「遺伝子オントロジー」の版間の差分

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'''遺伝子オントロジー'''（いでんしオントロジー、'''Gene Ontology'''、''GO'') とは、[[生物学]]的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。
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'''Gene Ontology''' (''GO'': 遺伝子オントロジー) とは、[[生物学]]的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。現在、生物学における実験手法の革新（[[DNAシーケンサー]]や[[DNAマイクロアレイ|マイクロアレイ]]など）や、[[バイオインフォマティクス]]的手法の発達により、様々な[[種]]の遺伝子関連情報が[[データベース]]化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。
現在、生物学における実験手法の革新（[[DNAシーケンサー]]や[[DNAマイクロアレイ]]など）や、[[バイオインフォマティクス]]的手法の発達により、様々な[[種]]の遺伝子関連情報が[[データベース]]化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。


==実際のデータ==
==実際のデータ==
[[画像:Amigo.png|thumb|250px|図1：[http://www.godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi AmiGO]によるトップレベルGO Tremのグラフ化。]]
[[画像:Amigo.png|thumb|250px|図1：[http://www.godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi AmiGO]によるトップレベルGO Tremのグラフ化。]]
GOで定義された用語は、GO Termと呼ばれる。Go Tremは三つのカテゴリーに分かれる：
GOで定義された用語は、GO Termと呼ばれる。Go Tremは三つのカテゴリーに分かれる。
* biological process　（生物学的プロセス）
* biological process　（生物学的プロセス）
* cellular component　（細胞の構成要素）
* cellular component　（細胞の構成要素）
* molecular function　（分子機能）
* molecular function　（分子機能）


計算機上でGOのデータは、非循環有向グラフ(Directed Acyclic Graph: DAG)と呼ばれるデータ構造を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常に[[Extensible Markup Language|XML]]との親和性が高いため、アノテーションと共に[[Resource Description Framework|XML-RDF]]フォーマットでも提供されている。
計算機上でGOのデータは、非循環有向グラフ (Directed Acyclic Graph: DAG) と呼ばれるデータ構造を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常に[[Extensible Markup Language|XML]]との親和性が高いため、アノテーションと共に[[Resource Description Framework|XML-RDF]]フォーマットでも提供されている。


==外部リンク==
==外部リンク==

2006年4月15日 (土) 07:26時点における版

遺伝子オントロジー（いでんしオントロジー、Gene Ontology、GO) とは、生物学的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。

現在、生物学における実験手法の革新（DNAシーケンサーやDNAマイクロアレイなど）や、バイオインフォマティクス的手法の発達により、様々な種の遺伝子関連情報がデータベース化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。

実際のデータ

図1：AmiGOによるトップレベルGO Tremのグラフ化。

GOで定義された用語は、GO Termと呼ばれる。Go Tremは三つのカテゴリーに分かれる。

  • biological process　（生物学的プロセス）
  • cellular component　（細胞の構成要素）
  • molecular function　（分子機能）

計算機上でGOのデータは、非循環有向グラフ (Directed Acyclic Graph: DAG) と呼ばれるデータ構造を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常にXMLとの親和性が高いため、アノテーションと共にXML-RDFフォーマットでも提供されている。

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関連項目

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