遺伝子オントロジー

遺伝子オントロジー（いでんしオントロジー、英: gene ontology、GO）とは、生物学的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。

1990年代後半から、生物学における実験手法の革新（DNAシーケンサーやDNAマイクロアレイなど）や、バイオインフォマティクス的手法の発達により、様々な種の遺伝子関連情報がデータベース化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。データベースは無料で公開されている。

実際のデータ

図1：AmiGOによるトップレベルGO Tremのグラフ化。

GOで定義された用語は、GO term と呼ばれる。GO term は三つのカテゴリーに分かれる。

• biological process（生物学的プロセス）
• cellular component（細胞の構成要素）
• molecular function（分子機能）

計算機上でGOのデータは、有向非巡回グラフ (英: directed acyclic graph、DAG) と呼ばれるデータ構造を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常にXMLとの親和性が高いため、アノテーションと共にXML-RDFフォーマットでも提供されている。

外部リンク

• the Gene Ontology

関連項目

• バイオインフォマティクス
• オントロジー
• システム生物学
• ゲノミクス