立体配座
コンフォメーションとは生体分子（タンパク質、核酸、脂質、糖etc.）の立体構造を意味する。特にタンパク質の場合にこの用語が使用されることが多い。しかしながら、立体構造が重要であるような生体分子の場合には広く適用されている。あらゆるコンフォメーションは生体分子を形成する最小単位の性状およびその配列によって決定していると言われており、特殊な状態（液相、温度、pHなどの変化）をのぞけば特異的に構造が決定される。別名、立体構造（りったいこうぞう）、コンフォーメーションなど。
タンパク質
タンパク質のコンフォメーションは以下の四段階存在する。
この4つの構造を基本としているが、例外的な単位としては以下のものがある。
- 超二次構造：ロスマン構造、αα'ターンなど
- モジュール：超二次構造とほぼ同義、20～30アミノ残基を一つの単位とした構造
- ドメイン：100～150アミノ残基を単位とした構造、真核生物のエキソンがドメインに該当すると言う説がある（ドメインシャフリング説）。
また、特に三次構造以上の構造を『タンパク質高次構造』と呼ぶ。四次構造に至るまでのコンフォメーションは全てアミノ酸配列によって厳密に決定されている。
この中でも、コンフォメーションの意味合いに使用されるのがタンパク質三次構造であり、これらは以下の力によって保持されていると言われている。
- 疎水性相互作用：疎水基同士の凝集
- 静電的相互作用：イオン対の結合、塩橋（えんきょう：金属イオン媒介型）もここに入る
- 水素結合：電気陰性度の大きい原子と水素の結合、二次構造にも寄与している
- ファンデアワールス力：原子間に普遍的に働く力、非結合性
- ジスルフィド結合（S-S結合）：システイン残基が硫黄によって架橋される結合
これらの作用が最もエネルギー的に安定する状態がタンパク質立体構造であり、タンパク質によっては（好熱菌タンパクや細胞外タンパク質など）これらの結合は極めて強固である。これらの相互作用は四次構造にも寄与する。
タンパク質溶解度と立体構造
一般に可溶性タンパク質（水に対して親和性の高いタンパク質）は球状構造を取っており、外部には親水性の残基、内部には疎水性の残基が強固に凝集している。また、サブユニット間相互作用においても結合部位は疎水性の残基が集まっている。可溶性タンパクはコンフォメーションの決定が比較的容易であり、数多くの結晶構造が明らかになっている。
また、不溶性タンパク（膜タンパク質が多い）は、生体膜に配置（貫通型、埋没型、付着型など）しているため膜内部に存在している部分は疎水性残基が外側を向いている。膜貫通型の構造はαヘリックスやβシートで構成される。ポーリンタンパク質のような小孔が空いているようなタンパク質では、穴が大きい場合はβシート、あるいは四次構造により穴が開いており、プロトンのような小分子を通す場合はαヘリックスで構成された小孔を用いている。膜タンパク質はコンフォメーションの理解がいまだ少なく、構造の決定されたものは10に満たない。
コンフォメーション変化とフォールディング
タンパク質のコンフォメーションは構造生物学的分野の発展とともに理解が深まってきたが、これはコンピューターの発展によるところが大きいといえる。また、タンパク質は結晶構造のような静的なものではなく、ダイナミックに立体構造を変化させていると言うモデルが明らかになってきており、従来のタンパク質像に新しい知見を与えている。特に機能分子である酵素などはその反応にコンフォメーションの変化が深く関わっていると言われている。
また、タンパク質がリボソームで生産されると同時に立体構造を取り始めるが、その折りたたみ過程（フォールディング）は非常に素早く（エネルギー的に低い準位に移るだけなので）いまだよく理解されていない。コンピューター上で仮想のペプチドをフォールディングさせるシミュレーションが行われているが、現実にそうしたペプチドを作成すると再現的ない場合が多い。また、カメレオンペプチドというαヘリックス、βシートどちらでも構成することのできるアミノ酸配列も見つかっているが、なぜそのような現象が起きるかということについても理解が深まっているとはいえない。
核酸
DNAについては二重らせん構造、クロマチン構造、染色体を参照。なお、DNAの高次構造は複製、転写、トポロジーなどにきわめて重要であると言われている。
RNA
RNAは特定のウイルスのものをのぞけば全て一本鎖であり、タンパク質のように一本鎖上のA-U、G-C結合が特定のコンフォメーションを作ることがよく知られている。
中でももっとも有名なのが、tRNAの二次構造および三次構造である。RNAの配列は少しずつ異なっているがtRNAのとる二次構造は『クローバー葉構造』と呼ばれており、三つのループとステムからなる構造を取る。
- DHUステム、ループ
- TΨCステム、ループ
- アンチコドンステム、ループ
- オプショナルアーム（存在しないtRNAもある）
- アクセプターアーム
更に、ステム部分の二重らせん構造により、RNAは更に折りたたまれて三次構造を取る。tRNAの三次構造は『L字構造』と呼ばれており、翻訳の際にはこの形状が不可欠だと考えられている。
また、リボソームに含まれる小サブユニットおよび大サブユニットrRNAも、タンパク質相互作用もあいまって特定のコンフォメーションを取っていると言われている。極めて複雑な構造を取っていることがわかっているが、リボソームの翻訳過程にrRNAの活性が必要であり、不可欠な構造である。
リボザイム
RNAに触媒作用がある事を発見したトーマス・チェックは、テトラヒメナの自己スプライシングを起こすrRNAの二次構造および三次構造を解析したことで有名である。リボザイムの触媒作用にもRNAコンフォメーションが深く関係していると考えられている。
脂質
脂質については低分子のものが多くコンフォメーションは容易に決定できる。しかしながら、膜脂質全体の構造となると流動性や親水基の多様さもあいまって、多分子系の実験にならざるを得ない。また、膜の流動性を発揮するためには疎水基のコンフォメーションが重要であると考えられている（脂質二重層を参照）。
多糖
糖はその種類が多く、タンパク質や核酸のように一本鎖の構造を持たず、分枝しているケースが多い。また、概して膜脂質やタンパク質に結合しており、そのため構造解析の最も難しい生体分子の一つと言われている。いまだ一次構造を理解するための基本的な配列決定法すら確立されていない状況である。
しかしながら、細胞接着や物質輸送に必要な細胞の標識は多糖（糖鎖）が特に重要であると言われており、特異性の高い薬剤の開発には、こうした細胞標識のコンフォメーションを理解することがきわめて重要であると考えられている。