ChEBI

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ChEBI
内容
正式名称 化学データベース
キャプチャデータ 生物学的に興味のある化学種
コンタクト
研究拠点 欧州分子生物学研究所
研究所 イギリスの旗 欧州バイオインフォマティクス研究所
主要引用 [1]
アクセス
ウェブサイト ChEBI
ダウンロードURL Downloads
WebサービスURL Web Service
SPARQL終点 BIO2RDF
ツール
ウェブ ChEBI Website
その他
データ公開頻度 月毎
キュレーション
ポリシー
手動

ChEBI[1][2](Chemical Entities of Biological Interest)は、小さな化合物を対象とした化学種データベースオントロジーであり、Open Biomedical Ontologiesの取組の一部である。「化学種」という用語は、「構造的または同位体的に区別される原子分子イオンイオン対ラジカルラジカルイオン錯体配座異性体等」を意味する[3]。生理活性を持つものは、天然化合物であるか合成物であるかも記載される。核酸タンパク質タンパク質分解によって生成するペプチドのようにゲノムによって直接コードされる分子については、原則としてChEBIには収録されない。

ChEBIは、国際純正・応用化学連合及び国際生化学・分子生物学連合の命名委員会による名前、記号、分類を用いている。

スコープとアクセス[編集]

データベース内の全てのデータは、無所有権であるか無所有権の情報源に由来するものである。そのため、誰でも無料でアクセスすることができる。さらに、それぞれのデータは完全に追跡可能であり、出典と完全に紐づいている。

ChEBIのデータは、Webサービスダウンロードの両方で入手できる。

関連項目[編集]

出典[編集]

  1. ^ a b De Matos, P.; Alcantara, R.; Dekker, A.; Ennis, M.; Hastings, J.; Haug, K.; Spiteri, I.; Turner, S. et al. (2009). “Chemical Entities of Biological Interest: An update”. Nucleic Acids Research 38 (Database issue): D249-54. doi:10.1093/nar/gkp886. PMC 2808869. PMID 19854951. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2808869. 
  2. ^ Degtyarenko, K.; De Matos, P.; Ennis, M.; Hastings, J.; Zbinden, M.; McNaught, A.; Alcantara, R.; Darsow, M. et al. (2007). “ChEBI: A database and ontology for chemical entities of biological interest”. Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D344-50. doi:10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832. PMID 17932057. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2238832. 
  3. ^ IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book") (1997). オンライン版:  (2006-) "molecular entity".

外部リンク[編集]