UDアルメリアの前身とされるADアルメリアは1979-80シーズンと1980-81シーズンをプリメーラ・ディビシオン（1部）で過ごしたが、1982年に解散した。1989年にはアルメリアCF(Almería Club de Fútbol)が生まれ、2001年にUDアルメリア(Unión Deportiva Almería)と名を変えた。1995-96シーズンと1996-97シーズンをセグンダ・ディビシオン（2部）で過ごした後、テルセーラ・ディビシオン（4部相当）まで凋落したが、わずか数シーズンで再びセグンダまで駆け上がり、2006年夏に就任したウナイ・エメリ監督によって、クラブ史上初となるプリメーラ・ディビシオン（1部）昇格を果たした。2007-08シーズン、ジエゴ・アウヴェスやマネ、アルバロ・ネグレドなどの新戦力が既存の選手とうまく絡み合い、プリメーラ初年度ながらも8位という好成績でシーズンを終えた。2008年夏にエメリ監督がバレンシアCFに去ると、2008-09シーズンは年明け時点で降格圏から勝ち点3と成績が芳しくなく、ゴンサロ・アルコナーダ監督が解任された。後任のウーゴ・サンチェス監督はアルベルト・クルサットやカルー・ウチェを重用し、さらにアルバロ・ネグレドのポテンシャルを巧みに引き出した。ホームでは11勝4分4敗とリーグ屈指の強さを誇り、11位でシーズンを終えた。2010-11シーズンはコパ・デル・レイでクラブ史上初めて準決勝に到達した。しかし、リーグ戦ではFCバルセロナ戦(0-8)で大敗を喫したフアン・マヌエル・リージョ監督が2010年11月に解任され、後任のルイス・オルトラ監督も2011年4月に解任された。リーグ最下位に終わって降格し、トップリーグ挑戦は4シーズンで幕を閉じた。2011-12シーズンから2季連続でセグンダ・ディビシオンを過ごし、2012-13シーズンに3位となり、プレーオフでジローナを下して、3シーズンぶりにプリメーラ・ディビシオンへの昇格が決まった。
2019年8月2日、サウジアラビア人のトルキ・アル＝シャイフ（英語版）が新オーナーとなった[1][2][3][4]。トルキ・アル＝シャイフはサウジアラビア王室アドバイザーや総合娯楽局 (General Authority for Entertainment)、サウジアラビアオリンピック委員会 、アラブサッカー連盟の会長を務める人物である。
トルキ・アル＝シャイフ
グティ
ルーカス・アルカラス 1998-1999
ウーゴ・サンチェス 2008-2009
ネストル・ゴロシート 2016
サンデル・ヴェステルフェルト 2006-2007
ジエゴ・アウヴェス 2007-2011
ランコ・ポポヴィッチ 1995-1997
イヴィッツァ・バルバリッチ 1995-1997
ファビアン・バルガス 2009-2011
ソフィアン・フェグリ 2011
カルー・ウチェ 2005-2011
ヴェリコ・パウノヴィッチ 2008
ヘノク・ゴイトム 2009-2012
ティーラシン・デーンダー 2014-2015
