AutoDock
AutoDockは分子モデリングシミュレーションソフトウェアの一つである。2009年からオープンソースとなり、非商業的利用に関しては無料である。タンパク質-リガンドドッキングに利用される。AutoDock 4はGNU General Public Licenseの下で利用可能である。AutoDock VinaはApache Licenseの下で利用可能である。
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解説 [編集]
AutoDockは研究分野において最も多く引用されたドッキングソフトの一つである。AutoDockはWorld Community Gridによって運営されているFightAIDS@Homeプロジェクトの基礎となっている。2007年2月のISI Citation Indexでは、1100以上の論文がAutoDockの主要な論文を引用している。2009年では、1200を上回っている。
AutoDockは現在スクリプス研究所のオルソン研究室によってメンテナンスされている。
プログラム [編集]
AutoDockは2つの主要なプログラムによって構成されている。
- AutoDock
- 標的タンパク質を表現するグリッドのセットに対してリガンドをドッキングする
- AutoGrid
- これらのグリッドを前持って計算する
AutoDockには改良バージョンであるAutoDock Vinaがある。これは、ローカルサーチルーティンが改善されており、マルチコア/マルチCPUコンピュータを使用することができる。
AutoDockはHIVインテグラーゼ阻害剤を含むいくつかの医薬品の開発に貢献している[1][2]。
サードパーティー [編集]
オープンソースプロジェクトとして以下のようなサードパーティー製の改良版が存在する
- GPUを利用したルーティンの改良
- SSEを利用したルーティンの改良
- より大きなプロジェクトとの統合: OFF-TARGET PIPELINE[3]
64ビットネイティブコンパイル [編集]
ネイティブ64ビットコンパイルアプリケーションではより高速な浮動小数点演算が可能になっている[4]。
その他 [編集]
VSLABはVMD上で直接autodockを使用できるVMDプラグインである[5]。このプログラムによって非常に容易にタンパク質-リガンドドッキングを行うことが可能である。
脚注 [編集]
- ^ Schames, J.R., R.H. Henchman, J.S. Siegel, C.A. Sotriffer, H. Ni, and J.A. McCammon (2004). “Discovery of a novel binding trench in HIV integrase”. J. Med. Chem. 47 (8): 1879-1881. doi:10.1021/jm0341913. PMID 15055986.
- ^ Goforth, Sarah (2005年7月29日). “Molecules in Motion: Computer Simulations Lead to a Better Understanding of Protein Structures”. The National Science Foundation. 2012年1月19日閲覧。
- ^ Off-Target Pipeline 2012年1月19日閲覧。.
- ^ Wojciech (2010年1月22日). “How to compile autodock as native 64 bit windows application”. The Scripps Research Institute. 2012年1月19日閲覧。
- ^ “Turning Docking and Virtual Screening as simple as it can get...”. Theoretical and Computational Chemistry - REQUIMTE - Faculty of Sciences - University of Porto. 2012年1月19日閲覧。
