アイソフォーム

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Protein A、B、Cは、選択的スプライシングによって生じた、同一の遺伝子にコードされるアイソフォームである。

タンパク質アイソフォーム: Protein isoform)またはバリアント(variant)[1]は、単一の遺伝子または遺伝子ファミリーに由来する高度に類似した一連のタンパク質のメンバーを意味する。多くの場合、それらは同一または類似した生物学的役割を果たすが、一部のアイソフォームには特有の機能が存在する。一連のタンパク質アイソフォームは、選択的スプライシングや利用するプロモーターの差異、他の転写後修飾などによって形成されるが、一般的には翻訳後修飾によって生じた差異はアイソフォームとして考慮されない。

選択的スプライシングによる機構では、スプライシングの過程で遺伝子の異なるエクソン(タンパク質コード領域)が選択されたり、エクソンの異なる部分が選択されたりすることによって、1種類のmRNA前駆体から異なるmRNAの配列が形成される。

アイソフォームの発見によって、ヒトゲノム計画で明らかにされたタンパク質をコードする遺伝子の数と個体に見つかるタンパク質の多様性の間の乖離を説明できるようになった。異なるタンパク質が同一の遺伝子によってコードされており、プロテオームの多様性が増大しているのである。RNAのレベルでのアイソフォームは、cDNAを研究することにより容易に特定することができる。ヒトの遺伝子の多くが選択的スプライシングによるアイソフォームを有することが確認されている。アイソフォームはタンパク質のレベルでは、通常タンパク質の表面に位置する部分で、ドメイン全体の欠失やループ部分の短縮などが生じている[2]

概説[編集]

単一の遺伝子は、構造や組成の異なる複数のタンパク質を産生する能力を有している[3][4]。この過程はmRNAの選択的スプライシングによって調節されるが、このような過程がヒトのプロテオームの多様性にどの程度影響を与えているのかは明らかではない。というのも、mRNA転写産物のアイソフォームの量とタンパク質アイソフォームの量とは必ずしも相関しているわけではないからである[5]

翻訳されたアイソフォームの特異性は、タンパク質の構造と機能、ならびに細胞種やそれらが産生された発生段階によっても決まる[3][4]。タンパク質が複数のサブユニットからなり、その各サブユニットに複数のアイソフォームが存在するときには、その特異性の決定はより複雑なものとなる。

例えば、ヒトの細胞でさまざまな機能を果たすAMP活性化プロテインキナーゼ英語版(AMPK)は3つのサブユニットからなる[6]

  • αサブユニットは触媒サブユニットで、2つのアイソフォームが存在する。α1とα2はそれぞれPRKAA1PRKAA2遺伝子にコードされている。
  • βサブユニットは調節サブユニットで、2つのアイソフォームが存在する。β1とβ2はそれぞれPRKAB1PRKAB2遺伝子にコードされている。
  • γサブユニットは調節サブユニットで、3つのアイソフォームが存在する。γ1、γ2、γ3はそれぞれPRKAG1PRKAG2PRKAG3遺伝子にコードされている。

ヒトの骨格筋で優先的に形成されるのはα2β2γ1であるが、肝臓で最も豊富なのはα1β2γ1である[6]

機構[編集]

RNAスプライシングのさまざまなメカニズム

タンパク質アイソフォームが作り出される主要な機構は選択的スプライシングとプロモーター利用の差異であるが、変異多型といった遺伝的変化による修飾も異なるアイソフォームとして認識されることもある[7]

選択的スプライシングはmRNA転写産物のアイソフォームを作り出す主要な転写後修飾過程であり、タンパク質の多様性に寄与する主要な分子機構である[4]。巨大リボ核タンパク質であるスプライソソームは、内でRNAの切断と連結を担う分子機械であり、タンパク質をコードしない領域(イントロン)を除去する[8]

スプライシングは転写翻訳の間に起こる過程であり、スプライシングが及ぼす主要な影響はゲノミクスの技術を用いて研究が行われてきた。例えば、マイクロアレイ解析やRNAシーケンシング英語版が選択的スプライシングを受けた転写産物の同定やその量の測定に利用されてきた[7]。転写産物の存在量はしばしばタンパク質アイソフォームの存在量の代替としてしばしば用いられるが、ゲル電気泳動質量分析を用いたプロテオミクス実験からは、転写産物量とタンパク質量の相関はしばしば低く、通常はいずれか1つのタンパク質アイソフォームが大部分を占めていることが示されている[9]。このRNAレベルとタンパク質レベルの相違は翻訳後の段階で起こっているようであることが2015年の研究で示されているが、その機構は基本的には解明されていない[10]。したがって、選択的スプライシングによる多様性と疾患の間には重要な関連性が示唆されているものの、新たなタンパク質アイソフォームを作り出す主要な機構であるという決定的な証拠があるわけではない[9]

選択的スプライシングは一般的には緊密に制御された過程であり、選択的転写産物はスプライシング装置によって意図的に作り出される。しかしながら、このような転写産物はノイジースプライシング(noisy splicing)と呼ばれるスプライシングのエラーによっても作り出されることがあり、それらもタンパク質アイソフォームへと翻訳される可能性がある。複数のエクソンを持つ遺伝子の約95%が選択的スプライシングを受けると考えられているが、ノイジースプライシングに関するある研究では低存在量の転写産物の大部分はノイズであうことが観察されており、細胞内に存在する選択的転写産物やタンパク質アイソフォームの大部分は機能的でないことが予測されている[11]

他の転写制御・転写後制御段階によってもさまざまなタンパク質アイソフォームが作り出される[12]。細胞の転写装置(RNAポリメラーゼ転写因子や他の酵素)が異なるプロモーターから転写を開始することによって、わずかに異なる転写産物とタンパク質アイソフォームが作り出される。

特徴[編集]

一般的に、タンパク質アイソフォームのうちの1つが、その普遍性や他の種のオルソログ(または機能的アナログ)との配列類似性などの基準によって、標準的な配列としてラベルされる[13]。アイソフォームは、そのほとんとが類似した配列を有していたり、一部または大部分のエクソンを標準的配列と共有していたりするため、類似した機能を有すると推測される。しかし、一部のアイソフォームにはかなり大きな差異が存在し(例えばトランススプライシング英語版などの機構によって)、標準的配列とほとんどまたは全くエクソンを共有していないこともある。加えて、それらは異なる生物学的影響を与えることもあり、例えば極端な場合として、あるアイソフォームは細胞の生存を促進し、他のアイソフォームは細胞死を促進することもある。また、基本的な機能は類似しているが、細胞内局在が異なることもある[14]。2016年の研究では、1492の遺伝子の全てのアイソフォームが機能的に特徴づけられ、大部分のアイソフォームが機能的に異なる "functional alloform" として振る舞うことが示された。著者らは、アイソフォームの大部分の機能が重複していないという観察をもとに、アイソフォームが異なるタンパク質のように振る舞うという結論に達した[15]。一方で、各アイソフォームの機能は一般的には個別に決定される必要があり、同定または予測されたアイソフォームの大部分は機能未知のままである。

関連する概念[編集]

グリコフォーム[編集]

グリコフォーム(glycoform)は、付加された糖鎖の数やタイプのみが異なるタンパク質である。糖タンパク質はしばしば、付加された糖類オリゴ糖が異なる多数のグリコフォームから構成される。これらは、グリコシル化の過程の生合成の差異や、グリコシダーゼグリコシルトランスフェラーゼ英語版の作用によって生じる。グリコフォームは詳細な化学的分析によっても検出されるが、レクチンアフィニティークロマトグラフィーやレクチンアフィニティー電気泳動英語版など、レクチンに対する反応の差を利用してより簡便に検出することができる。グリコフォームが存在する糖タンパク質の例としては、オロソムコイド英語版アンチトリプシン英語版ハプトグロビンなどの血漿タンパク質が挙げられる。NCAMには、ポリシアル酸からなる、一般的でないグリコフォームがみられる。

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出典[編集]

  1. ^ “Alternative splicing and genome complexity”. Nature Genetics 30 (1): 29–30. (January 2002). doi:10.1038/ng803. PMID 11743582. 
  2. ^ Kozlowski, L.; Orlowski, J.; Bujnicki, J. M. (2012). “Structure Prediction for Alternatively Spliced Proteins”. Alternative pre-mRNA Splicing. pp. 582. doi:10.1002/9783527636778.ch54. ISBN 9783527636778. 
  3. ^ a b “Generation of protein isoform diversity by alternative splicing: mechanistic and biological implications”. Annual Review of Cell Biology 3 (1): 207–42. (1987-01-01). doi:10.1146/annurev.cb.03.110187.001231. PMID 2891362. 
  4. ^ a b c “Alternative splicing: a ubiquitous mechanism for the generation of multiple protein isoforms from single genes”. Annual Review of Biochemistry 56 (1): 467–95. (1987-01-01). doi:10.1146/annurev.bi.56.070187.002343. PMID 3304142. 
  5. ^ “On the Dependency of Cellular Protein Levels on mRNA Abundance”. Cell 165 (3): 535–50. (April 2016). doi:10.1016/j.cell.2016.03.014. PMID 27104977. 
  6. ^ a b “Evolving Lessons on the Complex Role of AMPK in Normal Physiology and Cancer” (English). Trends in Pharmacological Sciences 37 (3): 192–206. (March 2016). doi:10.1016/j.tips.2015.11.007. PMC: 4764394. PMID 26711141. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4764394/. 
  7. ^ a b “Alternative splicing: a pivotal step between eukaryotic transcription and translation” (英語). Nature Reviews. Molecular Cell Biology 14 (3): 153–65. (March 2013). doi:10.1038/nrm3525. PMID 23385723. 
  8. ^ “Mechanisms and Regulation of Alternative Pre-mRNA Splicing”. Annual Review of Biochemistry 84 (1): 291–323. (2015-01-01). doi:10.1146/annurev-biochem-060614-034316. PMC: 4526142. PMID 25784052. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4526142/. 
  9. ^ a b “Alternative Splicing May Not Be the Key to Proteome Complexity”. Trends in Biochemical Sciences 42 (2): 98–110. (February 2017). doi:10.1016/j.tibs.2016.08.008. PMID 27712956. 
  10. ^ “Genomic variation. Impact of regulatory variation from RNA to protein”. Science 347 (6222): 664–7. (February 2015). doi:10.1126/science.1260793. PMC: 4507520. PMID 25657249. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4507520/. 
  11. ^ “Noisy splicing drives mRNA isoform diversity in human cells”. PLoS Genetics 6 (12): e1001236. (December 2010). doi:10.1371/journal.pgen.1001236. PMC: 3000347. PMID 21151575. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3000347/. 
  12. ^ “Proteoform: a single term describing protein complexity” (英語). Nature Methods 10 (3): 186–7. (March 2013). doi:10.1038/nmeth.2369. PMC: 4114032. PMID 23443629. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4114032/. 
  13. ^ “Revisiting the identification of canonical splice isoforms through integration of functional genomics and proteomics evidence”. Proteomics 14 (23-24): 2709–18. (December 2014). doi:10.1002/pmic.201400170. PMC: 4372202. PMID 25265570. https://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/109787/1/pmic7911.pdf. 
  14. ^ “Cell death or survival promoted by alternative isoforms of ErbB4”. Molecular Biology of the Cell 21 (23): 4275–86. (December 2010). doi:10.1091/mbc.E10-04-0332. PMC: 2993754. PMID 20943952. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2993754/. 
  15. ^ “Widespread Expansion of Protein Interaction Capabilities by Alternative Splicing”. Cell 164 (4): 805–17. (February 2016). doi:10.1016/j.cell.2016.01.029. PMC: 4882190. PMID 26871637. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4882190/. 
  16. ^ “Substrate specificity of the human UDP-glucuronosyltransferase UGT2B4 and UGT2B7. Identification of a critical aromatic amino acid residue at position 33”. The FEBS Journal 274 (5): 1256–64. (March 2007). doi:10.1111/j.1742-4658.2007.05670.x. PMID 17263731. 

関連項目[編集]

外部リンク[編集]