ハプログループD (mtDNA)

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ハプログループD (mtDNA)(ハプログループD (ミトコンドリアDNA)、: Haplogroup D (mtDNA))とは、分子人類学で用いられる、人類ミトコンドリアDNAハプログループ(型集団)の分類のうち、ハプログループMを祖先に持ち「4883 5178A 16362」により定義されるものである[1][2][3]

分布[編集]

ハプログループDは48000年前に東アジアで誕生し、東アジア・東南アジア北アジア中央アジアそしてアメリカ大陸に至るまで広範囲に観察される。形質人類学におけるモンゴロイドの分布域と概ね重なる。日本人の約41%-42%がこの系統に属する[4][5][6]、D4は日本人の30%以上が属す最も高頻度のグループとなっているが、D5は僅か5%程度となっている[7][8][9][10][11][12]長寿の傾向がある遺伝子とされている[7][8][9][10][11][12]

下位系統[編集]

大別すると「D4」と「D5・D6」という2つの系統がある。

ヒトミトコンドリアDNAハプログループ系統樹

  ミトコンドリア・イブ (L)    
L0 L1 L5 L2 L6 L4 L3  
  M   N  
M7   M8   M9   D G Q N1   N2   N9   A O S X   R  
M7a C Z E I W Y R0   R9   B JT P  U
HV F J T K
H V

脚注[編集]

  1. ^ van Oven, Mannis; Manfred Kayser (13 Oct 2008). "Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation". Human Mutation 30 (2): E386–E394. doi:10.1002/humu.20921. PMID 18853457. Retrieved 2009-05-20.
  2. ^ hmong.wiki. “ハプログループ D (mtDNA)” (英語). www.asianprofile.wiki. 2022年3月9日閲覧。
  3. ^ "Correcting for Purifying Selection: An Improved Human Mitochondrial Molecular Clock Supplementary material" (PDF). 2009. pp. page89.
  4. ^ a b Asari, M (2007). “Utility of haplogroup determination for forensic mtDNA analysis in the Japanese population”. Leg Med 9 (5): 237–240. doi:10.1016/j.legalmed.2007.01.007. PMID 17467322. 
  5. ^ a b Umetsu, Kazuo; Tanaka, Masashi; Yuasa, Isao (2005). “Multiplex amplified product-length polymorphism analysis of 36 mitochondrial single-nucleotide polymorphisms for haplogrouping of East Asian populations”. Electrophoresis 26 (1): 91–98. doi:10.1002/elps.200406129. PMID 15624129. 
  6. ^ a b Maruyama, Sayaka; Minaguchi, Kiyoshi; Saitou, Naruya (2003). “Sequence polymorphisms of the mitochondrial DNA control region and phylogenetic analysis of mtDNA lineages in the Japanese population”. Int J Legal Med 117 (4): 218–225. doi:10.1007/s00414-003-0379-2. PMID 12845447. 
  7. ^ a b c d e f 篠田謙一 『新版 日本人になった祖先たち―DNAが解明する多元的構造 (NHKブックス No.1255)』NHK出版、2019年3月25日。 
  8. ^ a b c d e f 篠田謙一「第7章」 『DNAで語る 日本人起源論 (岩波現代全書)』岩波書店、2015年9月19日。 
  9. ^ a b c d e f いつでもLOUPE:「現代日本人のもつDNA」”. blog.livedoor.jp. 2022年3月9日閲覧。
  10. ^ a b c d 我々はどこから来たのか-最新研究からわかる弥生時代~古墳時代のヤポネシア人のDNAについて | にっぽん ってどんな国?” (日本語). にっぽん ってどんな国?. 2022年3月9日閲覧。
  11. ^ a b c d enki-eden. “古代史とミトコンドリア(mitochondria)” (日本語). 古代史探訪. 2022年3月9日閲覧。
  12. ^ a b c d 篠田謙一さんが語る、ミトコンドリアDNAでたどる人類の起源(1/2)” (日本語). BIG ISSUE ONLINE. 2022年3月9日閲覧。
  13. ^ a b Derenko, M; Malyarchuk, B; Denisova, G; Perkova, M; Rogalla, U (2012). “Complete Mitochondrial DNA Analysis of Eastern Eurasian Haplogroups Rarely Found in Populations of Northern Asia and Eastern Europe”. PLoS ONE 7 (2): e32179. doi:10.1371/journal.pone.0032179. PMC 3283723. PMID 22363811. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3283723/. 
  14. ^ East Asian mtDNA haplogroup determination in Koreans: haplogroup-level coding region SNP analysis and subhaplogroup-level control region sequence analysis
  15. ^ Kong, Qing-Peng; Yao, Yong-Gang; Liu, Mu (2003). “Mitochondrial DNA sequence polymorphisms of five ethnic populations from northern China”. Hum Genet 113 (5): 391–405. doi:10.1007/s00439-003-1004-7. PMID 12938036. 
  16. ^ Zheng, H-X; Yan, S; Qin, Z-D; Wang, Y; Tan, J-Z (2011). “Major Population Expansion of East Asians Began before Neolithic Time: Evidence of mtDNA Genomes”. PLoS ONE 6 (10): e25835. doi:10.1371/journal.pone.0025835. PMC 3188578. PMID 21998705. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3188578/. 
  17. ^ Derenko, Miroslava; Malyarchuk, Boris; Grzybowski, Tomasz (2007). “Phylogeographic Analysis of Mitochondrial DNA in Northern Asian Populations”. Am. J. Hum. Genet. 81 (5): 1025–1041. doi:10.1086/522933. PMC 2265662. PMID 17924343. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2265662/. 
  18. ^ Malhi, Ripan S.; Breece, Katherine E.; Schultz Shook, Beth A.; Kaestle, Frederika A. (2004). “Patterns of mtDNA Diversity in Northwestern North America”. Human Biology 76 (1): 33–54. doi:10.1353/hub.2004.0023. PMID 15222679. 
  19. ^ Malhi, Ripan S.; Mortensen, Holly M.; Eshleman, Jason A. (2003). “Native American mtDNA Prehistory in the American Southwest”. American Journal of Physical Anthropology 120 (2): 108–124. doi:10.1002/ajpa.10138. PMID 12541329. 
  20. ^ Wen, Bo; Li, Hui; Gao, Song (2005). “Genetic Structure of Hmong-Mien Speaking Populations in East Asia as Revealed by mtDNA Lineages”. Mol. Biol. Evol. 22 (3): 725–734. doi:10.1093/molbev/msi055. PMID 15548747. 
  21. ^ Hill, Catherine; Soares, Pedro; Mormina, Maru (2006). “Phylogeography and Ethnogenesis of Aboriginal Southeast Asians”. Mol. Biol. Evol. 23 (12): 2480–2491. doi:10.1093/molbev/msl124. PMID 16982817. 
  22. ^ Catherine Hill, Pedro Soares, Maru Mormina et al., "A Mitochondrial Stratigraphy for Island Southeast Asia", Am. J. Hum. Genet. (2007);80:29–43.
  23. ^ Kaewsutthi, Supannee; Phasukkijwatana, Nopasak; Joyjinda, Yutthana (Jul 2011). “Mitochondrial Haplogroup Background May Influence Southeast Asian G11778A Leber Hereditary Optic Neuropathy”. Invest Ophthalmol Vis Sci 52 (7): 4742–8. doi:10.1167/iovs.10-5816. PMID 21398275. 
  24. ^ Volodko, Natalia V.; Starikovskaya, Elena B.; Mazunin, Ilya O. (2008). “Mitochondrial Genome Diversity in Arctic Siberians, with Particular Reference to the Evolutionary History of Beringia and Pleistocenic Peopling of the Americas”. The American Journal of Human Genetics 82 (5): 1084–1100. doi:10.1016/j.ajhg.2008.03.019. PMC 2427195. PMID 18452887. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2427195/. 
  25. ^ 第10回 | いま注目の最先端研究・技術探検! | 中高生と“いのちの不思議”を考える─生命科学DOKIDOKI研究室”. www.terumozaidan.or.jp. 2022年3月9日閲覧。
  26. ^ Tanaka M et al. 2004, Mitochondrial Genome Variation in Eastern Asia and the Peopling of Japan Genome Res. 2004. 14: 1832-1850
  27. ^ Peng, Min-Sheng; He, Jun-Dong; Liu, Hai-Xin; Zhang, Ya-Ping (2011). “Tracing the legacy of the early Hainan Islanders - a perspective from mitochondrial DNA”. BMC Evolutionary Biology 2011 (11): 46. doi:10.1186/1471-2148-11-46. PMC 3048540. PMID 21324107. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3048540/. 
  28. ^ Tabbada, Kristina A.; Trejaut, Jean; Loo, Jun-Hun (2010). “Philippine Mitochondrial DNA Diversity: A Populated Viaduct between Taiwan and Indonesia?”. Mol. Biol. Evol. 27 (1): 21–31. doi:10.1093/molbev/msp215. PMID 19755666. 
  29. ^ Fedorova, Sardana A; Reidla, Maere; Metspalu, Ene (2013). “Autosomal and uniparental portraits of the native populations of Sakha (Yakutia): implications for the peopling of Northeast Eurasia”. BMC Evolutionary Biology 2013 (13): 127. doi:10.1186/1471-2148-13-127. PMC 3695835. PMID 23782551. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3695835/.