ノート:酵素

ナビゲーションに移動 検索に移動

モデル、反応機構、エントロピーについて[編集]

これらの部分は少し問題が多いように見受けられますが、大幅に改定する前にご意見を伺いたいと思います。

まず誘導適合の項目に関してですが、酵素表面と内部(活性部位内・基質)のエントロピーがごっちゃになってしまっているようなので、確実に分かるように記述する必要があるかと思います。また少なくとも誘導適合説での内部エントロピーの減少は、原因ではなく結果であることも重要な要素であるはずですし、誘導適合によってエントロピーが減少した基質の状態は遷移状態ではないことにも留意する必要があります。

まとめると、以下のことは明確にすべきではないかなと思います。

  1. 鍵と鍵穴モデルの発展型であり、アロステリック阻害を説明することができる。
  2. 酵素は基質と結合するとことにより3次構造を変え、反応を始める準備を整える。
  3. この時基質は3次構造が(反応を進めやすい)不安定な構造へと変化し基底状態の自由エネルギーが増大する。
  4. 同時に基質の結合角や回転・振動、また活性部位内のその他分子(水分子など)が固定され、エントロピーが減少することで遷移状態へ移行しやすくなる。
  5. 誘導適合の結果としての基質は遷移状態ではない。(あくまで遷移状態へと至るための準備段階であることが重要だと思います。)

また反応機構モデルに関して、「エントロピーの減少にともなって酵素・基質複合体が形成される」や、その後の「結合した基質は、誘導適合によって活性中心に反応に適した状態で固定され生成物へと反応が進行する」といった記述についてです。私の理解では、酵素・基質複合体が形成される過程でエントロピーが減少する。結果として、エントロピー・トラップとして機能する。要は上記の誘導適合説にも沿って、原因ではなく結果という理解なのですが、この点に関してご意見を伺いたいと思います。(酵素とエントロピーに関しての資料[1][2][3]

加えて以下の3点は非常に重要な事柄なので記述すべきであると思います。

  1. 触媒とは、酵素も例外ではなく、遷移状態の自由エネルギーを下げるものである。
  2. この時、酵素は共有結合や活性部位の電荷によって遷移状態の基質を安定化させる(自由エネルギーを下げる)。
  3. 酵素は活性部位内のエントロピーを下げるのと同時に基質の基底状態を不安定化させる(自由エネルギーを上げる)。

とりあえず以上なのですが、もし他に加えるべき事柄や間違いなどがありましたら、ご指摘お願いします。(--XcreX会話) 2018年11月9日 (金) 01:47 (UTC)

追記:記事の該当部分に要検証タグをつけさせていただきました。該当部分を記述した方はずいぶん長くWikipediaの更新をしていないようですので、専門的な議論のできる方(できれば複数)か、いなければ数ヶ月は待ってみたいと思います。(--XcreX会話) 2018年11月11日 (日) 23:08 (UTC)