コンティグ

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コンティグ(Contig)は、DNA配列断片群を重ね合わせて (アライメントして) できるコンセンサス配列や、それを構成する配列断片群のことを指す。単語「contiguous」に由来している。 ボトムアップのシークエンシングプロジェクトでは重ね合わされる配列データ(readとも呼ぶ)を指し、トップダウンのシークエンシングプロジェクトでは、配列決定の計画に使う物理地図上で重なり合うクローン群を指す。

ボトムアップシークエンシングでは、短い配列断片をアセンブルすると 連続的に重なり合うリードの一群を得ることができ、これを 配列コンティグと呼ぶ。 この「コンティグ」という語の使い方は、元のRodger Staden(1979)の定義に合致している。 ボトムアップシークエンシングではゲノムDNAを短い配列断片に切断し(bottom)、それらをアセンブルすることによってコンティグを得、最終的にはゲノム(up)を再現することになる。