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トーマス・ハント・モーガン (Thomas Hunt Morgan, 1866年9月25日 - 1945年12月4日) はアメリカの遺伝学者。コロンビア大学教授（1904-1928）。
ケンタッキー州レキシントンのユダヤ系家系生まれ。キイロショウジョウバエを用いた研究で古典的な遺伝学の発展に貢献した。染色体が遺伝子の担体であるとする染色体説を実証し、1933年にノーベル生理学・医学賞を受賞した。弟子および孫弟子のうち８人が後にノーベル賞を受賞した。
動物学や発生学を学んだ後、ショウジョウバエを用いた遺伝学研究を行った。当時はメンデルの法則が再発見されたばかりであり、遺伝子の実体が DNA であることはもちろん分かっていないばかりか、遺伝子の存在すら疑問視されていた。彼の研究は遺伝子を染色体という実在する細胞内の部分に特定することができたことで、その物質としての実態を確認し、それを物質として研究する道を開いたことで、遺伝学の方向に重要な道を開いた。また、それまで作物や家畜などであった遺伝学の実験材料にショウジョウバエという非実用的な、しかしモデル生物として優れた素材を持ち込んだ点でも意義がある。これ以降の遺伝学ではより小さな生物をその実験材料とするようになる。
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