釧路湿原 - クッチャロ湖 - ウトナイ湖 - 霧多布湿原 - 厚岸湖・別寒辺牛湿原 - 宮島沼 - 阿寒湖 - 風蓮湖・春国岱 - 野付半島・野付湾 - サロベツ原野 - 濤沸湖 - 雨竜沼湿原 - 大沼
仏沼 - 伊豆沼・内沼 - 蕪栗沼・周辺水田 - 化女沼 - 志津川湾 - 大山上池・下池 - 尾瀬
渡良瀬遊水地 - 涸沼 - 奥日光の湿原（湯ノ湖・戦場ヶ原・湯川・小田代原） - 尾瀬 - 芳ヶ平湿地群 - 谷津干潟 - 葛西海浜公園
佐潟 - 尾瀬 - 瓢湖 - 立山弥陀ヶ原・大日平 - 片野鴨池 - 三方五湖 - 中池見湿地 - 藤前干潟 - 東海丘陵湧水湿地群（上高湿地・恩真寺湿地・矢並湿地）
琵琶湖（西の湖を含む） - 円山川下流域・周辺水田（ハチゴロウの戸島湿地・加陽湿地） - 串本沿岸海域（錆浦・潮岬西岸・通夜島）
中海 - 宍道湖 - 宮島 - 秋吉台地下水系（秋芳洞・大正洞・景清洞）
東よか干潟 - 肥前鹿島干潟 - 荒尾干潟 - くじゅう坊ガツル・タデ原湿原（坊ガツル・タデ原） - 藺牟田池 - 屋久島永田浜 - 出水ツルの越冬地 - 漫湖 - 慶良間諸島海域 - 名蔵アンパル - 久米島の渓流・湿地 - 与那覇湾
