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'''Gene Ontology''' (''GO'': 遺伝子オントロジー) とは、[[生物学]]的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。現在、生物学における実験手法の革新（[[DNAシーケンサー]]や[[DNAマイクロアレイ|マイクロアレイ]]など）や、[[バイオインフォマティクス]]的手法の発達により、様々な[[種]]の遺伝子関連情報が[[データベース]]化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。 |
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==実際のデータ== |
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* molecular function （分子機能） |
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計算機上でGOのデータは、非循環有向グラフ(Directed Acyclic Graph: DAG)と呼ばれるデータ構造を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常に[[XML]]との親和性が高いため、アノテーションと共にXML-RDFフォーマットでも提供されている。 |
計算機上でGOのデータは、非循環有向グラフ(Directed Acyclic Graph: DAG)と呼ばれるデータ構造を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常に[[Extensible Markup Language|XML]]との親和性が高いため、アノテーションと共に[[Resource Description Framework|XML-RDF]]フォーマットでも提供されている。 |
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==外部リンク== |
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* [[ゲノミクス]] |
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[[Category:バイオインフォマティクス |
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[[Category:生物学の研究技術 |
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2006年4月5日 (水) 07:27時点における版
Gene Ontology (GO: 遺伝子オントロジー) とは、生物学的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。現在、生物学における実験手法の革新（DNAシーケンサーやマイクロアレイなど）や、バイオインフォマティクス的手法の発達により、様々な種の遺伝子関連情報がデータベース化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。
実際のデータ
GOで定義された用語は、GO Termと呼ばれる。Go Tremは三つのカテゴリーに分かれる：
- biological process （生物学的プロセス）
- cellular component （細胞の構成要素）
- molecular function （分子機能）
計算機上でGOのデータは、非循環有向グラフ(Directed Acyclic Graph: DAG)と呼ばれるデータ構造を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常にXMLとの親和性が高いため、アノテーションと共にXML-RDFフォーマットでも提供されている。