「GROMACS」の版間の差分
削除された内容 追加された内容
Convex Opt (会話 | 投稿記録) |
出典となる文献を追加 |
||
| 30行目: | 30行目: | ||
* 試験粒子挿入法 (test particle insertion) |
* 試験粒子挿入法 (test particle insertion) |
||
* [[レプリカ交換法]] (replica exchange) |
* [[レプリカ交換法]] (replica exchange) |
||
== 参考文献 == |
|||
* {{Cite journal | title = GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation | author = Herman J. C. Berendsen | author2 = David van der Spoel | author3 = Rudi van Drunen| journal = Computer Physics Communications | volume = 91 | issue = 1-3 | pages = 43-56 | doi = 10.1016/0010-4655(95)00042-E | year = 1995 }} |
|||
* {{Cite journal | title = GROMACS 3.0: a package for molecular simulation and trajectory analysis | author = Erik Lindahl | author2 = Berk Hess | author3 = David van der Spoel | journal = Journal of Molecular Modeling | volume = 7 | pages = 301-317 | doi = 10.1007/s008940100045 | year = 2001 }} |
|||
* {{Cite journal | title = GROMACS: Fast, flexible, and free | author = David van der Spoel | author2 = Erik Lindahl | author3 = Berk Hess | author4 = Gerrit Groenhof | author5 = Alan E. Mark | author6 = Herman J. C. Berendsen | journal = Journal of Computational Chemistry | volume = 26 | issue = 16 | pages = 1701-1718 | doi = 10.1002/jcc.20291 | year = 2005 }} |
|||
* {{Cite journal | title = GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation| author = Berk Hess | author2 = C. Kutzner | author3 = D. van der Spoel | author4 = E. Lindahl | journal = Journal of Chemical Theory & Computation | year = 2008 | volume = 4 | pages = 435-447 | doi = 10.1021/ct700301q }} |
|||
* {{Cite journal | title = GROMACS 4.5: a high-throughput and highly parallel open source molecular simulation toolkit | author = Sander Pronk | coauthors = Szilárd Páll; Roland Schulz; Per Larsson; Pär Bjelkmar; Rossen Apostolov; Michael R. Shirts; Jeremy C. Smith; Peter M. Kasson; David van der Spoel; Berk Hess; Erik Lindahl | journal = Bioinformatics | year = 2013 | volume = 29 | pages = 845-854 | issue = 7 | doi = 10.1093/bioinformatics/btt055 }} |
|||
== 外部リンク == |
== 外部リンク == |
||
2013年8月25日 (日) 16:04時点における版
GROMACS（グローマックス、Groningen Machine for Chemical Simulations、グローニンゲン・マシン・フォー・ケミカル・シミュレーションズ）は、フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージである。フリーソフトウェアであり、GNU GPLライセンスに基づいて自由に改変することができる。
地球上で最速の分子動力学ソフトウェアを目指しており、並列計算を前提としたプログラミングがなされている。プログラムの大部分はC言語で記述されており、同じグループが以前に開発したGROMOS（FORTRAN 77ベース）が参考にされている。3DNow!やSSEなどの拡張命令を用いたアセンブリ言語のルーチンが実装されており、高速な計算が可能となっている。
力場はGROMACS, GROMOS, OPLS-AAが標準で使用可能であり、AMBER, CHARMMはWebでダウンロードすれば使用可能である。
機能
シミュレーション
- シミュレーション（分子動力学、ランジェバン動力学）
- エネルギー最小化（共役勾配法、最急降下法）
- 基準振動解析
- 相関関数
アンサンブル
- Weak Coupling 法 (温度・圧力制御)
- Nose-Hoover 法 (温度制御)
- Parrinello-Rahman 法 (圧力制御)
長距離相互作用の取り扱い
- カットオフ近似 (Group based, twin-range, スイッチング関数，シフト関数)
- PME (particle mesh Ewald)
- PPPM (particle-particle particle mesh Ewald)
- Reaction Field
- ユーザ定義テーブル関数
自由エネルギー計算
- 熱力学的積分法 (thermodynamic integration)
- 自由エネルギー摂動法 (free energy perturbation)
- 試験粒子挿入法 (test particle insertion)
- レプリカ交換法 (replica exchange)
参考文献
- Herman J. C. Berendsen; David van der Spoel; Rudi van Drunen (1995). “GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation”. Computer Physics Communications 91 (1-3): 43-56. doi:10.1016/0010-4655(95)00042-E.
- Erik Lindahl; Berk Hess; David van der Spoel (2001). “GROMACS 3.0: a package for molecular simulation and trajectory analysis”. Journal of Molecular Modeling 7: 301-317. doi:10.1007/s008940100045.
- David van der Spoel; Erik Lindahl; Berk Hess; Gerrit Groenhof; Alan E. Mark; Herman J. C. Berendsen (2005). “GROMACS: Fast, flexible, and free”. Journal of Computational Chemistry 26 (16): 1701-1718. doi:10.1002/jcc.20291.
- Berk Hess; C. Kutzner; D. van der Spoel; E. Lindahl (2008). “GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation”. Journal of Chemical Theory & Computation 4: 435-447. doi:10.1021/ct700301q.
- Sander Pronk; Szilárd Páll; Roland Schulz; Per Larsson; Pär Bjelkmar; Rossen Apostolov; Michael R. Shirts; Jeremy C. Smith; Peter M. Kasson; David van der Spoel; Berk Hess; Erik Lindahl (2013). “GROMACS 4.5: a high-throughput and highly parallel open source molecular simulation toolkit”. Bioinformatics 29 (7): 845-854. doi:10.1093/bioinformatics/btt055.