日本におけるCOVID-19ワクチンの接種

開発状況

日本

2020年3月12日、田辺三菱製薬は、カナダの子会社が製造する植物由来の粒子を利用し、ワクチン開発に着手すると発表した。

2020年3月5日、大阪大学発の創薬企業アンジェスは、DNAプラスミド技術を活かしたDNAワクチンを大阪大学と共同で開発し、タカラバイオが製造すると発表した。同年6月30日より治験を開始し、7月末までに30人を対象に実施する。

2020年5月7日、塩野義製薬は、子会社のUMNファーマが国立感染症研究所と共同で、年内の臨床試験開始を目指していることを公表した。最短で2020年内の臨床試験開始を予定している。市場への投入は2021年秋になる見込みで、同年末までに3,000万人分の生産を目標とする。

第一三共、東京大学医科学研究所は、最短で2021年3月からワクチンの臨床試験を開始することを目指すと報道された。

2020年6月27日、九州大学は、九州大学発のベンチャー企業であるKAICOと共同で、新型コロナウイルスのワクチン候補となるたんぱく質の開発に成功したと発表した。2021年からワクチンの臨床試験開始を目指している。

2020年8月時点でワクチンの開発が急がれた一方、（その時点では）専門家からは「感染そのものを予防する効果は証明が難しい」という懸念が出た。また、東京大学医科学研究所の石井健教授は「（ワクチン開発を）急げば急ぐほど安全性の担保はおろそかになる」と訴えている。この懸念に対し、米国国立研究機関博士研究員でウイルス学、免疫学を専門とする峰宗太郎医は「動物実験などの結果を踏まえると、『（感染予防効果は）あると考えてよい』と思います」と述べている。

日本国内でも「臨床試験の段階で発熱などの副作用が発生しているケースも見られる」とか、2020年12月20日時点で「ファイザー/バイオンテックのワクチンは、27万人への接種で6人（100万人あたり22人）のアナフィラキシーが報告されている」とか、2020年1月23日の報道では「モデルナのワクチンは、400万人の接種でアナフィラキシーが起きたのは10人（100万人あたり2.5人）であり、いずれの患者もその後回復した」と報道された。

日本では2020年12月18日にファイザーが厚生労働省に承認申請を行ったほか、国内メーカや大学などで実用化を目指して開発が行われているが、いずれも2021年に臨床試験を開始する目標であり、まだ実用化はされていない、とされた。

2021年2月5日、アストラゼネカが厚生労働省に承認申請を行った。

2021年2月12日、ファイザー製のコロナワクチンである「コミナティ」の特例承認が了承され、2021年2月14日に正式に特例承認された。なお、当該ワクチンの法令上の名称は「コロナウイルス修飾ウリジンRNAワクチン（SARS-CoV-2）」である。

2021年3月5日、モデルナのワクチンについて、日本での窓口企業の武田薬品工業が厚生労働省に承認申請を行った。

2021年5月20日、アストラゼネカのコロナワクチンである「バキスゼブリア」とモデルナのコロナワクチンである「COVID-19ワクチンモデルナ」の特例承認が了承され、2021年5月21日に正式に特例承認された。なお、アストラゼネカのウイルスベクターワクチンについての法令上の名称は「コロナウイルス（SARS-CoV-2）ワクチン（遺伝子組換えサルアデノウイルスベクター）」である。ただ、モデルナのワクチンについてはファイザーに続いて公的接種の対象とされたものの（後述する大規模会場で使用されている）、アストラゼネカのワクチンについては、諸外国で副反応と見られる血栓症の発生があったことから、薬事承認はされたものの公的接種の対象外とされた。その後、同年8月3日に原則40歳以上を対象に公的接種の対象に追加された。

2021年5月24日、ジョンソン・エンド・ジョンソンのワクチンについて、傘下のヤンセンファーマが厚生労働省に承認申請を行った。

2021年7月12日、第一三共はmRNAワクチンの臨床試験を年内に開始すると発表した。国内では既に他のワクチン接種が始まっていることから偽薬との比較は倫理上の問題があるため、他のワクチンとの効果の差を比較する劣性試験を行う予定。

KMバイオロジクスでは2023年の実用化を目指し不活化ワクチンの開発を進めている。

ワクチンの確保・接種状況

日本

概況

日本では、予防接種法附則第7条第2項の規定による同法第6条第1項の臨時接種の形態で行われる。

2021年2月17日から、最初に薬事承認されたファイザー製ワクチンの接種が、医療施設の医療従事者を対象に開始された（実施主体は都道府県）。次いで、市区町村が実施主体となり、4月以降、65歳以上の高齢者を対象に接種の予約が開始された。

5月24日からは東京都心（大手町）と大阪市内に開設された国（自衛隊）による大規模接種センターが開設され、対象地域が全国に拡大されたのち、6月17日からは対象年齢が18歳以上に拡大された。

6月13日以降、企業や大学での職域接種が開始されている。

問題点

大多数の国民および住民に急速かつ一気呵成にワクチンを接種する目的上、接種に当たり、以下のような問題点が顕在化した。

• 各自治体ごとに実施方法や予約方法が異なること
  • 学校や公共施設での集団接種、地域の病院やクリニックでの個別接種、両者の併用があり、自治体によって予約方法が異なる場合がある（特設サイトで予約、医療機関への特設サイトや自院サイト、電話による直接予約（可能な自治体と不可能な自治体が混在）、コールセンターへの電話、自治体が場所や日時を指定して通知（例:新潟県上越市）、ほか）
  • 大量アクセスが原因の予約システム（インターネット、電話）のパンクなどの混乱
    • 特に、インターネットを使えない高齢者を中心に、予約が取れない事態が発生
  • 東京や大阪に開設された国（自衛隊）の大規模会場との二重予約によるワクチンの無駄の発生の懸念
• 接種を行う医師や看護師の不足が表面化
  • 出産や育児、定年などで退職した看護師を呼び戻したほか、歯科医師や研修医による接種も一部で行われており、さらには薬剤師や医学生による接種まで検討される一方で、接種も純然たる医療行為である事などから法改正などハードルが高く厚労省は消極的姿勢である。
  • なお、看護師以外のコ・メディカルでは、救急救命士や臨床検査技師による接種を可能にする方針が示された。
  • 企業や大学の職域接種では、接種を行う医療スタッフを自力で確保する必要があり、専属の産業医を抱えるレベルの企業や、医学部を持つ大学に事実上限られる（特に後者は、自治体の接種にスタッフを派遣したり会場を提供したりしている）。
• 各自治体（都道府県、市区町村）毎の住民の接種率の格差の発生
  • 人口の少ない自治体では、16歳以上の希望者に対するワクチン接種を5月でほぼ完了したところもある（例:福島県檜枝岐村）。一方、北海道根室市のように65歳以上の接種完了を「9月上旬」とするところもある。
  • 特に、6月より拡大された12歳以上への接種を開始した自治体への、ワクチン忌避派によると見られる抗議電話（電凸）の発生。
  • 東京・大阪の自衛隊の大規模会場の対象年齢が、6月17日からモデルナワクチンの対象年齢である18歳以上に拡大されたが、接種には自治体から発送される接種券が必要であり、自治体が発送しない限り接種を受けられない。
• 内部での管理ミス
  • 取り扱いミスにより使用できなくなったワクチンの廃棄（詳細は後述「#ワクチンの誤廃棄問題」参照）
• 管理ミス等に伴う接種ミスや、針刺し事故などの過誤による医療事故（詳細は後述「#ワクチン接種に伴う医療事故」を参照）
  • 接種者の指に誤って刺した後に、接種シリンジごと廃棄せずに針だけを交換して被接種者に接種、被接種者へ使用済みの注射器セットを誤って別の被接種者に穿刺など。いずれも感染症のおそれ
  • 同じ人に対して3週間以内（当日や翌日など）に2回目の接種
  • 希釈時のミスによる濃度の薄いワクチンの誤接種
• 自治体（保健所、市区町村役場）などを騙り、ワクチン接種に絡めて金銭や個人情報などを求める不審電話や個別訪問などの発生
• ワクチンに関する誤情報（デマ）のSNSでの拡散による若年層の接種手控え → 前述の「誤った情報」節を参照

日本でのワクチンの確保

2020年6月5日 - 加藤勝信厚生労働大臣（当時）は、2021年前半までにコロナワクチンの量産体制を整備していくと表明し、2020年度第2次補正予算1455億円でワクチンの開発企業に対し生産体制の整備を前倒しして進めるための費用を補助する方針を示した。

2020年6月14日 - 安倍晋三内閣総理大臣（当時）は、ニコニコ生放送の番組内で「早ければ年末にワクチンを接種できるよう米モデルナ社や英アストラゼネカ社と交渉している」と回答した。

2020年7月、アメリカ合衆国連邦政府のワクチン戦略「ワープスピード作戦」担当高官は、ワクチンについて2020年6月16日に「最優先は米国民の保護。余剰分を他国が手に入れるのは妨げない」と述べていた。

2020年9月30日、日本政府がコロナワクチンの接種に関して、自己負担を求めず全国民を無料とする方針を発表した。

2021年1月18日、菅義偉内閣総理大臣（当時）は、河野太郎規制改革担当大臣（当時）をワクチン接種の担当閣僚「新型コロナウイルスワクチン接種推進担当大臣」に任命した。続く1月19日には、2月中旬にワクチンを承認した後、2月下旬より安全性調査に参加する医療従事者から接種を始め、以降医療従事者、65歳以上の高齢者、高齢者施設や障害者施設で働く人、持病のある人を優先的に接種した後、5月より一般の人への接種を始め、7月までに16歳以上の全国民を対象に接種を進める想定スケジュールが政府により発表された。

2021年1月23日時点で、日本政府がワクチンの開発成功を前提に、モデルナ、アストラゼネカ、ファイザーの3社と供給を受ける契約を結んだ。

1月28日の報道では、兵庫県芦屋市に本社を置く医薬品メーカー、JCRファーマがアストラゼネカの日本国内向けワクチン9,000万回分（4,500万人分）の原液製造を日本国内にて行う予定と発表された。

日本での各自治体でのワクチン接種に先立ち、2021年1月27日、神奈川県川崎市の川崎市立看護短期大学の体育館で、川崎市と厚生労働省による、ワクチン接種訓練が行われた。

また、2021年1月30日には、東京都練馬区が、2021年春以降開始のワクチン接種に向けて、小規模診療所でのワクチン接種を主体とし、公共施設での大規模接種を組み合わせた「練馬区モデル」を発表し、厚生労働省は先行事例として、全国の自治体に情報提供した。京都府京都市や栃木県佐野市など全国各地の自治体で、この「練馬区モデル」を導入する方針を固めた。その後、2021年5月から、全国各自治体で接種が本格的に開始されるようになると、都市部を中心に多くの自治体で、個別接種を中心とし、一部に集団接種を組み合わせた方式が採用されている。

2021年2月12日には日本国内向けのアメリカのファイザー製ワクチンの第1便が、ファイザーの製造工場のあるベルギーから千葉県の成田国際空港に、旅客機による貨物便（ボーイング787-9）で到着した。輸送はCOVID-19流行以前から定期就航しているANAが担当した。第2便は2月21日に、第3便は3月1日に、第4便は3月8日に成田に到着している。（2月12日～3月8日の）4回の空輸で最大約236万回分、約118万人分が確保された。4月5日到着の第11便では、輸送量の増加のため機材がさらに大型化（ボーイング777-300ER）された。

4月23日に菅総理は記者会見で、「7月末を念頭に各自治体が（高齢者への）2回の接種を終えることができるよう、政府を挙げて取り組む」と述べた。河野大臣は28日の衆院内閣委員会で、この方針の根拠を示さなかった。また厚生労働省も26日、治体の状況を把握中だ」として、7月末とした根拠を答えなかった。

4月26日の週には、全市区町村に975回分に相当する量のワクチンが配布される予定。

4月30日には、日本国内向けのモデルナ製ワクチンの第1陣が、ベルギーから関西国際空港にJAL機で到着した。

5月24日、アメリカのジョンソン・エンド・ジョンソン（ヤンセンファーマ）が、厚生労働省に同社製の1回投与型ワクチンの製造販売承認を申請したと発表した。ただし、申請時点では、ファイザー・モデルナ・アストラゼネカのような日本政府との供給契約は結んでいない。

6月1日、厚生労働省はファイザー製の新型コロナウイルスワクチンについて、これまで16歳以上を公費負担の接種対象としていたが、この日より12歳以上に接種対象を拡大した。

6月9日に行われた党首討論で、菅首相はワクチン接種について「10月から11月にかけて必要な国民には全て終えることを実現したい」と発言した。

8月には、モデルナ製ワクチンについても公費接種を12歳以上に拡大し、アストラゼネカ製ワクチンは、原則40歳以上を対象に公費接種のワクチンに追加された。

8月26日、厚生労働省はモデルナ製ワクチンの一部に異物混入が同月16日以降相次いで見つかったことをうけ、異物混入が疑われるロットの同社製ワクチン約163万回分の使用見合わせを発表。9月1日、モデルナ社による調査の結果、異物は製造機器の組立て時の不具合により混入したステンレスの破片であったことが分かり、問題のロットの製品は企業により自主回収されることとなった。また、回収対象のロットとは別のロットの製品に、ゴム片が混入しているものが見つかっているが、製造や採取の過程で蓋のゴムの一部が混入したと考えられる場合は、接種の継続は可能だとしている。

ワクチンの接種状況（初期）

2021年1月末時点では、既に先進各国でワクチン接種が本格化する中、日本の接種開始の遅れが際立っていた。主要先進国の中で、ワクチンの承認に至ってないのは日本だけだった。

3月16日にCOVID-19ワクチン（ファイザー製）の接種を受ける菅義偉首相（当時）。4月16日に行われる日米首脳会談の渡米のためと言う。

同年2月14日には日本でもファイザー製mRNAワクチンについて厚生労働省の特例承認があり、国内で2月17日に接種開始された。公的な1人目の接種者は、東京都目黒区の国立病院機構東京医療センターの院長であった。医療従事者への接種から優先的に開始された。「今後、順次、各都道府県の病院で、医療従事者向けの接種が進められる」などと説明された。

2021年3月下旬時点で、日本の100人あたりのワクチン接種回数は0.4回であり、OECDの37ヶ国中で最下位であった。同年4月27日時点で、1回以上接種したのは人口の1%あまりであり、アジア全体の4%と比べても低い値であった。その後、期間を経て急速に接種率が上昇し、9月13日、ワクチンの2回目接種済人数は全人口の50.9%となり、うち65歳以上の高齢者では88%であった。同年10月4日時点では、ワクチンの2回目接種済人数は全人口の60.9%、1回目完了だと71.3%であった。

日本では当初、12歳以上（アストラゼネカ製は原則40歳以上、特に必要がある場合18歳以上）を対象に、ワクチン接種の優先順位ガイドラインを以下の順序で定めた。

1. 医療従事者等（病院や診療所の職員、薬剤師、救急隊員、保健所の職員など）
2. 昭和32年(1957年)4月1日以前に生まれた人（65歳以上の高齢者）
3. 高齢者以外で基礎疾患（心臓病、糖尿病、BMI30以上など）を有する人や高齢者施設等の従事者
4. 上記 1. - 3. 以外の人

東京都渋谷区が住民あてにワクチン接種券を送付した封筒

同年3月、まず医療従事者などへのワクチンの優先接種が本格的に開始。同年4月15日時点で、優先接種対象の医療従事者等480万人のうち2回目の接種を完了したのは約68万人（14％）、1回目完了が117万人（24%）であった。優先接種対象の医療従事者等にはには新型コロナウイルスの感染者に接する機会が多い検疫所や保健所などの職員も含まれていたが、この時点ではワクチン供給量が不足しており、NHK取材では検疫所の職員が接種を受けられていない状況であった。

4月27日時点では、医療従事者等のうち1回目の接種が完了したのは3分の1程度であった。

第2順位の65歳以上の高齢者に対しては4月12日に一部の自治体で接種が開始され、4月26日以降本格的に接種が開始された。第1順位の接種を受ける医療従事者の数が当初の想定より100万人多い470万人に増えたことや接種対象となる高齢者が約3600万人に上ること、日本で広く使われる注射器では1瓶から6回分を採取できないこと、ファイザーのワクチン増産が5月以降となることなどから、スケジュールの遅延が予想された。前述のように医療従事者等へのワクチン接種が遅延したことから、自治体によっては配布された高齢者向けワクチンを地域の医療従事者用に転用するところもあった。

また、キャンセルなどでワクチンの余りが出ることに対しての有効利用について、一部自治体首長や職員が接種するケースが相次いで出ており、特に高齢者へのワクチンの接種予約が取りにくく混乱を生じている中で、公平性の観点から問題視する意見が一部で出ているが、ワクチン接種推進を担当する河野太郎行政改革担当大臣は「貴重なワクチンが廃棄されているのは極めて許しがたい状況だ。町長が先に打ったとか、いろんなことで批判され、批判を恐れて廃棄するようなことがないように、自治体の裁量で有効活用してほしい。批判があれば、私が責任をとる」と、ワクチンの有効利用の観点から接種を容認する見解を述べた。

注射器に起因する1瓶あたりの接種回数の問題に関し、京都府の宇治徳洲会病院は、条件が合えばインスリン用注射器でファイザー製ワクチンを1瓶から7回接種可能であるとした。また、テルモは1瓶から7回接種可能な注射器を開発し同年3月末から生産を開始。

同年4月26日、政府が東京都と大阪府に1日1万人規模の接種会場の設置を明らかにし、27日に菅義偉首相が自衛隊による接種会場を東京都に設置するよう指示した。期間は5月24日から3カ月の方針。場所は東京都は大手町合同庁舎、大阪府は大阪府立国際会議場（大阪市中之島）に決まり、東京・大阪とも5月24日から開設された。ワクチンは管理の混乱防止のため、既に自治体に配布されているファイザー製ではなく、承認審査中のモデルナ製が（承認を前提に）使用されると報道された。また、東京都町田市ではサッカーJリーグ・FC町田ゼルビアのホームスタジアムである町田市立陸上競技場（施設命名権名称・町田GIONスタジアム）を集団接種会場として使用するなど、各自治体が、国技館、競技場、競馬場など大規模施設を利用した接種会場の設置を実施あるいは検討している。

5月21日、モデルナ製ワクチンおよびアストラゼネカ製ワクチンが、厚生労働大臣により特例承認された。これにより、日本で3種類の新型コロナウイルスワクチンが承認されたが、このうちアストラゼネカ製のウイルスベクターワクチンに関しては、まれに血栓症を発症する副反応例が海外で報告されていることから、当面の間は日本国内での公的な接種を見送ることとなった（後述のように、以後に公的接種は再開されている）。同月23日、自衛隊が運営する大規模接種会場となる大阪府立国際会議場でモデルナ製ワクチンの接種が自衛隊員や民間看護師らに行われた。翌24日から東京・大阪の大規模接種会場で65歳以上の高齢者を対象にモデルナ製ワクチンの接種を開始している。

全国の自治体に総務省・厚生労働省が調査を実施した結果、5月21日発表では92.8%の自治体が「7月末までに高齢者の接種を完了予定」と回答した。

6月1日、政府が地域の負担軽減と接種の加速化を図る目的で、企業や大学などでの職域接種を同月21日から始めると発表した。東京・大阪の自衛隊による大規模会場と同じモデルナ製ワクチンを使用する。実際には同月13日から全日本空輸（ANAホールディングス）、14日から日本航空や読売新聞社といった一部の企業が前倒しで職域接種を開始。その後、職域接種の申請が想定を上回るペースで行われたことで、使用するモデルナ製ワクチンの供給が不足する可能性が出てきたことから、6月25日17時をもって申請の一時休止を政府が発表。職域接種用のモデルナ製ワクチンの1日の配送可能量が上限に達し、それがボトルネックとなりワクチンが不足する可能性が出てきた事が主な原因である。また、企業などが従業員らの数より過大な量を申請したケースもあるとみて精査したが、結論として同月30日に菅首相はワクチン接種などの進捗に関する関係閣僚会議で職域接種申請の新規申し込みを事実上一時休止すると表明。この時期には、自治体が実施する大規模接種についてモデルナ製のほかファイザー製でも対応することを検討しているが、ワクチン供給の見通しが立たず、予約の受け付けを中止する自治体も出始めていた。

また、厚生労働省は血栓症発症の副反応リスクがあることから公的接種での使用を見送っていたアストラゼネカ製ワクチンについて、60歳以上を対象に公費接種を認める方向で調整を進めていたが、同年7月30日に原則40歳以上を対象に公費接種の対象に追加することを決め、8月3日より正式に追加された。

ワクチンの接種状況（中後期）

前述のように諸々の混乱がありつつも日本国内のワクチン接種率は順調に推移し同年10月4日時点で、ワクチンの2回目接種済人数は全人口の60.9%、1回目完了だと71.3%であった。NHK報道によるイギリスの統計任意団体「Our World in Data」の調べによれば、各国の保健当局が予定した接種回数（通常2回、国により3回）までの接種率（接種済人数の人口比統計）では、日本は同年10月17時点統計で66.47%と、イギリスの65.7%、ドイツの65.15%、米国の56.17%を抜いており世界的にも遜色のないレベルとなっている。

また、接種の優先順位の問題も、あくまでも対応は自治体の裁量に委ねられているため自治体によって対応に差異があるが、概ね夏季後半頃までに概ね解決し、多くの自治体で希望者は比較的速やかにワクチン接種ができるような予約状況になっている。

その一方で、自治体によりワクチン供給確保の状況に大きな差が出始めている。10月13日報道によれば、人口二百数十万人（同年）を抱える名古屋市で、大規模会場などで予約枠が100%埋まらず、一部時間帯では予約なし接種対応が可能になっている一方で、三重県桑名市では、三重県から供給されるファイザー製ワクチンの供給が先細り、10月17日以降、接種の対応ができず予約不能の状況に陥っているとのことで、自治体間の接種対応の格差が表面化しつつある。また、福島県郡山市や広島県広島市でも、同年10月にかけてファイザー製ワクチンの供給枠確保が国・県から示されないため、同社製ワクチンの予約受付を一時停止し、モデルナ製を推奨する状況になっている。

接種率の上昇の一方で、若年層の接種率の低迷が問題となっている。大阪府では10月15日報道時点で、20代と30代の若年層の1回目接種率がようやく50%台に到達した状況となっている。

ワクチンの誤廃棄問題

2021年時点まで、日本国内だけでなく、世界的観点からもワクチンの総需要に対し供給はまったく不足しており十分ではなく、前述のとおり、接種の推進上だけでなく道義的にも正しく利用されず廃棄される事には問題があり、河野行政改革担当大臣（当時）は2021年5月21日の会見で、余剰ワクチン廃棄に対し「極めて許しがたい」と異例の表明をしている。

そのような状況下でも、多数の住民に急速に接種する関係上、種々諸々の取り扱いミスや誤手続その他の原因で以下のような誤廃棄が相次いでいる。ミスなどではなく、接種を予約した住民が接種当日までに連絡を入れず無断キャンセルしたため、やむなく廃棄に至った事例もあり、注意を呼び掛けている。

また前述のとおり、一部のタイプのワクチンには極低温など厳密な温度管理が求められ有効期限も短いものであり、例としてファイザー製は超低温冷凍庫での保管でも有効期限6か月（ただし、2021年9月10日発行の同ワクチンの添付文書第6版においては、マイナス90℃ - 60℃保管の場合の有効期限が9ヶ月に延長されている）、一般低温冷凍庫で保管可能なモデルナ製でも現場到着後2 - 3か月程度が限度であり、需要と供給を見据えた在庫・流通管理が重要となってくる。

主なワクチン誤廃棄事件（50回分以上）

日時	場所	廃棄数	原因	出典
2021年5月24日まで	神戸市	約1200回分	保冷庫の電源プラグ脱落（通路上に延長コード放置）、保冷容器に入れず裸のまま配送など
2021年5月26日まで	東京都八王子市	約258回分	希釈手順の誤り
2021年5月29日	川崎市	150人分	通常の冷蔵庫に移動後、温度管理ミスにより
2021年6月1日	堺市	210人分	接種会場で夜間にブレーカーの誤操作
2021年6月13日	川崎市	6396人分	リコール対象の極低温冷凍庫を使用し温度上昇
2021年7月30日	新宿区	1644人分	冷蔵庫の温度管理ミス（原因不明）
2021年9月11日	品川区	2500回分	冷蔵庫移動のためコンセントを差し替えた所プリセット済みの設定温度がリセットされた
2021年9月17日	三重県津市	4800回分	接種会場で夜間にブレーカーの誤操作
2021年9月29日	愛媛県西予市	84回分	接種施設医療機関において配水道管の老朽化により漏水し浸水、漏電により停電
2021年9月27日	埼玉県加須市	54回分	冷蔵庫の温度管理ミス（故障と推定）
2021年9月28日	さいたま市	156回分	冷蔵庫のスイッチ誤操作等により温度上昇
2021年9月29日	群馬県太田市	2890回分	冷蔵庫扉の開放による温度上昇
2021年10月1日	茨城県水戸市	666回分	接種施設医療機関において高圧配電盤不良により停電、非常用発電対象外かつ補助電源装置も無く冷蔵庫温度上昇
2021年10月5日	茨城県つくば市	4800回分	何らかの理由によりブレーカー断および冷蔵庫停止、温度上昇
2021年10月5日	埼玉県ふじみ野市	420回分	冷蔵庫のコンセント抜けにより温度上昇
2021年10月6日	埼玉県所沢市	384回分	保冷庫から冷蔵庫に移動の際に異なるロット番号の瓶を混在させたためロット番号管理不能となったため廃棄
2021年10月8日	兵庫県たつの市	144回分	冷蔵庫扉の開放による温度上昇
2021年10月11日	名古屋市	当月、通算102人分	無断キャンセルが88人に上ったため66人分をやむなく廃棄
2021年10月11日	仙台市	294人分	冷蔵庫の故障による温度上昇と推定
2021年10月11日	奈良県橿原市	110人分	冷蔵庫の温度管理ミス（原因不明）
2021年10月12日	秋田県大仙市	1128回分	保冷庫に入れず放置
2021年10月13日	静岡市	204回分	冷蔵庫扉の開放による温度上昇
2021年10月13日	長崎県佐世保市	340回分	冷蔵庫の温度管理ミス（原因調査中）
2021年10月14日	埼玉県越谷市	864回分	計画停電に伴う補助電源への切替時の誤操作
2021年10月14日	兵庫県西宮市	250回分	補助電源の何らかの不具合
2021年10月14日	佐賀県唐津市	72回分	冷蔵庫扉の開放による温度上昇
2021年10月17日	山形県由利本荘市	150回分	冷蔵庫の温度管理ミス（原因不明）
2021年10月21日	三重県津市	252回分	冷蔵庫扉の開放による温度上昇
2021年10月22日	兵庫県西宮市	1760回分	基準により冷蔵保存すべき所を冷凍保管して使用

妊婦に対するワクチン接種

妊婦は同世代の妊娠していない女性と比べて、新型コロナウイルスに感染した場合に重症になりやすく、また早産や妊娠合併症、胎児への悪影響のリスクが上がることが報告されており、 妊娠中、授乳中、妊娠を計画中の人でも、mRNA（メッセンジャーRNA）ワクチンを接種することができる。 しかし、「妊娠中の者については使用実績が限定的であること等」を踏まえ、妊婦は予防接種法上の努力義務の規定を適用しないものとされ、優先接種の対象からも除外された。

妊娠中にmRNAワクチン接種をした約3万5千人の女性の追跡研究の報告では、発熱や倦怠感などの副反応の頻度は非妊娠女性と同程度であり、胎児や出産への影響は認められなかった。 日本産科婦人科学会、日本産婦人科医会、日本産婦人科感染症学会は、妊婦向けの声明を発表し、希望する妊婦はワクチンを接種することができること、ワクチンを接することのメリットがデメリットを上回ると考えられていること、あらかじめ健診先の医師に接種の相談をしておくこと、などについて言及した。 2021年8月14日に第2報を発信し、妊婦が時期を問わずワクチンを接種することを勧めるとともに、妊婦への感染源となりがちな妊婦の夫またはパートナーに対しても、ワクチン接種をお願いした。

2021年8月23日、厚生労働省は、「妊娠中の者及び配偶者等（中略）が希望する場合には、できるだけ早期に、円滑に新型コロナワクチンの接種を受けることができるよう、（中略）特段の配慮をお願いいたします。」との事務連絡を各都道府県および市区町村に対して行った。

なお、COVID-19に罹患した妊婦から出生した新生児の管理について、厚生労働省の新型コロナウイルス感染症（COVID-19） 診療の手引き（第5.2版）には具体的な記載はないが、日本新生児成育医学会が示した指針では、「新型コロナウイルス陽性母体と新生児との接触は、母体の隔離期間が終了後とする」とされ、母子分離のデメリットに関する懸念が付記されている。

副反応

シンガポールでは16歳のトレーニング中の男性が心不全で死亡したことから、保健省が接種から1週間は激しい運動を控える必要があると勧告している。2021年10月、日本でもモデルナのワクチンについて厚生労働省は、まれに若い男性で心臓の筋肉などに炎症が起きるおそれがあるとして、念のため10代と20代の男性に対してはファイザーのワクチンの接種推奨の検討を始めた。フィンランドでも30歳未満男性にモデルナ製の接種の中断措置を採っている。

2021年10月現在、厚生労働省は日本国内でファイザー製について先行的に接種を受けた医療従事者2万人を、モデルナ製については高齢者の接種と並行して、1万人程度の自衛隊員を対象に副反応の調査を行った。疼痛・頭痛・発熱、接種部位の痛み等が見られた。新型コロナワクチンの副反応疑い報告についても厚労省サイトで公表され、血小板減少症を伴う血栓症、心筋炎・心膜炎、アナフィラキシー、死亡例について検証されている。

ワクチン接種に伴う医療事故

接種業務を直接実施する看護師や医師が不足しており、暫く看護師等業務から引退していた看護師等を呼び戻したり、歯科医師、研修医による接種も行われている。薬剤師や医学生、看護学生等による接種も検討されたが、接種も純然たる医療行為（医行為）である事などから法改正などハードルが高く厚労省は消極的姿勢である。また救急救命士や臨床検査技師による接種も検討されている。そのような背景の中、比較的扱いの容易な筋肉内注射とはいえ、針刺し事故などの過誤による医療事故が接種に伴い発生している。その他、接種者側の誤申請等を原因とするものも含め、種々の取り扱いミスにより、基準や規定を満たさない接種トラブルも発生している。

• 誤穿刺による医療事故
  • 接種者の指に誤って刺した後に、接種シリンジごと廃棄せずに針だけを交換して被接種者に接種、感染症のおそれ
  • 被接種者へ使用済みの注射器セットを誤って別の被接種者に穿刺、感染症のおそれ。
  • 使用済み注射器セットの廃棄手順の誤りにより、接種看護師の指に針刺し事故、感染症のおそれ。

• 取扱いミスによる誤接種など
  • 同じ人に対して3週間以内（当日や翌日など）に2回目の接種
  • 希釈時のミスによる濃度の薄いワクチンの誤接種。
    • 金沢市での誤接種では、可能性のある297人のうち抗体検査に同意した285人から採血による抗体検査を実施、8人が再接種相当と判断された。抗体値の低い17人には後日再度の抗体検査を依頼した。一般には、体質によって新型コロナワクチンを接種しても抗体値の上昇が鈍い場合もあり得るため、誤接種人数の特定には至らないと言う。
  • インフルエンザワクチンを接種すべき対象者に誤接種。被接種者への新型コロナワクチン3回目の接種となった。
  • 接種年齢に満たない11歳の児童に誤接種。また、日本脳炎ワクチンを接種すべき12歳未満の児童に誤接種。児童は翌日副反応により37.9℃の発熱をした。
  • 接種前に冷蔵保存すべきワクチンを冷凍して使用し194人に接種。基準違反、影響は不明。

その他

2021年7月6日、宮内庁は天皇徳仁が６日午後、ワクチンを接種したと発表した。（なお、上皇夫妻など高齢の皇族については、一般の高齢者の実施状況に倣って6月より接種が行われたことが報道されている）