分子力学モデリング用ソフトの比較

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本項では主に分子力学法または分子動力学法の計算に用いられるプログラムの一覧を示す。

名称 3D表示 モデル構築 Min MD MC REM QM Imp GPU ライセンス ウェブサイト
Abalone英語版 Yes Yes Yes Yes Yes Yes I Yes Yes プロプライエタリ 無償
Acellera Ltd ACEMD[1] No No Yes Yes No Yes No No Yes プロプライエタリ 無償版と商用版がある
ADF Yes Yes Yes Yes No No Yes Yes Yes プロプライエタリ 無償試用版あり
ADUN[2] No No Yes Yes No No Yes Yes Yes フリー GNU GPL
AMBER[3] No Yes Yes Yes No Yes I Yes Yes プロプライエタリ
Ascalaph Designer英語版 Yes Yes Yes Yes Yes Yes I Yes Yes GNU GPLと商用の混合ライセンス
ATB Yes Yes Yes No No No No No No プロプライエタリ 商用 教育研究用は無償
Avogadro Yes Yes Yes No No No I No No フリー GNU GPL
BOSS英語版 No No Yes No Yes No Yes No No プロプライエタリ
CHARMM No Yes Yes Yes Yes I I Yes Yes プロプライエタリ, 商用
CHEMKIN英語版 No No No No No No No No No プロプライエタリ
COSMOS Yes Yes Yes Yes Yes No I No No プロプライエタリ、商用 (GUIのない無償版あり)
CP2K英語版 No No Yes Yes Yes No Yes Yes Yes フリー GNU GPLv2 or later
Culgi Yes Yes Yes Yes Yes No I No No プロプライエタリ
Desmond英語版 Yes Yes Yes Yes No Yes No No Yes プロプライエタリ 無償版と商用版がある
Discovery Studio英語版 Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes No プロプライエタリ 試用版あり
ENCAD No No No Yes No No No No No フリー オープンソース
fold.it I Yes Yes Yes Yes Yes I No No プロプライエタリ 無償版と商用版がある
FoldX英語版 I Yes Yes No No No No No No プロプライエタリ 無償版と商用版がある
GPIUTMD I I Yes Yes No I No No Yes プロプライエタリ
GROMACS No No No Yes No Yes I Yes[4] Yes フリー GNU GPL
GROMOS No No Yes Yes Yes Yes No Yes Yes プロプライエタリ 商用
GULP No No Yes Yes No No No No No プロプライエタリ 教育研究用は無償
HOOMD-blue No No Yes Yes Yes No No No Yes フリー オープンソース
HyperChem Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes No プロプライエタリ 商用 フル機能評価版あり [1]
ICM Yes Yes Yes No Yes No I Yes No プロプライエタリ
LAMMPS英語版 No No Yes Yes Yes Yes I No Yes フリー GNU GPLv2
MacroModel英語版 Yes Yes Yes Yes Yes No I Yes No プロプライエタリ
MAPS Yes Yes Yes Yes Yes Yes Yes No Yes プロプライエタリ 試用版あり
Materials Studio英語版 Yes Yes Yes Yes Yes No Yes Yes Yes プロプライエタリ 試用版あり
MedeA Yes Yes Yes Yes Yes No Yes No No プロプライエタリ 試用版あり
MCCCS Towhee No No No No Yes No No No No フリー GNU GPL
MDynaMix英語版 No No No Yes No No No No No フリー GNU GPL
MOE英語版 Yes Yes Yes Yes No No I Yes No プロプライエタリ
MOIL Yes Yes Yes Yes No No No No No フリー オープンソース
Orac英語版 No No Yes Yes No Yes No Yes No フリー オープンソース
NAB[5] No Yes No No No No No No No フリー オープンソース
NAMD + VMD Yes Yes Yes Yes No Yes No Yes Yes プロプライエタリ 教育研究用は無償
NWChem英語版 No No Yes Yes No No Yes No No フリー EDL v2.0
Packmol No Yes No No No No No No No フリー GNU GPL
Prime Yes Yes Yes No Yes No I Yes No プロプライエタリ
Protein Local Optimization Program英語版 No Yes Yes Yes Yes No No No No プロプライエタリ
Q英語版 No No No Yes No No No No No 不明
RedMD[6] I Yes Yes Yes Yes No No No No フリー GNU GPL
SAMSON英語版 Yes Yes Yes Yes No No Yes No No プロプライエタリ 無償
StruMM3D (STR3DI32) Yes Yes Yes Yes No No No No No プロプライエタリ 無償版あり(200原子まで)
Scigress英語版 Yes Yes Yes Yes No No Yes Yes No プロプライエタリ
Spartan英語版 Yes Yes Yes No Yes No Yes Yes No プロプライエタリ 無償試用版あり
TeraChem英語版 No No Yes Yes No No Yes No Yes プロプライエタリ 試用版あり
TINKER英語版 I Yes Yes Yes Yes No I Yes No プロプライエタリ 無償
Tremolo-X英語版 I No Yes Yes No No No No No プロプライエタリ
UCSF Chimera英語版 Yes Yes Yes No No No No No No プロプライエタリ 教育研究用は無償
VEGA ZZ Yes Yes Yes I Yes No No Yes Yes プロプライエタリ 教育研究用は無償
VLifeMDS Yes Yes Yes No Yes No I No Yes プロプライエタリ
WHAT IF Yes Yes I I I No No No No プロプライエタリ
YASARA英語版 Yes Yes Yes Yes No No Yes No Yes プロプライエタリ

出典[編集]

  1. ^ M. J. Harvey, G. Giupponi and G. De Fabritiis (2009年). “ACEMD: Accelerating Biomolecular Dynamics in the Microsecond Time Scale”. Journal of Chemical Theory and Computation 5 (6): 1632–1639. doi:10.1021/ct9000685. 
  2. ^ Johnston, MA, Fernández-Galván, I, Villà-Freixa, J (2005年). “Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: the Adun simulator”. J. Comp. Chem. 26 (15): 1647–1659. doi:10.1002/jcc.20312. PMID 16175583. 
  3. ^ “A second generation force field for the simulation of proteins, nucleic acids, and organic molecules”. J. Am. Chem. Soc. 117 (19): 5179–5197. (1995年). doi:10.1021/ja00124a002. 
  4. ^ Implicit Solvent - Gromacs Archived July 29, 2014, at the Wayback Machine.
  5. ^ “Modeling unusual nucleic acid structures”. Molecular Modeling of Nucleic Acids: 379–393. (1998年). 
  6. ^ A. Górecki; M. Szypowski; M. Długosz; J. Trylska (2009年). “RedMD - Reduced molecular dynamics package”. J. Comp. Chem. 30 (14): 2364–2373. doi:10.1002/jcc.21223. PMID 19247989. 

関連項目[編集]

外部リンク[編集]