CPR群
| CPR細菌群 | ||||||
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 右上の青部分がCPR系統（全生物の系統樹）
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| 分類 | ||||||
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| 学名 | ||||||
| なし | ||||||
| 下位分類（門） | ||||||
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CPR（Candidate Phyla radiationまたはPatescibacteria）は、細菌の巨大系統群である。培養例がなく記載種を一切含まない。全細菌の少なくとも15%、もしくはそれ以上の規模を持つ可能性がある一方[1]、その進化上の位置付けおよび多様性については議論が続いている[2]。
当初の系統樹からは大古代の分岐と推定され、ほかの全ての細菌と姉妹群を形成するとされた。極端に細胞が小さく、特殊な遺伝子構成を持つ種が多い。これまでのゲノム解析の結果より、TCA回路や電子伝達系を持たず、核酸やアミノ酸を合成する能力を持たない種が多数存在することが示されている[1][3]。通常の細菌（バクテリア）とは異なり、rRNA中にイントロンが存在することで、これまでのPCRを元にした微生物検出手法では発見されてこなかった。ゲノムや細胞サイズが小さいこと、大きな多様性を持つにもかかわらず長らく認知されなかったこと、系統樹上で基部を占めることなど古細菌におけるDPANN群と共通するところがある[4]。
一方でより近年の研究では、この系統はテッラバクテリア内のグラム陽性菌の系統に入り、特にクロロフレクサス門に近縁としている[5][2][6]。これはCPR細菌が自由生活性の細菌から進化したことを意味し、CPRの起源も当初考えられていたよりも新しい可能性が高い。CPR細菌はグラム染色では陰性だが、多くのCPR細菌は外膜を欠いており、構造的にグラム陽性菌と共通する[7]。GTDB分類（The Genome Taxonomy Database）は、この系統に対してPatescibacteriaの1つの門しか割り当てていない[8]。
脚注[編集]
- ^ a b c Brown, C. T., Hug, L. A., Thomas, B. C., Sharon, I., Castelle, C. J., Singh, A., ... & Banfield, J. F. (2015). Unusual biology across a group comprising more than 15% of domain Bacteria. Nature, 523(7559), 208-211.
- ^ a b Taib, Najwa; Megrian, Daniela; Witwinowski, Jerzy; Adam, Panagiotis; Poppleton, Daniel; Borrel, Guillaume; Beloin, Christophe; Gribaldo, Simonetta (2020-12). “Genome-wide analysis of the Firmicutes illuminates the diderm/monoderm transition” (英語). Nature Ecology & Evolution 4 (12): 1661–1672. doi:10.1038/s41559-020-01299-7. ISSN 2397-334X.
- ^ Hug, L. A., Baker, B. J., Anantharaman, K., Brown, C. T., Probst, A. J., Castelle, C. J., ... & Suzuki, Y. (2016). A new view of the tree of life. Nature Microbiology, 1, 16048.
- ^ Castelle, Cindy J.; Banfield, Jillian F. (2018-03). “Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life”. Cell 172 (6): 1181–1197. doi:10.1016/j.cell.2018.02.016. ISSN 0092-8674.
- ^ Gareth A. Coleman, et al. (2021). “A rooted phylogeny resolves early bacterial evolution”. Science 372 (6542). doi:10.1126/science.abe0511.
- ^ Moody, Edmund RR; Mahendrarajah, Tara A; Dombrowski, Nina; Clark, James W; Petitjean, Celine; Offre, Pierre; Szöllősi, Gergely J; Spang, Anja et al. (2022-02-22). “An estimate of the deepest branches of the tree of life from ancient vertically evolving genes” (英語). eLife 11: e66695. doi:10.7554/eLife.66695. ISSN 2050-084X. PMC 8890751. PMID 35190025.
- ^ Luef, B., Frischkorn, K., Wrighton, K., et al. (2015). “Diverse uncultivated ultra-small bacterial cells in groundwater”. Nature Communications 6. doi:10.1038/ncomms7372.
- ^ [1]
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