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== 分類 ==
⚫
コリオバクテリウム綱は2016年現在、2つの目、3つの科、16の属を有する<ref name="NCBI">{{cite web|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi|title=Coriobacteriia|accessdate=2016-10-27|author=Sayers|publisher=[[National Center for Biotechnology Information]] (NCBI) taxonomy database|display-authors=etal}}</ref><ref name="pmid23524353">{{cite journal|date=2010|title=Molecular signatures for the class Coriobacteriia and its different clades; proposal for division of the class Coriobacteriia into the emended order Coriobacteriales, containing the emended family Coriobacteriaceae and Atopobiaceae fam. nov., and Eggerthellales ord. nov., containing the family Eggerthellaceae fam. nov.|url=http://ijs.microbiologyresearch.org/pubmed/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.048371-0|journal=Int J Syst Evol Microbiol|volume=63|issue=3|pages=3379–97|doi=10.1099/ijs.0.048371-0|pmid=23524353|vauthors=Gupta RS, Chen WJ, Adeolu M, Chai Y}}</ref>。



== 特徴 ==
== 特徴 ==
当初、コリオバクテリア綱は単一の目（コリオバクテリウム目）と単一の科(コリオバクテリウム科)のみを有していた<ref name="Ludwig2012" /><ref name="GG2005">{{cite journal|date=2005|title=Conserved indels in protein sequences that are characteristic of the phylum Actinobacteria|url=http://ijs.microbiologyresearch.org/pubmed/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.63785-0|journal=Int J Syst Evol Microbiol|volume=55|issue=Pt 6|pages=2401–2412|doi=10.1099/ijs.0.63785-0|pmid=16280504|vauthors=Gao B, Gupta RS}}</ref><ref name="G2006">{{cite journal|date=2006|title=Signature proteins that are distinctive characteristics of Actinobacteria and their subgroups|url=http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10482-006-9061-2|journal=Antonie Van Leeuwenhoek|volume=90|issue=1|pages=69–91|doi=10.1007/s10482-006-9061-2|pmid=16670965|vauthors=Gao B, Paramanathan R, Gupta RS}}</ref><ref name="GG2012">{{cite journal|date=2012|title=Phylogenetic framework and molecular signatures for the main clades of the phylum Actinobacteria|journal=Microbiol Mol Biol Rev|volume=76|issue=1|pages=66–112|doi=10.1128/MMBR.05011-11|pmid=22390973|pmc=3294427|vauthors=Gao B, Gupta RS}}</ref><ref name="pmid19244447">{{cite journal|date=2009|title=An update of the structure and 16S rRNA gene sequence-based definition of higher ranks of the class Actinobacteria, with the proposal of two new suborders and four new families and emended descriptions of the existing higher taxa|url=http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.65780-0#tab2|journal=Int J Syst Evol Microbiol|volume=59|issue=Pt 3|pages=589–608|doi=10.1099/ijs.0.65780-0|pmid=19244447|vauthors=Zhi XY, Li WJ, Stackebrandt E}}</ref>。しかし、現在では綱内の属種には分類学上異なる地位であることを示すconserved signature indels (CSIs)を有しており、その進化的関係は単一の分類項目にまとめることは不適切であることが分かっている<ref name="pmid23524353" /> 。このCSIsは特異的であり、この遺伝的特徴によりコリオバクテリウム綱は区分される。また、CSIsによる区別は目や科のレベルにおいて[[共有派生形質]]の違いを反映する<ref name="pmid27279642">{{cite journal|date=2016|title=Impact of genomics on the understanding of microbial evolution and classification: the importance of Darwin's views on classification|url=http://femsre.oxfordjournals.org/content/early/2016/06/07/femsre.fuw011.abstract|journal=FEMS Microbiol Rev|volume=40|issue=4|pages=520–53|doi=10.1093/femsre/fuw011|pmid=27279642|vauthors=Gupta RS}}</ref> 。例えば、コリオバクテリウム目（Coriobacteriales）は糖分解性であり[[グルコース]]発酵をできるが、Eggerthellales目には非糖分解性でありグルコースを発酵できない種がいる<ref name="Ludwig2012" /><ref name="ProkCh" /><ref name="pmid23524353" />。
当初、コリオバクテリア綱は単一の目（コリオバクテリウム目）と単一の科(コリオバクテリア科)のみを有していた<ref name="Ludwig2012" /><ref name="GG2005" /><ref name="G2006" /><ref name="GG2012" /><ref name="pmid19244447" />。しかし、現在では綱内の属種には分類学上異なる地位であることを示すconserved signature indels (CSIs)を有しており、その進化的関係は単一の分類項目にまとめることは不適切であることが分かっている<ref name="pmid23524353" /> 。このCSIsは特異的であり、この遺伝的特徴によりコリオバクテリウム綱は区分される。また、CSIsによる区別は目や科のレベルにおいて[[共有派生形質]]の違いを反映する<ref name="pmid27279642" />。例えば、コリオバクテリウム目（Coriobacteriales）は糖分解性であり[[グルコース]]発酵をできるが、Eggerthellales目には非糖分解性でありグルコースを発酵できない種がいる<ref name="Ludwig2012" /><ref name="ProkCh" /><ref name="pmid23524353" />。


CSIsは放線菌門の他の分類項目からコリオバクテリウム綱を区別する根拠に用いられてきた 。CSIsの分析によると、コリオバクテリウム綱は放線菌門の中でも古い分類系統である 。この綱が本当に放線菌門所属で適切であるかどうかの議論もある 。例えば、コリネバクテリウム鋼の微生物は全て、デオキシウリジン59-三リン酸（dUTP）ヌクレオチド加水分解酵素におけるある一つのアミノ酸挿入の形態に関するCSIを共有する。他にこのCSIを持つのは放線菌門の一部の種のみである 。このCSIは、放線菌門におけるコリネバクテリウム綱の関係を明確に示す指標の一つである。
CSIsは放線菌門の他の分類項目からコリオバクテリウム綱を区別する根拠に用いられてきた 。CSIsの分析によると、コリオバクテリウム綱は放線菌門の中でも古い分類系統である 。この綱が本当に放線菌門所属で適切であるかどうかの議論もある 。例えば、コリネバクテリウム鋼の微生物は全て、デオキシウリジン59-三リン酸（dUTP）ヌクレオチド加水分解酵素におけるある一つのアミノ酸挿入の形態に関するCSIを共有する。他にこのCSIを持つのは放線菌門の一部の種のみである 。このCSIは、放線菌門におけるコリネバクテリウム綱の関係を明確に示す指標の一つである。


== 分類系統 ==
== 分類系統 ==
2010年現在のコリネバクテリウム綱の分類体系は以下の通りである（米[[国立生物工学情報センター]]）。
2016年現在のコリネバクテリウム綱の分類体系は以下の通りである（米[[国立生物工学情報センター]]）。2つの目、3つの科、16の属を有する<ref name="NCBI" />。
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*'''[[コリネバクテリウム目]]''' <small>Stackebrandt et al. 1997 emend. Gupta et al. 2013</small>
*'''[[コリネバクテリウム目]]''' <small>Stackebrandt et al. 1997 emend. Gupta et al. 2013</small>
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== 脚注 ==
== 脚注 ==
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{{reflist|refs=
<ref name="Ludwig2012">{{cite journal |author=Wolfgang Ludwig, Jean Euzéby, Peter Schumann, Hans-Jürgen Busse, Martha E. Trujillo, Peter Kämpfer, William B. Whitman |title=Road map of the phylum ''Actinobacteria'' |journal=Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria |volume= |issue= |pages= |date= |url=http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/9781118960608.bm00029/abstract |doi=10.1002/9781118960608.bm00029 }}</ref>
<ref name="ProkCh">{{cite book |author=Thomas Clavel, Patricia Lepage, Cédric Charrier |title=The Prokaryotes |chapter=The Family ''Coriobacteriaceae'' |pages=201-238 |date=01 November 2014 |url=https://link.springer.com/referenceworkentry/10.1007%2F978-3-642-30138-4_343 |doi=10.1007/978-3-642-30138-4_343 |publisher=Springer Berlin Heidelberg |isbn=978-3-642-30138-4 }}</ref>
<ref name="pmid23961308">{{cite journal|date=2013|title=Complete genome sequence of Coriobacterium glomerans type strain (PW2(T)) from the midgut of Pyrrhocoris apterus L. (red soldier bug)|journal=Stand Genomic Sci|volume=8|issue=1|pages=15–25|doi=10.4056/sigs.3507020|pmid=23961308|pmc=3739169|vauthors=Stackebrandt E, Zeytun A, Lapidus A et al.}}</ref>
<ref name="pmid10425779">{{cite journal|date=1999|title=Cryptobacterium curtum gen. nov., sp. nov., a new genus of gram-positive anaerobic rod isolated from human oral cavities|url=https://www.atcc.org/Products/All/700683.aspx|journal=Int J Syst Bacteriol|volume=49|issue=Pt 3|pages=1193–200|doi=10.1099/00207713-49-3-1193|pmid=10425779|vauthors=Nakazawa F, Poco SE, Ikeda T, Sato M, Kalfas S, Sundqvist G, Hoshino E}}</ref>
<ref name="pmid19502325">{{cite journal|date=2009|title=Gordonibacter pamelaeae gen. nov., sp. nov., a new member of the Coriobacteriaceae isolated from a patient with Crohn's disease, and reclassification of Eggerthella hongkongensis Lau et al. 2006 as Paraeggerthella hongkongensis gen. nov., comb. nov.|url=http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.005900-0#tab2|journal=Int J Syst Bacteriol|volume=59|issue=Pt 6|pages=1405–15|doi=10.1099/ijs.0.005900-0|pmid=19502325|vauthors=Würdemann D, Tindall BJ, Pukall R et al.}}</ref>
<ref name="pmid21304644">{{cite journal|date=2009|title=Complete genome sequence of Cryptobacterium curtum type strain (12-3)|journal=Stand Genomic Sci|volume=1|issue=2|pages=93–100|doi=10.4056/sigs.12260|pmid=21304644|pmc=3035227|vauthors=Mavrommatis K, Pukall R, Rohde C et al.}}</ref>
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⚫
<ref name="NCBI">{{cite web|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi|title=Coriobacteriia|accessdate=2016-10-27|author=Sayers|publisher=[[National Center for Biotechnology Information]] (NCBI) taxonomy database|display-authors=etal}}</ref><ref name="pmid23524353">{{cite journal|date=2010|title=Molecular signatures for the class Coriobacteriia and its different clades; proposal for division of the class Coriobacteriia into the emended order Coriobacteriales, containing the emended family Coriobacteriaceae and Atopobiaceae fam. nov., and Eggerthellales ord. nov., containing the family Eggerthellaceae fam. nov.|url=http://ijs.microbiologyresearch.org/pubmed/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.048371-0|journal=Int J Syst Evol Microbiol|volume=63|issue=3|pages=3379–97|doi=10.1099/ijs.0.048371-0|pmid=23524353|vauthors=Gupta RS, Chen WJ, Adeolu M, Chai Y}}</ref>
<ref name="GG2005">{{cite journal|date=2005|title=Conserved indels in protein sequences that are characteristic of the phylum Actinobacteria|url=http://ijs.microbiologyresearch.org/pubmed/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.63785-0|journal=Int J Syst Evol Microbiol|volume=55|issue=Pt 6|pages=2401–2412|doi=10.1099/ijs.0.63785-0|pmid=16280504|vauthors=Gao B, Gupta RS}}</ref>
<ref name="G2006">{{cite journal|date=2006|title=Signature proteins that are distinctive characteristics of Actinobacteria and their subgroups|url=http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10482-006-9061-2|journal=Antonie Van Leeuwenhoek|volume=90|issue=1|pages=69–91|doi=10.1007/s10482-006-9061-2|pmid=16670965|vauthors=Gao B, Paramanathan R, Gupta RS}}</ref>
<ref name="GG2012">{{cite journal|date=2012|title=Phylogenetic framework and molecular signatures for the main clades of the phylum Actinobacteria|journal=Microbiol Mol Biol Rev|volume=76|issue=1|pages=66–112|doi=10.1128/MMBR.05011-11|pmid=22390973|pmc=3294427|vauthors=Gao B, Gupta RS}}</ref>
<ref name="pmid19244447">{{cite journal|date=2009|title=An update of the structure and 16S rRNA gene sequence-based definition of higher ranks of the class Actinobacteria, with the proposal of two new suborders and four new families and emended descriptions of the existing higher taxa|url=http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.65780-0#tab2|journal=Int J Syst Evol Microbiol|volume=59|issue=Pt 3|pages=589–608|doi=10.1099/ijs.0.65780-0|pmid=19244447|vauthors=Zhi XY, Li WJ, Stackebrandt E}}</ref>
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2017年8月16日 (水) 15:04時点における版

コリオバクテリウム綱
分類
ドメイン : 真性細菌　Bacteria
門 : 放線菌門　Actinobacteria
綱 : コリオバクテリウム綱　Coriobacteriia König 2013 emend. Gupta et al. 2013
シノニム

Coriobacteridae Stackebrandt et al. 1997 emend. Zhi et al. 2009

目／科

Coriobacteriales Stackebrandt et al. 1997 emend. Gupta et al. 2013 * Atopobiaceae Gupta et al. 2013 * Coriobacteriaceae Stackebrandt et al. 1997 emend. Gupta et al. 2013 Eggerthellales Gupta et al. 2013 * Eggerthellaceae Gupta et al. 2013

コリオバクテリウム綱（コリオバクテリウムこう、Coriobacteriia）とは放線菌門における綱の一つである[1][2]。この綱の生物種の特徴には胞子の非生産性、偏性/通性嫌気性がある[3][4][5][6]。Gordonibacter属は唯一この綱で鞭毛を持ち運動性を有する。この属以外は運動性を持たない。幾つかの種は危険な病原性を有する。Atopobium属、Olsenella属およびCryptobacterium属は口内感染性を持ち、歯周病、口臭、その他の歯内療法学的疾病の原因となる[7][8]。Eggerthella属は菌血症と潰瘍性大腸炎を引き起こす[9]。

特徴

当初、コリオバクテリア綱は単一の目（コリオバクテリウム目）と単一の科(コリオバクテリア科)のみを有していた[1][10][11][12][13]。しかし、現在では綱内の属種には分類学上異なる地位であることを示すconserved signature indels (CSIs)を有しており、その進化的関係は単一の分類項目にまとめることは不適切であることが分かっている[14] 。このCSIsは特異的であり、この遺伝的特徴によりコリオバクテリウム綱は区分される。また、CSIsによる区別は目や科のレベルにおいて共有派生形質の違いを反映する[15]。例えば、コリオバクテリウム目（Coriobacteriales）は糖分解性でありグルコース発酵をできるが、Eggerthellales目には非糖分解性でありグルコースを発酵できない種がいる[1][2][14]。

CSIsは放線菌門の他の分類項目からコリオバクテリウム綱を区別する根拠に用いられてきた 。CSIsの分析によると、コリオバクテリウム綱は放線菌門の中でも古い分類系統である 。この綱が本当に放線菌門所属で適切であるかどうかの議論もある 。例えば、コリネバクテリウム鋼の微生物は全て、デオキシウリジン59-三リン酸（dUTP）ヌクレオチド加水分解酵素におけるある一つのアミノ酸挿入の形態に関するCSIを共有する。他にこのCSIを持つのは放線菌門の一部の種のみである 。このCSIは、放線菌門におけるコリネバクテリウム綱の関係を明確に示す指標の一つである。

分類系統

2016年現在のコリネバクテリウム綱の分類体系は以下の通りである（米国立生物工学情報センター）。2つの目、3つの科、16の属を有する[16]。

脚注

  1. ^ a b c Wolfgang Ludwig, Jean Euzéby, Peter Schumann, Hans-Jürgen Busse, Martha E. Trujillo, Peter Kämpfer, William B. Whitman. “Road map of the phylum Actinobacteria”. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. doi:10.1002/9781118960608.bm00029. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/9781118960608.bm00029/abstract. 
  2. ^ a b Thomas Clavel, Patricia Lepage, Cédric Charrier (01 November 2014). “The Family Coriobacteriaceae”. The Prokaryotes. Springer Berlin Heidelberg. pp. 201-238. doi:10.1007/978-3-642-30138-4_343. ISBN 978-3-642-30138-4. https://link.springer.com/referenceworkentry/10.1007%2F978-3-642-30138-4_343 
  3. ^ “Complete genome sequence of Coriobacterium glomerans type strain (PW2(T)) from the midgut of Pyrrhocoris apterus L. (red soldier bug)”. Stand Genomic Sci 8 (1): 15–25. (2013). doi:10.4056/sigs.3507020. PMC 3739169. PMID 23961308. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3739169/. 
  4. ^ “Cryptobacterium curtum gen. nov., sp. nov., a new genus of gram-positive anaerobic rod isolated from human oral cavities”. Int J Syst Bacteriol 49 (Pt 3): 1193–200. (1999). doi:10.1099/00207713-49-3-1193. PMID 10425779. https://www.atcc.org/Products/All/700683.aspx. 
  5. ^ “Gordonibacter pamelaeae gen. nov., sp. nov., a new member of the Coriobacteriaceae isolated from a patient with Crohn's disease, and reclassification of Eggerthella hongkongensis Lau et al. 2006 as Paraeggerthella hongkongensis gen. nov., comb. nov.”. Int J Syst Bacteriol 59 (Pt 6): 1405–15. (2009). doi:10.1099/ijs.0.005900-0. PMID 19502325. http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.005900-0#tab2. 
  6. ^ “Complete genome sequence of Cryptobacterium curtum type strain (12-3)”. Stand Genomic Sci 1 (2): 93–100. (2009). doi:10.4056/sigs.12260. PMC 3035227. PMID 21304644. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3035227/. 
  7. ^ “Complete genome sequence of Atopobium parvulum type strain (IPP 1246)”. Stand Genomic Sci 1 (2): 166–73. (2009). doi:10.4056/sigs.29547. PMC 3035223. PMID 21304653. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3035223/. 
  8. ^ “Complete genome sequence of Olsenella uli type strain (VPI D76D-27C)”. Stand Genomic Sci 3 (1): 76–84. (2010). doi:10.4056/sigs.1082860. PMC 3035265. PMID 21304694. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3035265/. 
  9. ^ “Complete genome sequence of Eggerthella lenta type strain (IPP VPI 0255)”. Stand Genomic Sci 1 (2): 174–82. (2009). doi:10.4056/sigs.33592. PMC 3035228. PMID 21304654. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3035228/. 
  10. ^ “Conserved indels in protein sequences that are characteristic of the phylum Actinobacteria”. Int J Syst Evol Microbiol 55 (Pt 6): 2401–2412. (2005). doi:10.1099/ijs.0.63785-0. PMID 16280504. http://ijs.microbiologyresearch.org/pubmed/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.63785-0. 
  11. ^ “Signature proteins that are distinctive characteristics of Actinobacteria and their subgroups”. Antonie Van Leeuwenhoek 90 (1): 69–91. (2006). doi:10.1007/s10482-006-9061-2. PMID 16670965. http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10482-006-9061-2. 
  12. ^ “Phylogenetic framework and molecular signatures for the main clades of the phylum Actinobacteria”. Microbiol Mol Biol Rev 76 (1): 66–112. (2012). doi:10.1128/MMBR.05011-11. PMC 3294427. PMID 22390973. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3294427/. 
  13. ^ “An update of the structure and 16S rRNA gene sequence-based definition of higher ranks of the class Actinobacteria, with the proposal of two new suborders and four new families and emended descriptions of the existing higher taxa”. Int J Syst Evol Microbiol 59 (Pt 3): 589–608. (2009). doi:10.1099/ijs.0.65780-0. PMID 19244447. http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.65780-0#tab2. 
  14. ^ a b “Molecular signatures for the class Coriobacteriia and its different clades; proposal for division of the class Coriobacteriia into the emended order Coriobacteriales, containing the emended family Coriobacteriaceae and Atopobiaceae fam. nov., and Eggerthellales ord. nov., containing the family Eggerthellaceae fam. nov.”. Int J Syst Evol Microbiol 63 (3): 3379–97. (2010). doi:10.1099/ijs.0.048371-0. PMID 23524353. http://ijs.microbiologyresearch.org/pubmed/content/journal/ijsem/10.1099/ijs.0.048371-0. 
  15. ^ “Impact of genomics on the understanding of microbial evolution and classification: the importance of Darwin's views on classification”. FEMS Microbiol Rev 40 (4): 520–53. (2016). doi:10.1093/femsre/fuw011. PMID 27279642. http://femsre.oxfordjournals.org/content/early/2016/06/07/femsre.fuw011.abstract. 
  16. ^ Sayers. “Coriobacteriia”. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. 2016年10月27日閲覧。
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