1901年、王立パチューカ鉱山会社（Compañía Real del Monte y Pachuca）で働いていたコーンウォール地方（イングランド）出身移民がパチューカ・アスレティック・クラブ（Pachuca Athletic Club）を設立した。選手たちはウィリアム・ブラミーが所有していた鉱山で働いており、当初は余暇時間にのみ練習をしていた。鉱山労働者にサッカーを紹介したのはイギリス人のアルフレッド・C・クロールであり、彼らにサッカーボールとルールを提供した。周りの州でも、アルビネグロス・デ・オリサバ、レフォルマAC、ブリティッシュFC、プエブラAC、メキシコ・クリケットクラブなどのサッカークラブが次々と誕生した。1907年7月19日にはプリメーラ・ディビシオンが設立され、パチューカは設立メンバーとなった。1908年シーズンにはメキシコ生まれのダビド・イスラスがチームに加わったが、1910年にはメキシコ革命が発生し、パチューカなど3クラブを除いてメキシコからプロサッカーの火が消えた。1915年までにほとんどの選手がメキシコ出身者となり、1917年から1920年にはクロール監督の下でリーグ優勝を果たした。多くの選手がメキシコシティに移ったため、1920-21シーズンはクラブの活動を一時中止した。その後は長らくセグンダ・ディビシオン（当時2部）に在籍した。
1998-99シーズンには、ハビエル・アギーレ監督の下でプリメーラ・ディビシオン残留。インビエルノ1999のレギュラーシーズンは7位だったが、リギージャでは決勝に進出。決勝のクルス・アスル戦ではアルゼンチン人のアレハンドロ・グラリアがゴールデンゴールを決めて、プロリーグ化後初のリーグ優勝。この優勝によってコパ・メルコノルテに出場。ベラーノ2001のリギージャでは決勝に進出したが、サントス・ラグーナに敗れて準優勝だった。2001年1月29日、主力選手のパブロ・エルナン・ゴメスが自動車事故で死去した。2001年末にはアギーレ監督がメキシコ代表監督に就任し、2002 FIFAワールドカップ・北中米カリブ海予選で予選敗退の危機に瀕していたチームを立て直した。アギーレ監督の後任にはアルフレード・テーナ監督が就任し、テーナ監督はインビエルノ2001のリギージャで決勝進出に導くと、UANLティグレスに勝利して2度目のリーグ優勝。2001年にはメキシコのクラブとして初めて創立100周年を迎え、多くの祝賀行事が催された。ビクトル・マヌエル・ブセティッチ監督がチームを率い、アペルトゥーラ2003のリギージャ決勝ではUANLティグレスを下してプロ化後3度目の優勝。2000年前後以降の躍進により、エル・エキポ・デ・メヒコ（El Equipo de México、メキシコ最高のクラブ）というニックネームを授かった。2003年から2006年の間は社会面や財政面での問題に労力を奪われ、2シーズン連続でリギージャ進出を逃した。しかし、クラウスーラ2006ではレギュラーシーズンで1位となり、リギージャの決勝ではサン・ルイスFCを破って優勝した。2006年にはコパ・スダメリカーナに出場し、決勝ではCSDコロコロ（チリ）と対戦。ホームでのファーストレグは1-1の引き分けに終わったが、アウェーでのセカンドレグには2-1で勝利し、2試合合計3-2で初優勝。メキシコのクラブとして初めて、また北中米カリブ海サッカー連盟（CONCACAF）所属クラブとして初めて南米サッカー連盟（CONMEBOL）主催大会を制し、自クラブが所属する大陸とは異なる大陸のクラブ選手権を制したことのある世界で唯一のクラブとなった。
ヘスス・マルティネス・パティーニョ
マルティン・パレルモ
ハビエル・アギーレ 1998.7–2001.6
カルロス・トゥルーコ 2003
ディエゴ・アロンソ 2014.12-2018.5
パコ・アジェスタラン 2018.6-2019.1
アンドレス・チティーバ
ミゲル・カレロ 2000-2012
イルデフォンス・リマ・ソラ 2002
イバン・ウルタード 2004-2005
フアン・アランゴ 2001-2003
本田圭佑 2017-2018
クリスティアン・コヘア・ディオニシオ 2008-2009
ハーキュリーズ・ゴメス 2010-2011
