Cytoscape

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』
移動: 案内検索
Cytoscape
最新版 3.1.0 / 2014年2月19日
対応OS クロスプラットフォーム
種別 可視化
ライセンス LGPL
公式サイト http://www.cytoscape.org/
テンプレートを表示

Cytoscape代謝経路網の可視化遺伝子発現プロフィールと関連データの統合などに用いられるオープンソースバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォームである。 プラグインにより機能が追加でき、ネットワーク分子プロファイリング分析、レイアウトの変更、新規ファイル形式のサポートや外部ネットワークへの検索が利用可能になる。 プラグインはコミュニティにより開発されており、利用者のコミュニティへの参加や新規プラグインの開発が奨励されている。[1][2] Ver3.0以降については、モジュール化、拡張性、保守性を重視した開発が続けられている。[3]

活用分野[編集]

一般的には生物学研究用途に利用されているが、 他にもソーシャル・ネットワーク・サービスなどでノードとエッジによるネットワークグラフ可視化分析にも使用できる。 ソフトウェアアーキテクチャの重要な側面は特殊なプラグインを使用することにあり、プラグインは運営者とより大きなユーザーコミュニティによって開発されている。

脚注[編集]

  1. ^ Shannon P, Markiel A, Ozier O, et al. (2003). “Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks”. Genome Res. 13 (11): 2498–504. doi:10.1101/gr.1239303. PMC 403769. PMID 14597658. http://www.genome.org/cgi/content/full/13/11/2498. 
  2. ^ Bell GW, Lewitter F (2006). “Visualizing networks”. Meth. Enzymol. 411: 408–21. doi:10.1016/S0076-6879(06)11022-8. PMID 16939803. 
  3. ^ developer's wiki page.

外部リンク[編集]