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2011年9月16日 (金) 12:43時点における版

遺伝子オントロジー（いでんしオントロジー、英: gene ontology、GO）とは、生物学的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。

1990年代後半から、生物学における実験手法の革新（DNAシーケンサーやDNAマイクロアレイなど）や、バイオインフォマティクス的手法の発達により、様々な種の遺伝子関連情報がデータベース化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。データベースは無料で公開されている。

実際のデータ

GOで定義された用語は、GO term と呼ばれる。GO term は三つのカテゴリーに分かれる。

biological process（生物学的プロセス）
cellular component（細胞の構成要素）
molecular function（分子機能）

計算機上でGOのデータは、非循環有向グラフ (英: directed acyclic graph、DAG) と呼ばれるデータ構造を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常にXMLとの親和性が高いため、アノテーションと共にXML-RDFフォーマットでも提供されている。

外部リンク

the Gene Ontology

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-'''遺伝子オントロジー'''（いでんしオントロジー、''Gene Ontology''; ''GO''）とは、[[生物学]]的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。
+'''遺伝子オントロジー'''（いでんしオントロジー、{{lang-en-short|gene ontology}}、''GO''）とは、[[生物学]]的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。
 年代後半から、生物学における実験手法の革新（[[DNAシーケンサー]]や[[DNAマイクロアレイ]]など）や、[[バイオインフォマティクス]]的手法の発達により、様々な[[種 (分類学)|種]]の遺伝子関連情報が[[データベース]]化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。データベースは無料で公開されている。
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 == 実際のデータ ==
 [[画像:Amigo.png|thumb|250px|図1：[http://www.godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi AmiGO]によるトップレベルGO Tremのグラフ化。]]
-GOで定義された用語は、GO Termと呼ばれる。Go Termは三つのカテゴリーに分かれる。
+GOで定義された用語は、{{lang|en|GO term}} と呼ばれる。{{lang|en|GO term}} は三つのカテゴリーに分かれる。
-* biological process　（生物学的プロセス）
+*{{lang|en|biological process}}（生物学的プロセス）
-* cellular component　（細胞の構成要素）
+*{{lang|en|cellular component}}（細胞の構成要素）
-* molecular function　（分子機能）
+*{{lang|en|molecular function}}（分子機能）
-計算機上でGOのデータは、非循環有向グラフ (Directed Acyclic Graph: DAG) と呼ばれる[[データ構造]]を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常に[[Extensible Markup Language|XML]]との親和性が高いため、[[アノテーション]]と共に[[Resource Description Framework|XML-RDF]]フォーマットでも提供されている。
+計算機上でGOのデータは、非循環有向グラフ ({{lang-en-short|directed acyclic graph}}、DAG) と呼ばれる[[データ構造]]を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常に[[Extensible Markup Language|XML]]との親和性が高いため、[[アノテーション]]と共に[[Resource Description Framework|XML-RDF]]フォーマットでも提供されている。
 ==外部リンク==

2011年9月16日 (金) 12:43時点における版

実際のデータ

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関連項目