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SARSコロナウイルス-2には、SARSコロナウイルスと異なり、スパイクタンパクに感染力と病原性を高めるフーリン切断部位が存在する<ref name="Proximal">{{cite journal |vauthors=Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WI, Holmes EC, Garry RF |title=Correspondence: The proximal origin of SARS-CoV-2 |url=https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9 |date=17 March 2020 |journal=[[Nature Medicine]] |pages=1–3 |doi=10.1038/s41591-020-0820-9 |access-date=18 March 2020 |archive-url=https://web.archive.org/web/20200318001738/https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9 |archive-date=18 March 2020 |url-status=live |name-list-format = vanc}}</ref>。これはヒトコロナウイルスの中ではユニークだが、多くの[[マウス肝炎コロナウイルス]](MHV-JHMやMHV-A59)など、コロナウイルス科全体で見れば珍しいものではない。


=== ゲノム配列 ===
=== ゲノム配列 ===

2020年4月7日 (火) 13:02時点における版

SARS-CoV-2
電子顕微鏡写真
分類
: 第4群(1本鎖RNA +鎖
: ニドウイルス目
Nidovirales
: コロナウイルス科
Coronaviridae
亜科 : コロナウイルス亜科
Coronavirinae
: ベータコロナウイルス属
Betacoronavirus
亜属 : サルベコウイルス亜属
Sarbecovirus
: SARS関連コロナウイルス SARSr-CoV
: SARSコロナウイルス-2 SARS-CoV-2

2019新型コロナウイルス(2019しんがたコロナウイルス)またはSARSコロナウイルス-2[1](サーズコロナウイルス・ツー、: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)は、急性呼吸器疾患(COVID-19)[2]の原因となる、SARS関連コロナウイルス(SARSr-CoV)に属するコロナウイルス[3]。以前は、世界保健機関(WHO)により暫定的に2019-nCoV(2019 novel coronavirus)とも呼ばれていた[4][注 1]#名称も参照)。

2019年中国武漢市付近で発生が初めて確認され[5]、その後COVID-19の世界的流行パンデミック)を引き起こしている。

分類と名称

名称

ウイルスの名称

「公称」および「学術的名称」については、以下の通りである。

2020年2月11日国際ウイルス分類委員会 (ICTV) がSARS-CoV-2Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 の略称)と命名した[3][6][7][8]。日本語ではSARS-CoV-2に対応する用語として、SARSコロナウイルス-2とも表記される[1]

日本厚生労働省などでは単に「新型コロナウイルス」(Novel coronavirus の訳)と呼んでいる[9][10]

世界保健機関 (WHO) は暫定的な名称として2019-nCoV2019 novel coronavirus の略称)を使用していた[4][11][12][9][注 2]が、その後はSARS-CoV-2のほか、正式な名称ではないものの「COVID-19ウイルス」なども使用している[14]。 ニュースの見出しなどでは、単に「コロナ」や「コロナウイルス」とも呼ばれるが[15][16]コロナウイルスの仲間はヒトに感染する物だけでも7種類あり、致命率34.4%のMERSコロナウイルス[17]や、感染者数の極めて多いヒトコロナウイルスOC43などとの区別ができない。

疾患の名称

WHOは2020年2月11日、新型コロナウイルスによる疾患COVID-19Coronavirus disease 2019 の略称)と命名している[18]

分類と系統

新型コロナウイルス(SARSコロナウイルス-2)は、ゲノムとして一本鎖プラス鎖RNAを持つ、コロナウイルスと呼ばれるウイルスグループに属している。この仲間は哺乳類や鳥類に感染する非常に多数の種を含むが、人に感染症を引き起こすものだけでも、重篤な肺炎の原因となるMERSコロナウイルス(MERS-CoV)やSARSコロナウイルス(SARS-CoV)、季節性の風邪を引き起こすヒトコロナウイルス229E(HCoV-229)やHCoV-OC43、HCoV-NL63、HCoV-HKU1などがある。SARSコロナウイルス-2は、2019年に、ヒトに対して病原性を有する7番目のコロナウイルスとして出現した[19]

SARSコロナウイルス-2は、国際ウイルス分類委員会 (ICTV) により、SARSコロナウイルス (SARS-CoV) と同じ種(の姉妹系統)と見なされており、ベータコロナウイルス属のSARS関連コロナウイルス (SARSr-CoV) という種に属している[3]。このため、SARSコロナウイルスにちなんで、SARSコロナウイルス-2(SARS-CoV-2) (Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2) と命名された[3]

ただし、SARSコロナウイルス-2は、SARSコロナウイルスの直接の子孫ではない[20]。元々コウモリなどの野生動物が保因していたものが、それぞれ独立してヒトに伝播、ヒトへの感染能力を獲得したと考えられている[20]

構造

  赤い突起:スパイクタンパク(S)[21]
  灰色の被膜がエンベロープ、主成分は脂質で、アルコールや石鹸により破壊できる[21]
  黄色の付着物:エンベロープタンパク[21]
  オレンジの付着物が膜タンパク質[21]
SARS-CoV-2のSEM写真。中央の細胞表面から、黄色で示されるSARS-CoV2が放出されている。

ウイルス粒子(ビリオン)は、50~200 nmほどの大きさである[22]。一般的なコロナウイルスと同様に、スパイク、ヌクレオ、内在性膜タンパク質エンベロープタンパク質として知られる4つのたんぱく質と、RNAより構成されている。このうちヌクレオがRNAと結合してヌクレオカプシドを形成し、脂質と結合したスパイク、内在性膜タンパク質、エンベロープタンパク質がその周りを取り囲んでエンベロープを形成する。エンベロープの最も外側に位置するスパイクは、細胞表面のACE2受容体に結合して細胞への感染を可能とする[23]。ヒトへの感染にACE2受容体を利用する点はSARSコロナウイルスと共通しており、DPP-4受容体を利用するMERSコロナウイルスや、APNを利用するヒトコロナウイルス229Eとは異なる[24]。ウイルスゲノムは29,903 塩基で、一本鎖プラス鎖RNAウイルスである[25]

タンパク質やRNAのSARSウイルスとの相同性は、スパイクが76.0%、ヌクレオが90.6%、内在性膜タンパク質が90.1%、エンベロープタンパク質が94.7%[26]、RNAが80%となっている[23][27]。一方で別種[3]のコロナウイルスであるMERSコロナウイルスとは、それぞれ4.6%、7.6%、6.3%、30.5%[26]、50%[23]しか一致していない。

SARSコロナウイルス-2には、SARSコロナウイルスと異なり、スパイクタンパクに感染力と病原性を高めるフーリン切断部位が存在する[28]。これはヒトコロナウイルスの中ではユニークだが、多くのマウス肝炎コロナウイルス(MHV-JHMやMHV-A59)など、コロナウイルス科全体で見れば珍しいものではない。

ゲノム配列

ゲノム情報
Genomic organisation of SARS-CoV-2
NCBIゲノムID MN908947
ゲノムサイズ 29,903 bases
完了年 2020
テンプレートを表示

このウイルスの完全ゲノム配列は上海公共衛生臨床センター、武漢中心医院、華中科技大学、武漢市疾病予防控制中心、中国疾病予防控制中心感染症予防管理所、中国疾病管理予防センター、シドニー大学らの協力によって解読され、シドニー大学のエドワード・C・ホルムズ教授の協力の下、上海公共衛生臨床センターの張永振教授によって2020年1月11日に Virological.org 上に公開された[29]

その後、1月14日には国際核酸配列データベースGenBankで正式に公開されている[30]。他種のコロナウイルスと比較すると、中国浙江省舟山市コウモリで発見したSARSウイルスに一番近く、コウモリSARSウイルス、ヒトSARSウイルス、ジャコウネコSARSウイルスとも80%近くの類似度を持つことが、香港大学微生物学科感染症専門の袁国勇教授により報告されている[31]

病原体

基本再生産数

SARS-CoV-2の基本再生産数R 0)の見積もりに関する未査読の多くの研究は、数字の差異および評価が分かれているが、1.4 - 3.9と推定されている[32][33][34][35]。これは無防備な状態では、SARS-CoV-2は通常、感染者1人当たり1.4から3.9人の新規感染者を生じさせるという意味である。これにより、SARS-CoV-2は少なくとも4人を連鎖的に感染させる事が確認されている[36]

他の未査読の研究では、基本再生産数を3.30 - 5.47とするもの[37]、2.13[38] - 4.82[39][40]とするものがある。

変異

2020年1月22日日本感染症学会の記者発表会で館田理事長は「パニックになることがないよう、対応していかないといけない」と呼びかけ、「新型コロナウイルスが変異を起こしたら、SARSのようになるという可能性は否定できない」と述べ、今後も注視する必要性を強調した[41]

一方、中国・国家衛生健康委員会 (NHC) の李斌副主任(次官級)は同日の会見で、「ウイルスが変異した可能性があり、さらに拡散するリスクがある」と明らかにした[42]。中国本土では、人口動態予測に基づいた変異の可能性は極めて濃厚であり今後の対策が急ピッチで進められている。

複数型の存在

2020年3月、このウイルス(中国内外の103例)を北京大学など中国の研究チームが遺伝子解析した結果、コウモリ由来のウイルスに近く古くからあるとみられるS型(全体の3割)と毒性の強弱は不明だが感染力が強いとみられるL型(全体の7割。武漢市の流行では大半を占めるが、市外の流行では現在は減少傾向にある)という塩基配列の異なる2つの型に分類できることが分かった[43][44][45][46]

患者の多くは片方の型にしか感染していないものの両方の型に感染した例も確認されており、ウイルスに一度感染し症状が治っても別の型に「再感染する」と言う報道もあるが[43][45]。再感染の可能性および原因については議論があり今後の研究・検討を要する[47]

2020年3月23日の時点では以下の事が判明している。本ウイルスの主要な株はL型(L亜型)とS型(S亜型)に分かれる[48][49]。ウイルスのRNAの第28,144番目の塩基ロイシン(L型)かセリン(S型)かにより区別される[50]

L型

中国武漢市での初期流行ではL型が支配的[50]。 L型はより攻撃的で、より急速に蔓延する[注 3]。そのため、流行対策による人的介入のため選択圧が掛かり割合的に減少したと見られている[49]

S型

進化的に古く、変異前(先祖型)のものと見られている。攻撃性が低いため選択圧が弱く、相対的に割合が増加したと見られる[48][49]

動物への「感染」

ベルギー保健当局は感染者から飼い猫にウイルスが伝染する事例があるとした[51]。その他、犬からもSARS-CoV-2が検出された事例がある。ただし、これらの事例では、本源的に犬や猫のペットがウイルスの宿主となり得るかについてなんら情報はない[52]

発見と拡大

発見

新型コロナウイルスは2019年11月に中国武漢で発生が確認され、同年12月31日に最初に世界保健機関 (WHO) に報告された[53]。その後2019年から翌2020年にかけて発生した中国武漢でのアウトブレイクにおいて肺炎患者の核酸検査陽性患者サンプルにより、ゲノム配列が決定された[54][55][56]

2020年1月20日病原体を調査している中国国家衛生健康委員会 (NHC) 専門家の鍾南山グループ長は、広東省でヒトからヒトへの感染(ヒト - ヒト感染)が確認されたと発表した[57]。新しいコロナウイルスに対する特定の治療法はないが、既存の抗ウイルス薬を流用することはできるとしている[58]

2020年1月下旬時点での主要なアウトブレイク中国大陸に限局されていたが[59][60][61][62][63][64][65][66][67][68][69]、その後は東アジアヨーロッパを中心とし世界各地に拡散しつつある(#感染の拡大も参照)。

感染の拡大

新型コロナウイルス感染症(COVID-19)世界的流行状況(適宜更新):
  感染者100,000人以上
  感染者10,000-99,999人
  感染者1,000–9,999人
  感染者100–999人
  感染者10–99人
  感染者1–9人

この株による最初の既知のヒトへの感染は2019年11月下旬に発生した[70][71]。新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) の拡散は、2019年11月中旬に中国の湖北省武漢市で最初に発生し、感染源はおそらく単一の感染動物に由来すると考えられている。その後、このウイルスは中国の全ての省に蔓延し、またアジアヨーロッパ北米アフリカオセアニアなど他の160以上の国にも拡散した[72]。このウイルスのヒト - ヒト感染による拡散は、アフリカを除く[73]これらすべての地域で確認されている[74][75][76][77]

2020年1月31日、このウイルスの感染拡大が懸念されることから世界保健機関 (WHO) は「国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態」(PHEIC) を宣言した[78][79][80][注 4]。なお、季節性疾患としての自然終息や定着の可能性について議論が続いている。

3月7日現在も感染拡大が止まらず、世界で感染者数が100,000人を超えたと発表した。

3月11日にはこのウイルスの感染拡大について、WHOがパンデミック(世界的流行)相当との認識を初めて示した[83][84][85]

4月2日には、世界全体の累計で100万人を超え死者も5万1000人を上回った[86]。感染者が見つかった世界177カ国・地域のうちアメリカが16万人超と世界最多となり、続いてイタリアが10万人を突破した。

症状

コロナウイルス#コロナウイルス感染症の比較表も参照

無症状者

当ウイルスに感染していても病気の症状が現れない者がいる。これを「無症状病原体保有者」と言う。無症状病原体保有者は、その保有する当ウイルスを他者に感染させる可能性がある[87]

嗅覚の麻痺・味覚の麻痺

感染者が嗅覚味覚を失ったとの報告が世界各地で見られる。イギリスの耳鼻咽喉科学会は声明で韓国や中国、イタリアで新型コロナウイルス感染者の多くが嗅覚障害を訴え、ドイツでは感染確認者の3分の2以上に症状が出ていると指摘[88][89]。(発熱・咳などの)他の症状を伴わないのに嗅覚異常が出る場合もあり、イギリス、イラン、アメリカでも報告が増えている、という[88][89]。アメリカの耳鼻咽喉科学会も「嗅覚や味覚障害の報告が急激に増えている」と認めている[88][89]。アメリカ・イギリスの専門家からは感染予防のためにも(嗅覚異常者を)ウイルス検査の対象に加えるべきだ、との声が出ている。一方で日本の医師によると、普通感冒でも嗅覚や味覚が一時的に失われる事はあると言う[88][89]

これに関連して、プロ野球・阪神タイガースの選手ら数名が、発熱やせきなどの症状がなかったのにもかかわらずにおいを感じなかったので、当ウイルスへの感染を疑い、PCR検査を受けたところ陽性で当ウイルスに感染していたことが判明した。阪神の藤浪晋太郎投手は発熱やせきなどの症状はないが、(3月26日の)数日前からトレーナーに「コーヒーやワインのにおいを感じない」[90]と嗅覚の異常を訴え、兵庫県内の病院で3月24日および25日に診察を受け、医師の判断で新型コロナウイルス感染を調べるPCR検査の受診が決まり、検査の結果、陽性反応が出たことを26日、関係者が公表した[91]。阪神では、他にも2名が「みそ汁の味がしない」と訴え、PCR検査を受けたところ陽性が判明した[90]

急性呼吸器疾患(COVID-19)

特徴

主症状は2020年1月21日判明分で、40℃程度の高熱 (98%) 、乾いた (76%) 、息切れ (55%) などである[92][93]。他に、全身倦怠感、吐き気、筋肉痛等を催すと報告されている[94][95]。顕著な合併症は肺炎である。しかし症状がないまま濃厚接触をしてしまう事が度々ある[96]

他のコロナウイルス科ウイルス感染症[注 5]との鑑別は外観所見上からは難しい。ただし、発熱せずに死亡した患者もいるので、発熱検知装置だけで検出できない可能性もある。また、無症候キャリアが感染能を持つ可能性もある[94][95]

入院患者では呼吸困難や胸の圧迫感も多い。また、入院時のバイタルサインは比較的安定している[97]

予後

治療

日本内科学会の緊急寄稿文によれば、現在、効果を示す薬剤が発見された旨の報告はなく、暫定的にHIV薬とタミフルを併用しての治療が行われているが[98]、国を挙げて専用ワクチンの開発も並行して行われている。

医療現場の抱える問題

感染症発生初期において医師などの医療従事者への罹患、及び長時間労働などによる疲弊といった問題も浮上してくる。局所的地域感染から広域に拡大するにつれ同定された問題も増加する傾向にあり、医療現場の過酷化する環境にも配慮が必要である。

感染症と社会構造

発達した情報通信環境において、ソーシャルメディアによる情報の拡散は情報確度を担保しうる反面、誤った情報も伝搬しうる二律背反を構築している。

感染経路

2019新型コロナウイルスの感染経路には、(当初)「飛沫感染」と「接触感染」がある、と考えられていた[99]。だがその後、米国の研究者が実験を行って調べたところ、飛沫感染・接触感染以外にもエアロゾル感染もすると判明し、2020年3月にそれを報告した[100]。実験の結果、2019新型コロナウイルスは(少なくとも)3時間程度は室内の空気中をエアロゾルとともに漂いつづけ感染力を持ち続けるということが確認された、という[100]。(なおエアロゾルというのは、いわゆる「飛沫」よりももっと粒子が細かいもので、霧や水蒸気に近い状態である。2019新型コロナウイルスでは感染者の肺から気道を通って放出され、室内を数時間に渡って漂いつづけ、同じ室内の空気を吸い込んだ人に感染する、ということになる。)

「飛沫感染」とは、感染者がくしゃみなどをする時に、ツバなどの飛沫(=しぶき)とともにウイルスが飛び散り、別の人がそのウイルスを口や鼻から吸い込み感染してしまうことである[99]

接触感染とは、感染者がくしゃみや咳をする時に口を手で覆うなどして手がウイルスを含んだ唾液で汚染され、手で触れてモノの表面にウイルスが付き、別の人がそのモノに触ってウイルスが手に付着し、その手で顔(口や鼻、眼の周囲などの粘膜)に触ることで体内にウイルスが入り込むことである[99]

特に多い接触感染の経路は例えば電車のつり革、バスのつり革、ドアノブ、各種スイッチ[99]照明のスイッチ、エレベーターのスイッチ、エアコンのスイッチ、コピー機のボタン、PCの電源スイッチやキーボードATMタッチパネル式スイッチ等)などである。

院内感染ほか

2020年2月7日、武漢大学病院で検出された感染者数のうち4割は、同大学病院で院内感染したものだという論文が発表された[101]

感染予防と拡散抑止

世界保健機関 WHOでは、2020年03月18日に、「こまめに水と石鹸による手洗い(または手用エタノール剤による)」、「公共の場などで1mほどの間隔をとる」、「目、口、鼻などにできるだけ触れない」、「他者のため肘やティッシュや布などで鼻と口を覆う」、「発熱や咳(せき)、呼吸困難な場合、電話などで医療機関に相談する」、「最新で確実な情報にもとづき、また地域の医療従事者等の助言に従う」と表記した[102]

国立感染症研究所 (NIID) は、2020年1月10日に特設サイト[103]を設け、院内感染対策、積極的疫学調査をはじめとする対応を行っている。

  • 院内感染対策 - インフルエンザ等の一般的な呼吸器感染症の病原体の微生物学的な検査を行いつつ、疑似症サーベイランスの届出について保健所へ相談する[104]
  • 積極的疫学調査 - 「患者(確定例)」と「濃厚接触者」について、基本情報・臨床情報・推定感染源・接触者等必要な情報を収集[105]。患者(確定例)対面調査を行う際は、眼の防護具[注 6]、長袖ガウン、必要に応じてサージカルマスクではなく N95マスクを着用すること、としている[105]
  • 検体採取・輸送マニュアル - SARSMERSに対する病原体診断を参考に、鳥インフルエンザ A (H5N1 / H7N9) に準じた検体の採取を行い、「病毒を移しやすい物質カテゴリーB」を取り扱う輸送業者を利用して送付[106]

予防法

手など皮膚の消毒を行う場合には、消毒用アルコール (70%) が、物の表面の消毒には次亜塩素酸ナトリウム (0.1%) が有効であることが分かっている[107]。ルール大学ボーフム及びグライフスヴァルト大学病院衛生研究所の研究グループによると、エタノールや次亜塩素酸ナトリウム、オキシドール(0.5%)により、残存するウイルスの数を1万分の1にすることができるとしている[108]

物の表面に付着したウィルスがどの程度の期間生存できるかについては、各機関で意見が分かれており、WHOは数時間[注 7]、ドイツ研究は4〜5日間[注 8]中国人民銀行は14日間[注 9]とした。アメリカ疾病管理予防センター (CDC) は、中国からの輸入品において新型コロナウイルスに感染するリスクは非常に低いとしている[113]

2019新型コロナウイルスに対しては、通常のインフルエンザウイルスと同様の感染予防法が有効であると考えられている。つまり、手指や顔を石鹸で洗う[99]、うがいをすること[99]、粘膜を護るために室内の湿度を50〜60%に保つこと[99]、などである。咳や発熱などの症状のある人に近づかない[99]、人混みの多い場所に行かない[99]、ということも重要である。

マスクの着用については、組織によって見解が異なり、「マスクをしないと感染者が咳をする時に自分の口をつい手で覆ってしまい、手にツバのしぶきをかけてしまってその手で様々な物に触れることで多人数に感染させてしまう」、「マスクをすることは(自分が感染するのを防ぐという意味ではなくて)他者に感染させてしまう人数を減らす」という意味で感染予防になっている、と日本国政府関係者も、感染症を専門とする日本の医師たちがテレビ番組などで解説する時も、全く同様に解説している[99]


脚注

注釈

  1. ^ 混乱を避けるため、ウイルス命名以前に公開された資料は2019-nCoVのまま変更しないとしている[4]
  2. ^ 名称については、不適切な非公式の呼称が広がる前に統一的な暫定名や正式名称を付ける必要があり、2009年に流行したH1N1亜型新型インフルエンザでは「豚インフルエンザ」という呼び名が流布したため、養豚業界への悪影響やエジプト政府が飼育豚を全頭殺処分する事態も起きた[9][13]。一方、正式名称や一般的な呼称(通称)が問題をはらむ場合もある。WHOは地域の名称や地名と結びついた中東呼吸器症候群(MERS)やスペインかぜエボラ出血熱ジカ熱などの呼称に批判的な見解を示しており、2015年に策定されたWHOの「名称決定についてのガイドライン」(Best Practices for the Naming of New Human Infectious Diseases) では、新たなヒト感染症ウイルスの名称に地理的な位置、人名、動物や食品に関する名前、特定の文化や産業に関する名前を含むべきでないとしている[9][13]
  3. ^ "L type, which might be more aggressive and spread more quickly." doi:10.1093/nsr/nwaa036 の"ABSTRACT"より。
  4. ^ WHOは同年1月23日の緊急委員会でPHEICに該当するかどうかの判断を先送りしていた[81]
    状況推移(エピデミック記事「新型コロナウイルス感染症の流行 (2019年-)」も参照)
    • 2019年12月31日、カナダの健康モニタリングプラットフォーム「BlueDot」がアウトブレイクの可能性を警告[82]
    • 2020年1月6日、アメリカ疾病予防管理センター (CDC) が下記同様の情報を発表。
    • 1月9日、WHOが中国でインフルエンザに似た症状が相次いで発生していることを公表。
    • 1月20日、中国・国家衛生健康委員長の鍾南山が人から人への感染(ヒト - ヒト感染)の確認を報告。
    • 1月23日、WHOが新型肺炎の感染は中国では緊急事態だとしながらも「国際的な公衆衛生上の緊急事態(PHEIC)と判断するには時期尚早」と判断した。
    • 1月31日、WHOが新型肺炎について中国国外にも感染拡大の懸念が出てきていることから、一転して「国際的な公衆衛生上の緊急事態」(PHEIC) を宣言。
  5. ^ SARSMERSほか
  6. ^ ゴーグルまたはフェイスシールド
  7. ^ WHOでは、「物の表面で数時間生き残る事が示唆されている。単純な消毒剤で失活させることができる[109]。」としている。
  8. ^ ドイツの研究グループでは、「表面についたウイルスを消毒しないままでいると、平均4〜5日間生存する可能性がある[110]」としている。
  9. ^ 中国では、紙幣を14日間密閉し長期間の生存を視野に入れて消毒対策をしている[111](住宅街にも消毒剤を散布[112])。

出典

  1. ^ a b 医学中央雑誌刊行会、医中誌フリーキーワードに「新型コロナウイルス」関連用語2語を新規追加 - カレントアウェアネス・ポータル (2020年3月3日)
  2. ^ Coronavirus disease named Covid-19 BBC NEWS 2020年2月12日
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関連項目

外部リンク