タンパク質ドメイン進化的分類データベース

ECOD
内容
キャプチャデータ	タンパク質ドメイン
コンタクト
研究拠点	Grishin Lab, テキサス大学サウスウェスタンメディカルセンター（英語版）
作者	H. Cheng, R. D. Schaeffer, Y. Liao, L. N. Kinch, J. Pei, S. Shi, B. H. Kim, N. V. Grishin.
主要引用	PMID 25474468
公開日	2014
アクセス
ウェブサイト	http://prodata.swmed.edu/ecod/
ツール
その他
バージョン	継続的に更新
キュレーション; ポリシー	新規タンパク質は手動。照合したもののために自動化。
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タンパク質ドメイン進化的分類（タンパクしつドメインしんかてきぶんるい、英: Evolutionary Classification of Protein Domains、ECOD）は、蛋白質構造データバンク（PDB）から入手可能なタンパク質ドメインを分類した生物学的データベース（英語版）である。ECODは、タンパク質間の進化的関係を決定しようとするものである。

ECODは、Pfam、CATH、SCOPと同様に、タンパク質全体ではなくドメインを収集する。ただし、ECODは進化的関係に重点を置いている。ECODでは、単純に収斂進化を示す可能性のあるフォールドによってタンパク質を分類するのではなく、実証可能な相同性のみによってタンパク質を分類している^[1]。

脚注[編集]

^ Cheng, H; Schaeffer, RD; Liao, Y; Kinch, LN; Pei, J; Shi, S; Kim, BH; Grishin, NV (December 2014). “ECOD: an evolutionary classification of protein domains.”. PLOS Computational Biology 10 (12): e1003926. Bibcode: 2014PLSCB..10E3926C. doi:10.1371/journal.pcbi.1003926. PMC 4256011. PMID 25474468.

[1] Cheng, H; Schaeffer, RD; Liao, Y; Kinch, LN; Pei, J; Shi, S; Kim, BH; Grishin, NV (December 2014). “ECOD: an evolutionary classification of protein domains.”. PLOS Computational Biology 10 (12): e1003926. Bibcode: 2014PLSCB..10E3926C. doi:10.1371/journal.pcbi.1003926. PMC 4256011. PMID 25474468.

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