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根粒菌（こんりゅうきん）はマメ科植物の根に根粒を形成し、その中で大気中の窒素をニトロゲナーゼによって還元してアンモニア態窒素に変換し、宿主へと供給するいわゆる共生的窒素固定を行う土壌微生物。根粒内には宿主から光合成産物が供給されることにより、共生関係が成立している。
Rhizobium属、Bradyrhizobium属、Sinorhizobium属、Mesorhizobium属等に分類される。
