AMBER

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』
移動: 案内検索

AMBER: Assisted Model Building with Energy Refinement)とは分子動力学のモデルの一つであり、それを実装した分子動力学シミュレーションソフトウェアの呼称でもある。AMBERは,カリフォルニア大学のピーター・コールマン[1]らによって開発され、生体分子を分子動力学で評価する場面でしばしば用いられる。現在はデイビッド・ケイス[2]、トム・チーサム[3]、トム・ダーデン[4]、ケン・マーヅ[5]、カルロス・シマーリング[6]、レイ・ルオ[7]、ジュメイ・ワン[8]らにより研究されている。

AMBERによりエタン分子の結合の伸縮エネルギーが最小化される。

ソフトウェア[編集]

AMBER ソフトウェアは、生体分子のシミュレーションにAMBER力場を適用するためのプログラムである。 Fortran 90C言語で記述されており、主要な Unix システムとコンパイラで使用可能である。 最新版は毎偶数年の春にリリースされ、現在2008年4月にリリースされた AMBER 10 が最新である。

仮リンク[編集]

  1. ^ : Peter Kollman
  2. ^ : David Caseラトガース大学
  3. ^ : Tom Cheathamユタ大学
  4. ^ : Tom Dardenアメリカ国立環境衛生科学研究所
  5. ^ : Ken Merzフロリダ大学
  6. ^ : Carlos Simmerlingニューヨーク州立大学ストーニーブルック校
  7. ^ : Ray Luoカリフォルニア大学アーバイン校
  8. ^ : Junmei Wang、エンサイシブ・ファーマスュウティカルズ社

外部リンク[編集]