悪の組織・勢力 (ポケットモンスターSPECIAL)

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悪の組織・勢力(あくのそしき・せいりょく)では、漫画『ポケットモンスターSPECIAL』に登場する悪の組織・勢力を紹介する。

ロケット団

第1章・第2章・第3章・第5章・第9章と、作中においても幅広く活動する悪の組織。第1章ではカントー全土で暗躍し、各地で奪ったポケモンにバイオ実験を施した上でトキワの森に放ち、いずれはカントー全てのポケモンを手中に収めようとしていた。

組織名の「ROCKET」は、「Raid On the City, Knock out, Evil Tusks.」(「町々を襲いつくせ、撃ちのめせ、悪の牙達よ」)というサカキの言葉に由来する。

首領

サカキ
ロケット団の首領。首領の名に恥じぬ知力・体力を兼ね備えた実力者で部下からの信頼も厚く、敵対する人物にもその力量と人格に尊敬の念を抱く者がいるほど。首領としての高い誇りを持ち、レッドに全力の一騎打ちを挑み、自らの敗北を認める潔さもある。ポケモン使いとして「トレーナー自身のスピードやパワー、そして力量」こそが重要であると考えており、秒単位での戦いを可能とする。作中でモンスターボールの「開閉スイッチ」に着目した初の人物でもある。
出身はトキワシティ。先代のジムリーダーでもあり、最強と評されている。別名「大地のサカキ」。その2つ名の通り、手持ちのほとんどがじめんタイプである。また専門タイプ以外の扱いにも優れ、特に故郷で捕まえたスピアーには深い愛着を持っている。
第1章でマチスとキョウを打ち破ったレッドに興味を抱き、化石発掘をしていると偽ってレッドと一時的に行動をともにしていた。その後トキワジムにやってきたレッドに正体を明かし、彼の実力や性格を的確に評価し自らの部下に欲しいと勧誘した上で、レッドの挑戦を受ける。トレーナーとしての圧倒的な実力でレッドを追い詰めるが、故郷を悪事に利用されて怒りに満ちたピカに敗れ、行方不明となる。第2章ではカンナに氷漬けにされていたレッドを助け、スオウ島での決戦でイエローに加勢した後は、マチスとナツメに自分たちのジムに戻るようにと告げ、修行の旅を続けた。
それ以降姿をくらましていたが、第4章のエピローグで二つの宝珠を回収し、第5章でロケット団を再結成。三獣士を引き連れナナシマでデオキシスを捕獲し、昔ホウオウに誘拐されて生き別れになった息子・シルバーの行方を追う。数年前から体を病み自分には時間がもう残されていないことを悟り、命が尽きる前にシルバーに会いたいと考えていた。また、デオキシスを従えて「挑戦者」としてレッドに戦いを挑んだ。レッドとの戦いの後は病の影響もあり、シルバーのリングマと共に彼の隠れ家に運ばれた。
シルバーが石化から元に戻り三か月の時間を経て隠れ家を訪れる間に消息を絶ち、リングマを手持ちの一員として行動させていた。第9章のシント遺跡にてロケット団四将軍と戦う息子たちの前に、ワタル、ヤナギと共に現れる。リングマと共にギラティナとの戦いを優位に進め、最終的には中隊長とセレビィから渡された薬で病を完治させ、ロケット団の再興を宣言する。その際にシルバーも誘うが、「いつかロケット団を壊滅させ、サカキを改心させる」というシルバーの決意を聞き、笑みを浮かべながらその場を去った。また、自らの息子を誘拐したヤナギのことを許している様子だった。
2011年に行われた公式サイトの人気投票では図鑑所有者を除けば1位である(全体では14位)。
レッドとのジム戦で登場したポケモンについては、ジムリーダーの「サカキ」の項を参照。
それ以外の手持ちポケモン
ボスゴドラ
技:"かわらわり"
クロバット
特性:せいしんりょく
技:"そらをとぶ"

初代三幹部

第1章より登場し、カントーのジムリーダーであるマチス・キョウ・ナツメの3人がこの地位にいた。ただし幹部というよりは、三獣士と同じくサカキ直属の親衛隊的な存在であった。それぞれが中隊を率いている。

ナナシマでの事件やアルセウスを巡る事件にて連絡を取っている描写が今のところないが、キョウはカントー四天王戦以降ロケット団を抜け、残る2名はジム業務をこなしながら別任務で動いている。

マチス、ナツメ
ジムリーダーの項目を参照。
キョウ

中隊長

第1章〜第3章に登場した、自称「ロケット団エリート」。全員漫画オリジナルキャラクター。三幹部率いるそれぞれの中隊で、したっぱ達の指揮を執る前線指揮官的な存在。また、三幹部がジムリーダーである為、それぞれの中隊長は、その幹部と同じタイプのポケモンを使う。首の白いスカーフがトレードマーク。 初期はそれなりに強敵として描かれ、伝説のポケモンの捕獲を任される等の重役も務めている。第2章ではマチスの命令で行動していたり、第3章では「仮面の男」側についたりするなど、ロケット団自体に忠誠を誓っている様子。章が進むごとにやられ役になり、第5章にいたってはモブ程度の出番しかなくなっている。第5章ではサキの回想シーンでデオキシスの輸送を担当したが、輸送中にその内の1体である「個体・弐」を逃がしてしまう。

第9章ではサカキの命令によりウバメの森でセレビィ及び祠の警備を任され、最終的にサカキが完治した際は「ようやく任務が成功した」と喜んだ。名前は第1章連載当時の学年誌編集部の担当編集者達から取られている。

ケン
タマムシシティにやってきたロケット団。ロケット団の邪魔をする者は少女であっても容赦はしない。外見は他のロケット団のメンバー達と外見に違いがあり、黒髪が特徴。
ミュウの捕獲、並びにミュウツーの開発を担当しており、ミュウを捕まえるために必要なディスクをブルーが盗んだため、ブルーを探しついに見つけて苦戦しつつもブルーからディスクを取り返し、ケンタロスにブルーを攻撃させようとするがレッドに妨害される。その後は一端、研究場所に戻るがディスクが偽物だと分かり怒りのままにまたブルー達を探し、今度はブルーのメタちゃんが変身したミュウに引きつけられ、メタちゃんに怪我を負わせブルーを見つける。ミュウを捕獲するためレッド・ブルー・ミュウに襲撃をするが、ミュウに返り討ちにされる。
第2章では他の中隊長と共にイエローの乗っていた船に登場し、マチス中隊の中隊長である事が判明した。
手持ちポケモン
ケンタロス
野生の時は群れのリーダーであったため、尻尾を鳴らすことで、複数のポケモンを操ることができる。
ルージュラ
タマムシで登場したロケット団と共にレッド・ブルー・ミュウを襲撃する。
ビリリダマ
マルマイン
エレキッド
特性:せいでんき
オクタン
特性:スナイパー
技:"オクタンほう"・"れいとうビーム"
マネネ
技:"まねっこ"
ハリー
ふたご島にやってきたロケット団。外見は他のロケット団のメンバー達と外見に違いがあり、長いのを思わせる髪と長いスカーフが特徴。フリーザーの捕獲を担当しており、ふたご島に来たのもその為である。
レッドと出会い対決し、レッドのギャラの暴走もあってのことだがレッド達を苦しめる。だがギャラドスを守ろうと決意したレッドのポケモン達にベトベトンが攻撃され、レッド達を助けようとしたフリーザーに邪魔をされ最終的に逃げられる。
第2章では他の中隊長と共にイエローの乗っていた船に登場し、キョウ中隊の中隊長である事が判明した。
第3章ではスイクンを追う上でミナキと戦うが、ミナキのポケモン奇術の前に敗れる。
手持ちポケモン
ベトベトン
ふたご島で登場したロケット団と共にレッドと対決し、暴走したギャラにまとわりつくも、レッドのポケモン達に攻撃され、フリーザーに氷づけにされる。
アーボ
マタドガス
特性:ふゆう
イトマル
特性:むしのしらせ
技:"いとをはく"・"クモのす"
スコルピ
技:"つぼをつく"
リョウ
グレン島にやってきたロケット団。裏切り者のカツラに容赦なく制裁を加えたり、レッドを人質にとる等、冷酷な性格。金髪が特徴でもみあげの下部分がはねている。
カツラのポケモンを見つけた際に、傍にいた人影をカツラだと思って近づいたがそれがレッドだったため対面する。レッドを始末しようとしたが、カツラが現れレッドを人質に取るもレッドのギャラの暴走によって失敗した。ロケット団がセキエイ高原で捕獲したファイヤーを使用して有利な状況となり、ファイヤーの空中戦でカツラとギャラを圧倒するが、プテラを復元したレッドが戻ってきて状況が逆転しグレン島を退却する。
後にナツメの所まで行き、なにかしらの報告をしている。シルフカンパニーにも登場し、ハリーと共に見張りをしていたが、ナツメに変装したブルーに騙されて共々に下の階へ行ってしまった。
第2章では他の中隊長と共にイエローの乗った船に登場し、ナツメ中隊の中隊長である事が判明した。
手持ちポケモン
ゲンガー
特性:ふゆう
技:"ナイトヘッド"
ヤドン
技:"ねんりき"
スリーパー
技:"すりかえ"・"ヨガのポーズ"
第2章では"ヨガのポーズ"を使い、中隊長3人を浮遊させていた。
キリンリキ
技:"サイコウェーブ"

三獣士

第5章に登場。漫画オリジナルキャラクター。復活したロケット団の機密部隊で、ジムリーダーとしても活動する三幹部に代わるサカキの新たな親衛隊。部下からは「大隊長」と呼ばれており、ジムリーダーや四天王メンバーに匹敵する実力者ばかりである。

サキ
三獣士の紅一点で、リーダー格。正体はデオキシスを狙って潜入してきたギンガ団員・Saque
モデルは「ポケモンカードゲーム拡張パック ロケット団の逆襲」収録のサポートカード『ロケット団の幹部』に描かれている女性。
オウカ
三獣士の一人。モデルはフランケンシュタイン。語尾に「〜だな」を付けて話す。
屈強な体格に反してのんびり屋の上、可愛らしいポケモンを好み、耐久力や変化に富んだ技を活かした持久戦が得意。ハネッコやツボツボを大量に所持しており、バトルでは集団戦法で相手を追い詰める。
家族というものに思い入れがあるようである。「全ての生き物は家族」と広言するが、その言葉とは裏腹に罪もない一般市民を痛めつけたりしていた。
チャクラに飛行艇を乗っ取られてしまい、振り落とされる。その後の生死や行方は不明。
手持ちポケモン
ハネッコ(複数)
ゴンドラのような乗り物を宙に浮かべ、オウカを運ぶ。
ツボツボ
特性:がんじょう
技:"がまん"・"どくどく"・"まきつく"
野生のツボツボに指示を出す。
ワタッコ
風に乗って世界を一周し、相手に「どく」「まひ」「ねむり」の効果を与える綿毛を身につけた。
チャクラ
三獣士の一人。語尾に「〜じゃん」「〜ですから」をつけて喋る騒々しい少年だが、ロケット団でも随一のプログラミングテクニックを持つ。主にはがねタイプのポケモンを使用する。洞窟にいたポケモンに暴力を振るったり、自分のフォレトスを捨て駒の様に扱う等、冷酷な性格。
サカキから、ロケット団次期首領は三獣士の中から選出すると言われており、それを期待していた。しかし、デオキシス捕獲の目的が息子であるシルバー(=次期首領)の捜索だと知り、約束を反故にされたことに怒り反旗を翻した末、サキとオウカを倒した後逃亡した。
第9章で再登場。3年間かけてロケット団を再興させ自ら首領の座につこうとしたが、「サカキの意志を継ぐ者が指揮を執るのがロケット団」として四将軍によって阻止される。その後は牢獄に閉じ込められていたが、シルバーに変装したラムダの姿を見て、その顔がサカキの息子である事に気付く。
初登場時に乗っていたマシンは、「ポケモンカードゲーム拡張パック ロケット団の逆襲」収録の『逆転!マジックハンド』に描かれているマシンと同じデザイン。
手持ちポケモン
ハガネール
技:"アイアンテール"・"りゅうのいぶき"
フォレトス♂♀(複数)
特性:がんじょう
技:"だいばくはつ"
時限爆弾として荒い扱いを受けていた。
エアームド
技:"そらをとぶ"
一時手持ち
キングラー
ゴルバット
ニューラ
上記3匹はレッド、グリーンの奇襲用に「いてだきの洞窟」で捕まえたが、カンナのパルシェンに倒された。

四将軍

第9章に登場。ロケット団の中でも首領であるサカキに次いで権限を持った4人の最高幹部であり、いずれもその地位に見合う実力の持ち主。私利私欲の目的でチャクラが再興させかけていたロケット団の指揮権を奪いとり、アルセウスを入手してサカキを迎え入れるべく、行動を開始する。

事件終結後は、ロケット団の再興を宣言したサカキや部下達と共に去っていった。

アポロ
四将軍の一人。最高幹部の中では実質的なリーダー格であり、指揮官としての能力も高い。
性格は非常に厳格であり、たとえ自らと同じ4将軍であったとしても、失敗は絶対に許さない為、他の四将軍からは一目置かれると同時に内心では恐れられている。担当する役割はアルセウスそのものを見つけ出すこと。
サカキに対しては狂気染みた忠誠心を抱いており、「サカキ様あってこそのロケット団である」と考えている程。アルセウスに、ディアルガパルキアギラティナの3体も加えた最強の軍団を作り上げた際には号泣しながら狂喜乱舞し、更には「ロケット団のものは、サカキ様のものであり、私のもの!」と叫ぶなど、殆ど正気を失いはじめ、遂にはサカキが自分の意に反する行動に出たショックから、彼を見限ってアルセウスを捕獲しようとしたが、軽くあしらわれてしまう。
事件終結後は、部下の一人に担がれながら、ロケット団の再興を宣言したサカキ達と共に去っていった。
手持ちポケモン
ヘルガー
ラムダの回想で使用。プレートを奪われるという重大なミスをしでかしたラムダへの懲罰を行っている。
クロバット
技:"そらをとぶ"
アテナ
四将軍の紅一点。常に扇子を持っている、貴婦人のような口調の中年女性。
ゲーム版と比べて、若干ふくよかな体系をしている。
四将軍屈指の武闘派であり、担当する役割は邪魔者をあらゆる手段で排除すること。高飛車な性格で狡猾な作戦を好み、図鑑所有者達を泳がせて最終的にアルセウスを横取りする作戦も、高笑いしながら歓迎している。
38番道路でロケット団のプライドを保つため、シルバーとクリスを襲撃する。サカキに対する忠誠心は、アポロやランスと同様に強く、アルセウスによってディアルガ・パルキア・ギラティナが誕生した際には、歓喜の涙を流してハンカチで拭いていたが、アポロの行き過ぎた精神までは受け入れられなかった模様。
手持ちポケモン
アーボック
技:″どくばり″・″へびにらみ″
海中や地中を通ってシルバーとクリスを追っていた。苦手なじめんタイプの技もものともしない耐久力を持つ。
クサイハナ
苦手なほのおタイプの攻撃を耐えきる打たれ強さを持つ。
ヤミカラス
技:"そらをとぶ"
ラフレシア
ランス
四将軍の一人。常に敬語で話し、表情を変える事は殆ど無いが、最高幹部の一人だけあってロケット団やサカキへの忠誠心は強く、その為ならば手段も選ばない。
アルセウスに関する情報を入手すべく、合理的な調査と分析でシント遺跡の場所を調査している。自身に与えられた役割を確実にこなす為、他の団員の任務やその失敗等にはあまり関心を示そうとはしない。
手持ちポケモン
ズバット
技:"そらをとぶ"
ラムダ
四将軍の一人。変装を得意とし、ベルトにつけたメイク道具で数秒のうちにどんな顔にも変わることができる。
ワタルを襲撃した際、イエローに変装して彼の動揺を呼び、手傷を負わせる。プレートを探す役割を担う。また、四将軍の中では最も立場が低いようで、他の3人とは違いサカキへの忠誠心は薄い。
手持ちのドガースをうずまき島に送り込み、「こぶしのプレート」を奪おうとするがシルバーの妨害に会い失敗。その後、プレートを取り返すためサファリゾーンでシルバーとミナキを襲撃するが、逆に自分が持っていた「もうどくプレート」と「だいちのプレート」を奪われ、勝ち目がないとみて逃走。帰還後、プレートを3枚も奪われた事を知ったアポロに容赦の無い折檻を受けるも、敢えて泳がせてプレートを集めさせると言い包めて、その場は許しを得る。
その後、牢獄に捕らえていたチャクラから、偶然にもシルバーがサカキの息子だという情報を入手。それを利用してサカキの帰還後にアポロ達を失脚させて自らが№2の地位を得ようと目論んだが、シント遺跡でサカキ直々に叩きのめされ、失敗に終わる。アルセウスが去った後もツクシに変装して逃亡しようとしたがまたも失敗している。
手持ちポケモン
ドガース(複数)
特性:ふゆう
トレーナーであるラムダの指示を受けずに行動することも可能。ガスを使った戦法を得意とする。
ラッタ
技:″ひっさつまえば″
ドガースのガスの中を移動し、奇襲を仕掛けるのが得意。
ゴルバット
技:″エアカッター″・"したでなめる"・"そらをとぶ"
飛行要員。

その他

カツラ
グレンタウンのジムリーダー。第1章では、ロケット団の科学者として登場した。カスミのギャラドスやイーブイを実験材料にしたり、ミュウツーを作り出したが、ポケモンを守ろうとするレッドの行動を見て考えを改め、ロケット団から抜けた。
ジムリーダーの項目を参照。
r(アール)
第5章に登場するコンピュータ。「7の島」のトレーナータワーにある。
意思を持ち、喋る事が可能であるが、プログラミングをチャクラが担当した為に言動が下品。究極技等一部例外を除き殆どのポケモンの攻撃を無効化するシールドを完備している。
女性部隊
第9章に登場し、四将軍を中心とするロケット団に所属する、女性団員だけで構成された部隊。両耳にピアスをつけている4人の女性団員は隊長格にあたり、中隊長格であるケン・ハリー・リョウ達への態度からも、彼らと同格か、或いはそれ以上の地位にいる。
四将軍の支持を無視して勝手な行動をとっている中隊長達を裏切り者と疑って詰め寄り、そこにセレビィまで現れた事で、彼らがセレビィを使って謀反を起こそうとしていると、揉み合いになる。しかしその後、セレビィの調合した薬によって回復したサカキがロケット団再興を宣言した為、四将軍や中隊長格と共にサカキへついて行き、去っていった。
使用ポケモン
オタチ
オオタチ

四天王

第2章で登場する悪役。選ばれたトレーナーとポケモンのみの「理想郷」を作ることを目的とし、そのために、ポケモンに害をなす人類を滅ぼそうとしている。

「仮面の男」一味

第3章に登場する悪役。瓦解したロケット団の残党をまとめ、暗躍した。

仮面の男(マスク・オブ・アイス)
サカキの失踪により分裂したロケット団を再結成し、そのボスとして君臨した金・銀編における黒幕。ウバメの森で彼と対峙したゴールドの活躍により、その正体がジムリーダーのひとりである事を突き止めている。正体はチョウジジムリーダーのヤナギであり、巨大な氷人形と車椅子を合体させて氷の身体とし、白い仮面と黒マントで正体を隠している。
ポケモンバトルの実力は作中の登場人物たちの中でも飛び抜けて高く、伝説のポケモンたちですら圧倒する程。戦闘ではそれに加え、氷の身体を自在に操った肉弾戦も行う。ヤナギ曰く、空気中の水分を利用し氷の凝固と融解を繰り返すことで動かしており、ヤナギ本人やポケモンが居なくても、またヤナギの意志が無くても動く。また氷人形をモールス信号による遠隔操作で操り、それによってポケモンに指示を出すことも可能。本人は杖に内蔵された特注品のポケギアより監視する。所持する氷ポケモンの作り出す氷は勝手に水分凝固を繰り返し、伝説のポケモン・エンテイの、もしくは同じ特別な性質をもつ炎でなければ溶かすことはできない。
自身の野望を叶える為、捕獲したホウオウの選んだ「トレーナーとしての能力の高い子供たち」を誘拐し、「マスクド・チルドレン」として訓練を施していた(ブルーとシルバーもその一員)。
手持ちポケモン
くさ・エスパータイプのセレビィ捕獲のために用意したポケモン。
デリバード
技:"ずつき"・"そらをとぶ"・"ふぶき"・"プレゼント"
移動用にして主戦力。いかりのみずうみでは湖面を凍らせ、湖のギャラドス全てを撃退する実力を持つ。
ゴース
特性:ふゆう
技:"シャドーボール"・"のろい"
アリアドス
技:"いとをはく"・"クモのす"
デルビル
技:"アイアンテール"・"かえんほうしゃ"・"かみつく"・"ほえる"
吠えることで野生のデルビルを呼び集め、複数による"ほえる"で相手の体の自由を奪う戦法を得意とする。
イツキ・カリン
自らの能力を発揮する為に志願して「マスクド・チルドレン」になった2人。詳しくは四天王の項目を参照。
シャム
「マスクド・チルドレン」の1人で、「仮面の男」の下、新生ロケット団の幹部となる。「仮面の男」に対して絶対的な忠誠心を抱いている。
第3章での年齢は23歳。ジムリーダー対抗戦の会場でゴールド、クリスと「本気」で戦うが敗れ、意味深な発言をしていた。
モデルは『金・銀・クリスタル』のロケット団の幹部(女性)。なお、初登場時と再登場時では性格が大幅に変わっている。
手持ちポケモン
ヤドキング
技:"いびき"
ニャースペルシアン×3
技:"ひっかく"・"ほえる"
幼少期から連れているポケモンの内の数匹。仮面の男のデルビルと同じく、"ほえる"によって相手の動きを封じることが可能。
カーツ
「マスクド・チルドレン」の1人で、シャムのパートナー。「仮面の男」の下、新生ロケット団の幹部となり、「仮面の男」に忠誠を誓っている。
第3章での年齢は26歳で、チルドレンたちの中では最年長。エンジュシティを襲うが、ゴールドとシルバーによって阻止される。その後ジムリーダー対抗戦の会場でゴールド・クリスと「本気」で戦うが敗れる。
モデルは『金・銀・クリスタル』のロケット団の幹部(男性)。
手持ちポケモン
マグカルゴ
技:"ねごと"
デルビルヘルガー×3
技:"ひのこ"・"ほえる"
幼少期から連れているポケモンの内の数匹。仮面の男のデルビルと同じく、"ほえる"によって相手の動きを封じることが可能。
イノムー
特性:どんかん
技:"いわくだき"・"とっしん"
エンジュシティを壊滅させるほどの地震を引き起こした。

マグマ団

第4章に登場する悪の組織。特定のアジトは持たず、頭領三頭火と呼ばれる幹部以外はっきりとした階級も存在しない等、アクア団に比べて奔放な面が目立つが逆に実体が掴み難いと言う一面を持つ。

マグマ団員の装束の頭についている角はライターになっていて、記憶の炎を発して情報を得たり、紙にあぶりだしにすることで絵に現すことができる。

第13章では新生マグマ団が登場し、ヒガナの下で新生アクア団と協力体制を敷く。

頭領

マツブサ
マグマ団の頭領で、グラードンを操って陸地を増やそうと画策する。自由奔放で豪胆な性格で、トレーナーとしての腕前は高い。部下には細かい指示を出すことはなくなりゆきにまかせ、思うがまま暴れまわさせている。
潜水艇の特別起動部品を手に入れたアオギリに一時共闘を持ちかけ、海底洞窟に到達。さらにホカゲが手に入れた宝珠でグラードンを制御しようとするも宝珠の力に呑まれ、正気を失ってしまう。ルビー達によってグラードンが再び眠りにつくと邪魔者を全て排除した上で、再度グラードンとカイオーガを衝突させるためアオギリと結託し襲い掛かるもルビーとサファイアによって劣勢になるとミクリのエアカーを奪い、逃走を図る。しかし、プラスルとマイナンが放った電撃で動きを止められさらにセレビィにより宝珠を奪われた。
その後ギンガ団に所属していたサキによって助け出され、「瞬の剣」と「永の鎧」を手に入れる為にアオギリと対決、その後の生死は不明と思われていたが、第13章の第10話にて再登場した。ゲーム版『オメガルビー・アルファサファイア』に準拠した姿であり、キーストーンをはめたメガメガネをかける。第11話ではホカゲとシズクが見る限り全くの別人に見えたらしい。第12話では赤と青の2つの宝珠が2匹を操るだけでなく2匹の体内に取り込むことで原始回帰することを説明した。なお、第13章の彼がこの世界のマツブサか別次元のマツブサなのかは今のところ不明であるが、星の壊滅から救うため「あの領域」から戻ってきたらしい。ゲンシグラードンに"だんがいのつるぎ"を習得させるため流星の滝で修行を積む。
なお、初登場時(16巻)と再登場時(18巻)ではキャラクターデザインが大幅に変更されている。
手持ちポケモン
バクーダ♂←→メガバクーダ
特性:マグマのよろい←→ちからずく
技:"オーバーヒート"・"ふんか"
第13章ではメガシンカする。メガシンカしたブルーのカメちゃんと戦い敗れた。
オオスバメ
特性:こんじょう
ヘルガー(複数)

三火頭

カガリ
マグマ団「三頭火」の紅一点。よくフーセンガムを膨らませている。
ポケモンバトルでは小細工を使わず、主にキュウコンの火力でひたすら焼き尽くす戦法を好む。きのみに詳しく、その特性を生かした戦法も得意であり、手袋にはきのみの汁等の液体を噴射する機能が付いている。
かつてポケモンコンテストに出場していた過去を持ち、グリーンの姉であるナナミと共にコンテストに出ている描写がある。マグマ団の目的そのものには興味が無く、マグマ団に入ったのはただ暴れたいという理由からだった。
カナシダトンネルの戦いではルビーに敗れたうえに、キュウコンの"ほのおのうず"によって、逆に自身の制服を燃やしてしまう。以降ルビーに興味を持ち、ルビーとその父・センリのことを調べ上げていた。(この時にトクサネの宇宙センターを襲撃したことが、第5章の事件の発端となる。)
ツツジとの戦いでは民宿の客達を人質にとり、勝利する。グラードンとカイオーガが目覚め、ホウエン地方が壊滅に追い込まれていく現状を見て、自分達もアクア団もやり過ぎたと感じ、最終決戦ではルビーと共にグラードン・カイオーガの静止に挑む。
最終決戦では、藍色の珠の反作用によって制服の左部分が裂け、カナシダトンネルの事件の時よりも、より露出が目立っている。目覚めの祠が崩れる際、ルビーを庇い、記憶のライターをガムの風船に乗せてルビーに届けて一度命を落としたが、ルビーが連れていたセレビィの力で生き返る。
事件収束後は、再びコンテストに出場する決意をし、去っていった。なお、彼女の記憶のライターはルビーが持ち続けている。
読者からの人気は高く、第1回公式人気投票では11位にランクインした。
手持ちポケモン
ロコンキュウコン
特性:もらいび
技:"かえんほうしゃ"・"しっぽをふる"・"はかいこうせん"・"ほのおのうず"
コンテスト時代からの手持ち。9本の尻尾から、同時に9発の火球を撃つことができる。
オオスバメ
特性:こんじょう
使ったきのみの汁
  • マトマのみ
非常に辛い汁。すてられ船でサファイアの目を潰した。
  • ザロクのみ+ネコブのみ
粘性の高い天然の接着剤。カナシダトンネルでルビーの拉致に使った。
  • タポルのみ+ロメのみ
ウツドンの体液と混ぜた特殊な溶解液。民宿のふすまを溶かし、客に向けてツツジを脅迫した。
  • サンのみ+スターのみ
フーセンガムの強度と浮力を上げる特殊液。
ホムラ
三頭火の1人。わかめっ毛の長髪に、割れた顎が特徴の筋肉質な男。炎のパワーを生かした豪快な戦法を好むが、その一方でコータスの煙で相手を状態異常にさせる等、テクニカルな面も持ち合わせている。悪の組織に属しているものの、人情味がある面も持ち合わせている。
カガリと共にすてられ船へ探知機を探しに来ていた。えんとつやまの事件では、アスナと協力して休火山と化したえんとつやまの火口に炎を撃ち込み、一時的ながら火山活動を復活させた。ミクリとの交戦中に藍色の宝珠に触れた影響で一時的に我を失い暴れまわるが、後からやってきたダイゴに倒されて正気に戻った。
ホウエンの大事件が解決した後、フエン温泉に足を運ぶ姿が見られる。
同名のキャラはゲーム版にも登場するが、容姿は大きく異なる。
手持ちポケモン
コータス
特性:しろいけむり
技:"あくび"・"ねっぷう"
特殊な煙を出して、相手を眠らせることが可能。
オオスバメ
特性:こんじょう
ホカゲ
三頭火の1人。片目の隠れた髪型が特徴。ゲームには登場しない漫画オリジナルキャラクターである。カガリとは付き合いが長いらしい。
マグマッグの炎熱で幻覚を見せることができ、バトルではこれを生かして相手を搦手で追い込む戦法を得意とする(「ホカゲ」の通り名は、この戦法が「火の影」を意味することから付けられた)。また潜水艇を操縦したり探知機の調整を自力で手がける等、高い技術力も有している。
送り火山に行きトクサネジムリーダーのフウとランを幻覚で押さえ込み、紅色の宝珠と藍色の宝珠を奪った。トウキとの戦いでは幻覚で苦しめるもトウキの猛攻によって引き分けになる。
組織崩壊後、ロケット団が宝珠の欠片を拾うところを目撃する。4年間一般人(服装はキャンプファイヤー)の中に身をひそめ、探知機で宝珠の行方を確認していた。宝珠の欠片を手に入れる為にアクア団のアジトで同じ境遇のシズクと手を組む。
手持ちポケモン
マグマッグ×2
特性:ほのおのからだ 性格:れいせい
オオスバメ
特性:こんじょう
アーマルド
特性:カブトアーマー

その他

したっぱ達
フードを被った男女たち。大半はマツブサと共に海底洞窟に向かったが、大事件後の消息は不明。
手持ちポケモン
サンドパン
マグカルゴ
ドンメル
カゲボウズ
タツベイ

新生マグマ団

ホムラ
ホムラの名を襲名した、新生マグマ団の幹部。細目で肥満体。
イズミとともにデボンコーポレーションで研究員として働いていた過去を持つ。現在のデボンの方針には不満を抱いている。
カガリ
カガリの名を襲名した、新生マグマ団の幹部。小柄な少女の容姿。性格や喋り方はゲーム版同様で一人称は「ボク」。
手持ちポケモン
ドンメル

アクア団

第4章に登場する悪の組織。表向きは自然保護団体を装っている。マグマ団とは対照的に明確な縦割り構造組織になっており、総帥を筆頭に、SSS(Subleaders of Sea Schemeの頭文字。「海の組織の統率者たち」の意味。スリーエスと呼称)と呼ばれる幹部が存在する。

自分たちの悪事が露見した場合、容赦なくその目撃者を抹殺しようとする。また、ミナモシティ沖に大規模なアジトを有する。メンバー全員が、階級に関係なく敬語で喋る。SSSの各メンバーの現在の安否は不明。


第13章では新生アクア団が登場し、ヒガナの下で新生マグマ団と協力体制を敷く。

総帥

アオギリ
アクア団の総帥で、カイオーガを操って海を増やそうと目論む。部下に細かく指示を出し、ホウエン地方のテレビ局の局長に就任して報道統制を行う等計算高い性格で、厳つい顔に似合わず上品な敬語で話す。その反面、目的のためなら手段を選ばず、役立たずや用済みになった者は平然と切り捨てる冷酷非道な性格。トレーナーとしての実力は高い。
潜水艇を手に入れたマツブサから一時共闘を持ちかけられ、海底洞窟に到達。さらにシズクがマグマ団から奪った宝珠でカイオーガを制御しようとするも宝珠の力に呑まれ、正気を失ってしまう。ルビー達によってカイオーガが再び眠りにつくとマツブサと結託し、挑んできたミクリに対してはナギを人質にとることで執拗に痛みつけた。劣勢になったことでミクリのエアカーを奪い、逃走を図るもマツブサ同様エアカーに閉じ込められ、セレビィにより宝珠を奪われた。第6章では甲冑の男ガイル・ハウダウトとして登場。
第13章の第10話にて再登場した。ゲーム版『オメガルビー・アルファサファイア』に準拠した姿であり、キーストーンをはめたメガイカリを首から下げる。第11話ではシズクとホカゲが見る限り全くの別人に見えたらしい。第12話では赤と青の2つの宝珠が2匹を操るだけでなく2匹の体内に取り込むことで原始回帰することを説明した。なお、第13章の彼がこの世界のアオギリか別次元のアオギリなのかは今のところ不明であるが、星の壊滅から救うため「あの領域」から戻ってきたと語っている。ゲンシカイオーガに"こんげんのはどう"を習得させるため流星の滝で修行を積む。
手持ちポケモン
トドゼルガ(複数)
特性:あついしぼう
技:"ぜったいれいど"
ドククラゲ
触手で人質を拘束したり、岩や地面にぶつけて振り回す等、アオギリに似て冷酷非道。自分達の計画を阻止しようとしたルビーとカガリ、ミクリとナギを苦しめた。
サメハダー♂←→メガサメハダー
特性:さめはだ←→がんじょうあご
第13章で登場しメガシンカする。メガシンカしたレッドのフッシーと戦い敗れた。

SSS

イズミ
SSSの1人で紅一点。「みずのいし」を携帯してバトル中に進化させる等、「石」やポケモンの進化に詳しい。ルンパッパの"しぜんのちから"での、多様な攻撃を得意とする。
アオギリ同様、海を増やす為なら犠牲は当然と考えている冷酷な性格で、ホウエン地方の異常気象に関しても無関心である。
アスナとのバトル中にルンパッパが"しぜんのちから"を使えなくなったと知るや否や、ウシオを「自分のことは自分で何とかしてください」と見捨てて逃亡し、姿を消す。SSSでは唯一、アオギリに見捨てられていない。
手持ちポケモン
ハスブレロルンパッパ
技:"しぜんのちから"
ハスブレロの時は背中にアクア団のマークを付けていた。
ビブラーバ
特性:ふゆう
技:"そらをとぶ"
一時手持ち
ツチニン
特性:ふくがん
シズクに渡した。
ウシオ
SSSの1人。水道局員を装ってデボンコーポレーションの社長から潜水艇「かいえん1号」の特別起動部品を奪った。頭の回転が速く実力は確かにあるのだが、戦闘において慢心する悪い癖がある。
えんとつやまでサファイアに敗北した事で、アオギリから見捨てられる。更にはナギに敗北したことで、同僚のイズミにまで見捨てられてしまう。その後の消息は不明。
手持ちポケモン
サメハダー
特性:さめはだ
技:"かみくだく"・"ちょうはつ"
額の十字模様の部分にアクア団のマークがある。
マリルリ
技:"ハイドロポンプ"
とても目つきが悪い。ゴンドラの中で大量の水を出し、ウシオに酸素入りの泡を被せた。
ビブラーバ
特性:ふゆう
技:"そらをとぶ"
シズク
SSSの1人。ゲームには登場しない漫画オリジナルキャラクターである。
アオギリに忠誠を誓っていたが、海底洞窟での戦闘でアオギリにあっさりと見捨てられる(この時はホムラと共闘し死を免れる)。そのような仕打ちを受けても、自分の思い違いだと言い聞かせてアオギリへの忠誠を守ろうとしたが、後に「かいえん1号」の航行記録(=自分達のアジトの場所)をジムリーダー達に与え姿を消す。
テッセンとの戦いではペリッパーとテッカニンが倒されるも、ヌケニンで勝利する。
組織崩壊後は一般人(服装はつりびと)に溶け込んでいたが、アクア団のアジトに訪れた際、同じ境遇のホカゲから「アオギリが宝珠の欠片を持ってホウエン地方に来ている可能性がある」と聞き、手を組む。
手持ちポケモン
キバニア
特性:さめはだ
技:"いちゃもん"・"ひみつのちから"
アゴの下の十字模様にアクア団のマークがある。"ひみつのちから"で草地や岩場に空間を作り出す。この空間は視認困難であるため、作中では待ち伏せや敵の誘い込みに用いられた。海底洞窟に置き去りにされた。
ペリッパー
特性:するどいめ
技:"そらをとぶ"・"たくわえる"・"のみこむ"・"ハイドロポンプ"・"はきだす"
飛行要員。手持ちで唯一、海底洞窟に置き去りにされていない。
バルビート♂×3
技:"シグナルビーム"・"トリック"・"ほたるび"
海底洞窟に置き去りにされた。
ツチニンテッカニン
特性:ふくがん(ツチニン)→かそく(テッカニン)
テッセンとの戦いの際にイズミから渡される。驚くべき素早さで攻撃をことごとく回避する難敵。
ヌケニン
特性:ふしぎなまもり
ツチニンがテッカニンへ進化したのと同時に、海底洞窟にペリッパー以外のポケモンを置いてきたことで手持ちに空きがあったため加わる。
サクラビス
特性:すいすい
技:"ハイドロポンプ"
第13章からの新しい手持ち。"ハイドロポンプ"で作った水溜りに水滴を落とし、その波紋の広がりを利用して通常の"ハイドロポンプ"の威力に達すると同時に射出され、その場所とタイミングの特定も困難になる「恐怖の一滴(ひとしずく)」という攻撃を得意とする。また、「シズク」の通り名はこの戦法を得意とすることから付けられた。

その他

したっぱ達
バンダナが特徴の男女。大半はアオギリと共に海底洞窟に向かうも事件後の消息は不明。
手持ちポケモン
ハスボー
ヘイガニ
ヨマワル

新生アクア団

イズミ
イズミを襲名した、新生アクア団の幹部。姉御肌。
ホムラとともにデボンコーポレーションで研究員として働いていた過去を持つ。現在のデボンの方針には不満を抱いている。
ウシオ
ウシオを襲名した、新生アクア団の幹部。豪快な巨漢。
手持ちポケモン
キバニア

甲冑の男

ガイル・ハイダウト
第6章に登場する謎の男。常に甲冑(永の甲冑)を身に纏っており、戦闘ではこの甲冑とポケモンの攻撃を反射する「瞬の剣」(ダツラ曰く、"リフレクター"・"ひかりのかべ"の両方の特徴を持った、特殊なバリアアイテム)を使って自ら戦う。ジラーチを捕まえ、人の願いを叶えるジラーチの力を利用してカイオーガよりも強大な「海の魔物」(姿形はカイオーガそのもの)を出現させ世界を海の底に沈めようとする。
その正体は、元アクア団リーダーのアオギリ(意図的に正体を隠している事が示唆されている)。アクア団総帥の時と比べて、口調がかなり変わっている。
第4章の最終決戦後、マツブサと共にその悪の素質を惜しんだSaqueによって助けられたが、宝珠を取り込んだ影響で肉体は崩壊直前であった。そのため、内部の時の流れが外界と比べはるかに遅い(ゆえに肉体の崩壊までのわずかな時間を引き延ばせる)甲冑「永」を求めてマツブサと対決、勝利しそれを身に付けることで肉体の崩壊を防いでいる。第6章の最終決戦にて鎧を破壊されたことで時の流れが元に戻り、崩壊した鎧を再び身に着けようとした直前に消滅した。
ガイルの名は、海を求めるアオギリに対してSaqueが「鎧をまとい荒ぶる海の流れのごとく」として「鎧流」と付けたもの。
手持ちポケモン
アメタマ♂→アメモース
特性:すいすい(アメタマ)→いかく(アメモース) 性格:ずぶとい
技:"サイケこうせん"
ガイルの主力とも言えるポケモン。粘液で敵の足元を固定する、"サイケこうせん"でモンスターボールの開閉を妨げる、人やポケモンを操る、触角での威嚇で敵を足止めする、など多彩な戦法を持つ。作者によると、ガイル(アオギリ)のアメタマはタマゴから生まれ、アオギリが愛情を込めて育てたという。
トドゼルガ
スターミー(複数)
ドククラゲ

ギンガ団

第7章・第8章に登場する悪の組織。表向きには「宇宙エネルギー開発事業団」という名前で知られている。“BOSS”のアカギと数人の幹部の他、男女問わずおかっぱ頭にコスチューム姿の下っ端団員・“SHITAPPA”で構成されている。

団員同士は、常人には理解不能な言語でコミュニケーションをとる。トバリシティとハクタイシティにアジトを有する。

BOSS

アカギ
ギンガ団のリーダーで、団員からは“BOSS”と呼び慕われる男。強面の風貌に反して冷静沈着で、常に哲学的思想に耽り、それを基に多数の部下を従わせるほどのカリスマ性のある知的な人物。テンガン山やカンナギタウンの壁画など、シンオウ時空伝説に強い思い入れを持つ。
ナギサシティ出身で、子供のころは機械いじりが好きだった。
人の「心」は、「情」・「意」・「知」の3つが揃って初めて完全になるという考えを持ち、特に『意志を以って意志をくじき、制す』という考えにより「意志」を最も重要視しており、アグノムがいたリッシ湖を爆弾の標的にしたのもこのためである。「不完全」に満ちた今の世界を消し去り、理想とする「完全」なる宇宙の創造を目的とし、それに抗う一切の意志や感情の存在を許さない。カンナギタウンでダイヤやパールと交戦し、2人をそれぞれ、「静かに思いやる感情」、「強く固い意志」と評し、興味を示す。
シロナとの激戦により満身創痍となりながら、湖の伝説のポケモンから作り出した赤い鎖を持ってやりの柱に到着。ディアルガパルキアを操り戦わせ、新宇宙創造の最終段階に入った。しかし、片方の鎖をジムリーダー達によって破壊され、2体の制御が不完全となる。そして一瞬の隙を突かれ、ダイヤとパールの全ポケモンによる一斉攻撃を受けて正気を取り戻したディアルガ・パルキアの攻撃を受け、意識を失う。その直前に、彼自身が最も切望していた、「情」・「意」・「知」の3つが合わさった「完全な心」を3人から感じ取り、自身の敗北の理由を悟った。その直後に、やぶれた世界より現れたギラティナにより連れ去られた。
「やぶれた世界」でダイヤと遭遇し、自分の間違いを正すため、ダイヤと協力しギラティナによって幽閉されていたディアルガとパルキアを開放する。「やぶれた世界」からの脱出後、ギンガ団の解散を宣言し、ダイヤたちに感謝の言葉を残し3人の幹部と共に去っていった。
手持ちポケモン
ドンカラス
特性:ふみん
技:"きりばらい"・″つじぎり″
レアコイルジバコイル
特性:じりょく
技:"チャージビーム"・"マグネットボム"・"ミラーショット"
エアカーがない際のアカギの飛行手段。
ノズパス♂→ダイノーズ
特性:じりょく
技:"じゅうりょく"・"だいちのちから"・"でんじふゆう"・"マグネットボム"
マニューラ
特性:プレッシャー
技:"かいりき"・"さしおさえ"
ギンガトバリビルで初登場。シロナのミカルゲと戦い、目で追えないないほどの速さで「こおり」の状態にした。
ギャラドス
特性:いかく
技:"ギガインパクト"・"りゅうのまい"
ギンガトバリビルで初登場。アカギの切り札。シロナのミロカロスを倒し、ガブリアスを退ける。

幹部

マーズ
ギンガ団の女性幹部。エネルギーの調達を担当。軽い口調だが、基本的に無表情。
口癖は「めんどくさ!」「面白いわ!」で、面倒臭いことが嫌いで、掴みどころのない性格。しかし自身が面白がっている事を否定や妨害をされると、一変して冷酷な一面を出し、その相手を容赦なく叩きのめす。サターンとよく衝突しているせいか、彼が使うシャカピーの性能の悪さに文句を言っている。
谷間の発電所に現れた際、発電所の電気を奪うという悪事を面白がっていた事で、ダイヤの怒りを買った。その後、ギンガ爆弾投下当日にシンジ湖に現れ、偶然きのみを採りに来ていたダイヤの母・アヤコを人質に取り、ダイヤと交戦する。
エムリット捕獲後、サターン・ジュピターと共にやりの柱に向かい、ナタネ・マキシと交戦するも敗れる。やりの柱での戦いの後、再起を図るためその場を去った。
その後、プルートの関わることを面倒くさがっていたが、サターン・ジュピターと「やぶれた世界」に向かい、面白そうという理由でモミと交戦する。その時に、ギラティナと戦っていたデンジのことを気に入っていた。戦いの後、アカギらと共に去っていった。
手持ちポケモン
ズバット
特性:せいしんりょく
主に人質を捕まえておくのに使われる。
ドーミラー
技:"かいふくふうじ"・"ジャイロボール"・"すなあらし"
ブニャット
技:"いあいぎり"・"シャドークロー"・"みだれひっかき"
エレキブル
特性:でんきエンジン
谷間の発電所で奪った電気を運搬する役割を担った。
メガヤンマ(複数)
技:"きりさく"・"とんぼがえり"・″むしくい″・″むしのさざめき″
羽ばたく際の羽音で相手の声をかき消し、同時に錯乱させる。マーズの戦闘中の飛行手段。
サターン
ギンガ団の幹部の1人で、ギンガ爆弾の製作とそのための資金調達を担当。ネットゲーム好きで、爪を噛む癖がある。
アジト内の自分の定めた範囲から出ることがない引きこもりで、任務やその際のポケモンバトルさえ、飛行カメラ「シャカピー」やSHITAPPAを利用した遠隔操作で行い、稀に現場に出向く際にもUFOのような小型飛行艇に搭乗し、地に足を踏みもしない。現地に出向かないがために作戦に失敗することも多い。陰湿かつ執念深い性格だが、飽きるのも早く、上手くいかない事があるとヒステリーを起こす。
ギンガ爆弾投下当日にリッシ湖に現れ、パールと共に来ていたじんりきを湖に落とし、パールと交戦、戦力を以って圧倒し、アグノムを捕獲した。その後やりの柱でヒョウタ・メリッサと交戦するも敗れる。やりの柱での戦いの後、再起を図るためその場を去った。
その後、マーズとジュピターを飛行艇に乗せ「やぶれた世界」に向かい、ミルと交戦する。戦いの後、アカギらと共に去っていった。
手持ちポケモン
グレッグル♀→ドクロッグ
特性:きけんよち
技:"どくづき"・"ふいうち"
特性をうまく利用した攻撃を行う。「やぶれた世界」での戦いでは進化していた。
ケーシィ
技:"テレポート"・"ほのおのパンチ"・"れいとうパンチ"
"テレポート"によるヒット&アウェイを得意とする。
オクタン
技:"オクタンほう"・"ダストシュート"
ジュピター
ギンガ団の幹部の1人で、「真打ち」を自称する屈強な体格の女性。ジムリーダーや他の幹部とは一線を隔てる程の実力の持ち主で、口数が少なくミステリアスな雰囲気を持っている。
他の幹部とは違い、目の前で起きている事態そのものに一切の興味も示さず、アカギからの評価にも執着しないが、アカギへの忠誠心は強い。寒冷な気候を嫌い、そのためか温熱サポーターを持ち歩いている。
エイチ湖に現れプラチナ・スモモ・スズナと交戦し、SHITAPPA達を連れることなく単身で3人を圧倒する実力を見せ付け、ユクシー捕獲の任務をこなす。その後やりの柱でスモモ・スズナと再戦するも、冷静沈着な性格ゆえにパルキアの発生させた空間の歪みの影響を強く受けてしまい敗北。やりの柱での戦いの後は、再起を図るためその場を去った。
その後、アカギを助け出すため、マーズとサターンを叱咤し「やぶれた世界」に向かい、マイと交戦する。戦いの後、アカギにBOSSとしての責任をとって一緒に連れて行くように頼み、マーズやサターンと共に去っていった。
手持ちポケモン
ヤミラミ
技:"おしおき"・"かげうち"
影を実体化させての先制攻撃を得意とする。後述のモジャンボとの連携攻撃はかなり強力。
トリトドン
技:"ストーンエッジ"・"どろばくだん"
西の海の個体。"どろばくだん"で相手を埋め固めて身動きを封じたり、急所を狙った強力な攻撃を得意とする。
モジャンボ
技:"しぜんのめぐみ"・"フラッシュ"
"フラッシュ"を自らのツルの隙間から放つ事で、何条もの影を作ってヤミラミの"かげうち"を一度にいくつも増やすことができる。木の実を使った"しぜんのめぐみ"の多彩な攻撃も可能。
プルート
ギンガ団幹部の老人。研究班のトップで、「赤い鎖」の精製を担当。しかしギンガ団への忠誠心は皆無であり、その目的はシンオウ地方に伝わる伝説と幻のポケモンの収集であった。
ポケモンが種類ごとに嫌がる周波数の電波を放出することによって、ポケモンを強制的に意のままに操る特殊な機械を持ち歩いている。この機械の影響によって、バトルゾーン全域で大規模な電波障害が発生した。
ディアルガとパルキアによって作られた「中心」が宇宙ではなく、やぶれた世界への入り口であることを知っており、ギラティナ欲しさに影でディアルガとパルキアを操っていた。アカギの敗北の後、プラチナにやぶれた世界の存在を話した後に逃げ去るが、トウガンに測定器を、ダイヤのりーに伝説のポケモンに関するメモを奪われた。
第8章では伝説のポケモンの一匹であるヒードランを狙って、ハードマウンテンに侵入。SHITAPPAを率いて、火山のおき石を探しているバクを尾行し、復活したヒードランを手に入れる。しょうぶどころの3人組から逃げるために、口先で他の幹部を利用したりもしている。
最終的には自らの不利を悟ってギラティナを操り、やぶれた世界にアカギ達や伝説のポケモン達を閉じ込めようとするが、ロトムによってポケモンを制御する装置を破壊され、ハンサムの手により逮捕される。
手持ちポケモン
ヤドキング
技:"きりふだ"・"サイコキネシス"
プラチナのパチリスチェリムの攻撃にあっさりやられてしまう。
ヒードラン
特性:もらいび
技:"マグマストーム"
ハードマウンテンにてバクが誤って解放してしまったところを、測定機によってコントロール下に置いた後捕獲した。操ったポケモンの中では唯一ボールに入れられるなど手持ち扱いをされ、ギラティナ捕獲のための尖兵として使われたが、Saqueが放していったダークライの技に巻き込まれる形で見限られた後は、プルートに敵対しギラティナの制止に加勢。戦いの後はハードマウンテンへと返された。
Saque(サキ)
ギンガ団の女性幹部(ジュピターらよりは格下扱いとされている様子)。血色の悪い肌で、細目のミステリアスな女性。「フンフフフ」という特徴的な笑い方をする。ギンガ団の中でも古参メンバーであるが、幹部でもジュピター以外彼女の存在を知らなかった。なお"Saque"はポルトガル語で「略奪」を意味する。
第5・6・7章の事件の背後に存在していた黒幕的存在。アカギの新宇宙創造計画のため、「宇宙のパワーそのもの」とも言えるデオキシスを入手するべく、ロケット団にスパイとして潜入していた。ロケット団では大隊を取りまとめる幹部・三獣士に抜擢され、デオキシスの研究ならびに捕獲計画の中核を担いながら、各地の悪の勢力を調査・把握しながらその勢力調整を行っており、第6章においてはガイル・ハイダウトの暗躍にも一役買った。遺跡からのアンノーンの解放・使役、ガイルの装備品、人間の洗脳など、独自の技術を数多く有している。
ギンガ団内で自分の留守を預かる存在として後述の上級SHITAPPAを用意した上で、サカキにデオキシス個体・弐を捕獲させるところまでサポートするも、図鑑所有者やチャクラの妨害によりデオキシスは逃亡してしまう。更に自らもカンナの氷攻撃を受け左足に後遺症を負い、デオキシスの追跡もミュウツーの追撃に遭い失敗した。その後レッド達の石化現象に関する独自の調査を進め、テンガン山にてジュピターらと合流し彼らと共に姿を消した。その後ダークライを捨てていくなど、「やぶれたせかい」に足を踏み入れてはいたが、幹部3人のアカギ奪還作戦には結局合流せず、ギンガ団解散後の消息は不明。普通の人間ではないと思わしき描写も多々ある。
手持ちポケモン
ペルシアン
特性:じゅうなん
技:"きりさく"・"だましうち"・"どろぼう"
スターミー
技:"ほごしょく"
"ほごしょく"で擬態し、相手の不意を突く奇襲戦法を得意とする。
ジュペッタ
特性:おみとおし
技:"シャドーボール"・"すてみタックル"・"よこどり"
第5章ではロケット団の首領サカキが自分の父親と知って動揺するシルバーの心の隙を突き、ショックを与え気絶させた。
ダークライ
デオキシスを再び捕まえるために繰り出したポケモン。このダークライとミュウツーの技の衝突によりレッド・グリーン・ブルー・イエロー・シルバーが石化した。上級SHITAPPAを動かしていた際には彼に預けるなど、Saque本人はその力を持て余しており、上級SHITAPPA解放後再び自身の手持ちに戻すものの、結局最終的には「やぶれたせかい」へと放していった。

SHITAPPA

上級SHITAPPA
ギンガ団のSHITAPPAの1人。黒いマントとマスクが特徴。人形のように動く他のSHITAPPAらとは異なり、自らの野心のために行動する切れ者である。「アカギ様に取り入っているSHITAPPA」として、サターンから妬まれていた。
その正体はSaqueが留守中にSHITAPPAを洗脳したものであり、Saqueの思考と行動を全てなぞるように設定されている。第5章で図鑑所有者達に野望を打ち破られたことを憎むSaqueの意思を引き継いでいるため、自身もポケモン図鑑に異常な執着心を持ち、ダイヤ達を幾度となく襲撃する。
引きこもりがちなサターンを陰で見下している一方で、ゲームコーナーの遺失物を横領するなどといった小さな悪事も行っており、プラチナが落としたポケモン図鑑を見て気に入り、ギンガ団の情報網を通じて図鑑所有者についての知識を得る。
ロストタワーで破損したシャカピーの映像を利用し、ミオシティに滞在中のベルリッツ氏に「プラチナを誘拐した」と虚言を言い、身代金15億を要求し、ナナカマド博士諸共特殊な牢獄に閉じ込めた。その後、こうてつ島で修行を行っていたダイヤを監視していた事をゲンが感知した「悪意」のある波導により明らかにされるが、操り人形であったことも察知される。
2本の赤い鎖の精製をプルートと共に取りかかり、1本は完成したものの、基地に潜入したダイヤ達によりユクシー・エムリット・アグノムを逃されてしまう。しかし同時に、3人からポケモン図鑑を奪い取った。その後はシロナに破壊されたギンガトバリビルの瓦礫に埋まっていたが、Saqueに回収され自我を消され、集団意志に戻されそうになり、ギンガ団から逃げ出す。数々の悪行に苛まれていたところ、その心に呼応してやってきたエムリット・アグノム・ユクシーの3匹が「儀」や「御」を感じて危険を顧みずに行動する姿を目撃し、また自己喪失の恐怖も相まってギンガ団を抜けることを決意する。そして、ギンガ団から守ってもらうことを条件に、プラチナ達をパカとウージのもとへ案内する。奪い取った図鑑も全て持ち主に返した。
手持ちポケモン
リーシャン
特性:ふゆう
技:"さわぐ"
フカマル
特性:すながくれ
技:"ドラゴンダイブ"
ムクホーク
特性:いかく
技:"そらをとぶ"・"ブレイブバード"
ゴースト
特性:ふゆう
技:"シャドーボール"
ユレイドル
特性:きゅうばん
ダークライ
Saqueから預かっていたポケモン。一度もボールから出すことはなかったが、特性「ナイトメア」を発動して行く先々で悪夢を巻き起こした。上級SHITAPPAの解放後にSaqueによって回収された。
その他のSHITAPPA
一切の感情を破棄した機械のように無表情で無口。何人かで一斉に同じ行動を取り、敵を追い詰める。
使用ポケモン
ムクバード
スカタンク
技:"つじぎり"
ブビィ
ヘルガー
技:"わるだくみ"
ゴースト
カイリキー
ベトベター
ニャース
マンキー
エビワラー
スリープ
リザード
ワカシャモ
はぐれ研究員
ギンガ団のSHITAPPAの類。リッシ湖を立ち入り禁止にして封鎖していた二人組の男。213番道路からカバルドンの起こした竜巻で飛ばされたダイヤとプラチナを連行しようとするも、ダイヤに一瞬の不意を突かれ返り討ちにされた後に、フトマキに警察まで連行され、ハンサムからの尋問を受ける。
手持ちポケモン
ドラピオン
技:"クロスポイズン"
背の低い研究員のポケモン。フトマキによれば、こき使われていることに嫌気が差しており、野生のままでいた方が良かったと思っているらしい。
コロトック
特性:むしのしらせ
技:"うたう"・"シザークロス"
背の高い研究員のポケモン。ナイフのような腕は岩を切断するほどの切れ味。フトマキによれば、はぐれ研究員にあまり頼りにされていないらしい。

協力者

スキンヘッズ
上級SHITAPPAに金で雇われ、こうてつ島を強襲した二人組。一人は顎鬚、もう一人は揉み上げが特徴。上着の背中とベルトのバックルには手持ちポケモンのマークが描かれている。ゲンとルカリオの目と波導を封じるも、特訓の成果を出したダイヤのるー(ドダイトス)によって敗北した。
手持ちポケモン
ビークイン
特性:プレッシャー
技:"かいふくしれい"・"こうげきしれい"・"パワージェム"・"ぼうぎょしれい"
顎鬚のスキンヘッズのポケモン。しもべたちによる攻撃は凄まじく、島の野生ポケモンのボスでゲンすら苦戦したハガネールを倒し、ゲンとルカリオを襲うと同時に目にミツを付着させて視界を遮った。
ガーメイル
特性:むしのしらせ
技:"エアスラッシュ"
揉み上げのスキンヘッズのポケモン。"エアスラッシュ"を放ちながら主人たちの周りを旋回し、波導を大気ごと切り刻んで伝わりにくくすることができる。

プラズマ団

第10章・第11章に登場する組織。表向きでは、ポケモンと人間の関係についての演説をしており、それによってポケモンを道具扱いしているのではないかと罪の意識にさいなまれる一部のトレーナーがポケモンを逃がしてしまうことが多い。

人のポケモンを無理やり解放させようとしたり、ポケモンの保護を名目にポケモンを傷つけると言う矛盾な行動に出たり、更にはポケモンに犯罪の片棒を担がせている等、結局やっている事は犯罪組織と何も変わらない。また、瀕死状態になったポケモンを見捨てて逃げ出す等、ロケット団を始めとするこれまでの悪の組織以上にポケモンを道具扱いしかしておらず、ブラックの大きな怒りを買っている。だが、本当にポケモンのことを思って属していたプラズマ団員もおり、プラズマ団内部でもアクロママシーンについて意見が対立していたらしく、第11章では2手に別れることになる。

N(エヌ)
プラズマ団の頂点に君臨する王。普段は感情を全く持ち合わせていないかの様な雰囲気であるが、ポケモンの言葉を理解し心を通わせる能力を持っている。幼い頃よりポケモンの声を聞く特殊な能力があり、周りから疎んじられていたところをゲーチスに引き取られ、城の中で人間に虐待されたポケモンと共に与えられた部屋から出ることなく育った過去を持つ。
人間とポケモンの共存を否定し、その理想の実現のために全世界のトレーナーからポケモンを解放させようとする。その思想故か、ポケモンに慈悲深く接する反面、人間に対しては徹底的とも言える程冷酷な態度を取っており、特にポケモントレーナーやポケモンの研究者には容赦が無い[1]。彼の夢を食べたムシャのけむりの映像を見たブラックからは、「プラズマ団とは異なるいいヤツ」であると言われていた。
カラクサタウンにて、プラズマ団の悪質な演説に激怒したブラックと交戦。ポケモン図鑑を所有しポケモンをモンスターボールに入れているブラックの事を、ポケモンを道具扱いしていると言い放ち、自らの勝手な価値観で彼のポケモンを不幸だと決め付けていたが、彼からは「ポケモンと気持ちを通じ合わせる為にポケモン図鑑もモンスターボールも必要である」と反論された事で、「また解けない数式を見つけてしまった」と言いながら去って行った。
ライモンシティの観覧車でポケモンミュージカルを終えたホワイトと対話するが、彼女のぶぶちゃん(ポカブ)がバトルをしたいと言う気持ちを認めようとしていないのを見抜き、ポケモンの声を聞かないことが罪だと告げ、自らの意思でついてきたぶぶちゃんを連れて去って行った。
その後リュウラセンの塔を訪れ、ゲーチスからダークストーンを受け取ってゼクロムを復活させ、自分の手持ちにする。チャンピオンを超えるためにアデクと戦い勝利し、ブラックがポケモンの声を聞いていないことを指摘し、Nの城へ目掛け飛び去った。
ブラックがリーグ優勝を決めた直後に目覚めたレシラムを感じ取って戦いを挑み、激闘の末に敗北。逃がしたと思っていたゾロアの意思を感じ取り、最後にブラックと、ぶぶちゃんと共にその場にやってきたホワイトとこれまでとは違う形で言葉を交わし、二人やゾロアに別れを告げてゼクロムに乗り去って行った。
手持ちポケモン
N自身が、モンスターボールに閉じ込めたポケモンの声が聞こえなくなるという理由で、ポケモンをボールに入れない(ひんしになったポケモンに対しても)。独自のジェスチャーでその場に繰り出したり、技の指示をする。
レシラムとの最終決戦に挑むにあたってゼクロム以外は全て逃がした。しかし、ぶぶちゃんはフードマンに連れてこられたホワイトを感じて「Nの部屋」に戻り、ゾロアはNと共にいることを望んで戻ってきた。
ゾロア
特性:イリュージョン
Nが連れているポケモン。特性「イリュージョン」を活かした陽動や騙し討ちなどの作戦を得意とする。いたずら好きで人間の子供に化けることもあり、ヒウンシティやライモンシティジム、ホドモエの跳ね橋ではブラックの前に現れてイタズラをしたほか、直接姿を見せてはいないものの、カノコタウンのアララギ研究所をひそかに監視していた。アデクと戦い、去り際にオタマロと共にアララギ博士の持っていた図鑑を壊した。
「イリュージョン」はゲーム本編とは異なり、控えポケモンのみならず戦闘中の味方ポケモンや敵ポケモン・トレーナーにまで適用される。加えて任意のタイミングで発動・解除が可能であり、異常に有用性の高い特性となっている。
ゼクロム
特性:テラボルテージ
技:"クロスサンダー"
威力の高い"クロスサンダー"を不特定なタイミングで放つ強敵。但し技の特性上、"クロスフレイム"より発動に時間がかかり、その間に電撃の軌道やタイミングを読まれてしまうという弱点が存在する。
一時手持ち
ツタージャ♀→ジャノビー
特性:しんりょく
アララギ博士(父)の研究所から逃がした。ライモンシティにて連れていた時にはジャノビーに進化していた。ホワイトのぶぶちゃんと入れ替わる形で彼女の手持ちとなった。
チョロネコ
特性:かるわざ
技:"つじぎり"・"ふいうち"
カラクサタウンにてブラックと戦った。
マメパト
カラクサタウンにて連れていた。
ぶぶちゃん(ポカブ♀)
特性:もうか
元はホワイトの手持ちだったポケモン。ぶぶちゃんが自らの意思で、ライモンシティにてジャノビーと入れ替わる形でNの手持ちとなった。Nや他のポケモンと共にゼクロムを迎えた。その後はアデクのアギルダーを倒し、勝利を決めた。
Nがレシラムに立ち向かう際に「バトルの道を行くか、芸能の道を行くか」最後は自分で選ぶように諭し、他のポケモンと共に逃がされるも城に戻ってきた。その後ホワイトに親はNという形で引き取られた。
オタマロ
特性:すいすい
技:"エコーボイス"
カラクサタウンにて連れていて、ゼクロムを迎えた。口から噴射する水流はウォータージェットのようになっていて、アララギ博士(父)の持っていた図鑑を撃ち抜いた。
ドテッコツ
リュウラセンの塔にて連れていた。ゼクロムを迎えた。
ヒヒダルマ
特性:ダルマモード
技:"サイコキネシス"
リュウラセンの塔にてNが連れていた。アデクと戦った。
アーケンアーケオス
特性:よわき
リュウラセンの塔にてNが連れていた。アデクと戦った。

七賢人

ゲーチス(ゲーチス・ハルモニア・グロピウス)
プラズマ団の幹部で、七賢人の一人。事実上の黒幕。異常なほど常に淡々としており、落ち着いた喋り方をする。
カラクサタウンで演説を行い、トレーナーたちにポケモンを逃がすよう唆した。その後シッポウシティで下っ端をハチクに変装させ、ダークストーンの在処を見つけたブラックを気絶させ、ダークストーンを奪ってNに渡した。
レシラムに負けて眠りに落ちたNとブラックの前に現れ、Nに理想を追わせ、伝説のポケモンを現代によみがえらせたのは「ポケモンの解放」という「理想」の実現のため絶対の権威をプラズマ団につけ、イッシュ中の民に力を見せつけるためだったと全てを明かした。しかし、Nが独断でレシラムに戦いを挑み敗退したため、「理想」のために不都合な事実の削除、つまりプラズマ団の「王」であるNの敗北の削除と、レシラムに指示を与えていたブラックを排除するため襲いかかる。また、その「理想」の果てには従わない人間を権威と数の力で潰していき、最終的にポケモンを持つ者はプラズマ団のみにするという考えであり、彼にとってNはただの「かざり」にしか過ぎないという。
ブラックのポケモンが苦手なタイプの5匹で追い詰めるも、ブラックの機転で敗れる。Nが去った後、アクロマのオーベムでブラックをレシラムに取り込ませ、姿を消す。
手持ちポケモン
サザンドラ
特性:ふゆう
ゲーチスの主力にして飛行要員でもある。ウルガモスとの連携により、相手を炎に閉じ込めて行動を封じる。チュラの"シザークロス"で倒された。
シビルドン
特性:ふゆう
技:"ほうでん"
一般的な個体とは異なり、常に笑顔である。ダークストーンのありかを見つけたブラックを気絶させ、最終決戦時にはウォーとゴーラを同時に相手にする実力を見せた。しかしその僅かな隙を突かれブラックに逆転の一手を与えてしまった。ブオウの"フレアドライブ"で倒された。
ガマゲロゲ
特性:すいすい
技:"ハイドロポンプ"
度々プラズマ団の作戦を阻止してきたブラックを警戒したゲーチスにより、ブオウへの対策として投入された。ムシャの"めざめるパワー"で倒された。
デスカーン
特性:ミイラ
ムシャへの対策として投入された。ウォーの"フリーフォール"で倒された。
ウルガモス
「こだいのしろ」で捕獲された。夕陽に紛れて身を隠すことができる。ブラックとの戦いでは、羽から放たれる燐粉から発せられる炎でフィールドを埋め、チュラを苦しめた。ゴーラの"ストーンエッジ"で倒された。
一時手持ち
オーベム
盟友(とも)というフードマンのポケモンで、超能力でブラックを操り、ライトストーンに戻ろうとしているレシラムに取り込ませた。
アスラ
プラズマ団の幹部で、七賢人の一人。青い帽子とマント、釣り目と福耳が特徴。
伝説のドラゴンについての情報収集を担当していた。シッポウシティで博物館から展示品を盗み出し、さらにプラズマ団の活動を妨害するブラックを倒そうとした。
手持ちポケモン
デスカーン
特性:ミイラ
棺桶に擬態し、敵の目を欺く。ヤグルマの森での戦いでは、ドラゴンポケモンの骨格を操ってアーティを捕え、橋梁を破壊した。
スムラ
プラズマ団の幹部で、七賢人の一人。茶色の帽子とマント、紳士的な顔立ちが特徴。
ヒウンシティで配下の団員たちに命じてポケモンを誘拐していたが、団員の一人の失策によってブラックらに根拠地を突き止められ撤退。あまり部下を信用していない様子であった。
手持ちポケモン
モロバレル
特性:ほうし
ベルを襲撃しヒトモシを奪ったが、チャオに倒された。
リョクシ
プラズマ団の幹部で、七賢人の一人。緑色の帽子とマント、目の色が明るいのが特徴。
こだいのしろでウルガモスの捜索・保護をしていた。
ジャロ
プラズマ団の幹部で、七賢人の一人。黄色の帽子とマント、カールした髪が特徴。
トルネロス・ボルトロス・ランドロスの3匹を狙う。ホワイトが手も足も出せなかった3匹を一度に捕獲する実力を持ち、四天王シキミからも「見事」と評される人物。
ヴィオ
プラズマ団の幹部で、七賢人の一人。薄紫の帽子とマント、顎鬚にこけた頬が特徴。厚着をしているがかなりの寒がりで、変装すると人が変わる一面を持つ。
冷凍コンテナを拠点とし、団員たちを使ってホドモエシティの人々からポケモンを奪っていた。ブラックとチェレンの実力を見極め撤退する。その後残ったチェレンをプラズマ団の元へ導く。
リーグ戦では「グレイ」と名を変えてベスト8に入りアイリスと戦うが、敗退する。決勝戦を見ながらフードマンと会話しているのをホワイトに目撃され彼女を捕らえるが、自分がプラズマ団員だと話したところでハンサムによって捕らえられる。
手持ちポケモン
フリージオ
技:"れいとうビーム"
ロット
プラズマ団の幹部で、七賢人の一人。赤色の帽子とマント、明るい顔立ちが特徴。第11章での回想では、自分より年下の団員であるファイツに対して、優しく接する性格が表している。
現場に直接出てはいないものの、リバティガーデン島でビクティニの調査を行わせていた。ダークトリニティとジムリーダーの戦いを、ゲーチス・リョクシ・ヴィオ・ジャロと共に観戦していた。
手持ちポケモン
ランプラー
技:"たたりめ"
バルジーナ
ガマゲロゲ
ペンドラー
ジヘッド
ランプラーはロット自身の手持ちだが、その他4匹はどれが誰のポケモンかは不明。

その他

アクロマ
「闇の科学者」という異名を持つ犯罪者で、ゲーチスが盟友(とも)と称する人物。「ピュアで無邪気」な人物であり、喜怒哀楽を素直に表現する。本人曰く「ポケモンの力を余すことなく最大限に引き出す」研究の為、プラズマ団に協力している。
第10章ではフード付きのマントに仮面を被ったトレーナー・「フードマン」と名乗り、イッシュリーグでベスト4まで残った。シズイ曰く「バッジ8つを集めていない」らしいのだが、バトルの実力は相当なものらしい。準決勝でチェレンに敗北した後は、決勝戦を観戦しながらヴィオと会話している所をホワイトやハンサムに妨害されるが、逃走時にオーベムの"テレポート"でホワイトと共にどこかへ瞬間移動した。
第11章では、ゲーチスによってNなき後のプラズマ団の新しいリーダーになり、ヒオウギシティでゲノセクト及びアクロママシーンの実験を行っていた。
手持ちポケモン
オーベム
特性:テレパシー
技:"エナジーボール"・"じこさいせい"・"シャドーボール"・"テレポート"・"めいそう"
ジムリーダー5人とキダチのさらわれた時の記憶を塗り替えたり、トレーナーのポケモン解放を裏で手助けし、最後には一時的にゲーチスに預けられレシラムがライトストーンに変わっていく中にブラックを取り込まさせ、ゴーラの"ストーンエッジ"に閉じ込められていたゲーチスを救った。
ギアル
ギギギアル
技:"ギアソーサー"・"ギアチェンジ"
フードマンの飛行手段。"ギアソーサー"による空中戦も可能。
トルネロス
ボルトロス
ランドロス
四天王の戦闘力の調査と霊獣フォルムへの化身の実験のため、ダークトリニティより手渡された伝説のポケモン。
洗脳したポケモン
ゲノセクト
フードマンとしての飛行手段。ギギギアルを遥かに上回る速度での飛行を可能にする。
第11章においてアクロママシーンで洗脳されていたが、ラクツに捕獲される。
ダークトリニティ
仮面をつけた黒ずくめの3人組。その仮面はそれぞれ、形がバオップヒヤップヤナップの顔の模様と一致しており、使うポケモンのタイプもそれに因んだものになっている。
シッポウシティに運ばれたダークストーンを監視していたが、ジムリーダー達が仕掛けた罠にかかり、交戦。ハチクによって身を捕らえられるが、トルネロス・ボルトロス・ランドロスの3匹の圧倒的な力で逆転。アロエの作戦によりダークストーンを奪うことは出来なかったが、ハチク以外のジムリーダーたち6人とキダチを捕らえ、どこかへ連れ去って行った。その後は「P2ラボ」で何らかの実験をしていたところに現れたデント・ポット・コーンと戦うことになる。三剣士の乱入により彼らを氷漬けにした。
手持ちポケモン
メラルバ
特性:ほのおのからだ
バオップ型の仮面のポケモン。こだいのしろで増やされたウルガモスのタマゴから孵された。
バスラオ(あおすじのすがた)
特性:てきおうりょく
技:"アクアテール"
ヒヤップ型の仮面のポケモン。
ドレディア
特性:ようりょくそ
技:"ちょうのまい"・"はかいこうせん"・"メガドレイン"
ヤナップ型の仮面のポケモン。普通とは違い、かなり凶悪な顔つきをしている。
一時手持ち
トルネロス
ボルトロス
ランドロス
イッシュの神話にも登場する3匹。「いざという時のための戦力」としてジャロから託される。
愛の女神 バーベナ・平和の女神 ヘレナ
リュウラセンの塔でゼクロムを迎えるNを観戦していた二人の女性。Nが幼い頃は世話係を務めており、彼の過去をホワイトに話した。

幹部の配下・その他の団員

アスラ配下
女性の団員3人。「プラズマ団」に属していながらも自分たちのポケモンを見捨てる非情な性格。ゆめのあとちの周辺でブラックと戦った。その後シッポウシティでダークストーンを盗もうとする。
使用ポケモン
ミルホッグ
特性:はっこう
暗い場所を利用してブラック達に襲い掛かるも、ムシャの"サイコキネシス"によって倒されてしまう。用無しとして見捨てられ、その後はマコモ博士が引き取っている。
ロット配下
ふくよかな男性団員。常に笑った顔をしており、厚い唇が特徴。リバティガーデン島をサイコパワーで覆ってビクティニを捕らえようとしていたが、ブラックによって止められ失敗する。
使用ポケモン
ゴチルゼル
技:"さいみんじゅつ"
ビクティニを捕らえようとしていたが、ビクティニの後押しを受けたウォーの反撃を受け敗北した。
ゴチミル×2
スムラ配下
ヒウンシティでアーティのジムの向かいのビルをアジトにしていた。
リョクシ配下
リョクシの元に向かうはずだったが、予期せぬイッシュ四天王のギーマとの戦いに敗れてしまう。
使用ポケモン
マラカッチ
技:"コットンガード"・"はなびらのまい"
ヴィオ配下
眼鏡にちょび髭を生やした小柄な中年男性と、ふくよかな中年女性の2人組。冷凍コンテナでチェレンのポケモンを奪おうとした。
使用ポケモン
バニプッチ
特性:アイスボディ
氷で鏡を作り出す。ブラックを鏡部屋に閉じ込めたが、チャオに氷を溶かされたうえ反撃されて敗北。
ツンベアー×2
技:"つららおとし"
吐いた息を凍らせ、そこから"つららおとし"を繰り出す。チェレンのツタージャをくさタイプということで侮っていたが、チャオとの合体技による"ほのおのちかい"を受けて敗北した。
男女の団員
若い男女の2人組。5年前(第10章から3年前)、ヒオウギシティでヒュウと交戦し、ヒュウの妹のチョロネコを奪った。
第11章ではゲーチス派の新生プラズマ団に所属している。
使用ポケモン
プルリル
女性団員のポケモン。
モノズ
男性団員のポケモン。
下っ端達
使用ポケモン
ドッコラー(複数)
カラクサタウンで、ゲーチスの演説のステージを作っている最中、外で寝泊りしていたブラック達まで巻き込んでしまう。
チョロネコ
ポケモンリーグでジムリーダー達と参戦。
ファイツ
ファイツの母
母娘。第10章では、演説によってトレーナーから解放されたポケモンの世話をしていたが、Nが旅立った後、他の団員達と共に離脱。

フレア団

第12章に登場する組織。伝説のポケモンとメガシンカのアイテムを強奪する事が主な目的。伝説のポケモンの捕獲を担当するA班(チーム・ア)、メガストーンとキーストーンの確保を担当するB班(チーム・ベ)に分かれている。ワイの母親・サキを含むアサメタウンの住人達を捕まえ、ギルガルドの洗脳で「大樹」の運搬をさせている。 歴代でも群を抜いた影響力・支配力を持っており、カロス地方のマスメディアはおろか、有名企業の社長などといった上流階級の人間を全て取り込んでおり、一般市民たちの自覚のないままカロス地方を完全に征服してしまっている[2]。 なお、メンバーが身につけている赤スーツは500万円もする高級品で、最終兵器のエネルギーから着用者を守る防御機能が備わっている。

ボス

フラダリ
フレア団のボス。「フラダリラボ」のトップにしてホロキャスターの開発者でもある。プラターヌ博士とは知り合いで、彼からは「フラダリ氏」と呼ばれている。3000年前のカロス王族の子孫だという。
独特の考えの持ち主で、ホロキャスターの利益はすべて慈善事業に充てられており、研究内容と引き換えにポケモン研究家たちに資金援助を行うなど一見人格者のようだが、自分にとって不利になりそうな写真を持つトロバたちに手持ちを繰り出して詰め寄るなど冷酷な面もある。自分には美しい世界を作る役目が与えられたと考えており、3000年前に作られた最終兵器によってカロス全土を「浄化」する計画を立てる。自らが「選ばれた者」と見込んだ物には一定の敬意を払っている。
下っ端の男が手に入れたギャラドスナイトとコルニから奪ったキーストーンを取りつけたメガリングでギャラドスをメガシンカさせる事に成功する。フレア団のアジトで最終兵器を起動させカロス地方を滅ぼそうとするも、エックス達の活躍で被害は爆風程度で収まってしまう。
手持ちポケモン
ギャラドス♂←→メガギャラドス♂
特性:いかく←→かたやぶり
技:"かみつく"
カエンジシ
技:"ハイパーボイス"
コジョフー
技:"ダブルチョップ"
パキラ
フレア団のNo.2。本人曰く「ボスのかたわらに立つ女」。本人はNo.2の座に拘っているようだが、実質的には組織内ではフラダリと同等。トレーナーとしての実力は群を抜いており、メガシンカしているメガサーナイトを持つカルネを、最終進化してないテールナー(そして相性的に不利なはずのイベルタル)で一方的に嬲って勝利しており、フラダリを抜いてフレア団最強である。
表向きはホロキャスターの人気アナウンサーにしてカロスリーグ四天王だが、その正体はフレア団のスパイ。本性は部下であるミアレ出版編集長以上に冷酷非道かつ残忍なサディスト。謀略に長けており、アサメタウンの住民を洗脳して利用するなど、その作戦は卑劣極まりない。失敗した部下には容赦せず、自分が雇った宝石強盗をカエンジシの炎で火達磨にする、任務に失敗したしたっぱに暴行を加える等、 部下に対しては暴君の如く振舞っており、 団員からも恐れられている。それでいてアケビら四人の女性博士達の事は寵愛しており、アケビに自身のカエンジシを貸し与えたり、ギルガルドをしっかり育て上げたコレアを褒めるなど、首領格としての威厳とカリスマ性も兼ね備えている。フラダリに関しては彼女なりに敬意と忠義も抱いているが、彼の未練がましさに怒りを感じていたり、最終兵器の発動が失敗に終わっても平然とした顔をしていた事から、絶対的に忠誠を誓っている訳ではない事が伺える。
マスタータワー襲撃の黒幕も彼女であり、悪びれずにアナウンサーとして堂々と自作自演の報道をしていたなど、情報操作もミアレ出版編集長以上に悪質。その他にもカロスリーグに四天王として潜入し、カルネ達を常に監視していた。
アナウンサーとしての演技力は抜群であり、ある意味ではカルネ以上。カルネに対しては彼女の美貌への嫉妬と同時に異常なまでの執着心を抱いており、彼女をいたぶりたいと口にするなど、ある種の嗜虐的な愛情に近い感情を抱いている。
「大樹」の運搬の際にカルネとコルニをおびき寄せ、混戦の最中コレアにコルニからはキーストーンを奪わせ、カルネを「マジックルーム」の結界に閉じ込めて攫い「大樹」の作戦をまんまと成功させる。
それから暫く姿を消すが、「大樹」の下に眠っていたイベルタルの「繭」を見つけ、イベルタルに主と認められ、我が物とした事が判明した(これはクセロシキ達にとっても全くの想定外であった)。
手持ちポケモン
カエンジシ
パキラの主力ポケモン。主人に似て冷酷な性格である。
テールナー
フォッコ→テールナー
技:"ニトロチャージ"・"ほのおのうず"・"マジックルーム"
元々はプラターヌ博士がトロバ達に送ったポケモンの一匹であったが、ゼルネアスとイベルタルの戦いではぐれてしまう。フレア団に連れていかれ、パキラに一目で気に入られ、手持ちに加えられた。パキラに育てられた影響で冷酷な性格になり、カルネのメガサーナイトに勝利する程の実力を身に付けた。なお、フォッコと一緒に入っていたポケモン図鑑はパキラに壊された。
イベルタル
特性:ダークオーラ
技:"デスウイング"
アサメタウンでゼルネアスと戦った後、「大樹」になったゼルネアスの下で「繭」になって眠りについた。復活後、パキラの邪悪な心に共鳴したのか、彼女を主と認めた。
一時手持ち
ギルガルド
複数の人の心を操る実験の為、コレアから借りた。

科学者

クセロシキ
A班に所属し、他4人の科学者を統率している。白い肌をした巨漢の男性で、「~ゾ」が口癖。一切口を動かさずに話す。シトロンからポケモンとリュックを奪い、機械を作るよう脅迫した。「インパクションスーツ」など様々な機器を開発した優秀な科学者であり、その技術力だけはシトロンからも称賛されている。
最終兵器起動時にはコントロールルームで管理を行う。フラダリが特別視するエックスに実力に疑問を抱いており、その油断から兵器の吸収盤から電力を奪われゼルネアスの復活を許してしまう。パキラがイベルタルを手に入れるという予想外の事態には流石に余裕が無かったのか、動揺を隠せずワイ(ゼルネアス)とパキラ(イベルタル)の対決を慌てて仲裁した。
手持ちポケモン
カラマネロ
アケビ
B班に所属。茶髪のベリーショートヘアが特徴の女性。「アハハ!」が口癖。楽天的な性格だが、失敗したポケモンに仕置きしようとする非情な一面を持つ。
手持ちポケモン
ホルード
技:"マッドショット"
両耳から強力なパンチを繰り出す。"マッドショット"使用時の効果音は独特。
一時手持ち
カエンジシ
アサメタウンの襲撃でパキラに渡されたが、使いこなせなかった為、パキラに返した。
モミジ
B班に所属。青髪の女性。感情的になりやすく短気な性格で、他の科学者には態度が大きいがボスの命令には逆らえない。アケビからは「モミちゃん」と呼ばれるが、本人は気に入っていない様子。
手持ちポケモン
ヘルガー
技:"かえんほうしゃ"
モミジの尖兵的役割を担う。
コレア
A班に所属。七三分けの紫色の髪が特徴の女性。丁寧かつ、ときに回りくどい喋り方が特徴。剣術の達人で、ヒトツキを剣にしてエックス達を斬り殺そうとしたり、大岩を切断している。二度同じ失敗をしないための分析と努力を怠らない姿勢はパキラからも高く評価されている。
サナを利用してメガストーンを奪おうしたが、コルニの参戦で撤退する。その後「大樹」の運搬にも参加。コルニと再戦し、相討ちに持ち込まれるが作戦は成功したため結果はコレアの勝利となった。長期間ギルガルドの霊力下にあったことで消耗しており、バラの判断で強制的に戦線を離脱させられた。
手持ちポケモン
ギルガルド
特性:バトルスイッチ
技:"きりさく"・"キングシールド"
霊力で人の心を操る能力を持つ。ピンチの時は"キングシールド"での防戦も可能。パキラの実験で複数の人の心を操作する事に成功しており、パキラから「よく鍛えられている」と評された。
ヒトツキ
布を相手の腕に巻き付けて洗脳する。コレアの武器としても扱われており、大岩やワイの髪を切断している。
ライボルト
バラ
A班に所属。緑色のザンバラ髪が特徴の女性。至って無口な性格。読書家で豊富な知識を持つ。戦いに勝つ為であれば、邪魔者や他の科学者にも容赦なく暴力を振う。ただし、コレアにだけは優しく、ギルガルドを使って精神力を使い果たした彼女を敢えて気絶させるなど、ゲーム版同様非常に親密な仲である事が伺える。
最終兵器の起動を阻止しようとするジムリーダー達を妨害し、フクジと熾烈な戦いを繰り広げた。
手持ちポケモン
レパルダス
キリキザン

幹部

アカマロ
ゲームでは執事の姿だったが、一般の幹部と同じ姿をしている。コンコンブルを誘拐すべくマスタータワーに現れるが、突如現れたカルネによって失敗してしまう。
手持ちポケモン
ドラミドロ
クズモー(複数)

その他

宿屋の老婆
表向きはメイスイタウンで宿屋を営んでいる。予約した宿に泊まろうとしたエックス以外の4人を部屋に閉じ込めようとするも、ヤコちゃんに妨害されて失敗に終わる。
手持ちポケモン
シュシュプ
ワイに襲い掛かるも、ヤコちゃんに敗れる。
ミアレ出版編集長
ミアレ出版に新しくやってきた男性。怪しげに笑みを浮かべている。相手のポケモンが苦しむのを喜んだり、他人のポケモンを人質に取る等、冷酷かつ卑劣な性格。フレア団に都合の悪い記事の証拠隠滅・捏造を担当にしており、マスコミとしての倫理など持っていない最低な人物。
プリズムタワーでパンジーがスクープした伝説のポケモンの写真や記事を隠滅した。パンジーのエリちゃんを人質に取り、パンジーを殺害しようとするも、エックスの機転によってポケモンが倒され、自身もエリちゃんの電撃を受けて気絶する。前任の編集長は既にフレア団によって始末されたものと思われる。
第13章でマリとダイが撮影した隕石の映像を無許可でホウエン地方全土に放送した人物とよく似ているが、現時点での関係は不明。
手持ちポケモン
ゴロンダ
口にくわえた葉っぱでメガシンカしたガルとコガルの動きを読んでいたが、サラメの尻尾の炎で葉っぱを燃やされてしまい、敗北する。
コフーライ×2
技:"いかりのこな"
マリソとサラメを引き付けた。
下っ端の男
木に引っ掛かっていたライボルトナイトとエックスのガルーラナイトを奪うが、エックスに敗れる。その後は敗れた制裁としてパキラによって鎖で吊るされて暴行を受け、半殺しの目に遭わされるが、 シトロンを誘拐した事やギャラドスナイトを回収した功績で命だけは助けられる。
手持ちポケモン
チゴラス
技:"じしん"
ニャスパー×4→×3
4匹とも目が異なっている。4匹のうち3匹がクロケアのパンプジンに敗れて姿を消すが、残った1匹はパンプジンの"あやしいひかり"で混乱してその場にいた為、マチエールが面倒を見ることになった。
宝石強盗
ディアンシーを欲したパキラに雇われ、ある没落貴族の召使いとして潜入し、ディアンシーの情報を集めていた。そして計画を実行し、ディアンシーを誘拐しようと目論んでいたが、たまたまその場に居合わせたカルネ・コルニ・コンコンブルの三人によって失敗。
それでも何とかディアンシーの作った宝石をパキラに献上したが、図々しくも報酬を要求したため彼女の逆鱗に触れ、カエンジシ♀の炎で始末された。
手持ちポケモン
カメテテ
エスプリ
イクスパンションスーツという戦闘服を着用した謎の人物。最初はアカマロと共にコンコンブルを誘拐すべくマスタータワーに現れるが、駆けつけたカルネによって失敗。次に「大樹」の運搬の際にエックスと交戦するもまだ調整の済んでない「スニーキング機能」を使った事で機能が暴走し、クセロシキから撤退命令を受ける。
手持ちポケモン
オーロット
地面から根っこを生やし、相手を拘束する。
下っ端達
セキタイタウンのアジトでエックス達と交戦するも、敗北する。
手持ちポケモン
オンバット
ヌメラ
技:"だくりゅう"
グラエナ
マルノーム
レパルダス
ズルズキン

脚注

  1. ^ アララギ博士に対して「僕達がポケモンを略奪しているのなら、あなた達はポケモンの自由を略奪している」「ポケモンを物同然に扱っている」と言っている。
  2. ^ つまり、第12章におけるフレア団とはカロス地方そのものであり、主人公であるエックス達の方が地方に仇なす反逆者であるという最悪の事態に陥っている。