「ハプログループD1a2a (Y染色体)」の版間の差分

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』
履歴の双方向閲覧
← 古い編集新しい編集 →
削除された内容 追加された内容
ビジュアルウィキテキスト
→‎概略: 要出典部除去
書誌情報
1行目: 1行目:
{{Infobox haplogroup
{{Infobox haplogroup
| name = D1b (Y染色体)
| name = D1b (Y染色体)
| map =
| map =
| origin-date = 35000-40000年前<ref name="shi">{{cite journal|title=Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations |first13=Bing |last13=Su |first12=Li |last12=Jin |first11=R Spencer |last11=Wells |first10=Chun-Jie |last10=Xiao |first9=Runlin Z|last9=Ma|first8=Si-jie|last8=Tan|first7=Lu-Fang|last7=Liu|first6=Feng|last6=Zhang|first5=Xue-bin|last5=Qi|first4=Yong-li|last4=Dong|first3=Yi|last3=Peng|first2=Hua|last2=Zhong|first1=Hong|last1=Shi|journal=BMC Biology|publisher=BioMed Central|date=October 29, 2008|doi=10.1186/1741-7007-6-45|pmid=18959782|pmc=2605740|url=http://www.biomedcentral.com/1741-7007/6/45|accessdate=November 21, 2010|volume=6|page=45}} {{open access}}</ref>
| origin-date = 35000-40000年前<ref name="shi">{{cite journal|title=Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations |first13=Bing |last13=Su |first12=Li |last12=Jin |first11=R Spencer |last11=Wells |first10=Chun-Jie |last10=Xiao |first9=Runlin Z|last9=Ma|first8=Si-jie|last8=Tan|first7=Lu-Fang|last7=Liu|first6=Feng|last6=Zhang|first5=Xue-bin|last5=Qi|first4=Yong-li|last4=Dong|first3=Yi|last3=Peng|first2=Hua|last2=Zhong|first1=Hong|last1=Shi|journal=BMC Biology|publisher=BioMed Central|date=October 29, 2008|doi=10.1186/1741-7007-6-45|pmid=18959782|pmc=2605740|url=http://www.biomedcentral.com/1741-7007/6/45|accessdate=November 21, 2010|volume=6|page=45}} {{open access}}</ref>
| origin-place = 日本
| origin-place = 日本
| TMRCA = <!-- optional -->
| TMRCA = <!-- optional -->
| ancestor = [[ハプログループD (Y染色体)|D]]
| ancestor = [[ハプログループD (Y染色体)|D]]
| descendants =
| descendants =
| mutations = M55, M57, M64.1, M179, P37.1, P41.1, P190, 12f2b, Z3660
| mutations = M55, M57, M64.1, M179, P37.1, P41.1, P190, 12f2b, Z3660
| members = 日本列島（[[アイヌ]]、[[琉球民族]]、[[大和民族]]）
| members = 日本列島（[[アイヌ]]、[[琉球民族]]、[[大和民族]]）
}}
}}
[[File:Haplogroup D (Y-DNA) migration.png|thumb|280px|right|ハプログループDの移動想定経路]]
[[File:Haplogroup D (Y-DNA) migration.png|thumb|280px|right|ハプログループDの移動想定経路]]
14行目: 14行目:


== 概略 ==
== 概略 ==
ハプログループD1b(D-M64.1)は、[[日本列島]]で観察される。[[日本人]]の約32%<ref>YOUICHI SATO, TOSHIKATSU SHINKA, ASHRAF A. EWIS, AIKO YAMAUCHI, TERUAKI IWAMOTO, YUTAKA NAKAHORI [https://www.jstage.jst.go.jp/article/ase/122/3/122_140709/_article　Overview of genetic variation in the Y chromosome of modern Japanese males.]</ref>~39%<ref name = "Nonaka2007">{{cite journal|title=Y-chromosomal Binary Haplogroups in the Japanese Population and their Relationship to 16 Y-STR Polymorphisms|first3=N.|last3=Takezaki|first2=K.|last2=Minaguchi|author=Nonaka, I.|journal=[[Annals of Human Genetics]]|publisher=[[John Wiley & Sons]]|date=February 2, 2007|pmid=17274803|doi=10.1111/j.1469-1809.2006.00343.x|volume=71|issue=Pt 4|pages=480–95}}</ref>にみられ、[[沖縄]]や[[奄美大島]]では過半数を占める。[[アイヌ]]の80%以上<ref>Atsushi Tajima et al. (March 2, 2004). "Genetic origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages". Journal of Human Genetics 49 (4): 187–193. doi:10.1007/s10038-004-0131-x. OCLC 110247689. PMID 14997363.</ref>もこれに属する。ハプログループD1bは、日本で誕生してから3.8-3.7万年ほど経過していると考えられている<ref>Shi, Hong; Zhong, Hua; Peng, Yi; Dong, Yong-li; Qi, Xue-bin; Zhang, Feng; Liu, Lu-Fang; Tan, Si-jie; Ma, Runlin Z; Xiao, Chun-Jie; Wells, R Spencer; Jin, Li; Su, Bing (October 29, 2008). "Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations". BMC Biology (BioMed Central) 6: 45. doi:10.1186/1741-7007-6-45. PMC 2605740. PMID 18959782. Retrieved November 21, 2010. </ref>。
ハプログループD1b(D-M64.1)は、[[日本列島]]で観察される。[[日本人]]の約32%<ref>YOUICHI SATO, TOSHIKATSU SHINKA, ASHRAF A. EWIS, AIKO YAMAUCHI, TERUAKI IWAMOTO, YUTAKA NAKAHORI [https://doi.org/10.1537/ase.140709 Overview of genetic variation in the Y chromosome of modern Japanese males.] 『Anthropological Science.』2014年 122巻 3号 p.131-136</ref>~39%<ref name = "Nonaka2007">{{cite journal|title=Y-chromosomal Binary Haplogroups in the Japanese Population and their Relationship to 16 Y-STR Polymorphisms|first3=N.|last3=Takezaki|first2=K.|last2=Minaguchi|author=Nonaka, I.|journal=[[Annals of Human Genetics]]|publisher=[[John Wiley & Sons]]|date=February 2, 2007|pmid=17274803|doi=10.1111/j.1469-1809.2006.00343.x|volume=71|issue=Pt 4|pages=480–95}}</ref>にみられ、[[沖縄]]や[[奄美大島]]では過半数を占める。[[アイヌ]]の80%以上<ref>Atsushi Tajima et al. (March 2, 2004). "Genetic origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages". Journal of Human Genetics 49 (4): 187–193. {{doi|10.1007/s10038-004-0131-x}}. OCLC 110247689. PMID 14997363.</ref>もこれに属する。ハプログループD1bは、日本で誕生してから3.8-3.7万年ほど経過していると考えられている<ref>Shi, Hong; Zhong, Hua; Peng, Yi; Dong, Yong-li; Qi, Xue-bin; Zhang, Feng; Liu, Lu-Fang; Tan, Si-jie; Ma, Runlin Z; Xiao, Chun-Jie; Wells, R Spencer; Jin, Li; Su, Bing (October 29, 2008). "Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations". BMC Biology (BioMed Central) 6: 45. {{doi|10.1186/1741-7007-6-45}}. PMC 2605740. PMID 18959782. Retrieved November 21, 2010. </ref>。


東アジアの他地域ではD1bの姉妹型[[ハプログループD1a (Y染色体)|D1a]]が[[チベット人]]の最大49%、[[ヤオ族]]の30%観察される。さらにD1の姉妹型のD2が[[台湾]]や[[フィリピン]]の[[マクタン島]]で見つかっている。D1にもD2にも属さないD*は[[アンダマン諸島]]南部（[[オンゲ族]]、[[ジャラワ族]]）でサンプル数は少ないものの100%<ref name="jarwa_dna3"> /Kumarasamy Thangaraj, Lalji Singh, Alla G. Reddy, V.Raghavendra Rao, Subhash C. Sehgal, Peter A. Underhill, Melanie Pierson, Ian G. Frame, Erika Hagelberg（2003）；Genetic Affinities of the Andaman Islanders, a Vanishing Human Population ；Current Biology　Volume 13, Issue 2, 21 January 2003, Pages 86–93　doi:10.1016/S0960-9822(02)01336-2</ref>を占め、[[マリアナ諸島]]の[[グアム島]]で島民の17%にみられる<ref>{{cite web |url=http://eng.molgen.org/viewtopic.php?t=344 |title=Y-haplogroup D in Cebu, Philippines |publisher=A Genetic Genealogy Community |date=2012-05-12 |accessdate=2014-03-03 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20141014162752/http://eng.molgen.org/viewtopic.php?t=344 |archivedate=2014年10月14日 |deadurldate=2017年9月 }}</ref>。<br />
東アジアの他地域ではD1bの姉妹型[[ハプログループD1a (Y染色体)|D1a]]が[[チベット人]]の最大49%、[[ヤオ族]]の30%観察される。さらにD1の姉妹型のD2が[[台湾]]や[[フィリピン]]の[[マクタン島]]で見つかっている。D1にもD2にも属さないD*は[[アンダマン諸島]]南部（[[オンゲ族]]、[[ジャラワ族]]）でサンプル数は少ないものの100%<ref name="jarwa_dna3"> /Kumarasamy Thangaraj, Lalji Singh, Alla G. Reddy, V.Raghavendra Rao, Subhash C. Sehgal, Peter A. Underhill, Melanie Pierson, Ian G. Frame, Erika Hagelberg（2003）；Genetic Affinities of the Andaman Islanders, a Vanishing Human Population ；Current Biology Volume 13, Issue 2, 21 January 2003, Pages 86–93 {{doi|10.1016/S0960-9822(02)01336-2}}</ref>を占め、[[マリアナ諸島]]の[[グアム島]]で島民の17%にみられる<ref>{{cite web |url=http://eng.molgen.org/viewtopic.php?t=344 |title=Y-haplogroup D in Cebu, Philippines |publisher=A Genetic Genealogy Community |date=2012-05-12 |accessdate=2014-03-03 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20141014162752/http://eng.molgen.org/viewtopic.php?t=344 |archivedate=2014年10月14日 |deadurldate=2017年9月 }}</ref>。なお、D1b系統とこれらの他の[[ハプログループD (Y染色体)|ハプログループD]]のサブクレードとは概ね4万年以上の隔絶があり、他のハプログループと比べてサブクレード間でも近縁とは言えず、親グループ間並の時間的距離がある。しかし、その時間的距離にも関わらず、[[ハプログループD1a (Y染色体)|D1a]]系統は[[日本列島]]からも検出されているため[[日本人]]と無関係とは言えない<ref name = "ftdna2" />。
なお、D1b系統とこれらの他の[[ハプログループD (Y染色体)|ハプログループD]]のサブクレードとは概ね4万年以上の隔絶があり、他のハプログループと比べてサブクレード間でも近縁とは言えず、親グループ間並の時間的距離がある。しかし、その時間的距離にも関わらず、[[ハプログループD1a (Y染色体)|D1a]]系統は[[日本列島]]からも検出されているため[[日本人]]と無関係とは言えない<ref name = "ftdna2" />。
<!--Y FullとISOGGで系統樹が異なるため確定するまで保留
<!--Y FullとISOGGで系統樹が異なるため確定するまで保留
=== 分岐系統の概略 ===
=== 分岐系統の概略 ===
26行目: 25行目:
{{familytree|border=0|001|002|001=[[ハプログループD (Y染色体)|D(M174)]]|002=[[ハプログループE (Y染色体)|E(M96)]]<ref>[[アフリカ]]（[[バンツー]]語族等）</ref>}}
{{familytree|border=0|001|002|001=[[ハプログループD (Y染色体)|D(M174)]]|002=[[ハプログループE (Y染色体)|E(M96)]]<ref>[[アフリカ]]（[[バンツー]]語族等）</ref>}}
{{familytree|border=0| |)|-|-|.| |}}
{{familytree|border=0| |)|-|-|.| |}}
{{familytree|border=0|001|002|001=D1(CTS11577)<ref>[[チベット]]・[[日本]]共通祖</ref>|002=D2(L1378)<ref>[[フィリピン]]</ref>}}
{{familytree|border=0|001|002|001=D1(CTS11577)<ref>[[チベット]]・日本共通祖</ref>|002=D2(L1378)<ref>[[フィリピン]]</ref>}}
{{familytree|border=0| |)|-|-|-|-|-|.| |}}
{{familytree|border=0| |)|-|-|-|-|-|.| |}}
{{familytree|border=0|001|002|003|001=[[ハプログループD1a (Y染色体)|D1a(Z27276)]]<ref>[[チベット]]</ref>|002=|003=[[ハプログループD1b (Y染色体)|D1b(Z3660)]]<ref>[[日本]]・[[アンダマン諸島]]共通祖</ref>}}
{{familytree|border=0|001|002|003|001=[[ハプログループD1a (Y染色体)|D1a(Z27276)]]<ref>[[チベット]]</ref>|002=|003=[[ハプログループD1b (Y染色体)|D1b(Z3660)]]<ref>日本・[[アンダマン諸島]]共通祖</ref>}}
{{familytree|border=0| |)|-|-|.|||)|-|-|.|}}
{{familytree|border=0| |)|-|-|.|||)|-|-|.|}}
{{familytree|border=0|001|002|003|004|001=D1a1(M15)<ref>[[チベット]]、[[日本]]</ref>|002=D1a2(P99)<ref>[[チベット]]</ref>|003=D1b1(M64.1)<ref>[[日本]]</ref>|004=D1b2(Y34637)<ref>[[ジャラワ]]、[[オンゲ族|オンゲ]]</ref>}}
{{familytree|border=0|001|002|003|004|001=D1a1(M15)<ref>[[チベット]]、日本</ref>|002=D1a2(P99)<ref>[[チベット]]</ref>|003=D1b1(M64.1)<ref>日本</ref>|004=D1b2(Y34637)<ref>[[ジャラワ]]、[[オンゲ族|オンゲ]]</ref>}}
{{familytree|border=0| |||||||)|-|-|.|}}
{{familytree|border=0| |||||||)|-|-|.|}}
{{familytree|border=0|001|002|003|004|001=|002=|003=D1b1a(Z1622)<ref>[[日本]]</ref>|004=D1b1b(Z1516)<ref>[[日本]]</ref>}}
{{familytree|border=0|001|002|003|004|001=|002=|003=D1b1a(Z1622)<ref>日本</ref>|004=D1b1b(Z1516)<ref>日本</ref>}}
{{familytree/end}}
{{familytree/end}}
source:<br>
source:<br>
45行目: 44行目:
ハプログループDEは、ハプログループCFとともに、現在[[アフリカの角]]と呼ばれる地域から、[[ホモ・サピエンス]]としては初めて[[紅海]]を渡ってアフリカ大陸を脱出した。[[アラビア半島]]の南端から海岸沿いに東北に進み[[イラン]]付近に至った。さらにイラン付近から[[アルタイ山脈]]付近に北上し、約6万年前頃にアルタイ-チベット近辺でハプログループDEからハプログループDが誕生したと推定される。<ref>[[チベット人]]にハプログループDE*が観察される。</ref>
ハプログループDEは、ハプログループCFとともに、現在[[アフリカの角]]と呼ばれる地域から、[[ホモ・サピエンス]]としては初めて[[紅海]]を渡ってアフリカ大陸を脱出した。[[アラビア半島]]の南端から海岸沿いに東北に進み[[イラン]]付近に至った。さらにイラン付近から[[アルタイ山脈]]付近に北上し、約6万年前頃にアルタイ-チベット近辺でハプログループDEからハプログループDが誕生したと推定される。<ref>[[チベット人]]にハプログループDE*が観察される。</ref>


ハプログループDのうち、東進して日本列島に至り誕生したのがハプログループD1bであり、アルタイ-チベット付近にとどまったグループから誕生した系統が[[チベット人]]に高頻度のハプログループD1aである<ref>『DNA・考古・言語の学際研究が示す新・日本列島史』（勉誠出版　2009年）</ref>。[[アリゾナ大学]]のマイケル・F・ハマーは「[[縄文人]]の[[祖先]]は約5万年前には中央アジアにいた集団であり、彼らが東進を続けた結果、約3万年前に北方[[オホーツク]]ルートで[[北海道]]に到着し、日本列島でD1bが誕生した」とする説を唱えた<ref>http://www.eva.mpg.de/genetics/pdf/Japan.pdf</ref>。[[崎谷満]]はハプログループDが[[華北]]を経由し[[九州]]北部に到達し、日本列島でD1bが誕生したとしている<ref>『DNA・考古・言語の学際研究が示す新・日本列島史』（勉誠出版　2009年）</ref>。
ハプログループDのうち、東進して日本列島に至り誕生したのがハプログループD1bであり、アルタイ-チベット付近にとどまったグループから誕生した系統が[[チベット人]]に高頻度のハプログループD1aである<ref>『DNA・考古・言語の学際研究が示す新・日本列島史』（勉誠出版 2009年）</ref>。[[アリゾナ大学]]のマイケル・F・ハマーは「[[縄文人]]の[[祖先]]は約5万年前には中央アジアにいた集団であり、彼らが東進を続けた結果、約3万年前に北方[[オホーツク]]ルートで[[北海道]]に到着し、日本列島でD1bが誕生した」とする説を唱えた<ref>[http://www.eva.mpg.de/genetics/pdf/Japan.pdf Error 404]{{リンク切れ|date=2019年5月}}</ref>。[[崎谷満]]はハプログループDが[[華北]]を経由し[[九州]]北部に到達し、日本列島でD1bが誕生したとしている<ref>『DNA・考古・言語の学際研究が示す新・日本列島史』（勉誠出版 2009年）</ref>。


=== 日本到達以降 ===
=== 日本到達以降 ===
52行目: 51行目:
==各地における頻度==
==各地における頻度==
日本各地で高い頻度を誇るが、特に[[東日本]]や[[沖縄]]に多い。
日本各地で高い頻度を誇るが、特に[[東日本]]や[[沖縄]]に多い。
*[[青森]]：38.5%
* [[青森]]：38.5%
*[[静岡]]：32.8%
* [[静岡]]：32.8%
*[[徳島]]：25.7%
* [[徳島]]：25.7%
*[[九州]]：26.4%
* [[九州]]：26.4%
*[[沖縄]]：55.6%
* [[沖縄]]：55.6%
（Hammer et al. 2006<ref name = Hammer>Hammer, Michael F.; Karafet, Tatiana M.; Park, Hwayong; Omoto, Keiichi; Harihara, Shinji; Stoneking, Mark; Horai, Satoshi (2006). "Dual origins of the Japanese: Common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes". Journal of Human Genetics 51 (1): 47–58. doi:10.1007/s10038-005-0322-0. PMID 16328082.</ref>）
（Hammer et al. 2006<ref name = Hammer>Hammer, Michael F.; Karafet, Tatiana M.; Park, Hwayong; Omoto, Keiichi; Harihara, Shinji; Stoneking, Mark; Horai, Satoshi (2006). "Dual origins of the Japanese: Common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes". Journal of Human Genetics 51 (1): 47–58. {{doi|10.1007/s10038-005-0322-0}}. PMID 16328082.</ref>）


*[[アイヌ]]：87.5%（Tajima et al. 2004<ref>Tajima,A. et al. (2004). "Genetic origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages". Journal of Human Genetics 49 (4): 187–193. </ref>）
*[[アイヌ]]：87.5%（Tajima et al. 2004<ref>Tajima,A. et al. (2004). "Genetic origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages". Journal of Human Genetics 49 (4): 187–193. </ref>）


また、国外では韓国、ミクロネシア、ティモール島などで低頻度にみられる。いずれも旧日本領地域であり、[[第二次世界大戦]]中またはその直前の日本統治時代にもたらされた可能性がある。
また、国外では韓国、ミクロネシア、ティモール島などで低頻度にみられる。いずれも旧日本領地域であり、[[第二次世界大戦]]中またはその直前の日本統治時代にもたらされた可能性がある。
*[[ミクロネシア]]：5.9％（1/17; Hammer et al. 2006<ref name = Hammer/>）
*[[ミクロネシア]]：5.9%（1/17; Hammer et al. 2006<ref name = Hammer/>）
*[[韓国]]：4.0% (3/75; Hammer et al. 2006<ref name = Hammer/>)
*[[韓国]]：4.0% (3/75; Hammer et al. 2006<ref name = Hammer/>)
*[[ティモール島]]：0.2%（Meryanne et al. 2014<ref>Meryanne K Tumonggor, Tatiana M Karafet, Sean Downey, et al., "Isolation, contact and social behavior shaped genetic diversity in West Timor." Journal of Human Genetics (2014) 59, 494–503; doi:10.1038/jhg.2014.62</ref>）
*[[ティモール島]]：0.2%（Meryanne et al. 2014<ref>Meryanne K Tumonggor, Tatiana M Karafet, Sean Downey, et al., "Isolation, contact and social behavior shaped genetic diversity in West Timor." Journal of Human Genetics (2014) 59, 494–503; {{doi|10.1038/jhg.2014.62}}</ref>）


==縄文人の古代DNA==
==縄文人の古代DNA==
北海道[[礼文島]]の船泊遺跡（[[縄文時代]]後期前葉から中葉（約3,800～3,500 年前））から出土した人骨・船泊5号のY染色体は、'''ハプログループD1b2a'''(D-CTS220)であった<ref>神澤ほか(2016)「礼文島船泊縄文人の核ゲノム解析」第70回日本人類学大会[http://anthrop-meeting.sakura.ne.jp/70/pdf/ittupan_proceeding%20.pdf]</ref>。これにより「ハプログループD1b系統は[[縄文人|縄文系]]である」という従来からの仮説が実証された。
北海道[[礼文島]]の船泊遺跡（[[縄文時代]]後期前葉から中葉（約3,800-3,500 年前））から出土した人骨・船泊5号のY染色体は、'''ハプログループD1b2a'''(D-CTS220)であったref>神澤ほか(2016)「C6 礼文島船泊縄文人の核ゲノム解析」第70回日本人類学大会[http://anthrop-meeting.sakura.ne.jp/70/pdf/ittupan_proceeding%20.pdf]</ref><ref>[http://www.kahaku.go.jp/procedure/press/pdf/150678.pdf 遺伝子から続々解明される縄文人の起源－高精度縄文人ゲノムの取得に成功－] 国立科学博物館 平成31年5月13日</ref>。これにより「ハプログループD1b系統は[[縄文人|縄文系]]である」という従来からの仮説が立証された。


== 系統樹 ==
== 系統樹 ==
ハプログループDの分岐については[[2017年]][[9月7日]]改訂のISOGGの系統樹（ver.12.241）による<ref>[http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpD.html Y-DNA Haplogroup D and its Subclades - 2017]</ref>。
ハプログループDの分岐については2017年9月7日改訂のISOGGの系統樹(ver.12.241)による<ref>[http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpD.html Y-DNA Haplogroup D and its Subclades - 2017]</ref>。


*'''[[ハプログループD (Y染色体)|D1b]]''' (M55, M57, M64.1/Page44.1, M179/Page31, M359.1/P41.1, P37.1, P190, 12f2.2, Z3660) - <ref name = "jarwa_dna1">[https://www.yfull.com/tree/D/ YFull Haplogroup YTree v6.02 at 02 April 2018]</ref><ref name = "jarwa_dna2">[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1y8RwZAbBlJPAnZHC9WenR6gjcH9BjSG7QprLgbgxnoA/edit#gid=0 v13.102 30 April 2018]</ref><ref name = "jarwa_dna3" />）、[[日本人|日本]](本島、[[アイヌ]]、[[沖縄]])
*'''[[ハプログループD (Y染色体)|D1b]]''' (M55, M57, M64.1/Page44.1, M179/Page31, M359.1/P41.1, P37.1, P190, 12f2.2, Z3660) - <ref name = "jarwa_dna1">[https://www.yfull.com/tree/D/ YFull Haplogroup YTree v6.02 at 02 April 2018]</ref><ref name = "jarwa_dna2">[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1y8RwZAbBlJPAnZHC9WenR6gjcH9BjSG7QprLgbgxnoA/edit#gid=0 v13.102 30 April 2018]</ref><ref name = "jarwa_dna3" />）、[[日本人|日本]](本島、[[アイヌ]]、[[沖縄]])
82行目: 81行目:
******'''D1b1a2b1''' (CTS3397)
******'''D1b1a2b1''' (CTS3397)
*******'''D1b1a2b1a''' (Z1500)
*******'''D1b1a2b1a''' (Z1500)
********'''D1b1a2b1a1''' (Z1504, CTS8093) - 日本([[愛知県|愛知]])<ref name = "ftdna2">[https://www.familytreedna.com/public/japan/default.aspx?section=yresults JAPAN Y-DNA Project]</ref>
********'''D1b1a2b1a1''' (Z1504, CTS8093) - 日本（愛知）<ref name = "ftdna2">[https://www.familytreedna.com/public/japan/default.aspx?section=yresults JAPAN Y-DNA Project]</ref>
*********'''D1b1a2b1a1a''' (FGC6373) - 日本([[広島県|広島]])<ref name = "ftdna2" />
*********'''D1b1a2b1a1a''' (FGC6373) - 日本（広島）<ref name = "ftdna2" />
**********'''D1b1a2b1a1a1''' (L137.3) - 日本([[静岡県|静岡]])<ref name = "ftdna2" />
**********'''D1b1a2b1a1a1''' (L137.3) - 日本（静岡）<ref name = "ftdna2" />
***********'''D1b1a2b1a1a1a''' (Z40625)
***********'''D1b1a2b1a1a1a''' (Z40625)
***********'''D1b1a2b1a1a1b''' (CTS217)
***********'''D1b1a2b1a1a1b''' (CTS217)
113行目: 112行目:
***'''D1b1c''' (CTS6609)
***'''D1b1c''' (CTS6609)
****'''D1b1c1''' (CTS1897/Z1574)
****'''D1b1c1''' (CTS1897/Z1574)
*****'''D1b1c1a''' (CTS11032) - 日本([[愛知県|愛知]])<ref name = "ftdna2" />
*****'''D1b1c1a''' (CTS11032) - 日本（愛知）<ref name = "ftdna2" />
******'''D1b1c1a1''' (CTS218/V1105/Z1527)
******'''D1b1c1a1''' (CTS218/V1105/Z1527)
*******'''D1b1c1a1a''' (CTS6909)
*******'''D1b1c1a1a''' (CTS6909)
126行目: 125行目:
******'''D1b1c1b1''' (CTS974)
******'''D1b1c1b1''' (CTS974)
******'''D1b1c1b2''' (CTS722)
******'''D1b1c1b2''' (CTS722)
*****'''D1b1c1c''' (Z30644) - 日本([[福島県|福島]])<ref name = "ftdna2" />
*****'''D1b1c1c''' (Z30644) - 日本（福島）<ref name = "ftdna2" />
******'''D1b1c1c1''' (CTS4292)
******'''D1b1c1c1''' (CTS4292)
*******'''D1b1c1c1a''' (Z31517)
*******'''D1b1c1c1a''' (Z31517)
*******'''D1b1c1c1b''' (CTS1798)
*******'''D1b1c1c1b''' (CTS1798)
******'''D1b1c1c2''' (Z31512)
******'''D1b1c1c2''' (Z31512)
*****'''D1b1c1d''' (CTS5641) - 日本([[京都府|京都]])<ref name = "ftdna2" />
*****'''D1b1c1d''' (CTS5641) - 日本（京都）<ref name = "ftdna2" />
*****'''D1b1c1e''' (CTS429)
*****'''D1b1c1e''' (CTS429)
****'''D1b1c2''' (CTS103)
****'''D1b1c2''' (CTS103)
*****'''D1b1c2a''' (Z42462)
*****'''D1b1c2a''' (Z42462)
**'''D1b2''' (CTS131)
**'''D1b2''' (CTS131)
***'''D1b2a''' (CTS220) - 日本([[礼文島]]の[[縄文人]])<ref>神澤ほか(2016)「礼文島船泊縄文人の核ゲノム解析」第70回日本人類学大会[http://anthrop-meeting.sakura.ne.jp/70/pdf/ittupan_proceeding%20.pdf]</ref>
***'''D1b2a''' (CTS220) - 日本([[礼文島]]の縄文人)<ref>神澤ほか(2016)「礼文島船泊縄文人の核ゲノム解析」第70回日本人類学大会[http://anthrop-meeting.sakura.ne.jp/70/pdf/ittupan_proceeding%20.pdf]</ref>
****'''D1b2a1''' (CTS10495)
****'''D1b2a1''' (CTS10495)
*****'''D1b2a1a''' (Z31507)
*****'''D1b2a1a''' (Z31507)
*****'''D1b2a1b''' (CTS624)
*****'''D1b2a1b''' (CTS624)
****'''D1b2a2''' (CTS11285) - 日本([[大阪府|大阪]]、[[熊本県|熊本]])<ref name = "ftdna2" /><ref>[http://www.ysearch.org/alphalist_view.asp?uid=&letter=K&lastname=Kimura&viewuid=DH946&p=0 ysearch DNA of Kimura (D-CTS11285)]</ref>
****'''D1b2a2''' (CTS11285) - 日本（大阪）、（熊本）<ref name = "ftdna2" /><ref>[http://www.ysearch.org/alphalist_view.asp?uid=&letter=K&lastname=Kimura&viewuid=DH946&p=0 ysearch DNA of Kimura (D-CTS11285)]</ref>
*****'''D1b2a2a''' (PH2316) - 日本([[岩手県|岩手]])<ref name = "ftdna2" />
*****'''D1b2a2a''' (PH2316) - 日本（岩手）<ref name = "ftdna2" />
******'''D1b2a2a1''' (Z38287)
******'''D1b2a2a1''' (Z38287)
*******'''D1b2a2a1a''' (Z38284)
*******'''D1b2a2a1a''' (Z38284)
******'''D1b2a2a2''' (Z38289) - 日本([[兵庫県|兵庫]])<ref name = "ftdna2" />
******'''D1b2a2a2''' (Z38289) - 日本（兵庫）<ref name = "ftdna2" />
*****'''D1b2a2b''' (CTS288)
*****'''D1b2a2b''' (CTS288)
******'''D1b2a2b1''' (CTS1815)
******'''D1b2a2b1''' (CTS1815)
152行目: 151行目:
== 脚注 ==
== 脚注 ==
{{脚注ヘルプ}}
{{脚注ヘルプ}}
{{Reflist|2}}
{{Reflist|30em}}
<!-- == 参考文献 == -->
<!-- == 参考文献 == -->


2019年5月17日 (金) 01:24時点における版

ハプログループ D1b (Y染色体)
発生時期 35000-40000年前[1]
推定発生地 日本
親系統 D
定義づけられる変異 M55, M57, M64.1, M179, P37.1, P41.1, P190, 12f2b, Z3660
高頻度民族・地域 日本列島（アイヌ、琉球民族、大和民族）
ハプログループDの移動想定経路

ハプログループD-M55 (Y染色体)（ハプログループD-M55 (Yせんしょくたい)、英: Haplogroup D-M55 (Y chromosome)）とは、分子人類学で用いられる、人類のY染色体ハプログループ（単倍群）の分類のうち、ハプログループDのサブクレード（細分岐）の一つで、「M55」[2]の子孫の系統である。3万年ほど前に日本列島で誕生したと考えられ、現在日本人の3割ないし4割[3]がこのハプログループに属している。従来はハプログループD2と系統名称で呼ばれていたが、2014年5月23日、ISOGGの系統樹が更新されたことにより、本項目で語られている内容の系統名称はハプログループD1bと改訂されている。

概略

ハプログループD1b(D-M64.1)は、日本列島で観察される。日本人の約32%[4]~39%[5]にみられ、沖縄や奄美大島では過半数を占める。アイヌの80%以上[6]もこれに属する。ハプログループD1bは、日本で誕生してから3.8-3.7万年ほど経過していると考えられている[7]。

東アジアの他地域ではD1bの姉妹型D1aがチベット人の最大49%、ヤオ族の30%観察される。さらにD1の姉妹型のD2が台湾やフィリピンのマクタン島で見つかっている。D1にもD2にも属さないD*はアンダマン諸島南部（オンゲ族、ジャラワ族）でサンプル数は少ないものの100%[8]を占め、マリアナ諸島のグアム島で島民の17%にみられる[9]。なお、D1b系統とこれらの他のハプログループDのサブクレードとは概ね4万年以上の隔絶があり、他のハプログループと比べてサブクレード間でも近縁とは言えず、親グループ間並の時間的距離がある。しかし、その時間的距離にも関わらず、D1a系統は日本列島からも検出されているため日本人と無関係とは言えない[10]。

歴史

日本へ至るまで

現生人類（ホモ・サピエンス）の誕生後、Y染色体アダムからハプログループAやハプログループBの系統と、いわゆるユーラシアン・アダムの子孫たちを含むグループとに人類は分化していった。後者の中から一塩基多型の変異（いわゆるYAPと言われる痕跡）が、約6.5万年前頃にアフリカ大陸の北東部（現在のスーダンからエチオピア高原の辺り）において生じた。これがハプログループDとハプログループEの親グループである、ハプログループDEである。

ハプログループDEは、ハプログループCFとともに、現在アフリカの角と呼ばれる地域から、ホモ・サピエンスとしては初めて紅海を渡ってアフリカ大陸を脱出した。アラビア半島の南端から海岸沿いに東北に進みイラン付近に至った。さらにイラン付近からアルタイ山脈付近に北上し、約6万年前頃にアルタイ-チベット近辺でハプログループDEからハプログループDが誕生したと推定される。[11]

ハプログループDのうち、東進して日本列島に至り誕生したのがハプログループD1bであり、アルタイ-チベット付近にとどまったグループから誕生した系統がチベット人に高頻度のハプログループD1aである[12]。アリゾナ大学のマイケル・F・ハマーは「縄文人の祖先は約5万年前には中央アジアにいた集団であり、彼らが東進を続けた結果、約3万年前に北方オホーツクルートで北海道に到着し、日本列島でD1bが誕生した」とする説を唱えた[13]。崎谷満はハプログループDが華北を経由し九州北部に到達し、日本列島でD1bが誕生したとしている[14]。

日本到達以降

当時無人の日本列島に到達したハプログループD1系統は、海洋資源に恵まれ、温暖であったため日本で繁栄した。中国大陸から弥生人が日本列島にやってくるまでの約3万5,000年間に、日本列島においてハプログループD1の中からハプログループD1bが誕生したと考えられる。彼らは縄文人として、彫りの深い顔、濃い髭、二重まぶたの特徴を持ち、主に浅瀬で漁をして生活をし、のちにはO系統などの弥生人と融合し、陸稲を栽培していたと考えられる。

各地における頻度

日本各地で高い頻度を誇るが、特に東日本や沖縄に多い。

（Hammer et al. 2006[15]）

また、国外では韓国、ミクロネシア、ティモール島などで低頻度にみられる。いずれも旧日本領地域であり、第二次世界大戦中またはその直前の日本統治時代にもたらされた可能性がある。

縄文人の古代DNA

北海道礼文島の船泊遺跡（縄文時代後期前葉から中葉（約3,800-3,500 年前））から出土した人骨・船泊5号のY染色体は、ハプログループD1b2a(D-CTS220)であったref>神澤ほか(2016)「C6 礼文島船泊縄文人の核ゲノム解析」第70回日本人類学大会[2]</ref>[18]。これにより「ハプログループD1b系統は縄文系である」という従来からの仮説が立証された。

系統樹

ハプログループDの分岐については2017年9月7日改訂のISOGGの系統樹(ver.12.241)による[19]。

  • D1b (M55, M57, M64.1/Page44.1, M179/Page31, M359.1/P41.1, P37.1, P190, 12f2.2, Z3660) - [20][21][8]）、日本(本島、アイヌ、沖縄)
    • D1b1 (M116.1)
      • D1b1a (M125)
        • D1b1a1 (P42)
          • D1b1a1a (P12_1, P12_2, P12_3)
        • D1b1a2 (IMS-JST022457)
          • D1b1a2a (P53.2)
          • D1b1a2b (IMS-JST006841/Page3)
            • D1b1a2b1 (CTS3397)
              • D1b1a2b1a (Z1500)
                • D1b1a2b1a1 (Z1504, CTS8093) - 日本（愛知）[10]
                  • D1b1a2b1a1a (FGC6373) - 日本（広島）[10]
                    • D1b1a2b1a1a1 (L137.3) - 日本（静岡）[10]
                      • D1b1a2b1a1a1a (Z40625)
                      • D1b1a2b1a1a1b (CTS217)
                      • D1b1a2b1a1a1c (Z38475)
                    • D1b1a2b1a1a2 (FGC6372)
                    • D1b1a2b1a1a3 (CTS10649)
                    • D1b1a2b1a1a4 (Z40609)
                  • D1b1a2b1a1b (Z40614)
                  • D1b1a2b1a1c (Z31543)
                  • D1b1a2b1a1d (FGC30021)
                  • D1b1a2b1a1e (Z31548)
                  • D1b1a2b1a1f (Z31553)
                  • D1b1a2b1a1g (CTS6223)
                  • D1b1a2b1a1h (CTS4093)
                  • D1b1a2b1a1i (Z40687)
                    • D1b1a2b1a1i1 (Z35641)
                    • D1b1a2b1a1i2 (Z40688)
                  • D1b1a2b1a1j (CTS5058)
                  • D1b1a2b1a1k (FGC34008)
                • D1b1a2b1a2 (CTS266)
                • D1b1a2b1a3 (Z40672)
              • D1b1a2b1b (CTS1372)
            • D1b1a2b2 (CTS5581)
        • D1b1a3 (CTS10972)
          • D1b1a3a (Z31538)
          • D1b1a3b (CTS232)
      • D1b1b (P120)
      • D1b1c (CTS6609)
        • D1b1c1 (CTS1897/Z1574)
          • D1b1c1a (CTS11032) - 日本（愛知）[10]
            • D1b1c1a1 (CTS218/V1105/Z1527)
              • D1b1c1a1a (CTS6909)
                • D1b1c1a1a1 (CTS6969)
                • D1b1c1a1a2 (CTS9770)
              • D1b1c1a1b (CTS3033)
                • D1b1c1a1b1 (M2176)
                • D1b1c1a1b2 (CTS2472)
              • D1b1c1a1c (M151)
            • D1b1c1a2 (F8521.3)
          • D1b1c1b (CTS1964)
            • D1b1c1b1 (CTS974)
            • D1b1c1b2 (CTS722)
          • D1b1c1c (Z30644) - 日本（福島）[10]
            • D1b1c1c1 (CTS4292)
              • D1b1c1c1a (Z31517)
              • D1b1c1c1b (CTS1798)
            • D1b1c1c2 (Z31512)
          • D1b1c1d (CTS5641) - 日本（京都）[10]
          • D1b1c1e (CTS429)
        • D1b1c2 (CTS103)
          • D1b1c2a (Z42462)
    • D1b2 (CTS131)
      • D1b2a (CTS220) - 日本(礼文島の縄文人)[22]
        • D1b2a1 (CTS10495)
          • D1b2a1a (Z31507)
          • D1b2a1b (CTS624)
        • D1b2a2 (CTS11285) - 日本（大阪）、（熊本）[10][23]
          • D1b2a2a (PH2316) - 日本（岩手）[10]
            • D1b2a2a1 (Z38287)
              • D1b2a2a1a (Z38284)
            • D1b2a2a2 (Z38289) - 日本（兵庫）[10]
          • D1b2a2b (CTS288)
            • D1b2a2b1 (CTS1815)
            • D1b2a2b2 (Z40665)
      • D1b2b (CTS68)

脚注

[脚注の使い方]
  1. ^ Shi, Hong; Zhong, Hua; Peng, Yi; Dong, Yong-li; Qi, Xue-bin; Zhang, Feng; Liu, Lu-Fang; Tan, Si-jie et al. (October 29, 2008). “Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations”. BMC Biology (BioMed Central) 6: 45. doi:10.1186/1741-7007-6-45. PMC 2605740. PMID 18959782. http://www.biomedcentral.com/1741-7007/6/45 2010年11月21日閲覧。.  オープンアクセス
  2. ^ D1bを特徴づける変異（遺伝子マーカー）は、M55, M57, M64.1, M179, P37.1, P41.1, P190, 12f2bと多数見つかっている。これらの各変異は相前後して発生し、変異が起きなかった系統は廃れたと考えられる。
  3. ^ Hammer等(2006)によれば34.8%、野中・水口(2006)によれば39.2%、水野等(2010)によれば32.8%
  4. ^ YOUICHI SATO, TOSHIKATSU SHINKA, ASHRAF A. EWIS, AIKO YAMAUCHI, TERUAKI IWAMOTO, YUTAKA NAKAHORI Overview of genetic variation in the Y chromosome of modern Japanese males. 『Anthropological Science.』2014年 122巻 3号 p.131-136
  5. ^ Nonaka, I.; Minaguchi, K.; Takezaki, N. (February 2, 2007). “Y-chromosomal Binary Haplogroups in the Japanese Population and their Relationship to 16 Y-STR Polymorphisms”. Annals of Human Genetics (John Wiley & Sons) 71 (Pt 4): 480–95. doi:10.1111/j.1469-1809.2006.00343.x. PMID 17274803. 
  6. ^ Atsushi Tajima et al. (March 2, 2004). "Genetic origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages". Journal of Human Genetics 49 (4): 187–193. doi:10.1007/s10038-004-0131-x. OCLC 110247689. PMID 14997363.
  7. ^ Shi, Hong; Zhong, Hua; Peng, Yi; Dong, Yong-li; Qi, Xue-bin; Zhang, Feng; Liu, Lu-Fang; Tan, Si-jie; Ma, Runlin Z; Xiao, Chun-Jie; Wells, R Spencer; Jin, Li; Su, Bing (October 29, 2008). "Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations". BMC Biology (BioMed Central) 6: 45. doi:10.1186/1741-7007-6-45. PMC 2605740. PMID 18959782. Retrieved November 21, 2010.
  8. ^ a b /Kumarasamy Thangaraj, Lalji Singh, Alla G. Reddy, V.Raghavendra Rao, Subhash C. Sehgal, Peter A. Underhill, Melanie Pierson, Ian G. Frame, Erika Hagelberg（2003）；Genetic Affinities of the Andaman Islanders, a Vanishing Human Population ；Current Biology Volume 13, Issue 2, 21 January 2003, Pages 86–93 doi:10.1016/S0960-9822(02)01336-2
  9. ^ “Y-haplogroup D in Cebu, Philippines”. A Genetic Genealogy Community (2012年5月12日). 2014年10月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。2014年3月3日閲覧。
  10. ^ a b c d e f g h i j JAPAN Y-DNA Project
  11. ^ チベット人にハプログループDE*が観察される。
  12. ^ 『DNA・考古・言語の学際研究が示す新・日本列島史』（勉誠出版 2009年）
  13. ^ Error 404[リンク切れ]
  14. ^ 『DNA・考古・言語の学際研究が示す新・日本列島史』（勉誠出版 2009年）
  15. ^ a b c Hammer, Michael F.; Karafet, Tatiana M.; Park, Hwayong; Omoto, Keiichi; Harihara, Shinji; Stoneking, Mark; Horai, Satoshi (2006). "Dual origins of the Japanese: Common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes". Journal of Human Genetics 51 (1): 47–58. doi:10.1007/s10038-005-0322-0. PMID 16328082.
  16. ^ Tajima,A. et al. (2004). "Genetic origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages". Journal of Human Genetics 49 (4): 187–193.
  17. ^ Meryanne K Tumonggor, Tatiana M Karafet, Sean Downey, et al., "Isolation, contact and social behavior shaped genetic diversity in West Timor." Journal of Human Genetics (2014) 59, 494–503; doi:10.1038/jhg.2014.62
  18. ^ 遺伝子から続々解明される縄文人の起源－高精度縄文人ゲノムの取得に成功－ 国立科学博物館 平成31年5月13日
  19. ^ Y-DNA Haplogroup D and its Subclades - 2017
  20. ^ YFull Haplogroup YTree v6.02 at 02 April 2018
  21. ^ v13.102 30 April 2018
  22. ^ 神澤ほか(2016)「礼文島船泊縄文人の核ゲノム解析」第70回日本人類学大会[1]
  23. ^ ysearch DNA of Kimura (D-CTS11285)
ヒトのY染色体ハプログループの系統樹
Y染色体アダム (Y-MRCA)
A0 A1
A1a A1b
A1b1 BT
B CT
DE CF
D E C F
G H IJK
IJ K
I J K1 K2
L T MS NO P K2*
N O Q R

関連項目

外部リンク

スタブアイコン

この項目は、生物学に関連した書きかけの項目です。この項目を加筆・訂正などしてくださる協力者を求めています（プロジェクト:生命科学／Portal:生物学）。

「https://ja.wikipedia.org/w/index.php?title=ハプログループD1a2a_(Y染色体)&oldid=72775986」から取得