遺伝子オントロジー

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遺伝子オントロジー(いでんしオントロジー、: gene ontologyGO)とは、生物学的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。

1990年代後半から、生物学における実験手法の革新(DNAシーケンサーDNAマイクロアレイなど)や、バイオインフォマティクス的手法の発達により、様々なの遺伝子関連情報がデータベース化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。データベースは無料で公開されている。

実際のデータ[編集]

図1:AmiGOによるトップレベルGO Tremのグラフ化。

GOで定義された用語は、GO term と呼ばれる。GO term は三つのカテゴリーに分かれる。

  • biological process(生物学的プロセス)
  • cellular component(細胞の構成要素)
  • molecular function(分子機能)

計算機上でGOのデータは、有向非巡回グラフ (: directed acyclic graph、DAG) と呼ばれるデータ構造を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常にXMLとの親和性が高いため、アノテーションと共にXML-RDFフォーマットでも提供されている。

外部リンク[編集]

関連項目[編集]