多重整列
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多重整列(たじゅうせいれつ、multiple alignment)とは、3つ以上のDNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列を相互に比較可能なものにするため、対応する配列部分が並ぶよう、適宜空白（ギャップと呼ぶ）をいれたものをいう。1対1の場合を、ペアワイズアラインメント、あるいは単にアラインメントという。相互比較可能となることにより、残基あたりの差異を知ることができるため、進化過程を推定する分子系統樹作成の基礎としても用いられる。
マルチプルアラインメント作成アルゴリズム [編集]
総当たりの比較による計算量の爆発的増加を避けるため、各ペアワイズアラインメントから得られる情報を基礎として、計算を省略する、ツリーアラインメント法などの方法が、一般的に用いられる。
マルチプルアラインメント作成プログラムの種類 [編集]
- Clustal W, Clustal X
- MAFFT
- MUSCLE
- T-Coffee
関連項目 [編集]
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