旧制千葉県立佐倉中学校(現在の千葉県立佐倉高等学校)を経て、東北帝国大学農科大学(後の北海道帝國大學、現在の北海道大学)水産科を卒業。専門は海洋生物の分類と生態。
藻類のオオノノリの学名Pyropia onoiは大野磯吉に献名されたもの。鮭の異名の一つ「銀毛」は大野磯吉が1932年に、降海期を迎えた山女魚に「銀毛山女魚」と名付けたのが始まり。
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