あるうえレベル5からスタートする。
かえらずの地: 一度行ったものは2度と帰ってこないと言われる伝説の土地。99階あり、道具・ポケが持ち込めなく、仲間も連れていけない・ダンジョン内で一切ならない上にリーダーのレベルが5に戻されるという、従来の不思議のダンジョンに準拠した制限がある。

特殊な条件でのみ行けるダンジョン

宝探しの穴: ポケモンパラダイスのほりあてやにてダンジョンと繋がった場合にのみ入れるダンジョン。その時のパラダイスの地形によってダンジョンの地形とBGMが変わる。ただし、レベル5スタート、おたすけ通信できないという制限がかかる。
黄金の間: クリア前ダンジョンで迷い混むことによってのみ入れるダンジョン。お金をたくさん稼ぐことができる。
黄金の間深部: クリア後ダンジョンで迷い混むことによってのみ入れるダンジョン。お金をたくさん稼ぐことができるほかレアなポケモンを仲間にすることもできる。
地図に無い道: クリア後ダンジョンで迷い混むことによってのみ入れるダンジョン。どのダンジョンから迷い混むかによって海岸地形・草原地形・火山地形のいずれかになる。

有料DLCダンジョン

ポケの森: 2012年11月23日から配信されたダンジョン。当初は無料だったが、2013年1月1日以降150円と有料になった。ポケやきんかいがよく落ちており稼ぎには最適なダンジョンである。
つたつたパーク: 2012年11月23日から150円で購入できるダンジョン。主に草タイプのポケモンが生息している。
みじゅいろビーチ: 2012年11月23日から150円で購入できるダンジョン。主に水タイプのポケモンが生息している。
ぴかぴかランド: 2012年11月23日から150円で購入できるダンジョン。主に電気タイプのポケモンが生息している。
キバキバロック: 2012年12月7日から150円で購入できるダンジョン。主にドラゴンタイプのポケモンが生息している。
ぽかぽかマウンテン: 2013年1月11日から150円で購入できるダンジョン。主に炎タイプのポケモンが生息している。
修行の山: 2012年11月23日から200円で購入できるダンジョン。わざれんスイッチが多くかなり技が成長しやすくなっている。
スキル・トレジャー: 2012年11月23日から200円で購入できるダンジョン。他のダンジョンよりも敵ポケモンがたからばこを落とす確率が高い。
スイーツ・ロード: 2013年1月11日から200円で購入できるダンジョン。専用道具であるドーナツや一部のダンジョンで必要となるりんごが落ちていることがある。
カクレオンのバザー: 2012年12月7日から200円で購入できるダンジョン。他のダンジョンよりも店が出やすくなっている。
最強の山道: 2012年12月7日から250円で購入できるダンジョン。60階と他のダンジョンよりも長いうえ敵ポケモンのLv.も非常に高いためかなり難しい。
究極の荒野: 2013年1月11日から300円で購入できるダンジョン。99階あり、道具・ポケが持ち込めなく、仲間も連れていけない・ダンジョン内で一切ならない上にリーダーのレベルが5に戻されるという、従来の不思議のダンジョンに準拠した制限がある。また、かえらずの地の上位互換でありこちらでは1階から敵ポケモンがスキルを発動してくるので注意が必要である。

ポケモン超不思議のダンジョン

各大陸に存在する町

おだやか村: 水の大陸に存在する村であり、記憶をなくした主人公がコノハナに連れられたどり着く場所。

ワイワイタウン: 同じく水の大陸に存在する町。活発な町で日々たくさんのポケモンたちが行き来している。

パラムタウン: 風の大陸に存在する町。ポケモン調査団のアーケンが主人公とパートナーのためになけなしのお金で買ってくれたチケットがたまたまパラムタウン行きのチケットであったために、主人公とパートナーが初めて訪れた別大陸の町となる。なお、風の大陸は救助隊シリーズの大陸がベースとなっている。

カピンタウン: 草の大陸に存在する町。なお、草の大陸は探検隊シリーズの大陸がベースとなっている。

ノエタウン: 霧の大陸に存在する町。なお、霧の大陸はマグナゲートの大陸がベースとなっている。

ラムルタウン: 砂の大陸に存在する町。なお、砂の大陸は冒険団シリーズの大陸がベースとなっている。

町・村の施設

カクレオン商店: カクレオンが経営している商店。今作では他の大陸に行けるようになるとラプラス大陸便のパスポートが売られるようになりつながりオーブでカクレオンと仲間になると掘り出し物が売られるようになる。
あずかりボックス: 倉庫と銀行を統合した施設。冒険が失敗するとどうぐやポケを失うことがあるが、この箱に預けておけば問題ない。また、「便利なセット」機能がついており決められた道具セットがまとめて引き出すことができる。
ルチャブルのわざカクトウーッ！: 技を無料で思い出すことができる施設。その他にもおしえる（教え技）を教わったりルチャメダルを使うことでポケモンの特性を変更することができる。
ガルーラのポケモンカフェ: 依頼達成時の報酬を受け取ることができる施設。また、様々なポケモンの溜まり場であり一部の依頼はここで受注することもできる。
クレッフィのカギあけ店: ダンジョン内で敵が落とすたからばこを150ポケもしくは300ポケで開けてくれる施設。また、つながりオーブでクレッフィと仲間になるとまとめて開けることもできる。
デスカーンのゴールドゴージャス: きんかいを550ポケと換金したりアイテムと交換することができる施設。また、つながりオーブでデスカーンと仲間になると掘り出し物と交換することができるようになる。
ニャースシアター: ニャースが用意した特別なダンジョンに挑戦しその様子を撮影することができる施設。撮影した映像はインターネットを通じて公開することができる。
ラプラス大陸便: パスポートを見せることによって他の大陸まで行くことができる海上交通機関。

冒険場所（超）

ストーリーに関係あるダンジョン

ジョバンとうげ: 主人公が目をさました地点からおだやか村までの間にあるチュートリアルダンジョンその1。コノハナが操作説明してくれる。
シンリョクの森: 主人公が目をさました地点からおだやか村までの間にあるチュートリアルダンジョンその2。コノハナが操作説明してくれるが2階以降は自由行動である。
こわそうな森: 薄暗くて不気味な感じの森。ヌメラを助けるために行くことになった。
モグリュー炭鉱: モグリューが仕事をしている炭鉱。モグリュー達は侵入者を追い払おうとする。ボスはカバイト。
学校うらの森: おだやか学校の裏にある森でおだやか学校が課外授業で使用している。奥にあるフラッグを取れば授業をクリアしたことになる。
キララ山: おだやか学校がリングルとラピスの使い方を教え、演習させるために使用しているダンジョン。
カンロ草原: スピアーやミツハニーといった蜂ポケモンが生息するダンジョン。だが、ハチミツ作りの時期は気が立っており危険である。ボスはスピアーとミツハニー。
ニョロボンリバー: ニョロボン達の縄張りとなっている川。デンリュウを探すために行くことになる。ボスはニョロボンとニョロモ。
いにしえの骨跡: 死んだポケモンが行くとされる場所。このダンジョンにチョボマキとヤンチャムが引きずり込まれたため救出することになる。ボスはギラティナ。
キリタッタ山脈: おだやか村からワイワイタウンに初めて向かうときに通ることになる山脈。
なだらかな洞窟: おだやか村からワイワイタウンに初めて向かうときに通ることになる洞窟。
神秘の森: 風の大陸にあるダンジョン。風の大陸から帰るときに石化したポケモンの話を聞かされたため行くことになった。
炎の島の火山: 七不思議の海にあるダンジョン。ポケモン調査団の遠足で行くことになる。ほのおタイプのポケモンが多く生息する。ボスはブーバー・ブーバーン・エンテイ。
決戦ヶ岳: エンテイを石化させようとする犯人を追いかけるために行くことになる。ビブラーバのじしんなど危険な技を使うポケモンも登場する。
テンケイ山: 頂上には封印の泉がある山。そのため村の聖域とされており許可がないと頂上までたどり着くことができない。
ならくの荒野: 虚無の世界にあるダンジョン。奥には古代の足形文字で書かれた部屋が存在する。
シンエン洞窟: 虚無の世界にあるダンジョン。メタモンが道具に化けていることがあるため道具を取るときは注意すること。
静かな岩場: 虚無の世界にあるダンジョン。ボスは虚無の影。
地天の山: 虚無の世界にあるダンジョン。頂上には虚無の世界と地上を繋ぐ希望の扉が存在する。ボスは虚無の影・メガゲンガー・メガバンギラス。
海中洞窟: 海の中を進んでいく洞窟。この洞窟の奥には古代移籍がある。また、強力なみずタイプのポケモンが生息している。
古代遺跡: 海底よりも更に地下深い場所にある古代遺跡。ここの最深部には特別な部屋がありそこで石化したポケモンは虚無の世界の最深部まで落とされてしまう。
はじまりの森への道: 生命の木があるはじまりの森へと続く道。ボスはイベルタル・コノハナ・オーベム。
生命の木はこびの千本根: 生命の木の下層部。むし・くさ・ひこうタイプのポケモンが生息する。
生命の木かがやきの幹: 生命の木の上層部。みず・エスパー・フェアリータイプのポケモンが生息する。ボスはダークマター。
せいれいの砂丘: 砂の大陸にあるダンジョン。いわ・ほのおタイプのポケモンが多く生息する。奥地にはネイティオがいるため会いに行くことになる。
ミステリージャングル: 草の大陸にあるダンジョン。どくタイプのポケモンが多く生息する。奥地にはミュウが生息している。
じょうかの洞窟: エスパー・ひこう・ドラゴンタイプのポケモンが多く生息する洞窟。ここにミュウがさらわれたため行くことになりクリアするとパートナーが復帰する。

水の大陸のダンジョン

修行の洞窟
リーフ高原
水源の空洞
ロンシャン洞窟
ひなたぼっこの庭
アヤカシ山の小道
エレキ荒野
滝つぼの裏側
にぎわいの谷
ちかいの丘
コロコロ峠
迷宮の草原
あばれるダンジョン
あたらし山脈
ストンフィールド
おかしな原っぱ
ちょこっと平原

風の大陸のダンジョン

決断の泉
ザラザラトンネル
フシギ平原
小さな砂丘
きのみの森
超リンゴの森
キヨラ渓谷
月あかりの洞窟
樹氷階段
セカイツリー
幽霊島
イエローポイント
レッドポイント
試練の岩山
おくりの森

草の大陸のダンジョン

いばらの影道
海奥のトンネル
アッカの岩場
聖なる跡地
かくれ洞窟
ハートレイク
かれ葉の道
ひだまりの丘
なかよし草原
すずなり峠
しのびの洞穴
結晶石の迷路
プチキャニオン
らせんふうろう
巨大石の草原
まっさら原っぱ
ブルーポイント
三角神殿
天空遺跡
ドラゴンゲート
マグマの地下道
ゼロの島
フリーダム海岸

霧の大陸のダンジョン

悟りの湖
オーロラの果て
白夜の渓谷
ようせいの森
岩どこの洞窟
凍結の山
バケッチャの森
氷の滝
ヌメリしつげん
地下遺跡
クリアレイク
孤高の島
いん石の跡地
すばらし岬

砂の大陸のダンジョン

終の峠
化石木の山
黄砂の迷い道
カラッカ草原
マジックホール
サララ砂漠
秘密の採掘所
穴ぼこ草原
スノーケーブ
砂の洞窟
ジュエルロード
化石の町
光の島
謎の地上絵
金の対部屋

七不思議の海のダンジョン

虹のかけ橋
海のほこら
氷の祭だん
雨の海流
海底遺跡
嵐の島

謎の大陸のダンジョン

怪光の湖
導きの遺跡
運命の塔

ニャースシアターのダンジョン

ニャーとのそうぐう
ムウマの休日
荒野のガントル
カサブニャンカ
ニャンダフルな人生

その他の地域

ホワイトシティ: 『ポケモンスタジアム2』及び『ポケモンスタジアム金銀』の舞台。ポケモンバトルを行う「スタジアム」を中心に「ジムリーダーのしろ」「GBビル」「チビッコクラブ」などの施設が立ち並ぶ。『2』と『金銀』で姿形が大きく変化しているが、どちらもスタジアムを中心とした町並みである。スタジアム及びジムリーダーのしろを制覇すると『2』ではミュウツー、『金銀』ではライバルが現れ、それらに勝利すると敵が強化された「うら」モードとなりホワイトシティの背景も『2』では夜、『金銀』では夕方に変化する。
ポケトピア: 『ポケモンバトルレボリューション』の舞台となる島。「ポケモントレーナーならだれでも一度は訪れたいと思うテーマーパーク」とされる^[3]。ポケモンバトル用のコロシアムが10種類ある。
ポケモンアイランド: 『ポケモンスナップ』の舞台となる島。ポケモンだけが住んでいる無人島であり、オーキド博士の研究対象になっている。
ポケモンカードGBの舞台: 『ポケモンカードGB』の舞台となる島。正式名称は不明。メダルを集めグランドマスターに勝利すると伝説のカードが手に入るという噂が流れている。野生のポケモンは存在せず、施設も研究所や8つのカードクラブが点在するのみとなっている。『ポケモンカードGB2』ではGR団という組織が登場している
ポケモン・アイランド: 『ポケモンダッシュ』の舞台となる島。ポケモンたちがレースを行う「ポケモンダッシュ・グランプリ」が開催されている。同名の島がポケモンスナップにも登場しているが、関係は不明。
ハツカタウン: 『ポケモンチャンネル〜ピカチュウといっしょ!〜』の舞台となる地域^[4]。「トキワのもり」という名称の森が登場するが周辺の地図はカントー地方とは大きく異なっており、森・湖・海などがある自然豊かな地域となっている。; 『ピカチュウげんきでちゅう』にもハツカタウンと共通した地名（スオウじま等）が登場しているが、ハツカタウンという名称は登場していない。
ポケパーク: 『ポケパークWii 〜ピカチュウの大冒険〜』『ポケパーク2 〜Beyond the World〜』の舞台。人間はおらずポケモンのみが生息している。各地域は「ゾーン」（ポケーパークWii）「エリア」（ポケパーク2）として分割されており、それぞれの地域にアトラクションが設置されている。ポケパークWiiとポケパーク2では大幅に地図が変化しており、登場するポケモンにも変化が見られる。
ウィッシュパーク: 『ポケパーク2 〜Beyond the World〜』に登場。ダークライが創りだした世界で、ウィッシュパークに来たポケモンは幸せな気分に洗脳されてしまう。
夢のはざま: 『ポケモンARサーチャー』に登場する夢と現実の間の空間。バーネット博士が研究をしている。ゆめぐもというエネルギー体が浮遊しており、ビームを当てることでゆめだまやポケモンに変換ができる。れいじゅうフォルムのボルトロス、トルネロス、ランドロスが生息している。
フェルム地方: 『ポッ拳 POKKÉN TOURNAMENT』の舞台となる地方。共鳴石を用いた独自のポケモンバトルが行われている^[5]。

脚注

[脚注の使い方]

^ ^a ^b どちらの島も公式サイトや劇中のナレーションでは『デコロラ諸島のとある島』と呼称されている
^ N.O.M 2003年11月号開発スタッフインタビューより
^ 説明書より
^ ハツカタウンという名称はポケモンチャンネル内の地図で確認できる
^ “ポッ拳とは｜「ポッ拳 POKKÉN TOURNAMENT」”. ポケットモンスターオフィシャルサイト. 2015年12月17日閲覧。

この項目は、コンピュータゲームに関連した書きかけの項目です。この項目を加筆・訂正などしてくださる協力者を求めています（P:コンピュータゲーム/PJ:コンピュータゲーム）。

[dekorora-1] どちらの島も公式サイトや劇中のナレーションでは『デコロラ諸島のとある島』と呼称されている

[2] N.O.M 2003年11月号開発スタッフインタビューより

[3] 説明書より

[4] ハツカタウンという名称はポケモンチャンネル内の地図で確認できる

[Pokkenstone-5] “ポッ拳とは｜「ポッ拳 POKKÉN TOURNAMENT」”. ポケットモンスターオフィシャルサイト. 2015年12月17日閲覧。

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

カントー地方

ジョウト地方

ホウエン地方

シンオウ地方

イッシュ地方

カロス地方

デコロラ諸島