PyMOL

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PyMOL
PyMOLを用いた描画の例。G-アクチン。ADPとカチオンが強調表示されている
作者 Warren Lyford DeLano
開発元 Schrödinger, Inc.
最新版 2.1.0 / 2018年3月13日(39日前) (2018-03-13
プログラミング言語 CC++Python
対応OS クロスプラットフォーム
種別 分子モデリング
ライセンス Pythonライセンス[1]
公式サイト www.pymol.org
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PyMOL(パイモル)はオープンソースの分子グラフィックスツールである。ウォーレン・デラノにより開発され、個人経営のソフトフェア会社であるデラノ・サイエンティフィック (DeLano Scientific LLC) によって商品化された。現在はSchrödinger社によって商品化されている。PyMOLは小さな分子に加えてタンパク質など生体高分子の高品質な3Dイメージを作成でき、科学雑誌の表紙を飾ったPyMOLのタンパク質画像も多く存在している。

構造生物学の分野ではオープンソースで利用できる数少ないソフトフェアのうちの1つである。名称の一部Pyは記述言語であるPythonに因む。

PyMOLはOpenGL Extension Wranglerライブラリ(GLEW英語版)やFreeGLUT英語版を用いており、またプラグインとしてプログラムソフトウェアAPBS[2]を利用してポアソン=ボルツマン方程式を解いて、タンパク質表面に電荷分布を表示させることが可能となっている。

2017年9月20日にPyMOL 2.0がリリースされた[3]。GUIがPyQt対応になり、以前のTkやaquaを用いた描画から置き換えられた。またPython 3に対応した動作となっている(ただし、推奨動作環境は依然としてPython 2である)。

バイナリの配布とソースコードの利用[編集]

2006年8月1日にデラノ・サイエンティフィックはコンパイル済みのPyMOL製品(ベータ版を含む)のダウンロードシステムにアクセス制限を設け、長らく最新版のバイナリの配布は有償となっていた。しかし2017年9月のPyMOL 2.0のリリースとともに、Windows, Mac OS, Linux OSについての最新バージョンのバイナリの公開を再開した。ユーザーは無償でダウンロードして使用することが可能であるが、一部の機能に制限がある。

一方で、最新のソースコードは継続して無償公開されており、PyMOL 2についてのソースコードも2018年3月に公開が再開された[4]。ユーザーがソースコードをダウンロードしてコンパイルし利用することは許可されている。Windows OSについてはオンライン上で非公式のバイナリが配布されている[5]

脚注[編集]

外部リンク[編集]