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2006年4月5日 (水) 07:43時点における版
Gene Ontology (GO: 遺伝子オントロジー) とは、生物学的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。現在、生物学における実験手法の革新(DNAシーケンサーやマイクロアレイなど)や、バイオインフォマティクス的手法の発達により、様々な種の遺伝子関連情報がデータベース化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。
実際のデータ
GOで定義された用語は、GO Termと呼ばれる。Go Tremは三つのカテゴリーに分かれる:
- biological process (生物学的プロセス)
- cellular component (細胞の構成要素)
- molecular function (分子機能)
計算機上でGOのデータは、非循環有向グラフ(Directed Acyclic Graph: DAG)と呼ばれるデータ構造を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常にXMLとの親和性が高いため、アノテーションと共にXML-RDFフォーマットでも提供されている。