APAF1

APAF1
PDBに登録されている構造
PDB	オルソログ検索: RCSB PDBe PDBj
PDBのIDコード一覧
	1C15, 1CWW, 1CY5, 1Z6T, 2P1H, 2YGS, 3J2T, 3YGS, 4RHW, 3JBT
識別子
記号	APAF1, APAF-1, CED4, apoptotic peptidase activating factor 1
外部ID	OMIM: 602233 MGI: 1306796 HomoloGene: 7626 GeneCards: APAF1
遺伝子の位置 (ヒト)
染色体	12番染色体 (ヒト)
終点	98,735,433 bp
遺伝子の位置 (マウス)
染色体	10番染色体 (マウス)
終点	91,082,770 bp
RNA発現パターン
	; ; ; ;
	さらなる参照発現データ
遺伝子オントロジー
分子機能	• 熱ショックタンパク質結合; • ADP binding; • 血漿タンパク結合; • identical protein binding; • ATP binding; • ヌクレオチド結合; • cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process;
細胞の構成要素	• 細胞質; • 細胞質基質; • エキソソーム; • 細胞核; • アポトソーム; • 細胞外領域; • secretory granule lumen; • ficolin-1-rich granule lumen; • 高分子複合体;
生物学的プロセス	• cellular response to transforming growth factor beta stimulus; • neuron apoptotic process; • regulation of apoptotic process; • 細胞分化; • 低酸素症への反応; • response to nutrient; • response to G1 DNA damage checkpoint signaling; • 老化; • positive regulation of apoptotic signaling pathway; • glial cell apoptotic process; • 神経系発生; • 多細胞個体の発生; • cardiac muscle cell apoptotic process; • intrinsic apoptotic signaling pathway; • intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress; • neural tube closure; • 脳発生; • positive regulation of apoptotic process; • apoptotic signaling pathway; • 前脳発生; • regulation of apoptotic DNA fragmentation; • protein homooligomerization; • activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process; • activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c; • アポトーシス; • 好中球脱顆粒; • negative regulation of G0 to G1 transition; • 腎臓発生;
	出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
	317
	11783
	ENSG00000120868
	ENSMUSG00000019979
	O14727
	O88879
	NM_001160; NM_013229; NM_181861; NM_181868; NM_181869
	NM_001042558; NM_001282947; NM_009684
	NP_001151; NP_037361; NP_863651; NP_863658; NP_863659
	NP_001036023; NP_001269876; NP_033814
	ウィキデータ
閲覧/編集ヒト	閲覧/編集マウス

APAF1（apoptotic peptidase activating factor 1）はアポトーシスに関与するタンパク質で、線虫Caenorhabditis elegansのCED-4のヒトホモログである^[5]^[6]^[7]。

機能[編集]

APAF1遺伝子は、アポトーシス調節ネットワークの中心的なハブの1つを形成する細胞質タンパク質をコードする。APAF1タンパク質は（N末端から）CARDドメイン（英語版）、ATPアーゼドメイン（NB-ARC）、短いヘリカルドメイン、そして数個のWD40リピートドメインを含む。シトクロムcとdATPの結合に伴って、オリゴマーからなるアポトソームを形成する。アポトソームはカスパーゼ-9前駆体を結合して切断し、成熟した活性化型として放出する。この反応の正確な機構については未だ議論があるが、アポトソームはカスパーゼ-9の二量体化を誘導し、その後に自己触媒が行われることが示唆されている^[8]。活性化されたカスパーゼ-9はその後カスパーゼカスケードを刺激し、細胞をアポトーシスに従事させる。

選択的スプライシングによって、異なるアイソフォームをコードする7種類のバリアントが産生される^[5]。

構造[編集]

APAF1は6本のヘリックスからなるグリークキーモチーフを持つCARDドメイン、ロスマンフォールド型のヌクレオチド結合ドメイン、短いヘリカルモチーフ、ウィングドヘリックス（winged-helix）ドメインを含む^[9]。

相互作用[編集]

APAF1は次に挙げる因子と相互作用することが示されている。

出典[編集]

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000120868 - Ensembl, May 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000019979 - Ensembl, May 2017
^ Human PubMed Reference:
^ Mouse PubMed Reference:
^ ^a ^b “Entrez Gene: APAF1 apoptotic peptidase activating factor 1”. 2021年11月7日閲覧。
^ “Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3”. Cell 90 (3): 405–13. (Aug 1997). doi:10.1016/S0092-8674(00)80501-2. PMID 9267021.
^ “Assignment of apoptotic protease activating factor-1 gene (APAF1) to human chromosome band 12q23 by fluorescence in situ hybridization”. Cytogenetics and Cell Genetics 87 (3–4): 252–3. (1999). doi:10.1159/000015436. PMID 10702682.
^ “The apoptosome activates caspase-9 by dimerization”. Molecular Cell 22 (2): 269–75. (Apr 2006). doi:10.1016/j.molcel.2006.03.009. PMID 16630894.
^ “Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP”. Nature 434 (7035): 926–33. (Apr 2005). doi:10.1038/nature03465. PMID 15829969.
^ ^a ^b “Induced inhibition of ischemic/hypoxic injury by APIP, a novel Apaf-1-interacting protein”. The Journal of Biological Chemistry 279 (38): 39942–50. (Sep 2004). doi:10.1074/jbc.M405747200. PMID 15262985.
^ ^a ^b “Bcl-XL interacts with Apaf-1 and inhibits Apaf-1-dependent caspase-9 activation”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (8): 4386–91. (Apr 1998). doi:10.1073/pnas.95.8.4386. PMC 22498. PMID 9539746.
^ ^a ^b “Caspase-9, Bcl-XL, and Apaf-1 form a ternary complex”. The Journal of Biological Chemistry 273 (10): 5841–5. (Mar 1998). doi:10.1074/jbc.273.10.5841. PMID 9488720.
^ “Cytochrome c and dATP-dependent formation of Apaf-1/caspase-9 complex initiates an apoptotic protease cascade”. Cell 91 (4): 479–89. (Nov 1997). doi:10.1016/s0092-8674(00)80434-1. PMID 9390557.
^ ^a ^b “A novel enhancer of the Apaf1 apoptosome involved in cytochrome c-dependent caspase activation and apoptosis”. The Journal of Biological Chemistry 276 (12): 9239–45. (Mar 2001). doi:10.1074/jbc.M006309200. PMID 11113115.
^ “Negative regulation of the Apaf-1 apoptosome by Hsp70”. Nature Cell Biology 2 (8): 476–83. (Aug 2000). doi:10.1038/35019510. PMID 10934467.

外部リンク[編集]

Human APAF1 genome location and APAF1 gene details page in the UCSC Genome Browser.
Overview of all the structural information available in the PDB for UniProt: O14727 (Apoptotic protease-activating factor 1) at the PDBe-KB.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000120868 - Ensembl, May 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000019979 - Ensembl, May 2017

[3] Human PubMed Reference:

[4] Mouse PubMed Reference:

[entrez-5] “Entrez Gene: APAF1 apoptotic peptidase activating factor 1”. 2021年11月7日閲覧。

[pmid9267021-6] “Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3”. Cell 90 (3): 405–13. (Aug 1997). doi:10.1016/S0092-8674(00)80501-2. PMID 9267021.

[pmid10702682-7] “Assignment of apoptotic protease activating factor-1 gene (APAF1) to human chromosome band 12q23 by fluorescence in situ hybridization”. Cytogenetics and Cell Genetics 87 (3–4): 252–3. (1999). doi:10.1159/000015436. PMID 10702682.

[pmid16630894-8] “The apoptosome activates caspase-9 by dimerization”. Molecular Cell 22 (2): 269–75. (Apr 2006). doi:10.1016/j.molcel.2006.03.009. PMID 16630894.

[pmid15829969-9] “Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP”. Nature 434 (7035): 926–33. (Apr 2005). doi:10.1038/nature03465. PMID 15829969.

[pmid15262985-10] “Induced inhibition of ischemic/hypoxic injury by APIP, a novel Apaf-1-interacting protein”. The Journal of Biological Chemistry 279 (38): 39942–50. (Sep 2004). doi:10.1074/jbc.M405747200. PMID 15262985.

[pmid9539746-11] “Bcl-XL interacts with Apaf-1 and inhibits Apaf-1-dependent caspase-9 activation”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (8): 4386–91. (Apr 1998). doi:10.1073/pnas.95.8.4386. PMC 22498. PMID 9539746.

[pmid9488720-12] “Caspase-9, Bcl-XL, and Apaf-1 form a ternary complex”. The Journal of Biological Chemistry 273 (10): 5841–5. (Mar 1998). doi:10.1074/jbc.273.10.5841. PMID 9488720.

[pmid9390557-13] “Cytochrome c and dATP-dependent formation of Apaf-1/caspase-9 complex initiates an apoptotic protease cascade”. Cell 91 (4): 479–89. (Nov 1997). doi:10.1016/s0092-8674(00)80434-1. PMID 9390557.

[pmid11113115-14] “A novel enhancer of the Apaf1 apoptosome involved in cytochrome c-dependent caspase activation and apoptosis”. The Journal of Biological Chemistry 276 (12): 9239–45. (Mar 2001). doi:10.1074/jbc.M006309200. PMID 11113115.

[pmid10934467-15] “Negative regulation of the Apaf-1 apoptosome by Hsp70”. Nature Cell Biology 2 (8): 476–83. (Aug 2000). doi:10.1038/35019510. PMID 10934467.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

機能[編集]

構造[編集]

相互作用[編集]

出典[編集]

関連文献[編集]

外部リンク[編集]