硝酸菌（しょうさんきん、nitrate bacteria）は、亜硝酸を硝酸に酸化することで得られるエネルギー（下記）を用いて炭酸固定を行う細菌の一群。土壌中や海洋に広く生息する。Nitrobacter 属、Nitrococcus 属などが含まれる。亜硝酸菌とともに硝化作用を通して自然界の窒素循環に役立っている。
