非加重結合法

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非加重結合法(Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean、UPGMAと略す)は系統樹を作製するためのボトムアップ式のクラスタ解析法である。入力データは対象の各ペア間の距離であり、有根系統樹が作製される。進化速度が一定分子時計仮説)と仮定して有根系統樹を作製するのにときどき用いられる。

最初に、各対象がそれぞれ1つのクラスタを作っているとする。その後段階的に最も近いクラスタを結合して上位のクラスタとする。2つのクラスタAとBについて、AとBそれぞれの要素すべての間の距離の平均をとって、これをAとBの間の距離とする

UPGMAは進化速度一定の仮定を用いているため、これが対象に関して正しいことが示されない限り、系統樹の推定に適した方法ではない。

やはり距離を用いる方法であるが上記の仮定を要しないものに近隣結合法(NJ法)がある。

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