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'''ロドコッカス'''は、[[マイコバクテリウム属]]や[[コリネバクテリウム属]]と近縁である、好気性で非運動性のグラム陽性菌の属である<ref name=Alice>{{cite journal | author = van der Geize R., and L. Dijkhuizen | title = Harnessing the catabolic diversity of rhodococci for environmental and biotechnological applications | journal = Microbiology | year = 2004 | volume = 7 | pages = 255–261 | url = | pmid=15196492 | issue = 3 | doi = 10.1016/j.mib.2004.04.001}}</ref><ref name= BurkovskiA>{{cite book | author = Burkovski A (editor). | title = Corynebacteria: Genomics and Molecular Biology | publisher = Caister Academic Press | year = 2008 | url=http://www.horizonpress.com/cory | id = [http://www.horizonpress.com/cory ] | isbn = 978-1-904455-30-1}}</ref>。いくつかの種は病原性であるが、ほとんどは無害であり、土壌や水圏、あるいは真核生物の細胞中といった幅広い環境中に生息していることが確認されている。2006年10月に全ゲノムの配列決定がなされ、9.7メガ塩基対(メガは100万倍の意味)でありG/C比率が67％であることが明らかとなった<ref name=Betty>{{cite journal | doi = 10.1073/pnas.0607048103 | author = McLeod MP, Warren RL, Hsiao WW, Araki N, Myhre M, Fernandes C, Miyazawa D, Wong W, Lillquist AL, Wang D, Dosanjh M, Hara H, Petrescu A, Morin RD, Yang G, Stott JM, Schein JE, Shin H, Smailus D, Siddiqui AS, Marra MA, Jones SJ, Holt R, Brinkman FS, Miyauchi K, Fukuda M, Davies JE, Mohn WW, Eltis LD | title = The complete genome of Rhodococcus sp. RHA1 provides insights into a catabolic powerhouse | journal = PNAS | date = October 17, 2006 | volume = 103 | pages = 15582–15587 | url = | issue=42 | pmid = 17030794 | pmc = 1622865| last2 = Warren | last3 = Hsiao | last4 = Araki | last5 = Myhre | last6 = Fernandes | last7 = Miyazawa | last8 = Wong | last9 = Lillquist | last10 = Wang | last11 = Dosanjh | last12 = Hara | last13 = Petrescu | last14 = Morin | last15 = Yang | last16 = Stott | last17 = Schein | last18 = Shin | last19 = Smailus | last20 = Siddiqui | last21 = Marra | last22 = Jones | last23 = Holt | last24 = Brinkman | last25 = Miyauchi | last26 = Fukuda | last27 = Davies | last28 = Mohn | last29 = Eltis }}</ref>。
'''ロドコッカス'''は、[[マイコバクテリウム属]]や[[コリネバクテリウム属]]と近縁である、好気性で非運動性の[[グラム陽性菌]]の属である<ref name=Alice>{{cite journal | author = van der Geize R., and L. Dijkhuizen | title = Harnessing the catabolic diversity of rhodococci for environmental and biotechnological applications | journal = Microbiology | year = 2004 | volume = 7 | pages = 255–261 | url = | pmid=15196492 | issue = 3 | doi = 10.1016/j.mib.2004.04.001}}</ref><ref name= BurkovskiA>{{cite book | author = Burkovski A (editor). | title = Corynebacteria: Genomics and Molecular Biology | publisher = Caister Academic Press | year = 2008 | url=http://www.horizonpress.com/cory | id = [http://www.horizonpress.com/cory ] | isbn = 978-1-904455-30-1}}</ref>。いくつかの種は病原性であるが、ほとんどは無害であり、土壌や水圏、あるいは[[真核生物]]の細胞中といった幅広い環境中に生息していることが確認されている。2006年10月に全[[ゲノム]]の配列決定がなされ、9.7メガ塩基対(メガは100万倍の意味)でありG/C比率が67％であることが明らかとなった<ref name=Betty>{{cite journal | doi = 10.1073/pnas.0607048103 | author = McLeod MP, Warren RL, Hsiao WW, Araki N, Myhre M, Fernandes C, Miyazawa D, Wong W, Lillquist AL, Wang D, Dosanjh M, Hara H, Petrescu A, Morin RD, Yang G, Stott JM, Schein JE, Shin H, Smailus D, Siddiqui AS, Marra MA, Jones SJ, Holt R, Brinkman FS, Miyauchi K, Fukuda M, Davies JE, Mohn WW, Eltis LD | title = The complete genome of Rhodococcus sp. RHA1 provides insights into a catabolic powerhouse | journal = PNAS | date = October 17, 2006 | volume = 103 | pages = 15582–15587 | url = | issue=42 | pmid = 17030794 | pmc = 1622865| last2 = Warren | last3 = Hsiao | last4 = Araki | last5 = Myhre | last6 = Fernandes | last7 = Miyazawa | last8 = Wong | last9 = Lillquist | last10 = Wang | last11 = Dosanjh | last12 = Hara | last13 = Petrescu | last14 = Morin | last15 = Yang | last16 = Stott | last17 = Schein | last18 = Shin | last19 = Smailus | last20 = Siddiqui | last21 = Marra | last22 = Jones | last23 = Holt | last24 = Brinkman | last25 = Miyauchi | last26 = Fukuda | last27 = Davies | last28 = Mohn | last29 = Eltis }}</ref>。


ロドコッカス属の株は、広範囲の化合物を異化する点、生活性ステロイド、アクリルアミド、アクリル酸を産生する点、及び化石燃料の生物的脱硫に関与する点で重要である<ref name = Betty />。この遺伝的および代謝的多様性は染色体が巨大であることに加え、3つの大きな線形プラスミドを有することによる<ref name = Alice />。ロドコッカス属は、増殖速度が速くて成長周期が単純であるため研究に用いやすいが、十分な性質決定はなされていない<ref name = Betty />。
ロドコッカス属の株は、広範囲の化合物を異化する点、生活性[[ステロイド]]、[[アクリルアミド]]、[[アクリル酸]]を産生する点、及び化石燃料の生物的脱硫に関与する点で重要である<ref name = Betty />。この遺伝的および代謝的多様性は染色体が巨大であることに加え、3つの大きな線形[[プラスミド]]を有することによる<ref name = Alice />。ロドコッカス属は、増殖速度が速くて成長周期が単純であるため研究に用いやすいが、十分な性質決定はなされていない<ref name = Betty />。


ロドコッカスの別の重要な用途は、安価な出発物質から価値の高い化学物質を合成することである。この出発物質は、トルエン、ナフタレン、除草剤、PCBなどの有害な環境汚染物質を含み、その場合、これら汚染物質の分解も同時に行うことができる。通常、ロドコッカス属は芳香族を酸素付加して[[ジオール]]に変換することにより芳香族化合物を異化する。このとき、イントラ/エクストラジオール経路で芳香環は切断されて開環し、以降の代謝経路の基質となる。この過程は非常に立体特異的であるため、合成されるジオールの[[キラリティー]]は予測可能である。
ロドコッカスの別の重要な用途は、安価な出発物質から価値の高い化学物質を合成することである。この出発物質は、[[トルエン]]、[[ナフタレン]]、[[除草剤]]、[[PCB]]などの有害な環境汚染物質を含み、その場合、これら汚染物質の分解も同時に行うことができる。通常、ロドコッカス属は芳香族を酸素付加して[[ジオール]]に変換することにより芳香族化合物を異化する。このとき、イントラ/エクストラジオール経路で芳香環は切断されて開環し、以降の代謝経路の基質となる。この過程は非常に立体特異的であるため、合成されるジオールの[[キラリティー]]は予測可能である。有機化学の合成において化学反応のキラリティーを制御することは重要な課題であるが、特定のキラリティーの化学物質を生産する際に直接的な化学合成が不可能または非効率である場合に、生物を用いた手法が用いられることがある。ロドコッカス属の場合、[[後天性免疫不全症候群]]の治療薬である[[プロテアーゼ]]阻害剤の[[インジナビル]]の前駆体である[[インデン]]の、インジナビルが体内で複合体を形成して薬効を示すために必要な5つの[[キラル中心]]のうち2つを含んだキラル分子の合成に用いられる<ref name=Cat>{{cite journal | author = Treadway, S.L., K.S. Yanagimachi, E. Lankenau, P.A. Lessard, G. Stephanopoulos and A.J. Sinskey | title = Isolation and characterization of indene bioconversion genes from Rhodococcus strain I24 | journal = Appl. Microbiol. Biotechnol | year = 1999 | volume = 51 | pmid = 10422226 | pages = 786–793 | url = | doi = 10.1007/s002530051463 | issue=6}}</ref>。


==種==
==種==
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* ''[[Rhodococcus baikonurensis]]'' Li, et al., 2004
* ''[[Rhodococcus baikonurensis]]'' Li, et al., 2004
* ''[[Rhodococcus boritolerans]]''
* ''[[Rhodococcus boritolerans]]''
* ''[[Rhodococcus equi]]'' (Magnusson, 1923) Goodfellow and Alderson, 1977
* ''[[ロドコッカス・エクイ|Rhodococcus equi]]'' (Magnusson, 1923) Goodfellow and Alderson, 1977
* ''[[Rhodococcus coprophilus]]'' Rowbotham and Cross, 1979
* ''[[Rhodococcus coprophilus]]'' Rowbotham and Cross, 1979
* ''[[Rhodococcus corynebacterioides]]'' (Serrano, et al., 1972) Yassin and [[Barbara A. Schaal|Schaal]], 2005 (synonym: ''[[Nocardia corynebacterioides]]'' (Serrano et al. 1972)
* ''[[Rhodococcus corynebacterioides]]'' (Serrano, et al., 1972) Yassin and [[Barbara A. Schaal|Schaal]], 2005 (synonym: ''[[Nocardia corynebacterioides]]'' (Serrano et al. 1972)
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* ''[[Rhodococcus globerulus]]'' Goodfellow, et al., 1985
* ''[[Rhodococcus globerulus]]'' Goodfellow, et al., 1985
* ''[[Rhodococcus gordoniae]]'' Jones, et al., 2004
* ''[[Rhodococcus gordoniae]]'' Jones, et al., 2004
* ''[[Rhodococcus jostii]]'' Takeuchi, et al., 2002. Identified as producing a [[lignin]] digesting enzyme, it was the first isolated from a bacterium rather than a fungus.<ref>http://www.physorg.com/news/2011-06-wood-digesting-enzyme-bacteria-boost-biofuel.html</ref><ref>{{cite journal|pmid=11931149|year=2002|last1=Takeuchi|first1=M|last2=Hatano|first2=K|last3=Sedlácek|first3=I|last4=Pácová|first4=Z|title=''Rhodococcus jostii'' sp. nov., isolated from a medieval grave|volume=52|issue=Pt 2|pages=409–13|journal=International journal of systematic and evolutionary microbiology}}</ref>
* ''[[Rhodococcus jostii]]'' Takeuchi, et al., 2002. [[リグニン]]分解酵素を生産する真正細菌として、[[糸状菌]]よりも先に同定された。<ref>http://www.physorg.com/news/2011-06-wood-digesting-enzyme-bacteria-boost-biofuel.html</ref><ref>{{cite journal|pmid=11931149|year=2002|last1=Takeuchi|first1=M|last2=Hatano|first2=K|last3=Sedlácek|first3=I|last4=Pácová|first4=Z|title=''Rhodococcus jostii'' sp. nov., isolated from a medieval grave|volume=52|issue=Pt 2|pages=409–13|journal=International journal of systematic and evolutionary microbiology}}</ref>
* ''[[Rhodococcus koreensis]]'' Yoon, et al., 2000
* ''[[Rhodococcus koreensis]]'' Yoon, et al., 2000
* ''[[Rhodococcus kroppenstedtii]]'' Mayilraj, et al., 2006
* ''[[Rhodococcus kroppenstedtii]]'' Mayilraj, et al., 2006

2014年12月1日 (月) 10:17時点における版

ロドコッカス属
Rhodococcus sp.
分類
ドメイン : 真正細菌 Bacteria
門 : 放線菌門 Actinobacteria
綱 : 放線菌綱 Actinobacteria
目 : 放線菌目 Actinomycetales
亜目 : コリネバクテリウム亜目 Corynebacterineae
科 : コリネバクテリウム科 Nocardiaceae
属 : ロドコッカス属 Rhodococcus
学名
Rhodococcus Zopf, 1891
種

本文を参照

ロドコッカスは、マイコバクテリウム属やコリネバクテリウム属と近縁である、好気性で非運動性のグラム陽性菌の属である[1][2]。いくつかの種は病原性であるが、ほとんどは無害であり、土壌や水圏、あるいは真核生物の細胞中といった幅広い環境中に生息していることが確認されている。2006年10月に全ゲノムの配列決定がなされ、9.7メガ塩基対(メガは100万倍の意味)でありG/C比率が67％であることが明らかとなった[3]。

ロドコッカス属の株は、広範囲の化合物を異化する点、生活性ステロイド、アクリルアミド、アクリル酸を産生する点、及び化石燃料の生物的脱硫に関与する点で重要である[3]。この遺伝的および代謝的多様性は染色体が巨大であることに加え、3つの大きな線形プラスミドを有することによる[1]。ロドコッカス属は、増殖速度が速くて成長周期が単純であるため研究に用いやすいが、十分な性質決定はなされていない[3]。

ロドコッカスの別の重要な用途は、安価な出発物質から価値の高い化学物質を合成することである。この出発物質は、トルエン、ナフタレン、除草剤、PCBなどの有害な環境汚染物質を含み、その場合、これら汚染物質の分解も同時に行うことができる。通常、ロドコッカス属は芳香族を酸素付加してジオールに変換することにより芳香族化合物を異化する。このとき、イントラ/エクストラジオール経路で芳香環は切断されて開環し、以降の代謝経路の基質となる。この過程は非常に立体特異的であるため、合成されるジオールのキラリティーは予測可能である。有機化学の合成において化学反応のキラリティーを制御することは重要な課題であるが、特定のキラリティーの化学物質を生産する際に直接的な化学合成が不可能または非効率である場合に、生物を用いた手法が用いられることがある。ロドコッカス属の場合、後天性免疫不全症候群の治療薬であるプロテアーゼ阻害剤のインジナビルの前駆体であるインデンの、インジナビルが体内で複合体を形成して薬効を示すために必要な5つのキラル中心のうち2つを含んだキラル分子の合成に用いられる[4]。

種

出典

  1. ^ a b van der Geize R., and L. Dijkhuizen (2004). “Harnessing the catabolic diversity of rhodococci for environmental and biotechnological applications”. Microbiology 7 (3): 255–261. doi:10.1016/j.mib.2004.04.001. PMID 15196492. 
  2. ^ Burkovski A (editor). (2008). Corynebacteria: Genomics and Molecular Biology. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-30-1. [1]. http://www.horizonpress.com/cory 
  3. ^ a b c McLeod MP, Warren RL, Hsiao WW, Araki N, Myhre M, Fernandes C, Miyazawa D, Wong W, Lillquist AL, Wang D, Dosanjh M, Hara H, Petrescu A, Morin RD, Yang G, Stott JM, Schein JE, Shin H, Smailus D, Siddiqui AS, Marra MA, Jones SJ, Holt R, Brinkman FS, Miyauchi K, Fukuda M, Davies JE, Mohn WW, Eltis LD; Warren; Hsiao; Araki; Myhre; Fernandes; Miyazawa; Wong et al. (October 17, 2006). “The complete genome of Rhodococcus sp. RHA1 provides insights into a catabolic powerhouse”. PNAS 103 (42): 15582–15587. doi:10.1073/pnas.0607048103. PMC 1622865. PMID 17030794. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1622865/. 
  4. ^ Treadway, S.L., K.S. Yanagimachi, E. Lankenau, P.A. Lessard, G. Stephanopoulos and A.J. Sinskey (1999). “Isolation and characterization of indene bioconversion genes from Rhodococcus strain I24”. Appl. Microbiol. Biotechnol 51 (6): 786–793. doi:10.1007/s002530051463. PMID 10422226. 
  5. ^ Klatte, S.; and others; Kroppenstedt, R. M.; Rainey, F.; Stackebrandt, E. (1994). “Rhodococcus luteus is a later subjective synonym of Rhodococcus fascians”. Int. J. Syst. Bacteriol 44 (4): 627–630. doi:10.1099/00207713-44-4-627. 
  6. ^ http://www.physorg.com/news/2011-06-wood-digesting-enzyme-bacteria-boost-biofuel.html
  7. ^ Takeuchi, M; Hatano, K; Sedlácek, I; Pácová, Z (2002). “Rhodococcus jostii sp. nov., isolated from a medieval grave”. International journal of systematic and evolutionary microbiology 52 (Pt 2): 409–13. PMID 11931149. 
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