MODELLER

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MODELLER(モデラー)は、タンパク質三次構造ならびに(稀にではあるが)四次構造ホモロジーモデル英語版を構築するために使われるコンピュータプログラムである[1][2]。MODELLERには「空間的制約の充足」として知られる核磁気共鳴英語版 (NMR) から着想を得た技術が実装されている。この技術では、幾何学的基準のセットがタンパク質内のそれぞれの原子の位置の確率密度関数 (Probability density functionを作るために使用される。この手法はモデリングする標的アミノ酸配列(シーケンス)と構造が解かれているテンプレート(鋳型)タンパク質との間のシーケンスアラインメントに頼っている。

このプログラムは、相同なタンパク質間でもしばしば高度に可変であるためホモロジーモデリングによる予測が困難なタンパク質のループ領域のde novoタンパク質立体構造予測英語版のための限られた機能も取り込んでいる。

MODELLERはもとはカリフォルニア大学サンフランシスコ校Andrej Šaliによって書かれ、現在もメンテナンスが行われている[3]。学術的用途には無償で利用可能であるが、グラフィカルユーザインタフェース・商用版がAccelrys英語版によって配布されている。EasyModeller[4][5]と呼ばれるMODELLERの無料GUIはインド・ハイデラバード大学のKuntal Kumar Bhusanによって開発された。また、UCSF Chimera英語版にもMODELLERの単純なインターフェースが含まれている。JAVAベースのGUIであるSWIFT MODELLERも無料で配布されている[6][7]

脚注[編集]

  1. ^ Fiser A, Sali A (2003). “Modeller: generation and refinement of homology-based protein structure models”. Meth. Enzymol. 374: 461–91. doi:10.1016/S0076-6879(03)74020-8. PMID 14696385. 
  2. ^ Martí-Renom MA, Stuart AC, Fiser A, Sánchez R, Melo F, Sali A (2000). “Comparative protein structure modeling of genes and genomes”. Annu Rev Biophys Biomol Struct 29: 291–325. doi:10.1146/annurev.biophys.29.1.291. PMID 10940251. 
  3. ^ Sali A, Blundell TL (December 1993). “Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints”. J. Mol. Biol. 234 (3): 779–815. doi:10.1006/jmbi.1993.1626. PMID 8254673. 
  4. ^ Kuntal BK, Aparoy P, Reddanna P (2010). “EasyModeller: A graphical interface to MODELLER”. BMC Res. Notes 3: 226. doi:10.1186/1756-0500-3-226. PMC 2936912. PMID 20712861. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2936912. 
  5. ^ Prof. Reddanna research group. “EasyModeller: A GUI for MODELLER”. 2012年1月19日閲覧。
  6. ^ Mathur A, Shankaracharya, Vidyarthi AS (2011). “SWIFT MODELLER: a Java based GUI for molecular modeling”. J. Mol. Model. 17 (10): 2601-2607. doi:10.1007/s00894-011-0960-4. PMID 21258829. 
  7. ^ SWIFT MODELLER - Introduction”. Department of Biotechnology, Birla Institute of Technology. 2012年1月19日閲覧。

関連項目[編集]

外部リンク[編集]