イプシロンプロテオバクテリア綱

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イプシロンプロテオバクテリア綱
分類
ドメイン : 細菌
Bacteria
: プロテオバクテリア門
Proteobacteria
: イプシロンプロテオバクテリア綱
Epsilonproteobacteria
学名
Epsilonproteobacteria
Garrity et al. 2006[1][2]
シノニム
  • Campylobacteria
    Waite et al. 2017[3]
  • Nautiliia
    Cavalier-Smith 2020[4]
目(2021年8月現在[7]

イプシロンプロテオバクテリア(Epsilonproteobacteria)は、プロテオバクテリアの下に位置する綱の一つである[8]。この綱に含まれるすべてのは、他のすべてのプロテオバクテリアと同様に、グラム陰性である。

イプシロンプロテオバクテリアにはWolinella属、ヘリコバクター属、カンピロバクター属などが含まれる。既知の種の多くについては、動物の消化管に生息し、共生細菌(の消化管に生息するウォリネーラ属など)や病原体(胃に生息するヘリコバクター属や、十二指腸に生息するカンピロバクター属など)として機能していることが知られている。多くのイプシロンプロテオバクテリアはべん毛で運動性を持つ[9]

また、熱水噴出孔冷水湧出帯の生息地からも、イプシロンプロテオバクテリアの多数の環境シーケンスと分離株が回収されている。分離株の例には、Sulfurimonas autotrophica[10] Sulfurimonas paralvinellae[11] Sulfurovum lithotrophicum [12] 、およびNautiliaprofundicolaなどが含まれている[13]。イプシロンプロテオバクテリアクラスのメンバーには、深海のカタツムリAlviniconchahessleriの大きなにおける内部共生生物なども知られている[14]

深海の熱水噴出孔で見つかったイプシロンプロテオバクテリアは、特徴的に化学合成栄養を示し、硝酸塩または酸素の還元と、硫黄やギ酸、水素の酸化によってエネルギーを獲得している[15]。独立栄養性イプシロンプロテオバクテリアは、逆クレブス回路を使用して二酸化炭素を有機物として固定する。これは、もともと環境的に重要でないと考えられていた経路である。この経路の酸素感度は、その微好気性または嫌気性なニッチと整合的である。そしてこのような環境は、シアノバクテリアの光合成から入手できる酸素レベルが低く硫化物で満たされていたあった中原生代の海洋環境とも整合的であり、進化学的な観点からも研究が進められている[16][17]

系統[編集]

現在受け入れられている分類法は、Standing in Nomenclature (LPSN) [18] およびNational Center for Biotechnology Information (NCBI) [19] の原核生物名のリストに基づいており、系統は16S rRNA遺伝子配列ベースのLTP(リリース106)に基づいている。  

  Nautiliaceae

Thioreductor micantisoli Nakagawa et al.2005

Caminibacter Alain et al.2002

Lebetimonas acidiphila Takai et al.2005

Nautilia Miroshnichenko et al.2002

Nitratiruptor tergarcus Nakagawa et al.2

  Campylobacterales

Hydrogenimonas thermophila Takai et al.2004

?Sulfuricurvum kujiense Kodama and Watanabe 2004

?Thiovulum majusHinze 1913

Nitratifractor salsuginis Nakagawa et al.2005

Sulfurovum lithotrophicum Inagaki et al.2004

Sulfurimonas Inagaki et al.2003 emend. Takai et al.2006

  Helicobacteraceae

Wolinella Tanner et al.1981

Helicobacter Goodwin et al.1989 emend. Vandamme et al.1991

  Campylobacteraceae

?Candidatus Thioturbo danicus Muyzer et al. 2005

Arcobacter Vandamme et al.1991 emend. Vandamme et al.1992

Sulfurospirillum Schumacher et al.1993 emend. Luijten et al.2003

Campylobacter Sebald and Véron 1963 emend. Vandamme et al.2010

ノート:

  • 純粋な(無菌)培養物が得られていないかまたは利用できない原核生物、すなわち、培養されていないか、または数回の連続継代を超えて培養で維持することができない原核生物を示している。

参考文献[編集]

  1. ^ a b “List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology: 1-6. (01 January 2006). doi:10.1099/ijs.0.64188-0. 
  2. ^ a b Tønjum T. (2005). “Order IV. Neisseriales ord. nov.”. In Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd edn vol. 2 (The Proteobacteria), part C (The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria). New York: Springer. p. 1145 
  3. ^ David W Waite, Inka Vanwonterghem, Christian Rinke, Donovan H Parks, Ying Zhang, Ken Takai, Stefan M Sievert, Jörg Simon, Barbara J Campbell, Thomas E Hanson, Tanja Woyke, Martin G Klotz, Philip Hugenholtz (24 April 2017). “Comparative Genomic Analysis of the Class Epsilonproteobacteria and Proposed Reclassification to Epsilonbacteraeota (phyl. nov.)”. Frontiers in Microbiology 8 (682). doi:10.3389/fmicb.2017.00682. PMC 5401914. PMID 28484436. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5401914/. 
  4. ^ Thomas Cavalier-Smith, Ema E-Yung Chao. “Multidomain ribosomal protein trees and the planctobacterial origin of neomura (eukaryotes, archaebacteria)”. Protoplasma 257 (3): 621-753. doi:10.1007/s00709-019-01442-7. PMC 7203096. PMID 31900730. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7203096/. 
  5. ^ M. L. Miroshnichenko, S. L'Haridon, P. Schumann, S. Spring, E. A. Bonch-Osmolovskaya, C. Jeanthon, E. Stackebrandt (01 January 2004). “Caminibacter profundus sp. nov., a novel thermophile of Nautiliales ord. nov. within the class ‘Epsilonproteobacteria’, isolated from a deep-sea hydrothermal vent”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology: 41-45. doi:10.1099/ijs.0.02753-0. PMID 14742457. 
  6. ^ “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 54, part 1, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology: 633-634. (01 May 2004). doi:10.1099/ijs.0.63262-0. 
  7. ^ Genus Cellvibrio”. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). 2021年9月2日閲覧。
  8. ^ www.ncbi.nlm.nih.gov”. 2009年3月19日閲覧。
  9. ^ Beeby, M (December 2015). “Motility in the epsilon-proteobacteria.”. Current Opinion in Microbiology 28: 115–21. doi:10.1016/j.mib.2015.09.005. PMID 26590774. 
  10. ^ Inagaki, F. (2003-11-01). “Sulfurimonas autotrophica gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing -proteobacterium isolated from hydrothermal sediments in the Mid-Okinawa Trough”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 53 (6): 1801–1805. doi:10.1099/ijs.0.02682-0. ISSN 1466-5026. PMID 14657107. 
  11. ^ Takai, K. (2006-08-01). “Sulfurimonas paralvinellae sp. nov., a novel mesophilic, hydrogen- and sulfur-oxidizing chemolithoautotroph within the Epsilonproteobacteria isolated from a deep-sea hydrothermal vent polychaete nest, reclassification of Thiomicrospira denitrificans as Sulfurimonas denitrificans comb. nov. and emended description of the genus Sulfurimonas”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 56 (8): 1725–1733. doi:10.1099/ijs.0.64255-0. ISSN 1466-5026. PMID 16901999. 
  12. ^ Inagaki, Fumio; Ken Takai; Kenneth H. Nealson; Koki Horikoshi (2004-09-01). “Sulfurovum lithotrophicum gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing chemolithoautotroph within the ε-Proteobacteria isolated from Okinawa Trough hydrothermal sediments”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 54 (5): 1477–1482. doi:10.1099/ijs.0.03042-0. ISSN 1466-5026. PMID 15388698. 
  13. ^ Julie L. Smith; Barbara J. Campbell; Thomas E. Hanson; Chuanlun L. Zhang; S. Craig Cary (2008). “Nautilia profundicola sp. nov., a thermophilic, sulfur-reducing epsilonproteobacterium from deep-sea hydrothermal vents”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 58 (7): 1598–1602. doi:10.1099/ijs.0.65435-0. PMID 18599701. 
  14. ^ Suzuki, Yohey; Sasaki, Takenori; Suzuki, Masae; Nogi, Yuichi; Miwa, Tetsuya; Takai, Ken; Nealson, Kenneth H.; Horikoshi, Koki (2005). “Novel Chemoautotrophic Endosymbiosis between a Member of the Epsilonproteobacteria and the Hydrothermal-Vent Gastropod Alviniconcha aff. hessleri (Gastropoda: Provannidae) from the Indian Ocean”. Applied and Environmental Microbiology 71 (9): 5440–5450. doi:10.1128/AEM.71.9.5440-5450.2005. PMC 1214688. PMID 16151136. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1214688/. 
  15. ^ Takai, Ken (2005). “Enzymatic and genetic characterization of carbon and energy metabolisms by deep-sea hydrothermal chemolithoautotrophic isolates of Epsilonproteobacteria. Applied and Environmental Microbiology 71 (11): 7310–7320. doi:10.1128/aem.71.11.7310-7320.2005. PMC 1287660. PMID 16269773. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1287660/. 
  16. ^ Campbell, Barbara J.; Annette Summers Engel; Megan L. Porter; Ken Takai (2006-05-02). “The versatile ε-proteobacteria: key players in sulphidic habitats”. Nature Reviews Microbiology 4 (6): 458–468. doi:10.1038/nrmicro1414. ISSN 1740-1526. PMID 16652138. 
  17. ^ Anbar, A. D.; A. H. Knoll (2002-08-16). “Proterozoic Ocean Chemistry and Evolution: A Bioinorganic Bridge?”. Science 297 (5584): 1137–1142. Bibcode2002Sci...297.1137A. doi:10.1126/science.1069651. PMID 12183619. 
  18. ^ J.P. Euzéby. “Epsilonproteobacteria”. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). 2011年10月7日時点のオリジナルよりアーカイブ。2011年11月17日閲覧。
  19. ^ Sayers. “Epsilonproteobacteria”. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. 2011年6月5日閲覧。

外部リンク[編集]