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(きん) とは、元来、キノコを意味した。なお、漢字「菌」のは「きのこ」である。

近代には、菌類、つまり、キノコに似ていると考えられた生物の雑多なグループを指すようになった。この意味での「菌」は、学名の「‐mycota」「‐mycetes」など (ギリシア語で「キノコ」) の訳語であることが多い。

菌類には、互いに類縁関係の乏しい多くの系統が含まれる。その中で代表的なのは、キノコ・カビ酵母などを含む真菌で、菌・菌類という言葉で真菌を指すこともある。たとえば、「菌界」は真菌の分類群である。

さらに、後になって発見された微小な生物であるBacteria(バクテリア)にも細菌という単語が当てられた。一般に耳にする○○菌(結核菌乳酸菌など)のほとんどは細菌に属する。菌という漢字が使われているが、狭義の菌類ではない。

また、1990年になってBacteriaから切り離されたArchaea(アーキア)にも古細という単語が当てられている。これも菌や細菌という漢字が使われているが、狭義の菌類でも細菌でもない。

「菌」と呼ばれる生物[編集]