CAZy

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CAZyは、糖質関連酵素(Carbohydrate-Active enZymes)のデータベースである[1]。CAZyは糖質生合成代謝輸送に関与する酵素の分類に関する情報が主体であり、GenBankなどの配列情報やRCSBの立体構造データへのリンクがある。CAZyには糖質加水分解酵素Glycoside Hydrolases、GH)、糖転移酵素GlycosylTransferases、GT)、多糖リアーゼPolysaccharide Lyases、PL)、炭水化物エステラーゼ(Carbohydrate Esterases、CE)の酵素群のほか、糖結合モジュール(Carbohydrate-Binding Modules、CBM)が分類されている。

分類法[編集]

CAZyは、ベルナール・アンリサが糖質加水分解酵素のアミノ酸配列の相同性がある、つまり進化的に近い関係にある酵素をファミリーとして分類することを提唱したものである[2][3]2012年までに糖質加水分解酵素は131のファミリーに分類されている。ファミリーには番号が振られており、「GH1、GH2、・・・、GH131」というように略記する(GH21、GH40、GH41、GH60、GH69は削除されている)。また、立体構造の類似性に基づく上位階級であるクラン(clan)も存在し、14つのクラン(GH-A、GH-B、・・・GH-N)がある。糖転移酵素は94ファミリー(GT1~GT94)[4]、多糖リアーゼは22ファミリー(PL1~PL21)[5]、炭水化物エステラーゼは16ファミリー(CE1~CE16)、糖結合モジュールは64ファミリー(CBM1~CBM64)に分類されている。 これらの中にはサブファミリーとしてさらに細かく分類されているものもある。

参考文献[編集]

  1. ^ Cantarel BL, Coutinho PM, Rancurel C, Bernard T, Lombard V, Henrissat B (2009年1月). “The Carbohydrate-Active EnZymes database (CAZy): an expert resource for Glycogenomics”. Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D233–8. doi:10.1093/nar/gkn663. PMC 2686590. PMID 18838391. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2686590/. 
  2. ^ Henrissat, B. (1991年). “A classification of glycosyl hydrolases based on amino acid sequence similarities”. The Biochemical journal 280 (2): 309–316. PMC 1130547. PMID 1747104. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1130547/.  編集
  3. ^ Henrissat, B.; Davies, G. (1997年). “Structural and sequence-based classification of glycoside hydrolases”. Current opinion in structural biology 7 (5): 637–644. doi:10.1016/S0959-440X(97)80072-3. PMID 9345621.  編集
  4. ^ Coutinho, P. M.; Deleury, E.; Davies, G. J.; Henrissat, B. (2003年). “An evolving hierarchical family classification for glycosyltransferases”. Journal of Molecular Biology 328 (2): 307–317. doi:10.1016/S0022-2836(03)00307-3. PMID 12691742.  編集
  5. ^ Lombard, V.; Bernard, T.; Rancurel, C.; Brumer, H.; Coutinho, P. M.; Henrissat, B. (2010年). “A hierarchical classification of polysaccharide lyases for glycogenomics”. Biochemical Journal 432 (3): 437–444. doi:10.1042/BJ20101185. PMID 20925655.  編集

外部リンク[編集]

  • CAZy - Carbohydrate-Active enZYmes Database”. Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, CNRS,Université de Provence Université de la Méditerranée. 2012年11月6日閲覧。
  • CAZypedia”. The Encyclopedia of Carbohydrate-Active Enzymes. 2012年11月6日閲覧。